AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons027_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238384 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0041 47 exodeoxyribonuclease III (xthA) #1 HI0043 59 conserved hypothetical transmembrane protein #2 HI0044 300 conserved hypothetical transmembrane protein #3 HI0176 107 sfhB protein (sfhB) #4 HI0412_HI0413 372 HI0412: conserved hypothetical protein, HI0413: ribonuclease E (rne) #5 HI0616 197 ATP-dependent helicase (hepA) #6 HI1004 272 peptidyl-prolyl cis-trans isomerse, putative #7 HI1005 87 conserved hypothetical protein #8 HI1006 69 lipoprotein signal peptidase (lspA) #9 HI1353 115 cytoplasmic axial filament protein (cafA) #10 HI1436 300 conserved hypothetical protein Motif 1 CTCTGTATAATAAAGCCAATTTCACTCTTTAA 0 14 1 TTTGACTTTATAACCCCACTATTTAGTGGGGT 1 19 1 TCCCAAAAAATAACCCCACTAAATAGTGGGGT 1 31 0 CTTATCCTTTTTTACGCAAATTCTTAGGCGCA 4 221 1 CGTCACTCTATGAACGCAAATTCGCCTTGCTA 4 288 0 AATCATATCATAAAGGCACTATAAACGTAATA 4 324 0 AAGATATACGTCACCCCAATATAATTTATCCT 5 75 0 CACAAAAAATTGACCGCACTTTTAGGAAGATA 5 101 0 TGCCAAAAAATGACCGCACTTTACGCTTC 6 7 0 GCGGTGAAATTTACCGCACTTTTGAGCAGAAT 7 35 0 GCGGTAAATTTCACCGCACTTTTTTACTTTTG 7 50 1 TCTGAAATTTTTAACCCATTTTGGACTTATAT 9 11 0 GTCGTGGAAGTCGAGGCAATTTCTGTGTTAGG 10 20 1 TTTTTGCAAATACACGCACATTTGAAAAACCA 10 253 0 * ********* MAP Score: 20.1434 Motif 2 ATCTCTGTATAATAAAGCCAATTTCACTCTTTAA 0 12 1 CCCACTATTTAGTGGGGTTATTTTTTGGGATAGG 1 33 1 AATTTGCGTAAAAAAGGATAAGTTTTGTTGGTGA 4 209 0 ACGATTAATTAGCAAGGCGAATTTGCGTTCATAG 4 279 1 TCTTCCTAAAAGTGCGGTCAATTTTTTGTGAGTT 5 103 1 GAAGCGTAAAGTGCGGTCATTTTTTGGCAAAAT 6 9 1 ATTTAAATCAAAAGCGGCAATATTTGGTGGTGTT 6 41 1 TTCACTTTTTAAGATGCTAATTTTTTACGTTTAG 6 120 1 TTTAGATTATAATCGGGAAAATTTTATATTTATA 6 149 1 GTTAATTGAAAAAATGCACAATTTAACAAACTCA 6 199 1 TCTGCTCAAAAGTGCGGTAAATTTCACCGCACTT 7 37 1 CTTGTGCTAGAATGAGCGGAATTTTTTTAAAAGG 8 37 1 AAAATTTCAGAAAGGGTGCATTTTACCTTATTTC 9 32 1 CAGTCGTGGAAGTCGAGGCAATTTCTGTGTTAGG 10 18 1 GTTAGGTGAAAATGAAGTGATTTTGGATATTCGT 10 46 1 ** * ** ***** MAP Score: 14.6964 Motif 3 TTTTGTTCCTATTAAAGAGTGAAAT 0 32 0 ATAATGAATATTTTATTGATGTAAATAGAAATTTG 2 148 1 ATGGAATTAATTTCATCAAAATGAATAAATTATCA 2 202 0 AAATAAAAAGTCTTCTGTAAAGTAAGGGCTAGGGA 2 257 0 ATTTATTGGTTTTCGTAAAAATTAAGGAAAAAACA 3 10 0 AATATCGCGTTGTTTTATCAAGCAAATATTTATGC 4 93 0 TAATCAACATTTTTCTTAAAATAAATCAGCCGTTT 4 141 0 AAAGAGGCTCTATTATCCATAGAAAACGATTAATT 4 254 1 GATTTGCAGCGATTTTCAAAAGGAAAAAAA 4 352 1 TACGCTTGAGTATATTGAAAATCCAAGGATAAATT 5 50 1 CGCCCCCAAGTTTTATCAATGTAAATCAGAAAGAG 5 165 1 TTTGGTGGTGTTTTGTTGATAGGAATTGCTATTAG 6 63 1 CTATAACCCTTGTTATAAATATAAAATTTTCCCGA 6 161 0 TGAGCGGAATTTTTTTAAAAGGGAAATAGT 8 49 1 TTACAAGCCTTATATTTGAAAGAAAATGGTTTTTC 10 227 1 TTAATGAATGTTTTTTGCAAATACACGCACATTTG 10 261 0 * ** * **** ** MAP Score: 12.3023 Motif 4 CACTATTTAGTGGGGTTATTTTTTGGGATAGGCA 1 35 1 AGAAATTTGATGATTTAACTTTAGATGATGATAATTTAT 2 174 1 ATGATGATAATTTATTCATTTTGATGAAATTAATTCCAT 2 198 1 CAGAAGACTTTTTATTTATTTTACAAGGAGCTTTT 2 275 1 TGTTTTTTCCTTAATTTTTACGAAAACCAATAAAT 3 6 1 TTGCAAACGGCTGATTTATTTTAAGAAAAATGTTGATTA 4 137 1 TGCCAATTGCTGCATTGAGTTTTCACCAACAAAACTTAT 4 187 1 TTTTTTTCCTTTTGAAAATCGCTGCAAAT 4 353 0 TTCCTAAAAGTGCGGTCAATTTTTTGTGAGTTTCTTTTC 5 105 1 AAGCGTAAAGTGCGGTCATTTTTTGGCAAAATTTAAATC 6 11 1 GTGAGGATGGAGTTTTCACTTTTTAAGATGCTAATTTTT 6 106 1 AAGATGCTAATTTTTTACGTTTAGATTATAATCGGGAAA 6 130 1 AAATTTAGAAATCTTTGAGTTTGTTAAATTGTGCATTTT 6 209 0 TGCTCAAAAGTGCGGTAAATTTCACCGCACTTTTTTACT 7 39 1 TTCACCGCACTTTTTTACTTTTGTGCGAAAGGAAGTTA 7 59 1 ACTATTTCCCTTTTAAAAAAATTCCGCTCA 8 49 0 ATATTCCTAATTTCTTAAATTTCATCAAATATTTAGTCT 9 83 0 ATATCCAAAATCACTTCATTTTCACCTAACACAGAAATT 10 37 0 ** ** * *** ** MAP Score: 11.9514 Motif 5 ATAAGATACAATTGTCCGCTATTGTATAGAACATT 3 43 1 CTCACAAAAAATTGACCGCACTTTTAGGAAGATAT 5 100 0 TTATGATATGATTTGCAGCGATTTTCAAAAGGAAA 4 343 1 GTGCGGTGAAATTTACCGCACTTTTGAGCAGAATT 7 34 0 ATTTTACCTTATTTCGGGCTATTATTCTATTTAGA 9 51 1 TAACCCCACTATTTAGTGGGGTTATTTTTTGGGAT 1 29 1 AAGCGGCAATATTTGGTGGTGTTTTGTTGATAGGA 6 52 1 CTTGTGCTAGAATGAGCGGAATTTTTTTAAAAGGG 8 37 1 AGGAATTGCTATTAGCTGGCTTTGTGAGGATGGAG 6 83 1 TTTGCCAAAAAATGACCGCACTTTACGCTTC 6 6 0 TGAGTTTGTTAAATTGTGCATTTTTTCAATTAACA 6 198 0 AAAATTTCAGAAAGGGTGCATTTTACCTTATTTCG 9 32 1 **** * ** ** * MAP Score: 10.5114 Motif 6 GACTTAGGGATTTCTTAATTCTGATGGCGGAG 2 16 1 AACTCAAAGATTTCTAAATTTATCTTAGGTTT 6 227 1 TTCACCGCACTTTTTTACTTTTGTGCGAAAGG 7 59 1 AATTGTGCATTTTTTCAATTAACATTCTATAA 6 190 0 TTTTTTTCCTTTTGAAAATCGCT 4 359 0 ATCTTTGAGTTTGTTAAATTGTGCATTTTTTC 6 206 0 TTTGCTTCATTATCGACCTCGTG 4 1 1 AAATGCACCCTTTCTGAAATTTTTAACCCATT 9 23 0 ATATTCCTAATTTCTTAAATTTCATCAAATAT 9 90 0 TGATTGATTTTTGACTTTATAACCCCACT 1 7 1 AAGAAAATGGTTTTTCAAATGTGCGTGTATTT 10 246 1 TGTTTTTTCCTTAATTTTTACGAA 3 2 1 CTTATGCCAATTGCTGCATTGAGTTTTCACCA 4 183 1 ATGATGATAATTTATTCATTTTGATGAAATTA 2 198 1 ATAAGCCAACTTTTAAAATTTTTGAGAGCTAT 3 83 1 CGCCCCCAAGTTTTATCAATGTAAATCAGAAA 5 165 1 ***** **** * MAP Score: 7.63742 Motif 7 GTAAATAGAAATTTGATGATTTAACTTTAGATGATGA 2 168 1 AATTTATTCATTTTGATGAAATTAATTCCATTAATAC 2 206 1 CTTTTTATTTATTTTACAAGGAGCTTTT 2 282 1 TTTTCCTTAATTTTTACGAAAACCAATAAATAAGATA 3 14 1 GCTCTCAAAAATTTTAAAAGTTGGCTTATTGATTAAT 3 75 0 CGGCTGATTTATTTTAAGAAAAATGTTGATTATCAAT 4 144 1 AACTTATCCTTTTTTACGCAAATTCTTAGGCGCAAAA 4 219 1 TGCGGTCAATTTTTTGTGAGTTTCTTTTCAAGAGTAT 5 115 1 TTTGGTGGTGTTTTGTTGATAGGAATTGCTATTAGCT 6 63 1 GAGTTTTCACTTTTTAAGATGCTAATTTTTTACGTTT 6 115 1 GAAAATTTTATATTTATAACAAGGGTTATAGAATGTT 6 165 1 AAATTGTGCATTTTTTCAATTAACATTCTATAACCCT 6 186 0 TGAGCGGAATTTTTTTAAAAGGGAAATAGT 8 49 1 CCCTTTCTGAAATTTTTAACCCATTTTGGACTTATAT 9 11 0 GCTATTATTCTATTTAGACTAAATATTTGATGAAATT 9 68 1 AAGGCTACCAAATTGAGAAGAAAGTTTGTAGAACGGC 10 139 0 ATACACGCACATTTGAAAAACCATTTTCTTTCAAATA 10 239 0 AATGTGCGTGTATTTGCAAAAAACATTCATTAATTAG 10 263 1 ****** ** ** MAP Score: 7.31583 Motif 8 TTATAAAGTCAAAAATCAATCA 1 1 0 TGCCTATCCCAAAAAATAACCCCACTAAATA 1 38 0 ATTTACATCAATAAAATATTCATTATACTAC 2 143 0 TTAGATGATGATAATTTATTCATTTTGATGA 2 194 1 CTAGGGATAAAAAAGTCAATGGTATTAATGG 2 233 0 TATTTGCTTGATAAAACAACGCGATATTCCG 4 100 1 TTTTCTTAAAATAAATCAGCCGTTTGCAACG 4 135 0 AGCAATTGGCATAAGACATTGATAATCAACA 4 167 0 TTTGTTGGTGAAAACTCAATGCAGCAATTGG 4 189 0 TTTCACCAACAAAACTTATCCTTTTTTACGC 4 207 1 TCACCCCAATATAATTTATCCTTGGATTTTC 5 66 0 GAAACTCACAAAAAATTGACCGCACTTTTAG 5 108 0 AAATTTTGCCAAAAAATGACCGCACTTTACG 6 14 0 TCCTATCAACAAAACACCACCAAATATTGCC 6 56 0 TTAAAAAGTGAAAACTCCATCCTCACAAAGC 6 101 0 ATCTCAAATTATAATTTAACCTA 7 2 0 GTGTATTTGCAAAAAACATTCATTAATTAGG 10 270 1 **** ****** MAP Score: 7.06128 Motif 9 AATATCGCGTTGTTTTATCAAGCAAATATTT 4 97 0 AAGAAAAATGTTGATTATCAATGTCTTATGC 4 159 1 AATTTATCCTTGGATTTTCAATATACTCAAG 5 54 0 TTTTTGTGAGTTTCTTTTCAAGAGTATGCAA 5 125 1 TACGCCCCCAAGTTTTATCAATGTAAATCAG 5 163 1 AGTGCGGTCATTTTTTGGCAAAATTTAAATC 6 19 1 GCTAATAGCAATTCCTATCAACAAAACACCA 6 68 0 CTGATTCAAATGGCTTTTCATCCGTTTCTTC 10 86 0 TTCTACAAACTTTCTTCTCAATTTGGTAGCC 10 143 1 TGAAAAACCATTTTCTTTCAAATATAAGGCT 10 232 0 TGAAAGAAAATGGTTTTTCAAATGTGCGTGT 10 243 1 CAAATGTGCGTGTATTTGCAAAAAACATTCA 10 261 1 ****** **** MAP Score: 6.83409 Motif 10 GATTTTTGACTTTATAACCCCACTATTTAGTGGGGTTA 1 15 1 TCATCTAAAGTTAAATCATCAAATTTCTATTTACATCA 2 164 0 TCCTTAATTTTTACGAAAACCAATAAATAAGATACAAT 3 17 1 ATCGCGTTGTTTTATCAAGCAAATATTTATGCTTAATA 4 87 0 TGATTATCAATGTCTTATGCCAATTGCTGCATTGAGTT 4 170 1 AAACTTATCCTTTTTTACGCAAATTCTTAGGCGCAAAA 4 218 1 AAACGATTAATTAGCAAGGCGAATTTGCGTTCATAGAG 4 277 1 GTTTTCACTTTTTAAGATGCTAATTTTTTACGTTTAGA 6 117 1 TTTATATTCCTAATTTCTTAAATTTCAT 9 97 0 TACACGCACATTTGAAAAACCATTTTCTTTCAAATATA 10 237 0 ATTTTATATCCTAATTAATGAATGTTTTT 10 281 0 *** * * **** * MAP Score: 4.51588 Motif 11 CCCACTATTTAGTGGGGTTATTTTTTGGGATAGGCA 1 33 1 TTAACTTTAGATGATGATAATTTATTCATTTTGATG 2 188 1 AGTCAATGGTATTAATGGAATTAATTTCATCAAAAT 2 215 0 ACTTTACAGAAGACTTTTTATTTATTTTACAAGGAG 2 269 1 TAGCGGACAATTGTATCTTATTTATTGGTTTTCGTA 3 28 0 AAATTTTAAAAGTTGGCTTATTGATTAATGTTCTAT 3 68 0 CACGCGTTGCAAACGGCTGATTTATTTTAAGAAAAA 4 131 1 TCTTCCTAAAAGTGCGGTCAATTTTTTGTGAGTTTC 5 103 1 GAAGCGTAAAGTGCGGTCATTTTTTGGCAAAATTT 6 9 1 TTCACTTTTTAAGATGCTAATTTTTTACGTTTAGAT 6 120 1 TGAGTTTGTTAAATTGTGCATTTTTTCAATTAACAT 6 197 0 TTCAAATATAAGGCTTGTAATTTACTCATCACACCA 10 211 0 GTATTTGCAAAAAACATTCATTAATTAGGATATAAA 10 272 1 * * * ******* MAP Score: 4.22183 Motif 12 TTTTAAAAGTTGGCTTATTGATTAATGTTC 3 71 0 GTATGTTGCTGGGTGCATTGATAACGTTAT 4 60 1 TTATGCCAATTGCTGCATTGAGTTTTCACC 4 184 1 TAAAACTTGGGGGCGTATTGTAGCTTGCAT 5 150 0 CACCAAATATTGCCGCTTTTGATTTAAATT 6 40 0 CAATATTTGGTGGTGTTTTGTTGATAGGAA 6 58 1 GTTTGTTAAATTGTGCATTTTTTCAATTAA 6 200 0 TAGGTTTGATTGCTGTATCGTTTTTAGTTG 6 252 1 ATTTCAGAAAGGGTGCATTTTACCTTATTT 9 35 1 AAAAGTTACGTGTTGTATTGTGAACGTGGT 10 185 1 TTTCAAATGTGCGTGTATTTGCAAAAAACA 10 258 1 ********** MAP Score: 1.91573