AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HI/HI_operons030_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238516
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HI0087	42	threonine synthase (thrC)
#1	HI0089	300	aspartokinase I / homoserine dehydrogenase I (thrA)
#2	HI0144	45	glucose kinase, putative
#3	HI0145	300	conserved hypothetical protein
#4	HI0255	100	dihydrodipicolinate synthetase (dapA)
#5	HI0646	158	aspartate-semialdehyde dehydrogenase (asd)
#6	HI0737	247	acetohydroxy acid synthase II, putative
#7	HI0738	71	dihydroxyacid dehydratase (ilvD)
#8	HI0738.1	79	threonine deaminase (ilvA)
#9	HI1303	147	riboflavin synthase, beta chain (ribH)
#10	HI1433	58	usg-1 protein (usg1)

Motif 1
GGTTATGAACAATAAAATCGCCTTAAAAATGAGTCCTA	9	73	1
AATTTAAATAGATGAAATCAGATTAAAAACGGATTAAA	0	13	1
CATTTTTCAAGATAAAACACAATGAAAAATAACCGCAC	1	110	1
ATAAGAGGGGGATAAAACAAAGGAAAAACTAACCGCAC	8	30	1
ATCTTTCGCGAAAGAAATTAAATAAAAAAGTGTGGTTA	5	44	0
TTCTAAGAGTAAAAAAACAAATTTAAAATAGTTTTACG	3	75	1
 TAATATGAGAATCAATTTAGGCCAAAAATGTATGTTT	3	9	1
TCACATTTATGAAAAAACACTTCAAAAATATTCTTTAA	3	140	1
ATTTAAATCTGAATAAATCACTTTAAAATTAATTTAAT	3	260	0
TTTATTGACTAAGAAAATTTCTGAAAAATTTGTCACTT	1	28	1
TTTCGCGAAAGATCAATTTTCATTAAAAATACTTGATT	5	69	1
AAGTGAAACCAAATAATAAAATTAAAAACCGACGGAGG	4	68	1
AGGGCTTGGAGAGAAAAAAACGAAAAAAAGTGCGGTGA	6	149	0
TTATCCCCAAAATAAAAACAACAGGAAACAAACACC  	6	221	1
TATCTTGAAAAATGAATGCGTAAAGAAATACCGAAATT	1	86	0
CTCATTTTGGAAATAAAACTCGTAAAACTATTTTAAAT	3	95	0
TTATATGAAAAATAAATGCCATTTTAAAGAATATTTTT	3	163	0
TTTCTTAGTCAATAAATTTCGTGTAAACTAACCG    	1	6	0
TACCTTAATGAAGGAAATTTTCCATAAAAATATAGTGT	9	28	1
AATGAGTCCTAAATAAAATAGGGTAAAGCCTTATTAAT	9	100	1
TAGTGCAGCAAAAACAAGATACAGAAAACCCGCGATTC	1	215	1
ATCATCAGTCAATAAATAAGCCAAAAGAGCGGTAAAAA	6	60	1
CTCCTTTAATGAAAAAAAATTTGCAAATTAACGTTATT	4	16	1
CTTTAAAATTAATTTAATCCACACAAAACAATCTTTTA	3	240	0
          *** ***       ****
MAP Score: 29.1118

Motif 2
ATTTCATCTATTTAAATTAAC         	0	1	0
ATAAATTTCGTGTAAACTAACCG       	1	3	0
TGTTTTATCTTGAAAAATGAATGCGTAAAG	1	99	0
TAAAACACAATGAAAAATAACCGCACTTTA	1	122	1
AAAAAACAAATTTAAAATAGTTTTACGAGT	3	86	1
AAAAATATTCTTTAAAATGGCATTTATTTT	3	163	1
CCTTATTATATGAAAAATAAATGCCATTTT	3	176	0
ATAAATCACTTTAAAATTAATTTAATCCAC	3	256	0
ACTCCTTTAATGAAAAAAAATTTGCAAATT	4	15	1
AAAAAAAATTTGCAAATTAACGTTATTTTA	4	27	1
TAAATTTTCTTTTAAATTAACCACACTTTT	5	27	1
GTATTTTTAATGAAAATTGATCTTTCGCGA	5	71	0
AATTATCCTATGTAAAAAAATGAAAAGAGT	6	11	1
AACAGGAATATTCAAAATAAGCCAATTTTC	6	121	1
AAAAGTGCGGTGAAAATTGGCTTATTTTGA	6	132	0
GTGCGGGTTATGAACAATAAAATCGCCTTA	9	68	1
TAAAATCGCCTTAAAAATGAGTCCTAAATA	9	85	1
CTGGTTTTGGTGTAAAATAATGCTGATTAT	10	20	1
TTCTCTCCGCTGTAAAATAATCAGCATTAT	10	36	0
          **********
MAP Score: 26.249

Motif 3
AGAAATACCGAAATTTCCCGAGCTTGTCAAACAGA	1	66	0
AACACAATGAAAAATAACCGCACTTTATCCGTAAT	1	125	1
AATCATTAGCACGATTACCGCCATTATGATGACCA	1	157	1
TACCGCCATTATGATGACCATTATTATGATTAATG	1	172	1
AACAAGATACAGAAAACCCGCGATTCAACTGAATA	1	227	1
TAAATTTATAAAAAAACCCGCTATTCAGTTGAATC	1	248	0
AAGAAAATTTAATTTAATCACTCTTTTT       	5	3	0
ATTTTCTTTTAAATTAACCACACTTTTTTATTTAA	5	30	1
AATTTAGTGAATTTTTACCGCTCTTTTGGCTTATT	6	74	0
GCTTATTTTGAATATTCCTGTTCTTCCCCTAAAAA	6	108	0
AAATAAGCCAATTTTCACCGCACTTTTTTTCGTTT	6	135	1
AACAAAGGAAAAACTAACCGCACTTTATCATCAAA	8	45	1
          *   * ***** ***
MAP Score: 21.1481

Motif 4
TGATTTCATCTATTTAAATTAAC          	0	0	0
GATAAAACACAATGAAAAATAACCGCACTTTAT	1	120	1
GTTTTTAAATTTATAAAAAAACCCGCTATTCAG	1	255	0
AGCAATTCTAAGAGTAAAAAAACAAATTTAAAA	3	70	1
AACTTCTCATTTTGGAAATAAAACTCGTAAAAC	3	105	0
TTGATCACATTTATGAAAAAACACTTCAAAAAT	3	136	1
AACCTTATTATATGAAAAATAAATGCCATTTTA	3	175	0
TAAGGTTAAATGATGAAAATATAAGCATATTAC	3	201	1
AAAACTCCTTTAATGAAAAAAAATTTGCAAATT	4	12	1
TGAAAAAAAATTTGCAAATTAACGTTATTTTAG	4	25	1
TGAAACCAAATAATAAAATTAAAAACCGACGGA	4	71	1
  AAAAAGAGTGATTAAATTAAATTTTCTTTTA	5	8	1
AAGTGTGGTTAATTTAAAAGAAAATTTAATTTA	5	22	0
TTCGCGAAAGAAATTAAATAAAAAAGTGTGGTT	5	45	0
AGATCAATTTTCATTAAAAATACTTGATTTTNC	5	78	1
CAAGATAGCGTTAGNAAAATCAAGTATTTTTAA	5	91	0
AGTTTCAATATAATGAAATCTAATCATCAGTCA	6	38	1
AGAACAGGAATATTCAAAATAAGCCAATTTTCA	6	119	1
CTTATCCCCAAAATAAAAACAACAGGAAACAAA	6	220	1
CTTCGTTAATTGATAAAATATTC          	7	0	0
CCGCACTTTATCATCAAAACAAACACT      	8	62	1
ACTATATTTTTATGGAAAATTTCCTTCATTAAG	9	31	0
          * ** **** ***
MAP Score: 12.7565

Motif 5
     CGGTTAGTTTACACGAAATTTATTGACTAAGAAA	1	5	1
AAAGTGACAAATTTTTCAGAAATTTTCTTAGTCAATAAA	1	28	0
AACACAATGAAAAATAACCGCACTTTATCCGTAATCATT	1	125	1
AAAACTCGTAAAACTATTTTAAATTTGTTTTTTTACTCT	3	80	0
CATTTTAAAGAATATTTTTGAAGTGTTTTTTCATAAATG	3	143	0
AATATTCTTTAAAATGGCATTTATTTTTCATATAATAAG	3	166	1
GGATTAAATTAATTTTAAAGTGATTTATTCAGATTTAAA	3	258	1
AAATAACGTTAATTTGCAAATTTTTTTTCATTAAAGGAG	4	16	0
ATTTTCTTTTAAATTAACCACACTTTTTTATTTAATTTC	5	30	1
TAGCGTTAGNAAAATCAAGTATTTTTAATGAAAATTGAT	5	80	0
CATTATATTGAAACTCTTTTCATTTTTTTACATAGGATA	6	14	0
AAGAGCGGTAAAAATTCACTAAATTTTTTAGGGGAAGAA	6	84	1
AAATAAGCCAATTTTCACCGCACTTTTTTTCGTTTTTTT	6	135	1
TTTTGATGATAAAGTGCGGTTAGTTTTTCCTTTGTTTTA	8	42	0
TCATTAAGGTAAACTATCGGCAATTTTAT          	9	0	0
          *** *      * *** **
MAP Score: 12.263

Motif 6
TTTACACGAAATTTATTGACTAAGAAAATT	1	17	1
AAATTTCGGTATTTCTTTACGCATTCATTT	1	85	1
TGAATAGCGGGTTTTTTTATAAATTTAAAA	1	256	1
TTTTAAATTTGTTTTTTTACTCTTAGAATT	3	73	0
AGTTTTACGAGTTTTATTTCCAAAATGAGA	3	104	1
TTAAAATGGCATTTATTTTTCATATAATAA	3	174	1
TAATTTGCAAATTTTTTTTCATTAAAGGAG	4	16	0
TCGGTTTTTAATTTTATTATTTGGTTTCAC	4	70	0
AAAAAGTGTGGTTAATTTAAAAGAAAATTT	5	28	0
ACACTTTTTTATTTAATTTCTTTCGCGAAA	5	49	1
AACTCTTTTCATTTTTTTACATAGGATAAT	6	12	0
TGATGATTAGATTTCATTATATTGAAACTC	6	37	0
CTTTTGGCTTATTTATTGACTGATGATTAG	6	57	0
GCTTTACCCTATTTTATTTAGGACTCATTT	9	99	0
AATAATCAGCATTATTTTACACCAAAACCA	10	21	0
AATAATGCTGATTATTTTACAGCGGAGAGA	10	35	1
          **********
MAP Score: 8.22843

Motif 7
GATGAAATCAGATTAAAAACGGATTAAAT 	0	23	1
CATTTTTCAAGATAAAACACAATGAAAAAT	1	110	1
AAAACACAATGAAAAATAACCGCACTTTAT	1	123	1
TTCTAAGAGTAAAAAAACAAATTTAAAATA	3	75	1
TCACATTTATGAAAAAACACTTCAAAAATA	3	140	1
CTTATTATATGAAAAATAAATGCCATTTTA	3	175	0
TTTAAATCTGAATAAATCACTTTAAAATTA	3	267	0
AAGTGAAACCAAATAATAAAATTAAAAACC	4	68	1
GAAAGAAATTAAATAAAAAAGTGTGGTTAA	5	43	0
GATAGCGTTAGNAAAATCAAGTATTTTTAA	5	91	0
AAAGAGCGGTAAAAATTCACTAAATTTTTT	6	83	1
GCTTGGAGAGAAAAAAACGAAAAAAAGTGC	6	154	0
CTTATCCCCAAAATAAAAACAACAGGAAAC	6	220	1
AAACAACAGGAAACAAACACC         	6	236	1
ATAAGAGGGGGATAAAACAAAGGAAAAACT	8	30	1
TTTATCATCAAAACAAACACT         	8	68	1
TGCGGGTTATGAACAATAAAATCGCCTTAA	9	69	1
AATGAGTCCTAAATAAAATAGGGTAAAGCC	9	100	1
          **********
MAP Score: 6.58698

Motif 8
CTTAGTCAATAAATTTCGTGTAAACTAACCG   	1	7	0
TTGACTAAGAAAATTTCTGAAAAATTTGTCACTT	1	32	1
TTACGCATTCATTTTTCAAGATAAAACACAATGA	1	101	1
TGTGTTTTTAAATTTATAAAAAAACCCGCTATTC	1	257	0
TGAGANAANGACTTTACACTATAAGGATAAGTT 	2	22	1
ATATGAGAATCAATTTAGGCCAAAAATGTATGTT	3	12	1
GAAGTTGATCACATTTATGAAAAAACACTTCAAA	3	132	1
ACACTTCAAAAATATTCTTTAAAATGGCATTTAT	3	156	1
TGTGTGGATTAAATTAATTTTAAAGTGATTTATT	3	253	1
  AAAAAACTCCTTTAATGAAAAAAAATTTGCAA	4	8	1
GATTAAATTAAATTTTCTTTTAAATTAACCACAC	5	19	1
TCGCGAAAGAAATTAAATAAAAAAGTGTGGTTAA	5	43	0
GCGAAAGATCAATTTTCATTAAAAATACTTGATT	5	73	1
ACAATGCTGAACTTATCCCCAAAATAAAAACAAC	6	209	1
TAATGAAGGAAATTTTCCATAAAAATATAGTGTT	9	33	1
AATCAGCATTATTTTACACCAAAACCAGGAACGA	10	14	0
          * *****   ****
MAP Score: 6.35088