AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons030_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238537 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0087 42 threonine synthase (thrC) #1 HI0089 300 aspartokinase I / homoserine dehydrogenase I (thrA) #2 HI0144 45 glucose kinase, putative #3 HI0145 300 conserved hypothetical protein #4 HI0255 100 dihydrodipicolinate synthetase (dapA) #5 HI0646 158 aspartate-semialdehyde dehydrogenase (asd) #6 HI0647 277 transport protein, putative #7 HI0648 241 modulator of drug activity B (mdaB) #8 HI0652 62 3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase (kdtA) #9 HI0737 247 acetohydroxy acid synthase II, putative #10 HI0738 71 dihydroxyacid dehydratase (ilvD) #11 HI0738.1 79 threonine deaminase (ilvA) #12 HI1303 147 riboflavin synthase, beta chain (ribH) #13 HI1433 58 usg-1 protein (usg1) Motif 1 TCTAAGAGTAAAAAAACAAATTTAAAATAGTTTTAC 3 76 1 CTAGTATAGCAAAAAAAGGATTGAAAAT 8 2 0 TCCTTTAATGAAAAAAAATTTGCAAATTAACGTTAT 4 17 1 AAAATTCGGTAAAAAATTGGTGGAAATCGAACGAAA 7 64 0 GTTATGAACAATAAAATCGCCTTAAAAATGAGTCCT 12 74 1 ATTTTTCAAGATAAAACACAATGAAAAATAACCGCA 1 111 1 TAAGAGGGGGATAAAACAAAGGAAAAACTAACCGCA 11 31 1 TTTATTGACTAAGAAAATTTCTGAAAAATTTGTCAC 1 28 1 TCTTTCGCGAAAGAAATTAAATAAAAAAGTGTGGTT 5 45 0 AAAACACTTCAAAAATATTCTTTAAAATGGCATTTA 3 153 1 ATATACTTTTAAAAATTAACGTAAAAAGGCATA 7 218 1 AAGTGAAACCAAATAATAAAATTAAAAACCGACGGA 4 68 1 TTTAAATCTGAATAAATCACTTTAAAATTAATTTAA 3 261 0 TCATTTTGGAAATAAAACTCGTAAAACTATTTTAAA 3 96 0 TTTTAAAATAAAAAATCGGCAGAAAATTTCTTGCCG 7 17 0 ATGAGTCCTAAATAAAATAGGGTAAAGCCTTATTAA 12 101 1 ATTTAAATAGATGAAATCAGATTAAAAACGGATTAA 0 14 1 TTCTTCCCCTAAAAAATTTAGTGAATTTTTACCGCT 9 87 0 AAAAAACTCCTTTAATGAAAAAAAAT 4 0 1 TTTATTTTTCATATAATAAGGTTAAATGATGAAAAT 3 185 1 TTCTTAGTCAATAAATTTCGTGTAAACTAACCG 1 7 0 AAGGTGATAAATTAAAGACTTGGAAAGGTAAAGATT 6 199 1 AAAAAACGAAAAAAAGTGCGGTGAAAATTGGCTTAT 9 137 0 AAAAAGAGTGATTAAATTAAATTTTC 5 0 1 AAATTATCCTATGTAAAAAAATGAAAAGAGTTTCAA 9 10 1 ****** * *** MAP Score: 37.3753 Motif 2 AAGAAAATTTAATTTAATCACTCTTTTT 5 1 0 ATTTTCAATCCTTTTTTTGCTATACTA 8 0 1 AATTTAGTGAATTTTTACCGCTCTTTTGGCTTATTTA 9 72 0 AAGTGCGGTTATTTTTCATTGTGTTTTATCTTGAAAA 1 113 0 TTTTCACCGCACTTTTTTTCGTTTTTTTCTCTCCAAG 9 146 1 AAGTGCGGTTAGTTTTTCCTTTGTTTTATCCCCCTCT 11 33 0 AAATAACGTTAATTTGCAAATTTTTTTTCATTAAAGG 4 18 0 TTTAGGACTCATTTTTAAGGCGATTTTATTGTTCATA 12 76 0 ATCGGCAGAAAATTTCTTGCCGATTTTTA 7 2 0 TTAAAGAATATTTTTGAAGTGTTTTTTCATAAATGTG 3 141 0 TCGTAAAACTATTTTAAATTTGTTTTTTTACTCTTAG 3 77 0 ATTCGTTCAGAATCTACCAAGTTTTTTGGGCAACCAA 6 62 1 AATTAACCACACTTTTTTATTTAATTTCTTTCGCGAA 5 41 1 TTATATTGAAACTCTTTTCATTTTTTTACATAGGATA 9 14 0 GATTTCCACCAATTTTTTACCGAATTTTCAATTCCAG 7 72 1 GGTGTTTGTTTCCTGTTGTTTTTATTTTGGGGA 9 224 0 TCGGTTTTTAATTTTATTATTTGGTTTCACTTGTTAT 4 63 0 TTTCGGTATTTCTTTACGCATTCATTTTTCAAGATAA 1 88 1 TATTTCGTTCCTGGTTTTGGTGTAAAA 13 0 1 AATCGCGGGTTTTCTGTATCTTGTTTTTGCTGCACTA 1 215 0 CCAAGTCTTTAATTTATCACCTTTCTTGCGAAAATTG 6 185 0 TCAAAAATATTCTTTAAAATGGCATTTATTTTTCATA 3 161 1 AATTTAAAATAGTTTTACGAGTTTTATTTCCAAAATG 3 94 1 ATTTAATCCGTTTTTAATCTGATTTCATCTATTTA 0 17 0 AAAGTATATTTGTCTGCCACGTTATTTCTAGACTATA 7 190 0 TATGCCTTTTTACGTTAATTTTTAAAAGTAT 7 220 0 * *** ** **** MAP Score: 29.3331 Motif 3 TAAAACACAATGAAAAATAACCGCACTTTA 1 122 1 CCTTATTATATGAAAAATAAATGCCATTTT 3 176 0 CTGGTTTTGGTGTAAAATAATGCTGATTAT 13 20 1 TTCTCTCCGCTGTAAAATAATCAGCATTAT 13 36 0 TGACCGCACTTTTAAAATAAAAAATCGGCA 7 32 0 ATAAATCACTTTAAAATTAATTTAATCCAC 3 256 0 ATTTCATCTATTTAAATTAAC 0 1 0 TAAATTTTCTTTTAAATTAACCACACTTTT 5 27 1 TGTTTTATCTTGAAAAATGAATGCGTAAAG 1 99 0 ACTCCTTTAATGAAAAAAAATTTGCAAATT 4 15 1 AAAAAAAATTTGCAAATTAACGTTATTTTA 4 27 1 GTATTTTTAATGAAAATTGATCTTTCGCGA 5 71 0 AATTATCCTATGTAAAAAAATGAAAAGAGT 9 11 1 AACAGGAATATTCAAAATAAGCCAATTTTC 9 121 1 TAAAATCGCCTTAAAAATGAGTCCTAAATA 12 85 1 ATAAATTTCGTGTAAACTAACCG 1 3 0 AATGATAAAAATAAGTCCGACATA 6 263 0 AAATATACTTTTAAAAATTAACGTAAAAAG 7 216 1 GTGCGGGTTATGAACAATAAAATCGCCTTA 12 68 1 AAACCAAATAATAAAATTAAAAACCGACGG 4 73 1 AAAAAGAGTGATTAAATTAAATTTTCTTTT 5 10 1 ATATTGTGTTTTTAAATTTATAAAAAAACC 1 265 0 CAATTCTAAGAGTAAAAAAACAAATTTAAA 3 72 1 GGTTAAATGATGAAAATATAAGCATATTAC 3 204 1 CGGCTAGTATAGCAAAAAAAGGATTGAAAA 8 11 0 CGCGAAAGAAATTAAATAAAAAAGTGTGGT 5 46 0 ********** MAP Score: 23.9884 Motif 4 ATTGACTAAGAAAATTTCTGAAAAATTTGTCACTTTC 1 31 1 TGAATGCGTAAAGAAATACCGAAATTTCCCGAGCTTG 1 75 0 AAACACAATGAAAAATAACCGCACTTTATCCGTAATC 1 124 1 AGTAAAAAAACAAATTTAAAATAGTTTTACGAGTTTT 3 82 1 TATTATATGAAAAATAAATGCCATTTTAAAGAATATT 3 166 0 TTATAAGTTGTAATATGCTTATATTTTCATCATTTAA 3 206 0 AAAAAATTTGCAAATTAACGTTATTTTAGCGACTATA 4 29 1 TGGTTAATTTAAAAGAAAATTTAATTTAATCACTCTT 5 13 0 AATTAAATAAAAAAGTGTGGTTAATTTAAAAGAAAAT 5 30 0 CAATTTTCATTAAAAATACTTGATTTTNCTAACGCTA 5 82 1 TTTCAAACGCAAGATTCTACTCAATTTTCGCAAGAAA 6 164 1 TTTTTATTTTAAAAGTGCGGTCATTTTTCGTTCGATT 7 39 1 TATACTTAAAAAAATTTCGGCTAGTATAGCAAAAAAA 8 21 0 TCCTATGTAAAAAAATGAAAAGAGTTTCAATATAATG 9 16 1 AAAGAGCGGTAAAAATTCACTAAATTTTTTAGGGGAA 9 83 1 CAGGAATATTCAAAATAAGCCAATTTTCACCGCACTT 9 123 1 AAACAAAGGAAAAACTAACCGCACTTTATCATCAAAA 11 44 1 ATAAAATTGCCGATAGTTTACCTTAATGA 12 2 1 **** * * * *** MAP Score: 19.2016 Motif 5 AAGTGCGGTTATTTTTCATTGTGTTTTATC 1 120 0 GAATAGCGGGTTTTTTTATAAATTTAAAAA 1 257 1 TTTAAATTTGTTTTTTTACTCTTAGAATTG 3 72 0 TTTTGAAGTGTTTTTTCATAAATGTGATCA 3 137 0 AATGGCATTTATTTTTCATATAATAAGGTT 3 178 1 ATGCTTATATTTTCATCATTTAACCTTATT 3 199 0 TTTGCAAATTTTTTTTCATTAAAGGAGTTT 4 13 0 CGGTTTTTAATTTTATTATTTGGTTTCACT 4 69 0 ATTAACCACACTTTTTTATTTAATTTCTTT 5 42 1 ACGAAGATGGATTTTTTGTTTATTTCGTTA 6 30 1 AAAATAACCATTCTTTCGCTCTATAAAATT 6 136 1 TCGGACTTATTTTTATCATT 6 267 1 TTTTCTGCCGATTTTTTATTTTAAAAGTGC 7 27 1 AAGTGCGGTCATTTTTCGTTCGATTTCCAC 7 51 1 TATGCCTTTTTACGTTAATTTTTAAA 7 225 0 TTTTCAATCCTTTTTTTGCTATACTAGCCG 8 11 1 ACTCTTTTCATTTTTTTACATAGGATAATT 9 11 0 TCACCGCACTTTTTTTCGTTTTTTTCTCTC 9 149 1 GTATGATTAATTTCTTCGTTAATTGATAAA 10 16 0 CGGTTAGTTTTTCCTTTGTTTTATCCCCCT 11 35 0 TATGGAAAATTTCCTTCATTAAGGTAAACT 12 24 0 TTTAAGGCGATTTTATTGTTCATAACCCGC 12 70 0 ********** MAP Score: 17.6584 Motif 6 TTTTAAAAGTGCGGTCATTTTTCGTTCGATTT 7 45 1 ATTTCTTTACGCATTCATTTTTCAAGATAAAA 1 95 1 CGGATAAAGTGCGGTTATTTTTCATTGTGTTT 1 124 0 CTTTAAAATGGCATTTATTTTTCATATAATAA 3 172 1 CAACTGAATAGCGGGTTTTTTTATAAATTTAA 1 252 1 ACGTTAATTTGCAAATTTTTTTTCATTAAAGG 4 18 0 ATTTTATTTAGGACTCATTTTTAAGGCGATTT 12 87 0 CCAATTTTCACCGCACTTTTTTTCGTTTTTTT 9 142 1 TTTAAATTAACCACACTTTTTTATTTAATTTC 5 37 1 CGTTCGATTTCCACCAATTTTTTACCGAATTT 7 67 1 CGAGTATGTCGGACTTATTTTTATCATT 6 259 1 GGGGGAGAAAACATACATTTTTGGCCTAAATT 3 23 0 GTTAGNAAAATCAAGTATTTTTAATGAAAATT 5 83 0 ATGATAAAGTGCGGTTAGTTTTTCCTTTGTTT 11 44 0 GCTATACTAGCCGAAATTTTTTTAAGTATAAC 8 28 1 ATGCCTTTTTACGTTAATTTTTAAAAGTATAT 7 218 0 AAACAGAAAGTGACAAATTTTTCAGAAATTTT 1 41 0 TAAAAATCGGCAAGAAATTTTCTGCCGATTT 7 9 1 *** ******* MAP Score: 16.4845 Motif 7 CTTAGTCAATAAATTTCGTGTAAACTAACC 1 11 0 TTCTGTTTGACAAGCTCGGGAAATTTCGGT 1 65 1 CAAGCTCGGGAAATTTCGGTATTTCTTTAC 1 75 1 GATTACGGATAAAGTGCGGTTATTTTTCAT 1 131 0 CTATTCAGTTGAATCGCGGGTTTTCTGTAT 1 233 0 CGATTCAACTGAATAGCGGGTTTTTTTATA 1 247 1 TTCAGATTTAAATGAGGGGTGTTAT 3 285 1 ATTAAATAAAAAAGTGTGGTTAATTTAAAA 5 36 0 GAAATAAACAAAAAATCCATCTTCGTATTG 6 26 0 TAAAAATCGGCAAGAAATTTT 7 1 1 TTTTAAAATAAAAAATCGGCAGAAAATTTC 7 23 0 TTTTATTTTAAAAGTGCGGTCATTTTTCGT 7 40 1 AATTCGGTAAAAAATTGGTGGAAATCGAAC 7 68 0 GCTGGAATTGAAAATTCGGTAAAAAATTGG 7 80 0 TATAGTCTAGAAATAACGTGGCAGACAAAT 7 190 1 ATACTTAAAAAAATTTCGGCTAGTATAGCA 8 27 0 AAATGAAATTCGGTTATACTTAAA 8 48 0 GTAAAAAAATGAAAAGAGTTTCAATATAAT 9 22 1 AAATAAGCCAAAAGAGCGGTAAAAATTCAC 9 73 1 TTCCCCTAAAAAATTTAGTGAATTTTTACC 9 90 0 AAAACGAAAAAAAGTGCGGTGAAAATTGGC 9 141 0 CATTGTAGCGAAATTTCGAGTCATTGGTAG 9 185 0 TCTCCGAGTAAAATTTAGGGTTCGTTTGTA 10 43 0 TTTTGATGATAAAGTGCGGTTAGTTTTTCC 11 51 0 ********** MAP Score: 4.00906 Motif 8 TTGACTAAGAAAATTTCTGAAAAATTTGTCACTT 1 32 1 TTACGCATTCATTTTTCAAGATAAAACACAATGA 1 101 1 TGTGTTTTTAAATTTATAAAAAAACCCGCTATTC 1 257 0 TGAGANAANGACTTTACACTATAAGGATAAGTT 2 22 1 TATGAGAATCAATTTAGGCCAAAAATGTATGTTT 3 13 1 CTCGAATCCTATTTTGGGGGAGAAAACATACATT 3 36 0 AAGTTGATCACATTTATGAAAAAACACTTCAAAA 3 133 1 ACACTTCAAAAATATTCTTTAAAATGGCATTTAT 3 156 1 ATTTAACCTTATTATATGAAAAATAAATGCCATT 3 178 0 GCGAAAGATCAATTTTCATTAAAAATACTTGATT 5 73 1 CTTGGGGTTGAATTTTGCATAAAATAACCATTCT 6 116 1 GATTCTACTCAATTTTCGCAAGAAAGGTGATAAA 6 176 1 ATTCTACATCACTTAGCTTAAAATCTTTACCTTT 6 222 0 TACTTTTAAAAATTAACGTAAAAAGGCATA 7 221 1 TACTTAAAAAAATTTCGGCTAGTATAGCAAAAAA 8 22 0 GAAGAACAGGAATATTCAAAATAAGCCAATTTTC 9 117 1 ACTAACCGCACTTTATCATCAAAACAAACACT 11 57 1 AATGAAGGAAATTTTCCATAAAAATATAGTGTTG 12 34 1 AATCAGCATTATTTTACACCAAAACCAGGAACGA 13 14 0 ***** * **** MAP Score: 1.31594