AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons031_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238558 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0050 74 conserved hypothetical transmembrane protein #1 HI0051 38 conserved hypothetical transmembrane protein #2 HI0052 26 conserved hypothetical protein #3 HI0053 109 zinc-type alcohol dehydrogenase #4 HI0144 45 glucose kinase, putative #5 HI0145_HI0146 349 HI0145: conserved hypothetical protein, HI0146: conserved hypothetical protein #6 HI1028 30 conserved hypothetical protein #7 HI1030 71 conserved hypothetical transmembrane protein #8 HI1031_HI1032 175 HI1031: conserved hypothetical protein, HI1032: transcriptional regulator, putative Motif 1 TCATAATCATATCATAGTTAAACATAACAAGTAATTTTAT 3 50 1 TTAAATGATGAAAATATAAGCATATTACAACTTATAAAAG 5 255 1 AAAACATAATCAATAAGGAGAAAGTT 2 2 1 AACAGACTTTCTTAACACAAGGAGACTTTT 6 0 1 TTCACAATATGAAATATTATCACAAGAAAATAGGATCT 8 8 1 AAACTACACAAAATAATAGTAACATTATAAGCTC 0 4 0 AATAGGATCTAGATCACAAAATCAGTAAAATTATTTTAAC 8 38 1 TGAGANAANGACTTTACACTATAAGGATAAGTT 4 22 1 TAACTATGATATGATTATGAAACATAAAAACTCTTTTTGG 3 30 0 ATATGTTTCCAGTAAAACGCCATAATATAAAACGAATCAC 7 15 1 ATTACGTTTCATAATTTACAAAAATAAGAAAGCTCAGTCA 8 116 0 AGGTACACCAAGAAATAACAATAAGAATAAACTACACAAA 0 32 0 CAATTCTAAGAGTAAAAAAACAAATTTAAAATAGTTTTAC 5 121 1 TTTAAAATTAATTTAATCCACACAAAACAATCTTTTATAA 5 286 0 TTAAAATGGCATTTATTTTTCATATAATAAGGTTAAATGA 5 223 1 GACTCCTTATATGCCATTGACAGAATAAAATTACTTGTTA 3 74 0 CCTCATTTAAATCTGAATAAATCACTTTAAAATTAATTTA 5 311 0 ATGAAACGTAATTTTACTATATAAAATTAAGAGAGGAAAA 8 144 1 AGCTCAGTCAATAAATGTAAAATAAATAAATTATTTATAA 8 86 0 AATTATTTATAAATCAATATGTTAAAATAATTTTACTGAT 8 58 0 * * * * ** * * ** MAP Score: 18.6103 Motif 2 AAAAATAGATATTTGGTATTCCAAAAA 3 0 1 TTGGTATTCCAAAAAGAGTTTTTATGTTTCATAATCA 3 22 1 TTTATGTTTCATAATCATATCATAGTTAAACATAACA 3 42 1 TTGACAGAATAAAATTACTTGTTATGTTTAACTATGA 3 61 0 ATTTTTGGCCTAAATTGATTCTCATATTACGGGGTTA 5 51 0 AATTTAGGCCAAAAATGTATGTTTTCTCCCCCAAAAT 5 72 1 AAACTATTTTAAATTTGTTTTTTTACTCTTAGAATTG 5 121 0 AAACAAATTTAAAATAGTTTTACGAGTTTTATTTCCA 5 138 1 ACATTTATGAAAAAACACTTCAAAAATATTCTTTAAA 5 191 1 AATATTCTTTAAAATGGCATTTATTTTTCATATAATA 5 215 1 ATTTTTCATATAATAAGGTTAAATGATGAAAATATAA 5 237 1 TTATAAGTTGTAATATGCTTATATTTTCATCATTTAA 5 255 0 ATTACAACTTATAAAAGATTGTTTTGTGTGGATTAAA 5 278 1 TTGTGTGGATTAAATTAATTTTAAAGTGATTTATTCA 5 301 1 CGCCATAATATAAAACGAATCACATTTGTGATAATCA 7 32 1 TCAATATGTTAAAATAATTTTACTGATTTTGTGATCT 8 48 0 TATTGATTTATAAATAATTTATTTATTTTACATTTAT 8 79 1 ***** * ** * * MAP Score: 16.6694 Motif 3 GAGCTTATAATGTTACTATTATTTTGTGTAGTT 0 1 1 TATGCCATTGACAGAATAAAATTACTTGTTATGTTTAACTAT 3 63 0 AAAAACAAATTTAAAATAGTTTTACGAGTTTTATTTCCAAAA 5 136 1 TTCTTTAAAATGGCATTTATTTTTCATATAATAAGGTTAAAT 5 219 1 AATGATGAAAATATAAGCATATTACAACTTATAAAAGATTGT 5 258 1 TTTTGTGTGGATTAAATTAATTTTAAAGTGATTTATTCAGAT 5 299 1 CATAATATAAAACGAATCACATTTGTGATAATCAATTGGAGG 7 35 1 TCCTATTTTCTTGTGATAATATTTCATATTGTGAA 8 3 0 AATCAATATGTTAAAATAATTTTACTGATTTTGTGATCTAGA 8 45 0 TTTATAAATAATTTATTTATTTTACATTTATTGACTGAGCTT 8 85 1 TTTTACATTTATTGACTGAGCTTTCTTATTTTTGTAAATTAT 8 104 1 TCTTAATTTTATATAGTAAAATTACGTTTCATAATTTACAAA 8 134 0 * * * * **** * * MAP Score: 14.7165 Motif 4 CAATAAATGTAAAATAAATAAATTATTTATAAATCAATATGTTAAA 8 72 0 AAATCACTTTAAAATTAATTTAATCCACACAAAACAATCTTTTATA 5 287 0 CCATAATATAAAACGAATCACATTTGTGATAATCAATTGGAGGTGT 7 34 1 CATAATTTACAAAAATAAGAAAGCTCAGTCAATAAATGTAAAATAA 8 101 0 TTTAGGCCAAAAATGTATGTTTTCTCCCCCAAAATAGGATTCGAGA 5 74 1 AATTAATTTTAAAGTGATTTATTCAGATTTAAATGAGGGGTGTTAT 5 313 1 GTAAATTATGAAACGTAATTTTACTATATAAAATTAAGAGAGGAAA 8 137 1 GAGCAATTCTAAGAGTAAAAAAACAAATTTAAAATAGTTTTACGAG 5 118 1 CCAAAATGAGAAGTTGATCACATTTATGAAAAAACACTTCAAAAAT 5 172 1 TCTAGATCACAAAATCAGTAAAATTATTTTAACATATTGATTTATA 8 45 1 CCAAGAAATAACAATAAGAATAAACTACACAAAATAATAGTAACAT 0 19 0 TGATGAAAATATAAGCATATTACAACTTATAAAAGATTGTTTTGTG 5 260 1 TTCACAATATGAAATATTATCACAAGAAAATAGGATCTAGAT 8 6 1 AAAAATAGATATTTGGTATTCCAAAAAGAGTTTTTATG 3 2 1 GCAATTTATAAAATTGAACATAGGGGATCTTATTAA 1 0 0 ACCTTATTATATGAAAAATAAATGCCATTTTAAAGAATATTTTTGA 5 210 0 *** * * * *** * MAP Score: 13.4533 Motif 5 TAAAACTCGTAAAACTATTTTAAATTTGTTT 5 138 0 AAATCACTTTAAAATTAATTTAATCCACACA 5 302 0 CAAAATCAGTAAAATTATTTTAACATATTGA 8 54 1 GTTAAACATAACAAGTAATTTTATTCTGTCA 3 66 1 GTAAATTATGAAACGTAATTTTACTATATAA 8 137 1 AAAACACTTCAAAAATATTCTTTAAAATGGC 5 202 1 ATGAAACATAAAAACTCTTTTTGGAATACCA 3 23 0 ATATTGATTTATAAATAATTTATTTATTTTA 8 78 1 TAAGAGTAAAAAAACAAATTTAAAATAGTTT 5 127 1 TTATAATGTTACTATTATTTTGTGTAGTTTA 0 14 1 ATTGCTCTCGAATCCTATTTTGGGGGAGAAA 5 94 0 ATCCACACAAAACAATCTTTTATAAGTTGTA 5 280 0 **** ****** MAP Score: 12.5219 Motif 6 GATCCCCTATGTTCAATTTTATAAATTGCTC 1 17 1 TAAACATAACAAGTAATTTTATTCTGTCAAT 3 68 1 CGTAATATGAGAATCAATTTAGGCCAAAAAT 5 57 1 TAGGATTCGAGAGCAATTCTAAGAGTAAAAA 5 108 1 AAGAGTAAAAAAACAAATTTAAAATAGTTTT 5 128 1 AACAAATTTAAAATAGTTTTACGAGTTTTAT 5 139 1 ATGAGAAGTTGATCACATTTATGAAAAAACA 5 177 1 TGAAAAATAAATGCCATTTTAAAGAATATTT 5 214 0 GTGTGGATTAAATTAATTTTAAAGTGATTTA 5 303 1 AAAGTGATTTATTCAGATTTAAATGAGGGGT 5 323 1 TCACAAATGTGATTCGTTTTATATTATGGCG 7 32 0 CAATATGTTAAAATAATTTTACTGATTTTGT 8 53 0 AAATTATGAAACGTAATTTTACTATATAAAA 8 139 1 ** ******** MAP Score: 9.67884 Motif 7 GAGCTTATAATGTTACTATTATTTTGTGTAGTTTATTCTT 0 5 1 TTTTGTGTAGTTTATTCTTATTGTTATTTCTTGGTGTACCTGTAG 0 31 1 ATCATAGTTAAACATAACAAGTAATTTTATTCTGTCAATGGCATA 3 60 1 ATTTTTGGCCTAAATTGATTCTCATATTACGGGGTTAATCTATGC 5 43 0 CGTAAAACTATTTTAAATTTGTTTTTTTACTCTTAGAATTGCTCT 5 117 0 AATTTAAAATAGTTTTACGAGTTTTATTTCCAAAATGAGAAGTTG 5 143 1 TTTTAAAGAATATTTTTGAAGTGTTTTTTCATAAATGTGATCAAC 5 184 0 AAATATTCTTTAAAATGGCATTTATTTTTCATATAATAAGGTTAA 5 214 1 TGTAATATGCTTATATTTTCATCATTTAACCTTATTATATGAAAA 5 239 0 TGGATTAAATTAATTTTAAAGTGATTTATTCAGATTTAAATGAGG 5 306 1 TTATCACAAATGTGATTCGTTTTATATTATGGCGTTTTACTGGAA 7 21 0 CTAGATCCTATTTTCTTGTGATAATATTTCATATTGTGAA 8 5 0 AATATGTTAAAATAATTTTACTGATTTTGTGATCTAGATCCTATT 8 38 0 TTTAACATATTGATTTATAAATAATTTATTTATTTTACATTTATT 8 72 1 ATTTTTGTAAATTATGAAACGTAATTTTACTATATAAAATTAAGA 8 131 1 * * * ***** * * MAP Score: 4.76806