AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HI/HI_sum_all089_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245028
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HI1058	215	H. influenzae predicted coding region HI1058

Motif 1
GTATTAAAACACAGCCTTTGTTAAACCAAAT	0	17	0
GGCTGTGTTTTAATACTGTGTTAATGCTTTC	0	32	1
ACAGAAGTCAAAAAATTTTGTTTATGTGCAT	0	74	0
GCACAGGTTTAATTACTCTCTTAACCAGTTT	0	115	0
AGAGAGTAATTAAACCTGTGCGGTCGATAAA	0	125	1
AAATATACCTAAACACTCTGCTATTCCTTTG	0	153	1
AACACTCTGCTATTCCTTTGTAATAGCACAT	0	164	1
          *** *******
MAP Score: 4.21175

Motif 2
AAAACACAGCCTTTGTTAAACCAAATTAGC	0	13	0
TTAACAAAGGCTGTGTTTTAATACTGTGTT	0	24	1
TGTTTTAATACTGTGTTAATGCTTTCACTA	0	37	1
AGTCAAAAAATTTTGTTTATGTGCATCAAA	0	70	0
TCTGCTATTCCTTTGTAATAGCACATTAAA	0	169	1
CCTCATAAGTCATTATTTTAATGTGCTATT	0	185	0
          **********
MAP Score: 3.91281

Motif 3
TATTAAAACACAGCCTTTGTTAAACCAAATTA	0	15	0
GCTGTGTTTTAATACTGTGTTAATGCTTTCAC	0	33	1
GAGAGTAATTAAACCTGTGCGGTCGATAAATA	0	126	1
AATATACCTAAACACTCTGCTATTCCTTTGTA	0	154	1
          ** *** *****
MAP Score: 0.328295