AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_fusions001_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245059 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0025 300 outer membrane protein (omp2) #1 HP0078 300 H. pylori predicted coding region HP0078 #2 HP0227 248 outer membrane protein (omp5) #3 HP0252 300 outer membrane protein (omp7) #4 HP0477 117 outer membrane protein (omp12) #5 HP0921 143 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gap) #6 HP0922 80 toxin-like outer membrane protein #7 HP0923 51 outer membrane protein (omp22) #8 HP1342 190 outer membrane protein (omp29) Motif 1 TAAGAATTTCTTTTTTTATTGCATTCTTTTATTG 1 250 0 AAAACCTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGGGCAAAAA 0 141 1 ATTTTGTTTTTTTTTTTTTTGTAAAAATTGGGAA 8 67 0 AAAATTGTTTTTTTTTTTTTTCAAAATATAAATT 2 117 1 AAAATGCTTATTTTTGGCTTAAAATTTATATTTT 2 139 0 TAAAATGACCTTTATTGGTTTAATATTTGTTTAG 0 97 1 ACTTGGATTGTTTTTTGGTTTGTTGCAAAAAGGA 0 14 0 TTTTAAGCCATTTTTGAATACAATAAGAGTATTT 4 29 0 ATTGAGATTATTTTTGATTAGGATCAACC 4 98 1 AAAAAGTGAATTTTTTGTTAAGAATGGGTTAAAT 1 94 0 TAAAATTCCATTTATTGCTTATAATATGAAGTTT 8 129 1 GTTTTCTCCTTTTATTACTTGAAATAAGATTGAA 0 276 0 AATAAATCGTTTTATTTTTTAAAAATGTATTTAT 1 63 0 TTTGCGAATCTTTTTGAGTTTGTTTAACATCAAA 6 15 1 AAAAAAAAGGTTTTTGTGTTATTTCTAAACAAAT 0 121 0 ATGGTTTCACTTTTTTCTATTAAAATTAGTGTAT 4 63 1 AAATATCCTTTTTGCTTTGATAAGTGATTTTA 3 278 0 AAAATTCACTTTTTTGTGATATAACTCCAAAGCT 1 114 1 GTTTTCTCCTTTTAATAGATTTTTC 8 175 0 GTTTTCTCCTTTTAATAGATTTTTC 2 233 0 TCAAACCCGTTTTCTTGCTAGTATTACCCATAAT 3 13 0 ATTGCATTCTTTTATTGCATTCATGCTATGGCGC 1 233 0 TAATATGAAGTTTCTTTGTATCAAAGAAAAATCT 8 150 1 ATTTTAAGTATTTTTTACAATAAAATATTTAAGA 2 88 0 GTTTTACTCCTTGAATTCAACTCAAT 5 2 1 AATTAGAAAGTTTCTTTTATGGATTAAGTAAAAT 3 250 1 TAAATGGAATTTTATGGCTAATTTTAGCTCTAAA 8 109 0 TAAAAAAGGGTTTTTAACTTGGATTGTTTTTTGG 0 30 0 ****** ** ** MAP Score: 32.792 Motif 2 TGCCCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAGGTTTTTGTG 0 137 0 AAAAGAATGCAATAAAAAAAGAAATTCTTAGGAT 1 254 1 CAATTTTTACAAAAAAAAAAAAAACAAAATCTCT 8 71 1 TTATATTTTGAAAAAAAAAAAAAACAATTTTAAG 2 114 0 TATTTCAAGTAATAAAAGGAGAAAAC 0 284 1 TAAGCGTTTCAAAAAAGCATCAAATTGACATCTT 3 189 0 TCCTTTTTGCAACAAACCAAAAAACAATCCAAGT 0 14 1 TTTGATGTTAAACAAACTCAAAAAGATTCGCAAA 6 15 0 TTTTATTGTAAAAAATACTTAAAATTGTTTTTTT 2 97 1 ATTTTTTGTTAAGAATGGGTTAAATAAATCGTTT 1 85 0 TGTATCAAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 8 166 1 GAATGTGAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 2 224 1 TATTGTATTCAAAAATGGCTTAAAAATGGTTTCA 4 38 1 TATTTTTTACAATAAAATATTTAAGAAAGCTTAA 2 80 0 TAATCCATAAAAGAAACTTTCTAATTTTAAGATA 3 242 0 TTGATCCATAAAGAAAGAGAATAAGCGTAATAAT 3 43 1 TAATTTTAATAGAAAAAAGTGAAACCATTTTTAA 4 57 0 TGGGATTGTTAAAAATAGGTTTAATGATACCA 7 8 0 ATATTTGTTTAGAAATAACACAAAAACCTTTTTT 0 119 1 CTAAACAAATATTAAACCAATAAAGGTCATTTTA 0 97 0 GCGCCATAGCATGAATGCAATAAAAGAATGCAAT 1 233 1 ATTCAACTCAATAAATAATTTTAATTAACCCTAC 5 24 1 ** **** * *** MAP Score: 29.5238 Motif 3 TAGAAATAACACAAAAACCTTTTTTTTTTTTTTTGA 0 128 1 CATTCTTAACAAAAAATTCACTTTTTTGTGATATAA 1 102 1 AAAATTAGCCATAAAATTCCATTTATTGCTTATAAT 8 118 1 TTCAAACCGGATAAAATTCCTTTTCTTAGCGTTAAG 2 49 1 TACTTAATCCATAAAAGAAACTTTCTAATTTTAAGA 3 244 0 TTTGAAAAAAAAAAAAAACAATTTTAAGTATTTTTT 2 106 0 AGGGGTAGTGATAAAAAAGGGTTTTTAACTTGGATT 0 39 0 AACCTTAAAAATAAAATACTCTTATTGTATTCAAAA 4 16 1 TTTTAAGCCAAAAATAAGCATTTTATGGTAAAATGG 2 149 1 CTCATTTCTTTTAAAATGACCTTTATTGGTTTAATA 0 86 1 TTTATTGCTTATAATATGAAGTTTCTTTGTATCAAA 8 139 1 TTTGTATCAAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 8 164 1 GGGAATGTGAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 2 222 1 AGAATGGGTTAAATAAATCGTTTTATTTTTTAAAAA 1 72 0 GTTTTATTTTTTAAAAATGTATTTATATATACAAAG 1 53 0 ATTGGGATTGTTAAAAATAGGTTTAATGATACCA 7 8 0 TACAAAGAATTTAAAATTATATTTAACTAGATTTTA 1 24 0 AGAATGCAATAAAAAAAGAAATTCTTAGGATTTCTC 1 257 1 AGTATTTTTTACAATAAAATATTTAAGAAAGCTTAA 2 80 0 TTTTTTTTTCAAAATATAAATTTTAAGCCAAAAATA 2 129 1 ACAAAAAAAAAAAAAACAAAATCTCTAAAATTTAGA 8 79 1 CTTATTGTATTCAAAAATGGCTTAAAAATGGTTTCA 4 36 1 TTCTTTATGGATCAAACCCGTTTTCTTGCTAGTATT 3 22 0 ATTAAATCCCACATTATACAATTTGATGTTAAACAA 6 34 0 GCCAAAGATTTAAAAACCAACTTCAAACCGGATAAA 2 28 1 * **** * *** * MAP Score: 28.5354 Motif 4 AATACTTAAAATTGTTTTTTTTTTTTTTCAAAATATAAATTTTAA 2 110 1 CAAAATCCCCATTTTTCCCAATTTTTACAAAAAAAAAAAAAACAA 8 53 1 ATAACACAAAAACCTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGGGCAAAAACGC 0 133 1 TTTTAAGCCAAAAATAAGCATTTTATGGTAAAATGGCGAACTTTC 2 149 1 TAGAATGGCTTGATTATAGCCAAAGATTTAAAAACC 2 1 1 CCTTAAAAATAAAATACTCTTATTGTATTCAAAAATGGCTTAAAA 4 18 1 AAATTAAGCGAGCATTATAACATTTTGCTTAAAAGATGTCAATTT 3 157 1 ACAAATATTGAGCTTTGGAGTTATATCACAAAAAAGTGAATTTTT 1 113 0 GCGTTAAGCTTTCTTAAATATTTTATTGTAAAAAATACTTAAAAT 2 77 1 ATGACCTTTATTGGTTTAATATTTGTTTAGAAATAACACAAAAAC 0 101 1 TTAACTTGGATTGTTTTTTGGTTTGTTGCAAAAAGGATTTC 0 6 0 ATTCTTTGTATATATAAATACATTTTTAAAAAATAAAACGATTTA 1 50 1 ATAAAACGATTTATTTAACCCATTCTTAACAAAAAATTCACTTTT 1 82 1 CGCAAGAGCTTCCATAAAATCTAGTTAAATATAATTTTAAA 1 6 1 CTATTATGGGAATGTCATGGGAATGTGAAGAAAAATCTATTAAAA 2 204 1 ACCCCTATTCAAACAACCTCATTTCTTTTAAAATGACCTTTATTG 0 69 1 ATTAAATCCCACATTATACAATTTGATGTTAAACAAACTCAAAAA 6 25 0 TGGCTTAAAAATGGTTTCACTTTTTTCTATTAAAATTAGTGTATG 4 53 1 ATTTACTAACAATTTCAATCTTATTTCAAGTAATAAAAGGAGAAA 0 263 1 * * *** * *** * MAP Score: 23.8465 Motif 5 AGCTTCCATAAAATCTAGTTAAATATAATTTTA 1 16 1 TATTTTTTAAAAATGTATTTATATATACAAAGA 1 52 0 CTGTAGAAGCGAATGTATTCAAGGACAACTCTC 1 174 1 GCCATAGCATGAATGCAATAAAAGAATGCAATA 1 235 1 TGCAATAAAAGAATGCAATAAAAAAAGAAATTC 1 248 1 TAACGCTAAGAAAAGGAATTTTATCCGGTTTGA 2 50 0 TTTTATTGTAAAAAATACTTAAAATTGTTTTTT 2 97 1 ATGTGAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 2 226 1 CTAACACCCCAAATAAAATTAAGCGAGCATTAT 3 142 1 AAGCGTTTCAAAAAAGCATCAAATTGACATCTT 3 189 0 AGCCATTTTTGAATACAATAAGAGTATTTTATT 4 25 0 TTGTATTCAAAAATGGCTTAAAAATGGTTTCAC 4 40 1 AATTTTAATAGAAAAAAGTGAAACCATTTTTAA 4 57 0 TAATAGCGCAAAATGTAGTAAAATACCAAACAA 5 72 1 TGAAGTCTGAAAATAGGATAATAGTTACG 5 124 1 TATAAGCAATAAATGGAATTTTATGGCTAATTT 8 119 0 TATCAAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 8 168 1 ***** * * *** MAP Score: 8.17756 Motif 6 AAACCAAAAAACAATCCAAGTTAAAAACCCTTTTT 0 27 1 CTTTTTTATCACTACCCCTATTCAAACAACCTCAT 0 56 1 CCCTATTCAAACAACCTCATTTCTTTTAAAATGAC 0 71 1 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ATTATGGGTAATACTAGCAAGAAAACGGGTTTGATCCATAAAG 3 13 1 TTTGAAACGCTTAATAGCAAATTAAGAATGATTATCTTAAAAT 3 210 1 ACTCTTATTGTATTCAAAAATGGCTTAAAAATGGTTTCACTTT 4 33 1 GTTTTACTCCTTGAATTCAACTCAATAAATAATTTTAATTAAC 5 10 1 TGTAGTAAAATACCAAACAAAACCCCCTAAAATTGAAATTGAA 5 85 1 TAATGTGGGATTTAATAAAAACGATTGGAGTTTTAA 6 54 1 ATTAAACCTATTTTTAACAATCCCAATTCATAGCAGGATCACC 7 17 1 TACAAAAAAAAAAAAAACAAAATCTCTAAAATTTAGAGCTAAA 8 78 1 AAACTTCATATTATAAGCAATAAATGGAATTTTATGGCTAATT 8 120 0 ATGAAGTTTCTTTGTATCAAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAA 8 154 1 ** * *** * *** MAP Score: 4.98749 Motif 8 TTATTTCAAGTAATAAAAGGAGAAAAC 0 283 1 ATAAATACATTTTTAAAAAATAAAACGATTTATTT 1 63 1 AAATTTATATTTTGAAAAAAAAAAAAAACAATTTT 2 117 0 AAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 2 231 1 AGAATGATTATCTTAAAATTAGAAAGTTTCTTTTA 3 234 1 CACTTTTTTCTATTAAAATTAGTGTATGATTGAGA 4 70 1 TTCCCAATTTTTACAAAAAAAAAAAAAACAAAATC 8 67 1 AAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 8 173 1 * **** ***** MAP Score: 3.27799 Motif 9 TTATTGGTTTAATATTTGTTTAGAAATAACACAAAAACCTTTTTTT 0 108 1 CACACTTCCGCAAGATTTACTAACAATTTCAATCTTATTTCAAGTA 0 249 1 TTGTATATATAAATACATTTTTAAAAAATAAAACGATTTATTTAAC 1 55 1 AATGCAATAAAAGAATGCAATAAAAAAAGAAATTCTTAGGATTTCT 1 246 1 GCTTGATTATAGCCAAAGATTTAAAAACCAACTTCAAACCGGATAA 2 17 1 AGCTTTCTTAAATATTTTATTGTAAAAAATACTTAAAATTGTTTTT 2 83 1 TTTTTTTTTCAAAATATAAATTTTAAGCCAAAAATAAGCATTTTAT 2 129 1 TGGGAATGTGAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 2 221 1 AAAAGCATCAAATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATGCTCG 3 165 0 GCAAATTAAGAATGATTATCTTAAAATTAGAAAGTTTCTTTTATGG 3 226 1 AAAATGGTTTCACTTTTTTCTATTAAAATTAGTGTATGATTGAGAT 4 60 1 CTAAAATTGAAATTGAAGTCTGAAAATAGGATAATAGTTACG 5 111 1 GGTATCATTAAACCTATTTTTAACAATCCCAATTCATAGCAGGATC 7 11 1 AAAAAAAAAAAAACAAAATCTCTAAAATTTAGAGCTAAAATTAGCC 8 82 1 CTTTGTATCAAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 8 163 1 ** * * * ** * * * MAP Score: 2.7278 Motif 10 ATCAAAATCCCATGAATTTATACTATATTA 0 187 1 GTAAGAGCGAATTGTATTCTGTAGAAGCGA 1 156 1 TGTAGAAGCGAATGTATTCAAGGACAACTC 1 175 1 GCATTCTTTTATTGCATTCATGCTATGGCG 1 234 0 TTCTTTTTTTATTGCATTCTTTTATTGCAT 1 247 0 AAATACTCTTATTGTATTCAAAAATGGCTT 4 29 1 GTTTTACTCCTTGAATTCAACTCAATAAA 5 9 1 ********** MAP Score: 2.48325