AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_fusions001_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245094 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0025 300 outer membrane protein (omp2) #1 HP0078 300 H. pylori predicted coding region HP0078 #2 HP0227 248 outer membrane protein (omp5) #3 HP0252 300 outer membrane protein (omp7) #4 HP0477 117 outer membrane protein (omp12) #5 HP0921 143 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gap) #6 HP0922 80 toxin-like outer membrane protein #7 HP0923 51 outer membrane protein (omp22) #8 HP1339 262 biopolymer transport protein (exbB) #9 HP1342 190 outer membrane protein (omp29) Motif 1 TAGAAATAACACAAAAACCTTTTTTTTTTTTTTTGA 0 128 1 CATTCTTAACAAAAAATTCACTTTTTTGTGATATAA 1 102 1 TTCAAACCGGATAAAATTCCTTTTCTTAGCGTTAAG 2 49 1 TTGAGAAAAATCCTTTTTTGGCATGAGTT 8 3 1 AAAATTAGCCATAAAATTCCATTTATTGCTTATAAT 9 118 1 TACTTAATCCATAAAAGAAACTTTCTAATTTTAAGA 3 244 0 TTTGAAAAAAAAAAAAAACAATTTTAAGTATTTTTT 2 106 0 TTTTAAGCCAAAAATAAGCATTTTATGGTAAAATGG 2 149 1 ACAATCCAAGTTAAAAACCCTTTTTTATCACTACCC 0 37 1 TTTATTGCTTATAATATGAAGTTTCTTTGTATCAAA 9 139 1 AGAATGGGTTAAATAAATCGTTTTATTTTTTAAAAA 1 72 0 AACCTTAAAAATAAAATACTCTTATTGTATTCAAAA 4 16 1 CTCATTTCTTTTAAAATGACCTTTATTGGTTTAATA 0 86 1 TTCTTTGTATATATAAATACATTTTTAAAAAATAAA 1 51 1 AGTATTTTTTACAATAAAATATTTAAGAAAGCTTAA 2 80 0 TTTTTTTTTCAAAATATAAATTTTAAGCCAAAAATA 2 129 1 TTCTTTATGGATCAAACCCGTTTTCTTGCTAGTATT 3 22 0 GGGAATGTGAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 2 222 1 TTTGTATCAAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 9 164 1 TACAAAGAATTTAAAATTATATTTAACTAGATTTTA 1 24 0 ATTGGGATTGTTAAAAATAGGTTTAATGATACCA 7 8 0 AGAATGCAATAAAAAAAGAAATTCTTAGGATTTCTC 1 257 1 ACAAAAAAAAAAAAAACAAAATCTCTAAAATTTAGA 9 79 1 ATTAAATCCCACATTATACAATTTGATGTTAAACAA 6 34 0 * **** * *** * MAP Score: 33.9864 Motif 2 TAAAATTCCATTTATTGCTTATAATATGAAGTTT 9 129 1 AAAACCTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGGGCAAAAA 0 141 1 AAAATTGTTTTTTTTTTTTTTCAAAATATAAATT 2 117 1 ATTTTGTTTTTTTTTTTTTTGTAAAAATTGGGAA 9 67 0 AATAAATCGTTTTATTTTTTAAAAATGTATTTAT 1 63 0 GGAATGTTGGTTTGTTGATTATATTGTTTTAATA 8 177 0 AAAAAGTGAATTTTTTGTTAAGAATGGGTTAAAT 1 94 0 TAAAATGACCTTTATTGGTTTAATATTTGTTTAG 0 97 1 ATAAAATACTCTTATTGTATTCAAAAATGGCTTA 4 26 1 AAATATCCTTTTTGCTTTGATAAGTGATTTT 3 279 0 TTAATAGATTTTTCTTTGATACAAAGAAACTTCA 9 155 0 ATTGCATTCTTTTATTGCATTCATGCTATGGCGC 1 233 0 TCTTAAATATTTTATTGTAAAAAATACTTAAAAT 2 88 1 TAAGAATTTCTTTTTTTATTGCATTCTTTTATTG 1 250 0 TCAAACCCGTTTTCTTGCTAGTATTACCCATAAT 3 13 0 GAAATCCTTTTTGCAACAAACCAAAAAACA 0 6 1 AATGGTTTCACTTTTTTCTATTAAAATTAGTGTA 4 62 1 AAAATGCTTATTTTTGGCTTAAAATTTATATTTT 2 139 0 AATTAGAAAGTTTCTTTTATGGATTAAGTAAAAT 3 250 1 CAATTTCAATCTTATTTCAAGTAATAAAAGGAGA 0 272 1 GTTTTACTCCTTGAATTCAACTCAATAAAT 5 6 1 TTCAAACAACCTCATTTCTTTTAAAATGACCTTT 0 76 1 TAATTTTAAATTCTTTGTATATATAAATACATTT 1 41 1 AAAATTCACTTTTTTGTGATATAACTCCAAAGCT 1 114 1 *** *** ** ** MAP Score: 31.9748 Motif 3 TAAGCCAAAAATAAGCATTTTATGGTAAAATGGCGAAC 2 152 1 ACAAAAACCTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGGGCAAAAAC 0 138 1 GAGATTTTGTTTTTTTTTTTTTTGTAAAAATTGGGAAA 9 66 0 CTTAAAATTGTTTTTTTTTTTTTTCAAAATATAAATTT 2 114 1 TTAAGCTTTCTTAAATATTTTATTGTAAAAAATACTTA 2 80 1 CTTTTAATAGATTTTTCTTTGATACAAAGAAACTTCAT 9 154 0 GTATAAATTCATGGGATTTTGATATTAATTAGGCGTTT 0 172 0 TATCACAAAAAAGTGAATTTTTTGTTAAGAATGGGTTA 1 97 0 CCTTTATTGGTTTAATATTTGTTTAGAAATAACACAAA 0 105 1 CTTGGATTGTTTTTTGGTTTGTTGCAAAAAGGATTTC 0 9 0 TTTTTTCAAAATATAAATTTTAAGCCAAAAATAAGCAT 2 132 1 CTTTATCATTTTGGAGCATTTATGCGAACGAATGCTTC 8 210 1 TAAAAATGGTTTCACTTTTTTCTATTAAAATTAGTGTA 4 58 1 TGTATTATAATTGTTCATTTTAAATTAATTCAATCATA 8 61 0 TAAAAGAAACTTTCTAATTTTAAGATAATCATTCTTAA 3 231 0 AATCCCACATTATACAATTTGATGTTAAACAAACTCAA 6 28 0 ACTCATGCCAAAAAAGGATTTTTCTCAA 8 0 0 GCCGGGTCAAAATCCCCATTTTTCCCAATTTTTACAAA 9 46 1 AGCGAGCATTATAACATTTTGCTTAAAAGATGTCAATT 3 163 1 TTGTATATATAAATACATTTTTAAAAAATAAAACGATT 1 55 1 TAAACCAATAAAGGTCATTTTAAAAGAAATGAGGTTGT 0 81 0 TGGTATCATTAAACCTATTTTTAACAATCCCAATTCA 7 9 1 AAGATAATCATTCTTAATTTGCTATTAAGCGTTTCAAA 3 210 0 ATTCAACTCAATAAATAATTTTAATTAACCCTACAGCT 5 24 1 TTTTGCTTTGATAAGTGATTTTACTTAATCCATAAAAG 3 263 0 AAATTGTATAATGTGGGATTTAATAAAAACGATTGGAG 6 46 1 TCATAAGAGCGTTTGGATTTGATTGTAATTATTAGCTT 8 119 1 TGATAAAGGAATGTTGGTTTGTTGATTATATTGTTTTA 8 180 0 ATAAGCAATAAATGGAATTTTATGGCTAATTTTAGCTC 9 113 0 CCAAGTTAAAAACCCTTTTTTATCACTACCCCTATTCA 0 42 1 TGAATACAATAAGAGTATTTTATTTTTAAGGTTAGAAC 4 11 0 ACTAGCAAGAAAACGGGTTTGATCCATAAAGAAAGAGA 3 25 1 GAAACCATTTTTAAGCCATTTTTGAATACAATAAGAGT 4 33 0 AAATTATATTTAACTAGATTTTATGGAAGCTCTTGCG 1 9 0 ** ****** ** MAP Score: 24.8096 Motif 4 ATTTTATTGTAAAAAATACTTAAAATTGTTTTTTT 2 96 1 GAATGTGAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 2 224 1 TGTATCAAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 9 166 1 TATTGTATTCAAAAATGGCTTAAAAATGGTTTCAC 4 38 1 ATTTATATATACAAAGAATTTAAAATTATATTTAA 1 34 0 TATAATAGCGCAAAATGTAGTAAAATACCAAACAA 5 70 1 AAATACCAAACAAAACCCCCTAAAATTGAAATTGA 5 92 1 AAAAAAAAAAACAAAATCTCTAAAATTTAGAGCTA 9 84 1 TTGCCCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAGGTTTTTGTG 0 137 0 TTTTTTTTGTAAAAATTGGGAAAAATGGGGATTTT 9 54 0 CCCAATTTTTACAAAAAAAAAAAAAACAAAATCTC 9 69 1 TTGATTATAGCCAAAGATTTAAAAACCAACTTCAA 2 19 1 ATTTGATGTTAAACAAACTCAAAAAGATTCGCAAA 6 15 0 AATGCAATAAAAGAATGCAATAAAAAAAGAAATTC 1 246 1 ATCCTTTTTGCAACAAACCAAAAAACAATCCAAGT 0 13 1 TTAAGCGTTTCAAAAAAGCATCAAATTGACATCTT 3 189 0 AAAACCAACTTCAAACCGGATAAAATTCCTTTTCT 2 40 1 ATATTTTGAAAAAAAAAAAAAACAATTTTAAGTAT 2 111 0 GTATATATAAATACATTTTTAAAAAATAAAACGAT 1 57 1 ***** ***** MAP Score: 24.6654 Motif 5 AACAACCTCATTTCTTTTAAAATGACCTTTAT 0 80 1 GTTTCACTTTTTTCTATTAAAATTAGTGTATG 4 66 1 ATTAAGAATGATTATCTTAAAATTAGAAAGTT 3 230 1 TAAATCGTTTTATTTTTTAAAAATGTATTTAT 1 63 0 AAATAAGCATTTTATGGTAAAATGGCGAACTT 2 160 1 TCTTAAATATTTTATTGTAAAAAATACTTAAA 2 88 1 TGTTTTTTTTTTTTTTGTAAAAATTGGGAAAA 9 65 0 ATTGTTTTTTTTTTTTTTCAAAATATAAATTT 2 120 1 AATGCTTATTTTTGGCTTAAAATTTATATTTT 2 139 0 CATTATAACATTTTGCTTAAAAGATGTCAATT 3 169 1 ACCTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGGGCAAAAAC 0 144 1 TGTGAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 2 227 1 ATCAAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 9 169 1 AAATACTCTTATTGTATTCAAAAATGGCTTAA 4 29 1 AAAAGTGAATTTTTTGTTAAGAATGGGTTAAA 1 95 0 ACTCCAATCGTTTTTATTAAATCCCACATTAT 6 53 0 TATTGACTTGTTATTATTAAAACAATATAATC 8 163 1 AATAGCGCAAAATGTAGTAAAATACCAAACAA 5 73 1 TGTATTCAAAAATGGCTTAAAAATGGTTTCAC 4 41 1 TGTTTTTTGGTTTGTTGCAAAAAGGATTTC 0 8 0 TGGTTTAATATTTGTTTAGAAATAACACAAAA 0 112 1 AAAATGTATTTATATATACAAAGAATTTAAAA 1 44 0 TTAAATCCAGTTTGTATTATAATTGTTCATTT 8 79 0 *** * ****** MAP Score: 23.6898 Motif 6 GAAATCCTTTTTGCAACAAACCAAAAAACAATCCAAGT 0 8 1 TGGTTTAATATTTGTTTAGAAATAACACAAAAACCTTTTT 0 112 1 TAGGCGTTTTTGCCCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAGGTTTT 0 141 0 AAGACACACTTCCGCAAGATTTACTAACAATTTCAATCTT 0 245 1 ACAATTTCAATCTTATTTCAAGTAATAAAAGGAGAAAAC 0 271 1 TATATATAAATACATTTTTAAAAAATAAAACGATTTATTT 1 58 1 CGATTTATTTAACCCATTCTTAACAAAAAATTCACTTTTT 1 88 1 TATTGAGCTTTGGAGTTATATCACAAAAAAGTGAATTTTT 1 113 0 CTTTTATTGCATTCATGCTATGGCGCAAAAATATAGGGAG 1 219 0 GCATGAATGCAATAAAAGAATGCAATAAAAAAAGAAATTC 1 241 1 AAACAATTTTAAGTATTTTTTACAATAAAATATTTAAGAA 2 87 0 AATTTATATTTTGAAAAAAAAAAAAAACAATTTTAAGTAT 2 111 0 TACCATAAAATGCTTATTTTTGGCTTAAAATTTATATTTT 2 139 0 TTTATGAAAGTTCGCCATTTTACCATAAAATGCTTATTTT 2 159 0 CATGGGAATGTGAAGAAAAATCTATTAAAAGGAGAAAAC 2 219 1 TAAGCGAGCATTATAACATTTTGCTTAAAAGATGTCAATT 3 161 1 TTGATAAGTGATTTTACTTAATCCATAAAAGAAACTTTCT 3 254 0 TGTTCTAACCTTAAAAATAAAATACTCTTATT 4 2 1 ACTCTTATTGTATTCAAAAATGGCTTAAAAATGGTTTCAC 4 33 1 TAAAAATGGTTTCACTTTTTTCTATTAAAATTAGTGTATG 4 58 1 TACAGCTAGGTCCAATATAATAGCGCAAAATGTAGTAAAA 5 55 1 TAGCGCAAAATGTAGTAAAATACCAAACAAAACCCCCTAA 5 75 1 CCCCCTAAAATTGAAATTGAAGTCTGAAAATAGGATAATA 5 107 1 TCAAATTGTATAATGTGGGATTTAATAAAAACGATTGGAG 6 44 1 AGCGGCTTTTAACGAACTCATGCCAAAAAAGGATTTTTCT 8 13 0 TTAATCATTATTGACTTGTTATTATTAAAACAATATAATC 8 155 1 ATCCCCATTTTTCCCAATTTTTACAAAAAAAAAAAAAACA 9 57 1 TAAAATTTAGAGCTAAAATTAGCCATAAAATTCCATTTAT 9 104 1 TAATATGAAGTTTCTTTGTATCAAAGAAAAATCTATTAAA 9 150 1 * * ** ** **** MAP Score: 15.8876 Motif 7 CACAAAAACCTTTTTTTTTTTTTTTGAAAG 0 137 1 CTTAAAATTGTTTTTTTTTTTTTTCAAAAT 2 114 1 AGAGATTTTGTTTTTTTTTTTTTTGTAAAA 9 75 0 AAATAAATCGTTTTATTTTTTAAAAATGTA 1 68 0 AATAAGAGTATTTTATTTTTAAGGTTAGAA 4 12 0 TAAGAATTTCTTTTTTTATTGCATTCTTTT 1 254 0 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