AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_fusions002_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245124 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0180 257 apolipoprotein N-acyltransferase (cute) #1 HP0298 116 dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein (dppA) #2 HP0600 163 multidrug resistance protein (spaB) #3 HP0613 294 ABC transporter, ATP-binding protein #4 HP1082 91 multidrug resistance protein (msbA) #5 HP1083 254 H. pylori predicted coding region HP1083 #6 HP1206 300 multidrug resistance protein (hetA) Motif 1 TTTGAATTATATTGATTTAGCGTTACTT 0 8 0 TAATGGGTGTTTGTTTTAAGACGCTATGAC 0 81 0 GTGAATTGGCATGATTTAAGAGTAATGGGT 0 103 0 TAAGGGTAGTTTTTTTTAAGTTGTGTTATT 0 159 0 TTTAGATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTT 0 175 0 ATAGCTATATTTTAATTTAAGAATTTTAGA 0 199 0 AAACCTTGAGATTGTTTTAGTGTATTATAG 0 225 0 TGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGGAGTTA 2 15 0 TTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAATT 2 88 1 ATAAATTTTCTTTATTATAGCCCATTTTCA 2 128 0 AAGGTCTTTCTTGTTTAAAGCCTTGGCTTT 3 86 1 GCATCAAACGATGTTTAAAAGCGTTCCAAC 3 131 0 TTAACTAATATTTGTTAAAACGAGCCAAAA 3 187 0 CTTATTAGAAATGATTTAAAATCCTATTTA 3 266 0 CTTTAAGCTGTTTATTAAAGCGTTAAAAAT 4 17 1 ATTATAGTGTTTTTATTAAGGGATTTTTAA 4 39 0 ACCTTTGGGATTTGATTAAACTTGTATTAT 4 64 0 GCCAAAAAGCATTTTTTAAGTTTGACAA 5 8 0 CTTTTTGGCGTTTTTTTAAAAAATGGGTTT 5 29 1 AAAAATGGGTTTGGTTATAAAACGGCACAA 5 47 1 AAAACCCTAATTTGATTAAGTTTTGATTTA 5 76 1 TATAACGAAATTTTTTTTAGTTTCATCATA 5 119 0 AATTAACCCAATTATTTTAGATTATAACGA 5 141 0 TTATGCTTCTTTGTTTTTAGATCAGTTAAG 5 192 1 CAAGTCTTTGATTATTTTAGTTGCTGGCTT 6 113 0 GGCACAGAGCATGGTTAAAATTTTAGCTAT 6 207 1 ********** MAP Score: 28.7281 Motif 2 GGTTTGGTTATAAAACGGCACAAAAACCCTAATT 5 54 1 TAGGTGTTTGTGAAACACCTATAAACGCAATAAA 1 38 1 AAGTCAAGTATAAAACTGCTATAATCCCAAGTCT 6 136 0 ATCTCACCAAAAACTTCGCAAAATAACATTTC 6 8 1 CATTTTTTAAAAAAACGCCAAAAAGCATTTTTTA 5 20 0 GTTTTGAGAATGAAAAATCAAAAACCCCGTTTCT 3 47 1 AATCCCTTAATAAAAACACTATAATACAAGTTTA 4 44 1 TTAAAAGCGTTCCAACTCCAAAAAAATAGACAAA 3 113 0 TTGTCAAACTTAAAAAATGCTTTTTGG 5 3 1 CATTTTATGATGAAACTAAAAAAAATTTCGTTAT 5 114 1 ACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTG 2 17 1 CAATTTGGCTTAACACAGCTCAAAACTCATTACA 6 246 1 TAACGCTTTAATAAACAGCTTAAAGCGATTGG 4 8 0 ACAACTTAAAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCAA 0 165 1 GTATTGGCTATTAAAAGGAAAAAA 5 240 1 GCGTCTTAAAACAAACACCCATTACTCTTAAATC 0 87 1 ATTGGGTTAATTAAAAGTAAATAAATAGCTTGAT 5 159 1 TAGCGTTGCTAAAAAATTAACTAATATTTGTTAA 3 199 0 CAGTCTCCACAACAAATTCTATAAAGGATAGAGA 1 88 0 TAGTTTCATCATAAAATGAGATAAAGTAAATCAA 5 98 0 CAGCTGCTCTACCAACTGAGCTAAGCCAGCAACT 6 91 1 TAATATTTGTTAAAACGAGCCAAAAGCGTTACTG 3 178 0 GAGCTAAGCCAGCAACTAAAATAATCAAAGACTT 6 108 1 ATTAAAGCGTTAAAAATCCCTTAATAAAAACACT 4 30 1 TTGAAAATAATAACACAACTTAAAAAAAACTACC 0 151 1 * **** * **** MAP Score: 27.6034 Motif 3 AGTGTTTTTATTAAGGGATTTTTAACGCTTTA 4 32 0 CCGTTTCTCTTTTAAGGTCTTTCTTGTTTAAA 3 73 1 TTTATTGCGTTTATAGGTGTTTCACAAACACC 1 40 0 GTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAG 2 79 1 TAAGAGGATATTTAGGGTTTTGAGAATGAAAA 3 31 1 GCAAGGATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGG 2 20 0 TTAATTAAACCTTTAGGTGTTTGTGAAACACC 1 25 1 AAAAAATGCTTTTTGGCGTTTTTTTAAAAAAT 5 21 1 ACTTAATCAAATTAGGGTTTTTGTGCCGTTTT 5 65 0 ATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTTAAGT 0 168 0 ATGCTTAACCTTTGGGATTTGATTAAACTTG 4 70 0 CCAATCGCTTTAAGCTGTTTATTAAAGCGT 4 8 1 ATCATTTCTAATAAGGGGATTTT 3 281 1 TAAAATCCTATTTAGGGTTATTATATTCAAAT 3 248 0 CTGGAGCTGGCTAAGGGACTTGAACCCCCGAC 6 44 1 AGACTTGGGATTATAGCAGTTTTATACTTGAC 6 136 1 TTTGTCTATTTTTTTGGAGTTGGAACGCTTTT 3 113 1 TCAGTAACGCTTTTGGCTCGTTTTAACAAATA 3 177 1 GATTTAAGAGTAATGGGTGTTTGTTTTAAGAC 0 89 0 TATATTTTAATTTAAGAATTTTAGATTGATTT 0 192 0 ******* *** MAP Score: 23.3856 Motif 4 GATTTTTAACGCTTTAATAAACAGCTTAAAG 4 17 0 CAAAGCCAAGGCTTTAAACAAGAAAGACCTT 3 86 0 TTAAAATATAGCTATAATACACTAAAACAAT 0 214 1 ATGAAAATGGGCTATAATAAAGAAAATTTAT 2 127 1 CTTTTGGCTCGTTTTAACAAATATTAGTTAA 3 186 1 ATGGGTGTTTGTTTTAAGACGCTATGACTAT 0 78 0 GAGTTGGAACGCTTTTAAACATCGTTTGATG 3 129 1 CCAATCGCTTTAAGCTGTTTATTAAAG 4 6 1 GTAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCA 2 14 1 TAAAATTTTAGCTATAATCTAGCTCAATTTG 6 222 1 GTATAAAACTGCTATAATCCCAAGTCTTTGA 6 132 0 AATGGGTTTGGTTATAAAACGGCACAAAAAC 5 50 1 AAAAAATTTCGTTATAATCTAAAATAATTGG 5 133 1 AGATGTATTGGCTATTAAAAGGAAAAAA 5 236 1 TTTAAATTTTGCTTTTAAAACAAAGCCCTTT 2 91 0 CCAAACCCATTTTTTAAAAAAACGCCAAAAA 5 30 0 ******* *** MAP Score: 14.4157 Motif 5 TTTTTGGCGTTTTTTTAAAAAATGGGTTTGGTTATAAA 5 30 1 AAGGGTAGTTTTTTTTAAGTTGTGTTATTATTTTCAAA 0 150 0 GGAACTATAATCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGC 2 60 1 AAACCCTAATTTGATTAAGTTTTGATTTACTTTATCTC 5 77 1 ATTTTCATGCTCCTTTAAATTTTGCTTTTAAAACAAAG 2 97 0 TGTTTTTAGATCAGTTAAGAATTGTAGTCTTTAAGATG 5 203 1 CCTTTAAAGGTTAATTAAACCTTTAGGTGTTTGTGAAA 1 15 1 AAGGTCTTTCTTGTTTAAAGCCTTGGCTTTGTCTATTT 3 86 1 GGCACAGAGCATGGTTAAAATTTTAGCTATAATCTAGC 6 207 1 TAGGGTTATTATATTCAAATGATGGTTTATTAGCGTAG 3 230 0 ATGCTTAACCTTTGGGATTTGATTAAAC 4 73 0 TGTCCATAAATTCTTTCAATAATGTAATGAGTTTTGAG 6 264 0 GGCTAAATTTTGAAACCTTGAGATTGTTTTAGTG 0 233 0 TTGTCAAACTTAAAAAATGCTTTTTGGCGTTTT 5 5 1 AACACCCATTACTCTTAAATCATGCCAATTCACACTCT 0 100 1 CTTTAAGCTGTTTATTAAAGCGTTAAAAATCCCTTAAT 4 17 1 ACAAAGAAGCATAATCAAGCTATTTATTTACTTTTAAT 5 168 0 ** ***** ** * MAP Score: 13.4133 Motif 6 TACCCTTAAAAAAATCAATCTAAAATTCTTAAATTAAAATATAGC 0 181 1 AAACACCTATAAACGCAATAAAATATTTATAATTTAGATCTCTAT 1 50 1 ATAATACACTAAAACAATCTCAAGGTTTCAAAATTTAGCC 0 227 1 GCCAGCAACTAAAATAATCAAAGACTTGGGATTATAGCAGTTTTA 6 115 1 ACACAGCTCAAAACTCATTACATTATTGAAAGAATTTATGGACAC 6 258 1 TTGTCAAACTTAAAAAATGCTTTTTGGCGTTTTTTTAAAA 5 5 1 TAACTGATCTAAAAACAAAGAAGCATAATCAAGCTATTTATTTAC 5 175 0 AAAATGAGATAAAGTAAATCAAAACTTAATCAAATTAGGGTTTTT 5 75 0 TTTTATGATGAAACTAAAAAAAATTTCGTTATAATCTAAAATAAT 5 116 1 AAAGACCTTAAAAGAGAAACGGGGTTTTTGATTTTTCATTCTCAA 3 50 0 GCGTTGCTAAAAAATTAACTAATATTTGTTAAAACGAGCCAAAAG 3 186 0 AAATGATTTAAAATCCTATTTAGGGTTATTATATTCAAATGATGG 3 243 0 AATAACGGACAAAAAAATAAGAGGATATTTAGGGTTTTGAGAATG 3 14 1 CTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGATTAT 2 66 0 GTAACCTTTAAAGGTTAATTAAACCTTTAGGTGTTTGTGAAACAC 1 11 1 AGTTCCAACCAAAAGCAAGGATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAG 2 21 0 ATTATAGCTAAAATTTTAACCATGCTCTGTGCCATACGAATAATT 6 195 0 *** ** * ** * * MAP Score: 11.3345 Motif 7 AAGGTTTGGGTTTAGGGTTTGAATTATATTG 0 24 0 ATTGGCATGATTTAAGAGTAATGGGTGTTTG 0 98 0 GGTAGTTTTTTTTAAGTTGTGTTATTATTTT 0 154 0 GATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTTAA 0 170 0 TATATTTTAATTTAAGAATTTTAGATTGATT 0 193 0 CTTGAGATTGTTTTAGTGTATTATAGCTATA 0 220 0 GGTAACCTTTAAAGGTTAATTAAACCTT 1 7 1 TAATTAAACCTTTAGGTGTTTGTGAAACACC 1 26 1 TATAAATATTTTATTGCGTTTATAGGTGTTT 1 50 0 CAAGGATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGG 2 20 0 TCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTT 2 70 1 TTCATGCTCCTTTAAATTTTGCTTTTAAAAC 2 101 0 ATAAGAGGATATTTAGGGTTTTGAGAATGAA 3 30 1 CCGTTTCTCTTTTAAGGTCTTTCTTGTTTAA 3 73 1 TTGTCTATTTTTTTGGAGTTGGAACGCTTTT 3 114 1 TTTGATGCACTTAGAGCGTATCTATCAGTAA 3 153 1 TAAAATCCTATTTAGGGTTATTATATTCAAA 3 249 0 CCAATCGCTTTAAGCTGTTTATTAAAGCG 4 8 1 AAGCTGTTTATTAAAGCGTTAAAAATCCCTT 4 21 1 TAAACTTGTATTATAGTGTTTTTATTAAGGG 4 47 0 ATGCTTAACCTTTGGGATTTGATTAAACTTG 4 70 0 AAAAAGCATTTTTTAAGTTTGACAA 5 4 0 AAAAAATGCTTTTTGGCGTTTTTTTAAAAAA 5 21 1 CTTAATCAAATTAGGGTTTTTGTGCCGTTTT 5 65 0 CCCTAATTTGATTAAGTTTTGATTTACTTTA 5 80 1 AACCCAATTATTTTAGATTATAACGAAATTT 5 136 0 AATTGTAGTCTTTAAGATGTATTGGCTATTA 5 222 1 TCTTTGATTATTTTAGTTGCTGGCTTAGCTC 6 108 0 AGACTTGGGATTATAGCAGTTTTATACTTGA 6 136 1 CAGAGCATGGTTAAAATTTTAGCTATAATCT 6 211 1 TGTAATGAGTTTTGAGCTGTGTTAAGCCAAA 6 249 0 ****** **** MAP Score: 10.4885 Motif 8 ATCAATATAATTCAAACCCTAAACCCAAACCT 0 22 1 CTCTTTAGACTTGAAATTTGAAAATAATAACA 0 134 1 TATTTTAATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTT 0 190 0 ATCTCAAGGTTTCAAAATTTAGCC 0 243 1 TAAAGGTTAATTAAACCTTTAGGTGTTTGTGA 1 19 1 AGGATAGAGATCTAAATTATAAATATTTTATT 1 66 0 TTGCTTTTGGTTGGAACTATAATCGGTTAAAG 2 48 1 CCTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGATTATAG 2 64 0 ACCCAATTATTTTAGATTATAACGAAATTTTT 5 134 0 TTAGATCAGTTAAGAATTGTAGTCTTTAAGAT 5 208 1 AATCAAAGACTTGGGATTATAGCAGTTTTATA 6 130 1 CAGAGCATGGTTAAAATTTTAGCTATAATCTA 6 211 1 ** ***** *** MAP Score: 0.388601