AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_fusions002_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245152 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0180 257 apolipoprotein N-acyltransferase (cute) #1 HP0296 241 ribosomal protein L21 (rpl21) #2 HP0298 116 dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein (dppA) #3 HP0600 163 multidrug resistance protein (spaB) #4 HP0613 294 ABC transporter, ATP-binding protein #5 HP0614 103 H. pylori predicted coding region HP0614 #6 HP0615 77 DNA ligase (lig) #7 HP1082 91 multidrug resistance protein (msbA) #8 HP1083 254 H. pylori predicted coding region HP1083 #9 HP1084 66 aspartate transcarbamoylase (pyrB) #10 HP1206 300 multidrug resistance protein (hetA) Motif 1 AATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGGGTA 0 181 0 TTTGGAATACTTTTAGCTTGTTTGTTAAAAAACCA 1 24 0 GATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTTAAGTTG 0 166 0 AAAACCCCCTTTTAGTTATAATATAGATTTTATT 9 42 0 ATGGTTAAAATTTTAGCTATAATCTAGCTCAATTT 10 217 1 GGTAGTTTTTTTTAAGTTGTGTTATTATTTTCAAA 0 150 0 CCCGTTTCTCTTTTAAGGTCTTTCTTGTTTAAAGC 4 72 1 TAAACTTGTATTATAGTGTTTTTATTAAGGGATTT 7 43 0 GCTTCTTTGTTTTTAGATCAGTTAAGAATTGTAGT 8 196 1 CTAAATAGGATTTTAAATCATTTCTAATAAGGGGA 4 265 1 TTTTAGTGTATTATAGCTATATTTTAATTTAAGAA 0 206 0 AGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCA 3 78 1 TAAAAAATTCTTTTAATGTGGATTTAATCTCAATT 1 139 1 TAAACGCTTATTATAGTGAGTATTTGCTAAAATGT 1 181 0 CCCATGCCATTTTTAGCTAAAATAAAATCTATATT 9 22 1 AAAAAATGCTTTTTGGCGTTTTTTTAAAAAATGGG 8 21 1 AATTTAAGTGTCCATAAATTCTTTCAA 10 283 0 TAATCTCAATTTAAAGTTACATTTTAGCAAATACT 1 163 1 TTATTTTAGATTATAACGAAATTTTTTTTAGTTTC 8 125 0 TTAAAATCCTATTTAGGGTTATTATATTCAAATGA 4 246 0 CCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 6 57 1 GAGATCTAAATTATAAATATTTTATTGCGTTTATA 2 57 0 ACGAAATTTTTTTTAGTTTCATCATAAAATGAGAT 8 110 0 GGTAACCTTTAAAGGTTAATTAAACCTTTAGGT 2 8 1 AAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAAAATGGGCTA 3 106 1 AATTGTAGTCTTTAAGATGTATTGGCTATTAAAAG 8 222 1 TCAGTAACGCTTTTGGCTCGTTTTAACAAATATTA 4 177 1 CCCTAATTTGATTAAGTTTTGATTTACTTTATCTC 8 80 1 CAAATTAGGGTTTTTGTGCCGTTTTATAACCAAAC 8 55 0 TTTTAACAAATATTAGTTAATTTTTTAGCAACGCT 4 197 1 ****** * ** * MAP Score: 29.321 Motif 2 AATAACACAACTTAAAAAAAACTACCCTTA 0 159 1 AAAAACTACCCTTAAAAAAATCAATCTAAA 0 175 1 TATGATGAAACTAAAAAAAATTTCGTTATA 8 119 1 CCATTTTTAGCTAAAATAAAATCTATATTA 9 28 1 GTCATAGCGTCTTAAAACAAACACCCATTA 0 81 1 CTTAACTGATCTAAAAACAAAGAAGCATAA 8 192 0 CTATAATACACTAAAACAATCTCAAGGTTT 0 225 1 AATTTTGCTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAA 3 88 0 TTGTCAAACTTAAAAAATGCTTTTTGGC 8 8 1 AAACCCATTTTTTAAAAAAACGCCAAAAAG 8 29 0 ATTTTTAACGCTTTAATAAACAGCTTAAAG 7 17 0 TGAAAATGGGCTATAATAAAGAAAATTTAT 3 128 1 TCGTTATAATCTAAAATAATTGGGTTAATT 8 141 1 AAGCCAGCAACTAAAATAATCAAAGACTTG 10 113 1 AACGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTAT 1 202 0 TAAATCAAAACTTAATCAAATTAGGGTTTT 8 76 0 TTAAAAATCCCTTAATAAAAACACTATAAT 7 39 1 AAAGCCAAGGCTTTAAACAAGAAAGACCTT 4 86 0 TTTTGGCTCGTTTTAACAAATATTAGTTAA 4 187 1 CTTATTGGTTTTTTAACAAACAAGCTAAAA 1 19 1 ACCCATTACTCTTAAATCATGCCAATTCAC 0 103 1 TAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCA 3 15 1 ATAATACAAGTTTAATCAAATCCCAAAGGT 7 64 1 AAGTAACGCTAAATCAATATAATTCAAA 0 8 1 TTGTGCCGTTTTATAACCAAACCCATTTTT 8 47 0 TAAATAGGATTTTAAATCATTTCTAATAAG 4 266 1 TCTAAAATTCTTAAATTAAAATATAGCTAT 0 199 1 ATAGCTAAAATTTTAACCATGCTCTGTGCC 10 207 0 GTTGGAACGCTTTTAAACATCGTTTGATGC 4 131 1 TAAAAGAATTTTTTATTCAAAATAACCCCA 1 124 0 TTTAGGGTTATTATATTCAAATGATGGTTT 4 240 0 ********** MAP Score: 29.0769 Motif 3 AAAATCCCCTTATTAGAAATGA 4 282 0 CTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAATTTCAAA 3 80 0 TTTCATTCTCAAAACCCTAAATATCCTCTTA 4 31 0 AAAGCGTTAAAAATCCCTTAATAAAAACACT 7 33 1 GGTGTTTGTGAAACACCTATAAACGCAATAA 2 40 1 CAATATAATTCAAACCCTAAACCCAAACCTT 0 24 1 AAAACCCCCTTTTAGTTATAAT 9 54 0 AAACGGCACAAAAACCCTAATTTGATTAAGT 8 66 1 CCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTG 3 20 1 GGTGTTTCACAAACACCTAAAGGTTTAATTA 2 26 0 TTTAAACAAGAAAGACCTTAAAAGAGAAACG 4 74 0 GTCTTAAAACAAACACCCATTACTCTTAAAT 0 89 1 GAAATGATTTAAAATCCTATTTAGGGTTATT 4 258 0 CAAGTTTAATCAAATCCCAAAGGTTAAGCAT 7 70 1 GTCGGGGGTTCAAGTCCCTTAGCCAGCTCCA 10 45 0 GTTTGTAAAAACCTTTTAAACTAAATT 6 60 0 ATTTTCCCCTAAAGCCCTATCAAAGATTAAA 6 12 1 ATTTTTTAAAAAAACGCCAAAAAGCATTTTT 8 22 0 GTCAAGTATAAAACTGCTATAATCCCAAGTC 10 137 0 CCAATCGCTTTAAGCTGTTTAT 7 1 1 GATCAAATCCTTATTGGTTTTTTA 1 3 1 TGAAAAATCAAAAACCCCGTTTCTCTTTTAA 4 57 1 TCCCTTAATAAAAACACTATAATACAAGTTT 7 46 1 *** ******* MAP Score: 24.9809 Motif 4 CTATAATACACTAAAACAATCTCAAGGTTTCAAAATTTAG 0 225 1 TCCTTGCTAAAACCCATGCCATTTTTAGCTAAAATA 9 6 1 CCATTTTTAGCTAAAATAAAATCTATATTATAACTAAAAG 9 28 1 AAGCCAGCAACTAAAATAATCAAAGACTTGGGATTATAGC 10 113 1 CAAATACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCG 1 190 1 CGTAGCGTTGCTAAAAAATTAACTAATATTTGTTAAAACG 4 195 0 AGATTAAATGCTATAATACTACCCTAATTTAGTTTAAAAG 6 35 1 TCGTTATAATCTAAAATAATTGGGTTAATTAAAAGTAAAT 8 141 1 AATGAAAAATCAAAAACCCCGTTTCTCTTTTAAGGTCTTT 4 55 1 AATTAAATTCTAAAGAAAAATTCCAATTTTCATTCTTAA 5 9 1 TATGATGAAACTAAAAAAAATTTCGTTATAATCTAAAATA 8 119 1 TAAAACGGCACAAAAACCCTAATTTGATTAAGTTTTGATT 8 64 1 AAAATTTTAGCTATAATCTAGCTCAATTTGGCTTAACACA 10 223 1 TTGGTTGGAACTATAATCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAA 3 54 1 GCCAATACATCTTAAAGACTACAATTCTTAACTGATCTAA 8 208 0 AATAACACAACTTAAAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCAA 0 159 1 GTCATAGCGTCTTAAAACAAACACCCATTACTCTTAAATC 0 81 1 CAATAACGGACAAAAAAATAAGAGGATATTTAGGGTTTTG 4 13 1 CCTATAAACGCAATAAAATATTTATAATTTAGATCTCTAT 2 55 1 CTATTTTCCCCTAAAGCCCTATCAAAGATTAAATGCTATA 6 10 1 TAGTTCCAACCAAAAGCAAGGATGCCTTTGGGTTTTTTAT 3 27 0 CTTAACTGATCTAAAAACAAAGAAGCATAATCAAGCTATT 8 182 0 TGAAAATGGGCTATAATAAAGAAAATTTATACCAAATCTT 3 128 1 ****** * *** MAP Score: 20.2591 Motif 5 GTATTTGCTAAAATGTAACTTTAAATTGAGATTAAATCCACATT 1 153 0 TATAAACGCAATAAAATATTTATAATTTAGATCTCTATCCTTTA 2 57 1 TTAAGAATGAAAATTGGAATTTTTCTTTAGAATTTAATT 5 5 0 AATAGCTTGATTATGCTTCTTTGTTTTTAGATCAGTTAAGAATT 8 182 1 GTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAG 3 79 1 AAATCCACATTAAAAGAATTTTTTATTCAAAATAACCCCATTTA 1 120 0 ATACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATT 1 193 1 CAAAAAAATAAGAGGATATTTAGGGTTTTGAGAATGAAAAATCA 4 23 1 GATCAAATCCTTATTGGTTTTTTAACAAACAAGCTAAA 1 4 1 TCATGCCAATTCACACTCTTTAGACTTGAAATTTGAAAATAATA 0 119 1 TGAAAAATCAAAAACCCCGTTTCTCTTTTAAGGTCTTTCTTGTT 4 57 1 AAAACCCCCTTTTAGTTATAATATAGATTTTATT 9 42 0 TAACACAACTTAAAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCAATCTAAA 0 161 1 AAATTGAGCTAGATTATAGCTAAAATTTTAACCATGCTCTGTGC 10 208 0 GAGATATATGAGAGAAAGGTTTGGGTTTAGGGTTTGAATTATAT 0 26 0 TTAGTGTATTATAGCTATATTTTAATTTAAGAATTTTAGATTGA 0 195 0 TCGTTTTAACAAATATTAGTTAATTTTTTAGCAACGCTACGCTA 4 194 1 AAGTTTTGATTTACTTTATCTCATTTTATGATGAAACTAAAAAA 8 93 1 GATTTAAGAGTAATGGGTGTTTGTTTTAAGACGCTATGACTATC 0 77 0 TGCTATAATACTACCCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 6 43 1 TGCCGTTTTATAACCAAACCCATTTTTTAAAAAAACGCCAAAAA 8 30 0 * * ** ** *** * MAP Score: 10.4576 Motif 6 GTCATAGCGTCTTAAAACAAACACCCATTACTCTTAAAT 0 81 1 AATAACACAACTTAAAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCA 0 159 1 ACTACCCTTAAAAAAATCAATCTAAAATTCTTAAATTAA 0 179 1 CTATAATACACTAAAACAATCTCAAGGTTTCAAAATTTA 0 225 1 CTTGTTTGTTAAAAAACCAATAAGGATTTGATC 1 4 0 AGATTAAATCCACATTAAAAGAATTTTTTATTCAAAATA 1 130 0 TGGATTTAATCTCAATTTAAAGTTACATTTTAGCAAATA 1 157 1 TTAGCAAATACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAA 1 186 1 GTGTTTCACAAACACCTAAAGGTTTAATTAACCTTTAAA 2 17 0 TGAAACACCTATAAACGCAATAAAATATTTATAATTTAG 2 48 1 CTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTGCTTTTGGTT 3 21 1 GTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAAAATGGGCT 3 101 1 AATAACGGACAAAAAAATAAGAGGATATTTAGGGTTTTG 4 14 1 TTTGAGAATGAAAAATCAAAAACCCCGTTTCTCTTTTAA 4 49 1 TAGCGTTGCTAAAAAATTAACTAATATTTGTTAAAACGA 4 194 0 TTTGAATATAATAACCCTAAATAGGATTTTAAATCATTT 4 249 1 AATTAAATTCTAAAGAAAAATTCCAATTTTCATTCTTA 5 9 1 TTGTCAAACTTAAAAAATGCTTTTTGGCGTTTT 8 4 1 GTGCCGTTTTATAACCAAACCCATTTTTTAAAAAAACGC 8 36 0 TAAATCAAAACTTAATCAAATTAGGGTTTTTGTGCCGTT 8 67 0 TATGATGAAACTAAAAAAAATTTCGTTATAATCTAAAAT 8 119 1 CTTAACTGATCTAAAAACAAAGAAGCATAATCAAGCTAT 8 183 0 CCATTTTTAGCTAAAATAAAATCTATATTATAACTAAAA 9 28 1 AATCTATATTATAACTAAAAGGGGGTTTT 9 47 1 AAGCCAGCAACTAAAATAATCAAAGACTTGGGATTATAG 10 113 1 TAACACAGCTCAAAACTCATTACATTATTGAAAGAATTT 10 256 1 ***** *** ** MAP Score: 9.68052 Motif 7 TCATAGCGTCTTAAAACAAACACCCATTACTC 0 82 1 CTTATTGGTTTTTTAACAAACAAGCTAAAAGT 1 19 1 TAAAGTTACATTTTAGCAAATACTCACTATAA 1 174 1 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