AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_fusions003_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245191
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0940	67	amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein (yckK)
#1	HP0942	40	D-alanine glycine permease (dagA)
#2	HP0943	21	D-amino acid dehydrogenase (dadA)
#3	HP0944	300	conserved hypothetical protein
#4	HP1169	212	glutamine ABC transporter, permease protein (glnP)
#5	HP1466	134	conserved hypothetical integral membrane protein
#6	HP1574	74	riboflavin synthase alpha subunit (ribC)
#7	HP1576	21	ABC transporter, ATP-binding protein (abc)

Motif 1
TTCAAACATTCTAACACAAAATAAAAATTTTG	0	22	0
AAATTCAGGNTTAAAATATAAA          	0	55	1
AAACTAGGGTTTAAAAAAGAAATTCC      	1	4	0
ATTTTCTATAATAAGCCATAATAAAAGGGCTT	3	70	1
ACAACAAAGCCTAAAACTCAAACAAAACCCGT	3	131	1
TAATAAAGAAATAAAAAATGAGCGCAAAACGC	3	225	0
TGCAATCAAATTAATAAAGAAATAAAAAATGA	3	236	0
AATAGCTGACATAACACATCATCATAGGAGTT	3	272	1
ACAACAATGATTAAACAATCATTAAATGGAGA	4	14	0
ACTGGCTGAAATTAACAACAATGATTAAACAA	4	28	0
ATTTTGGATTATAATAAAAAAACTGGCTGAAA	4	49	0
TTTTTTTATTATAATCCAAAATTTCTTTGAAT	4	59	1
TAATGACGCTTTAAAGCACCATGTTTAAAAAC	4	171	0
ACGCTATACCTTAAAAATTAATGACGCTTTAA	4	189	0
          TTTAAAAATAATTAATCCTTTA	5	0	1
AATACTCTGTTTAATAAAGGATTAATTATTTT	5	14	0
AAACAAAAGGTTAAACAATACTCTGTTTAATA	5	30	0
TAACACAATGATAAAACAAAAGGTTAAACAAT	5	43	0
AATAGTCGTTTTAACAAACAAAATTTTGTTAA	5	76	1
GTATGTTACAATAATCAAACATTCTAACATAA	6	34	1
CATAAGGAGAATAACAATCAATT         	6	61	1
          **** *** ***
MAP Score: 15.4275

Motif 2
GTTAAACAATACTCTGTTTAATAAAGGATTAATT	5	19	0
AGTGGCAATGAGTGTCTGTAAAAATGCTCAAAAG	3	35	1
GCTCAAAAGCATTTTCTATAATAAGCCATAATAA	3	60	1
    GCTGATAGTCCCTTTAATAAA         	2	1	0
CAAAATTTTTATTTTGTGTTAGAATGTTTGAAAA	0	22	1
GCTTTAAAGCACCATGTTTAAAAACAGCTCTTAT	4	162	0
AGAATTTCTAAATATGGGTAAAAAATATACAATA	3	166	1
CGGCTCATAAACTTCCCATAATAAGGGCTTGGGT	4	101	1
ACTCAAACAAAACCCGTTTAAGAATTTCTAAATA	3	146	1
        AAAAACTCCTTAATAAACTAGGGTTT	1	24	0
ATTCAAAGAAATTTTGGATTATAATAAAAAAACT	4	57	0
        GGAATTTCTTTTTTAAACCCTAGTTT	1	2	1
TTTATTAATTTGATTGCATAATAATAGCTGACAT	3	250	1
TTTTGTTTTATCATTGTGTTAAAATAGTCGTTTT	5	54	1
GCTCATTTTTTATTTCTTTATTAATTTGATTGCA	3	234	1
AAAATATACAATACCTTATAATAAGATGAAAATT	3	187	1
TTAACAAAATTTTGTTTGTTAAAACGACTATTTT	5	74	0
          * * *** *** **
MAP Score: 13.8224

Motif 3
CCATGCAAAATTTTTATTTTGTGTTAGAATGTTTGAAA	0	17	1
AGAAAATGCTTTTGAGCATTTTTACAGACACTCATTGC	3	39	0
TTGCAAGCCCTTTTATTATGGCTTATTATAGAAAATGC	3	68	0
ACAAAACCCGTTTAAGAATTTCTAAATATGGGTAAAAA	3	152	1
TTTTTATTTCTTTATTAATTTGATTGCATAATAATAGC	3	240	1
TTAATGATTGTTTAATCATTGTTGTTAATTTCAGCCAG	4	21	1
TTTCAGCCAGTTTTTTTATTATAATCCAAAATTTCTTT	4	49	1
ATCCAAAATTTCTTTGAATAGTGGCAAAACGGCTCATA	4	72	1
TTTCCAAACTTCTAACAATTGGGGTGAATAAGAGCTGT	4	135	1
AAGAGCTGTTTTTAAACATGGTGCTTTAAAGCGTCATT	4	164	1
TAACCTTTTGTTTTATCATTGTGTTAAAATAGTCGTTT	5	49	1
TGTTAGAATGTTTGATTATTGTAACATACTAAATAAAA	6	25	0
          *** *  *****     *
MAP Score: 7.86428

Motif 4
         TTTATATTTTAANCCTGAATTTTTTCAAACATTCT	0	42	0
     GGAATTTCTTTTTTAAACCCTAGTTTATTAAGGAGTTTT	1	5	1
CCATGAATTTTCATCTTATTATAAGGTATTGTATATTTTTTACC	3	182	0
CGTTTTGCGCTCATTTTTTATTTCTTTATTAATTTGATTGCATA	3	226	1
CAGCCAGTTTTTTTATTATAATCCAAAATTTCTTTGAATAGTGG	4	52	1
TTTTTAAACATGGTGCTTTAAAGCGTCATTAATTTTTAAGGTAT	4	172	1
GAGTATTGTTTAACCTTTTGTTTTATCATTGTGTTAAAATAGTC	5	39	1
GTTAAAATAGTCGTTTTAACAAACAAAATTTTGTTAATAGATTT	5	71	1
        GCTTTTATCCTATGGTTTTATTTAGTATGTTACAAT	6	2	1
TGATTGTTATTCTCCTTATGTTAGAATGTTTGATTATTGTAACA	6	37	0
          *  * ** * *      ***   *
MAP Score: 7.54678

Motif 5
    AATCAAACCATGCAAAATTTTTATTTTGTGTTAG	0	6	1
ATGGGTAAAAAATATACAATACCTTATAATAAGATGAA	3	179	1
GTCAGCTATTATTATGCAATCAAATTAATAAAGAAATA	3	244	0
AACAACAATGATTAAACAATCATTAAATGGAGAGGAC 	4	9	0
TTTTTTTATTATAATCCAAAATTTCTTTGAATAGTGGC	4	59	1
AGAAGTTTGGAAAACCCAAGCCCTTATTATGGGAAGTT	4	110	0
    TTTAAAAATAATTAATCCTTTATTAAACAGAGTA	5	6	1
TAACACAATGATAAAACAAAAGGTTAAACAATACTCTG	5	37	0
TAGTCGTTTTAACAAACAAAATTTTGTTAATAGATTTT	5	78	1
AGTATGTTACAATAATCAAACATTCTAACATAAGGAGA	6	33	1
          *  *  *** *  ** **
MAP Score: 6.03265

Motif 6
CCATGCAAAATTTTTATTTTGTGTTAGAATGTTTGAAAAA	0	17	1
TCAAAAGCATTTTCTATAATAAGCCATAATAAAAGGGCTT	3	62	1
ATTGTATATTTTTTACCCATATTTAGAAATTCTTAAACGG	3	159	0
TTTGCGCTCATTTTTTATTTCTTTATTAATTTGATTGCAT	3	229	1
TCAGCCAGTTTTTTTATTATAATCCAAAATTTCTTTGAAT	4	51	1
TTTTCCAAACTTCTAACAATTGGGGTGAATAAGAGCTGTT	4	134	1
TAACCTTTTGTTTTATCATTGTGTTAAAATAGTCGTTTTA	5	49	1
ATCCTATGGTTTTATTTAGTATGTTACAATAATCAAACAT	6	16	1
          *****    *  *    ***
MAP Score: 3.98612

Motif 7
ATGTTTGAAAAAATTCAGGNTTAAAATATAAA	0	45	1
AAACCCTAGTTTATTAAGGAGTTTTT      	1	24	1
       TTTATTAAAGGGACTATCAGC    	2	3	1
AGCATTTTCTATAATAAGCCATAATAAAAGGG	3	67	1
AATAAGCCATAATAAAAGGGCTTGCAAGCGAG	3	79	1
TTAGAAATTCTTAAACGGGTTTTGTTTGAGTT	3	145	0
TTTTCATCTTATTATAAGGTATTGTATATTTT	3	187	0
TAAACTTCCCATAATAAGGGCTTGGGTTTTCC	4	108	1
GCGTCATTAATTTTTAAGGTATAGCGTT    	4	194	1
ATACTCTGTTTAATAAAGGATTAATTATTTTT	5	13	0
          *********  *
MAP Score: 2.08342