AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_fusions003_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245205
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0940	67	amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein (yckK)
#1	HP0942	40	D-alanine glycine permease (dagA)
#2	HP0943	21	D-amino acid dehydrogenase (dadA)
#3	HP0944	300	conserved hypothetical protein
#4	HP1169	212	glutamine ABC transporter, permease protein (glnP)
#5	HP1466	134	conserved hypothetical integral membrane protein
#6	HP1574	74	riboflavin synthase alpha subunit (ribC)
#7	HP1576	21	ABC transporter, ATP-binding protein (abc)

Motif 1
AANCCTGAATTTTTTCAAACATTCTAACACAAAATAAAAAT	0	26	0
 GGAATTTCTTTTTTAAACCCTAGTTTATTAAGGAGTTTTT	1	9	1
GCAAGCCCTTTTATTATGGCTTATTATAGAAAATGCTTTTG	3	63	0
GTATTGTATATTTTTTACCCATATTTAGAAATTCTTAAACG	3	160	0
TTGCGCTCATTTTTTATTTCTTTATTAATTTGATTGCATAA	3	230	1
CATTTAATGATTGTTTAATCATTGTTGTTAATTTCAGCCAG	4	18	1
TTTCAGCCAGTTTTTTTATTATAATCCAAAATTTCTTTGAA	4	49	1
AAAACAGCTCTTATTCACCCCAATTGTTAGAAGTTTGGAAA	4	135	0
  TTTAAAAATAATTAATCCTTTATTAAACAGAGTATTGTT	5	8	1
GTTTAACCTTTTGTTTTATCATTGTGTTAAAATAGTCGTTT	5	46	1
AAACAAAATTTTGTTAATAGATTTTACCTAATCTGAGAGAG	5	91	1
GAATGTTTGATTATTGTAACATACTAAATAAAACCATAGGA	6	17	0
          ** ** *  * ** *     *
MAP Score: 18.3523

Motif 2
TTTAATGATTGTTTAATCATTGTTGTTAATTTCAGCCA	4	20	1
ACAGAGTATTGTTTAACCTTTTGTTTTATCATTGTGTT	5	36	1
        GCTTTTATCCTATGGTTTTATTTAGTATGT	6	2	1
ATTCATGGCGTTTTGCGCTCATTTTTTATTTCTTTATT	3	218	1
AAAGCACCATGTTTAAAAACAGCTCTTATTCACCCCAA	4	153	0
TTGCAAGCCCTTTTATTATGGCTTATTATAGAAAATGC	3	68	0
    TTTATATTTTAANCCTGAATTTTTTCAAACATTC	0	43	0
TTGTTGTTAATTTCAGCCAGTTTTTTTATTATAATCCA	4	39	1
ACAAACAAAATTTTGTTAATAGATTTTACCTAATCTGA	5	89	1
TTTGTTTGAGTTTTAGGCTTTGTTGTCATCAATTTTAA	3	119	0
AATTTTGTTTGTTAAAACGACTATTTTAACACAATGAT	5	63	0
TTAAACCCTAGTTTATTAAGGAGTTTTT          	1	22	1
AAAATTTTTATTTTGTGTTAGAATGTTTGAAAAAATTC	0	23	1
TGATGATGTGTTATGTCAGCTATTATTATGCAATCAAA	3	258	0
          *****  *     * ***
MAP Score: 17.2202

Motif 3
TTTTCAAACATTCTAACACAAAATAAAAATTTTGCATG	0	18	0
    TTTATATTTTAANCCTGAATTTTTTCAAACATTC	0	43	0
GGAATTTCTTTTTTAAACCCTAGTTTATTAAGGAGTTT	1	10	1
         TTTATTAAAGGGACTATCAGC        	2	1	1
CTTTTGAGCATTTTTACAGACACTCATTGCCACTAAAA	3	31	0
TTATTATGGCTTATTATAGAAAATGCTTTTGAGCATTT	3	56	0
TATTTAGAAATTCTTAAACGGGTTTTGTTTGAGTTTTA	3	142	0
TATTGTATATTTTTTACCCATATTTAGAAATTCTTAAA	3	162	0
AGTTTTTTTATTATAATCCAAAATTTCTTTGAATAGTG	4	57	1
ACCCAAGCCCTTATTATGGGAAGTTTATGAGCCGTTTT	4	97	0
AAAACAGCTCTTATTCACCCCAATTGTTAGAAGTTTGG	4	138	0
ATAAGAGCTGTTTTTAAACATGGTGCTTTAAAGCGTCA	4	162	1
AATTAATCCTTTATTAAACAGAGTATTGTTTAACCTTT	5	19	1
AAAATTTTGTTTGTTAAAACGACTATTTTAACACAATG	5	65	0
          ** *** **  * *   *
MAP Score: 17.1531

Motif 4
     GGAATTTCTTTTTTAAACCCTAGTTT	1	5	1
     AAAAACTCCTTAATAAACTAGGGTTT	1	24	0
 GCTGATAGTCCCTTTAATAAA         	2	1	0
CAAAAGCATTTTCTATAATAAGCCATAATAA	3	63	1
CGCTTGCAAGCCCTTTTATTATGGCTTATTA	3	78	0
CAAACAAAACCCGTTTAAGAATTTCTAAATA	3	149	1
ATATACAATACCTTATAATAAGATGAAAATT	3	190	1
CATTTTTTATTTCTTTATTAATTTGATTGCA	3	237	1
ATTAATTTGATTGCATAATAATAGCTGACAT	3	253	1
 GATTGAAACTCCTATGATGATGTGTTATGT	3	280	0
   GTCCTCTCCATTTAATGATTGTTTAATC	4	7	1
CATTTAATGATTGTTTAATCATTGTTGTTAA	4	18	1
TTTCAGCCAGTTTTTTTATTATAATCCAAAA	4	49	1
AATCCAAAATTTCTTTGAATAGTGGCAAAAC	4	71	1
CTCATAAACTTCCCATAATAAGGGCTTGGGT	4	104	1
AAATAATTAATCCTTTATTAAACAGAGTATT	5	15	1
GTTTAACCTTTTGTTTTATCATTGTGTTAAA	5	46	1
TAACAAAATTTTGTTTGTTAAAACGACTATT	5	76	0
          ********* *
MAP Score: 11.9514

Motif 5
ACGCTATACCTTAAAAATTAATGACGCTTTAA	4	189	0
AATACTCTGTTTAATAAAGGATTAATTATTTT	5	14	0
ACAACAATGATTAAACAATCATTAAATGGAGA	4	14	0
AGCACCATGTTTAAAAACAGCTCTTATTCACC	4	157	0
AGCATTTTCTATAATAAGCCATAATAAAAGGG	3	67	1
GAGTGGTAGCTTTAAAATTGATGACAACAAAG	3	108	1
GTATGTTACAATAATCAAACATTCTAACATAA	6	34	1
AAACAAAAGGTTAAACAATACTCTGTTTAATA	5	30	0
          TTTAAAAATAATTAATCCTTTA	5	0	1
AAACTAGGGTTTAAAAAAGAAATTCC      	1	4	0
TAAACTTCCCATAATAAGGGCTTGGGTTTTCC	4	108	1
ATTTGATTGCATAATAATAGCTGACATAACAC	3	257	1
TGCAATCAAATTAATAAAGAAATAAAAAATGA	3	236	0
ACTGGCTGAAATTAACAACAATGATTAAACAA	4	28	0
ATTTTGGATTATAATAAAAAAACTGGCTGAAA	4	49	0
TTATAATAAGATGAAAATTCATGGCGTTTTGC	3	202	1
AAATAGTCGTTTTAACAAACAAAATTTTGTTA	5	75	1
TTTTAACACAATGATAAAACAAAAGGTTAAAC	5	46	0
CATAAGGAGAATAACAATCAATT         	6	61	1
          *******  ***
MAP Score: 11.1612

Motif 6
TGTGTTAGAATGTTTGAAAAAATTCAGGNTT	0	36	1
AAAAAATTCAGGNTTAAAATATAAA      	0	52	1
AATAAACTAGGGTTTAAAAAAGAAATTCC  	1	8	0
TCTGTAAAAATGCTCAAAAGCATTTTCTATA	3	49	1
ATAATAAAAGGGCTTGCAAGCGAGTGGTAGC	3	87	1
TTTCTAAATATGGGTAAAAAATATACAATAC	3	170	1
AAATAAAAAATGAGCGCAAAACGCCATGAAT	3	218	0
TTTATTAATTTGATTGCATAATAATAGCTGA	3	250	1
TTAACAACAATGATTAAACAATCATTAAATG	4	18	0
AAGAAATTTTGGATTATAATAAAAAAACTGG	4	55	0
GTGGCAAAACGGCTCATAAACTTCCCATAAT	4	92	1
TAAGGGCTTGGGTTTTCCAAACTTCTAACAA	4	122	1
TCTAACAATTGGGGTGAATAAGAGCTGTTTT	4	145	1
TAAAGCACCATGTTTAAAAACAGCTCTTATT	4	161	0
TTAAACATGGTGCTTTAAAGCGTCATTAATT	4	175	1
AACAATACTCTGTTTAATAAAGGATTAATTA	5	18	0
AACAAAATTTTGTTTGTTAAAACGACTATTT	5	75	0
          ** ********
MAP Score: 1.98128