AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_fusions004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245220
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0446	107	H. pylori predicted coding region HP0446
#1	HP0455	246	H. pylori predicted coding region HP0455
#2	HP0672	158	solute-binding signature and mitochondrial signature protein (aspB)
#3	HP0673	81	H. pylori predicted coding region HP0673
#4	HP0995	300	integrase/recombinase (xerD)
#5	HP1009	300	site-specific recombinase

Motif 1
CTTTAAATCTAAATCTCTAAAAAGTTCCGC	4	152	0
GCGGAATTTCAAATCTCTAAGGAGCCATGC	4	182	1
TAATTTTTCCAAATCTTTAATATTTTCGCA	5	234	0
GAGCCATGCAAAATTTTTAAAAATACCGCT	4	203	1
ATATAAAAAGAAATCTTAAAGAATGAGAGT	4	263	0
AAAAACAATAAAATCCCTAATCCCTACAAA	5	126	0
AGAAAATATGAAATTCCTAAACCCAACGAA	0	16	0
TCTATGCAAGAAAACTCTAATTGAAAATTC	2	36	0
GCATTATTTCAAATTTAAAAAAGATTTAGA	1	76	1
CCATACGCTTAAATTTAAAAACAATAAAAT	5	142	0
ATTTTCAAAAAACTTTCAAAAATGTTTCAA	2	79	0
TTAGACTACAAACTCTTTAATCCTAGCATT	1	101	1
TCCCTTATTAAAATATAAAAAGAAATCTTA	4	275	0
CATGATCAAAAAAATTTTAATTCTAATTTT	2	104	0
GCACTTTTCAAACTTTTAAATCAAACCATT	3	26	0
TACTTTCAAAAACTATTTAATCGTTGATAA	4	26	1
ACTTTTATGAAAAAATCAAATGACAATAAC	5	69	1
ATGATAGTTCAAAAATTTAACAAGGATTAA	2	136	1
ATTTCTATTGAAAAATTTAATATTAAGAGG	5	39	1
AATTATTTTCTAATCTCTAAGAAATCAATA	0	71	1
ATTACTCACTAAATACAAAAATTGAATTTA	4	53	0
TTTTAATTCTAATTTTCAAAAAACTTTCAA	2	90	0
AAAAAGAATGTAATTTATAAAAAATCAA  	5	8	0
TAACAAACTAAAAAACATAAAACTCTCATT	4	242	1
GCTTAAAGCTTACTTTCAAAAACTATTTAA	4	16	1
          **********
MAP Score: 27.4963

Motif 2
AAAATTAGAATTAAAATTTTTTTGATCATGTTATG	2	104	1
GTTATGATAGTTCAAAAATTTAACAAGGATTAAGC	2	133	1
AATGGTTTGATTTAAAAGTTTGAAAAGTGCAGTTT	3	26	1
TTGATTTCTATTGAAAAATTTAATATTAAGAGGAC	5	36	1
GAGTTTGTAGTCTAAATCTTTTTTAAATTTGAAAT	1	81	0
TGCAATTATTTTCTAATCTCTAAGAAATCAATATC	0	68	1
TTTTTATAAATTACATTCTTTTTGATTTCTATTGA	5	15	1
GGATTAGGGATTTTATTGTTTTTAAATTTAAGCGT	5	133	1
ACATAATTTTTCCAAATCTTTAATATTTTCGCATT	5	232	0
TTATCAACGATTAAATAGTTTTTGAAAGTAAGCTT	4	21	0
GTTATTGTCATTTGATTTTTTCATAAAAGTCCTCT	5	64	0
TAAGATTTCTTTTTATATTTTAATAAGGGAGCAAT	4	275	1
CGCCTTTAAATCTAAATCTCTAAAAAGTTCCGCTT	4	150	0
AACATAAAACTCTCATTCTTTAAGATTTCTTTTTA	4	255	1
TTTAGGAATTTCATATTTTCTTTTAGGGGCATTCT	0	25	1
GTAGAGTATGTCTAATAATCTTTTAGCTCCTTGTC	1	164	0
TGTGCCTTGATTATAAATTGTATGACATAATTTTT	5	256	0
TCAAAAAACTTTCAAAAATGTTTCAAAAGAAAGCG	2	70	0
AAGCGGTATTTTTAAAAATTTTGCATGGCTCCTTA	4	199	0
CTTTAATATTTTCGCATTTTTCTAATTCTATGGAC	5	215	0
  ATTTTTCCTTTTAAATTCATTTAGTTATGAAAA	3	58	0
AAAACTCTAATTGAAAATTCAATTAGAGAAAAACA	2	21	0
AAGATTTAGACTACAAACTCTTTAATCCTAGCATT	1	96	1
AAATTTTAATTCTAATTTTCAAAAAACTTTCAAAA	2	88	0
          **  *** *** * *
MAP Score: 26.2969

Motif 3
TTTTCAAAAAACTTTCAAAAATGTTTCAAAA	2	77	0
TTTAATTCTAATTTTCAAAAAACTTTCAAAA	2	88	0
CTTAAAGCTTACTTTCAAAAACTATTTAATC	4	17	1
GCCATGCAAAATTTTTAAAAATACCGCTTTT	4	205	1
GCATTATTTCAAATTTAAAAAAGATTTAGAC	1	76	1
CCATACGCTTAAATTTAAAAACAATAAAATC	5	141	0
ATTACTCACTAAATACAAAAATTGAATTTAT	4	52	0
CATGTTATGATAGTTCAAAAATTTAACAAGG	2	130	1
GAGTAAGGGATTTTACAAAAATGAGATTTTT	5	184	1
AAAGAATGTAATTTATAAAAAATCAA     	5	5	0
TTGTCCATAGAATTAGAAAAATGCGAAAATA	5	213	1
TCCCTTATTAAAATATAAAAAGAAATCTTAA	4	274	0
CTTTCAAAAATGTTTCAAAAGAAAGCGGTGG	2	66	0
CTATCATAACATGATCAAAAAAATTTTAATT	2	112	0
TTGATTTAAAAGTTTGAAAAGTGCAGTTTTC	3	32	1
TTAGTTTGTTAGGTTCTAAAAGCGGTATTTT	4	222	0
TTTTTGATTTCTATTGAAAAATTTAATATTA	5	33	1
TAAGAGGACTTTTATGAAAAAATCAAATGAC	5	62	1
AATATTAAAGATTTGGAAAAATTATGTCATA	5	240	1
          * *********
MAP Score: 19.4893

Motif 4
CGCATGAGCATTATTTCAAATTTAAAAAAGATT	1	69	1
CAAGAAAACTCTAATTGAAAATTCAATTAGAGA	2	27	0
TTTTTGAAAGTTTTTTGAAAATTAGAATTAAAA	2	87	1
ATCAAACCATTTAAATAAAAATTCTTT      	3	4	0
TTTAAATGGTTTGATTTAAAAGTTTGAAAAGTG	3	22	1
      ATTTTTCCTTTTAAATTCATTTAGTTA	3	64	0
AAAGCGGAACTTTTTAGAGATTTAGATTTAAAG	4	149	1
AAAAGCGGTATTTTTAAAAATTTTGCATGGCTC	4	203	0
AAAACTCTCATTCTTTAAGATTTCTTTTTATAT	4	260	1
      TTGATTTTTTATAAATTACATTCTTTT	5	4	1
ATAAATTACATTCTTTTTGATTTCTATTGAAAA	5	20	1
AAAAGTCCTCTTAATATTAAATTTTTCAATAGA	5	42	0
AGGGATTTTATTGTTTTTAAATTTAAGCGTATG	5	138	1
GCTTTGTGCCTTGATTATAAATTGTATGACATA	5	262	0
          **  ** ******
MAP Score: 17.887

Motif 5
TCATATTTTCTTTTAGGGGCATTCTTTAGAGAATGCA	0	35	1
AGTCTAAATCTTTTTTAAATTTGAAATAATGCTCATG	1	71	0
AAAACGCTTGTTTTTCTCTAATTGAATTTTCAATTAG	2	13	1
ACCGCTTTCTTTTGAAACATTTTTGAAAGTTTTTTGA	2	68	1
TTTTTGAAAGTTTTTTGAAAATTAGAATTAAAATTTT	2	87	1
GAATTAAAATTTTTTTGATCATGTTATGATAGTTCAA	2	111	1
   AAAGAATTTTTATTTAAATGGTTTGATTTAAAAG	3	7	1
AAAACTGCACTTTTCAAACTTTTAAATCAAACCATTT	3	25	0
AAAGCTTACTTTCAAAAACTATTTAATCGTTGATAAA	4	20	1
GGGGGCGAAATTTTGCTTTTATGCCTTAGTTAAAAGC	4	117	1
AAAGCGGAACTTTTTAGAGATTTAGATTTAAAGGCGG	4	149	1
AAAGCGGTATTTTTAAAAATTTTGCATGGCTCCTTAG	4	198	0
AGAATGAGAGTTTTATGTTTTTTAGTTTGTTAGGTTC	4	237	0
AAAACTCTCATTCTTTAAGATTTCTTTTTATATTTTA	4	260	1
      TTGATTTTTTATAAATTACATTCTTTTTGAT	5	4	1
GGATTAGGGATTTTATTGTTTTTAAATTTAAGCGTAT	5	133	1
GAGTAAGGGATTTTACAAAAATGAGATTTTTGTCCAT	5	184	1
ATCTTTAATATTTTCGCATTTTTCTAATTCTATGGAC	5	215	0
          ****     ****  **
MAP Score: 13.08