AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_fusions004_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245249 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0446_HP0447 107 HP0446: H. pylori predicted coding region HP0446, HP0447: conserved hypothetical protein #1 HP0449 246 H. pylori predicted coding region HP0449 #2 HP0451 110 H. pylori predicted coding region HP0451 #3 HP0452 75 conserved hypothetical protein #4 HP0455 246 H. pylori predicted coding region HP0455 #5 HP0667 300 H. pylori predicted coding region HP0667 #6 HP0671 121 outer membrane protein (omp14) #7 HP0672 158 solute-binding signature and mitochondrial signature protein (aspB) #8 HP0673 81 H. pylori predicted coding region HP0673 #9 HP0995 300 integrase/recombinase (xerD) #10 HP1009 300 site-specific recombinase Motif 1 ATTATTTTCTAATCTCTAAGAAATCAATATC 0 72 1 ATAACATAATAATCTATAAAAAACCTAAATT 6 60 0 TTTAAATCTAAATCTCTAAAAAGTTCCGCTT 9 150 0 AGCCATGCAAAATTTTTAAAAATACCGCTTT 9 204 1 AAAAGAATGTAATTTATAAAAAATCAA 10 6 0 TGGAGCTCAAACTCTGTAAAATCCCTATGAT 1 57 0 CGGAATTTCAAATCTCTAAGGAGCCATGCAA 9 183 1 TAAAACTCTCATTCTTTAAGATTTCTTTTTA 9 259 1 AGTTAAACACACTTTATAAGGCAAATCTTGC 4 24 1 GAATTTGAAGATTTTATAAAAGATAGAGAGG 2 21 1 AAGAAGCCCCACTTTTAAAGAAAATCCCGCC 5 39 0 AAAATTTTAAATTTTCTAAGGGGTT 6 4 0 CATTATTTCAAATTTAAAAAAGATTTAGACT 4 77 1 AAATAATTGCATTCTCTAAAGAATGCCCCTA 0 48 0 TTTTCAAAAAACTTTCAAAAATGTTTCAAAA 7 77 0 CTTAAAGCTTACTTTCAAAAACTATTTAATC 9 17 1 TAACTAAATGAATTTAAAAGGAAAAAT 8 64 1 AATTTTTCCAAATCTTTAATATTTTCGCATT 10 232 0 TTTAATTCTAATTTTCAAAAAACTTTCAAAA 7 88 0 AAAAAACCTAAATTCTTAAGAAAAACACCCC 6 43 0 TATACTATTTTTTAATACTCCTTAGCA 1 229 0 CAAAGTTACGCCTTTATAAGATATGATGTGT 1 108 0 ***** ***** MAP Score: 24.2082 Motif 2 CCGAAAAGAATTTGAAGATTTTATAAAAGATAGAGA 2 14 1 GTTATGATAGTTCAAAAATTTAACAAGGATTAAGC 7 133 1 TAAGATTTCTTTTTATATTTTAATAAGGGAGCAAT 9 275 1 TGAAACATTTTTGAAAGTTTTTTGAAAATTAGAATT 7 80 1 TTATCAACGATTAAATAGTTTTTGAAAGTAAGCTTT 9 20 0 GGATTAGGGATTTTATTGTTTTTAAATTTAAGCGTA 10 133 1 AAACTGCACTTTTCAAACTTTTAAATCAAACCATTT 8 25 0 TTGATTTCTATTGAAAAATTTAATATTAAGAGGACT 10 36 1 AACCCCTTAGAAAATTTAAAATTTTAAGTTTT 6 6 1 GAGTTTGTAGTCTAAATCTTTTTTAAATTTGAAATA 4 80 0 AAAATTAGAATTAAAATTTTTTTGATCATGTTATGA 7 104 1 TTTTTATAAATTACATTCTTTTTGATTTCTATTGAA 10 15 1 AACATAAAACTCTCATTCTTTAAGATTTCTTTTTAT 9 255 1 ACATAATTTTTCCAAATCTTTAATATTTTCGCATTT 10 231 0 AAAAATTATGTCATACAATTTATAATCAAGGCACAA 10 256 1 GTTATTGTCATTTGATTTTTTCATAAAAGTCCTCTT 10 63 0 TGCAATTATTTTCTAATCTCTAAGAAATCAATATCT 0 68 1 ATTATACGAAATGTAGACTTTTAGAAGGAAAAATGT 6 92 1 CCGAAACGAGATAGAGCGTTTAAAAAAAGAAAAGAA 3 24 1 CTAAGGAGCCATGCAAAATTTTTAAAAATACCGCTT 9 198 1 CGCCTTTAAATCTAAATCTCTAAAAAGTTCCGCTTT 9 149 0 CCGTAAGCTCTCTTTAACTTTTTGAACCTGCTCTTT 2 60 0 TCTAAAGACTTTAAAGCGTTGTTTAATTGCATATGG 5 129 0 TGGACAAAAATCTCATTTTTGTAAAATCCCTTACTC 10 184 0 ** * ***** ** MAP Score: 22.9111 Motif 3 CATATCTTATAAAGGCGTAACTTTGCACACTTC 1 114 1 TTATAAAAGATAGAGAGGTATTTAAAAAAGAGC 2 34 1 AGGTATTTAAAAAAGAGCAGGTTCAAAAAGTTA 2 49 1 TTAAAAAAAGAAAAGAATGATTTGCATGCCCAA 3 43 1 TGCAAACACAAAAGGCGGGATTTTCTTTAAAAG 5 26 1 GATTTTCTTTAAAAGTGGGGCTTCTTAGGGCTA 5 44 1 CATAGACACCAAAGCTGCAATTTTGAGCGCTGA 5 84 1 CTAAAGACTTTAAAGCGTTGTTTAATTGCATAT 5 131 0 CAATTAGAGAAAAACAAGCGTTTTAAA 7 4 0 TAAAAGTTTGAAAAGTGCAGTTTTCATAACTAA 8 38 1 ACTAAGGCATAAAAGCAAAATTTCGCCCCCTTA 9 114 0 TGCCTTAGTTAAAAGCGGAACTTTTTAGAGATT 9 138 1 ATTTAGATTTAAAGGCGGAATTTCAAATCTCTA 9 168 1 GTTAGGTTCTAAAAGCGGTATTTTTAAAAATTT 9 213 0 AGAAATCTTAAAGAATGAGAGTTTTATGTTTTT 9 252 0 AGAAATCAAAAAGAATGTAATTTATAAAAAATC 10 12 0 CCAGAAGTCAAAGGGAGTTGTTTGTAGGGATTA 10 106 1 GGGATTTTACAAAAATGAGATTTTTGTCCATAG 10 190 1 ***** * **** MAP Score: 21.9229 Motif 4 AAGCGGTATTTTTAAAAATTTTGCATGGCTCCTT 9 200 0 TTCAAAAATGTTTCAAAAGAAAGCGGTGGTCTAT 7 61 0 ATTAAATAGTTTTTGAAAGTAAGCTTTAAGCGCT 9 13 0 TTGAAAGTTTTTTGAAAATTAGAATTAAAATTTT 7 90 1 GTAAGGGATTTTACAAAAATGAGATTTTTGTCCA 10 186 1 GTCCATAGAATTAGAAAAATGCGAAAATATTAAA 10 215 1 AGATAGAGCGTTTAAAAAAAGAAAAGAATGATTT 3 32 1 TACGCTTAAATTTAAAAACAATAAAATCCCTAAT 10 135 0 AAATGGTTTGATTTAAAAGTTTGAAAAGTGCAGT 8 25 1 TTTGAAGATTTTATAAAAGATAGAGAGGTATTTA 2 24 1 AACCCCTTAGAAAATTTAAAATTTTAAGTT 6 6 1 ATAGAGAGGTATTTAAAAAAGAGCAGGTTCAAAA 2 43 1 GTTATGATAGTTCAAAAATTTAACAAGGATTAAG 7 133 1 ACATTTTTCCTTCTAAAAGTCTACATTTCGTATA 6 94 0 AAAGAGCAGGTTCAAAAAGTTAAAGAGAGCTTAC 2 60 1 CTCCTTAGAGATTTGAAATTCCGCCTTTAAATCT 9 172 0 TTTGATTTCTATTGAAAAATTTAATATTAAGAGG 10 35 1 GCTTACGGACTTATGAAAAAGAGCGAAAAGAA 2 88 1 AGAATGTAATTTATAAAAAATCAA 10 0 0 TCTTTTTTAAATTTGAAATAATGCTCATGCGTGT 4 66 0 TACTCACTAAATACAAAAATTGAATTTATCAACG 9 47 0 TTCATTTAGTTATGAAAACTGCACTTTTCAAACT 8 42 0 ATTGCTCCCTTATTAAAATATAAAAAGAAATCTT 9 276 0 AGAGGACTTTTATGAAAAAATCAAATGACAATAA 10 64 1 *** **** * ** MAP Score: 19.4942 Motif 5 GGGTTTAGGAATTTCATATTTTCTTTTAGGGG 0 22 1 TCATAGGGATTTTACAGAGTTTGAGCTCCAAC 1 58 1 CCGAAAAGAATTTGAAGATTTTATAAAAGATA 2 14 1 TAATGCTAGGATTAAAGAGTTTGTAGTCTAAA 4 100 0 TGAGCAAGGTTCTATAAGCTTTGTAGCGGACA 4 136 1 GTTAGGGTCGTCTAAAGACTTTAAAGCGTTGT 5 143 0 ATTCAGCGCTTTTTAAGGCTTTAGCGATGAGT 5 201 0 CCCTTAGAAAATTTAAAATTTTAAGTTTTAGG 6 13 1 GGGGTGTTTTTCTTAAGAATTTAGGTTTTTTA 6 43 1 GAATTTAGGTTTTTTATAGATTATTATGTTAT 6 59 1 CACCGCTTTCTTTTGAAACATTTTTGAAAGTT 7 67 1 TTGAAACATTTTTGAAAGTTTTTTGAAAATTA 7 79 1 AGAATTTTTATTTAAATGGTTTGATTTAAAAG 8 12 1 AAATGGTTTGATTTAAAAGTTTGAAAAGTGCA 8 25 1 TTTATCAACGATTAAATAGTTTTTGAAAGTAA 9 25 0 AAAGCGGAACTTTTTAGAGATTTAGATTTAAA 9 149 1 AAGCGGTATTTTTAAAAATTTTGCATGGCTCC 9 202 0 AAACTCTCATTCTTTAAGATTTCTTTTTATAT 9 261 1 TTAAGATTTCTTTTTATATTTTAATAAGGGAG 9 274 1 TTGATTTTTTATAAATTACATTCTTTT 10 5 1 TTTGATTTCTATTGAAAAATTTAATATTAAGA 10 35 1 AAGGGAGTTGTTTGTAGGGATTAGGGATTTTA 10 116 1 ATATTAAAGATTTGGAAAAATTATGTCATACA 10 241 1 **** *** *** MAP Score: 18.481 Motif 6 ATCAAAAAGGAAAACCGAAACGAG 3 0 1 ATAATAATCTATAAAAAACCTAAATTCTTAAGAA 6 52 0 GAGGACTTTTATGAAAAAATCAAATGACAATAAC 10 65 1 AAAGAGCAGGTTCAAAAAGTTAAAGAGAGCTTAC 2 60 1 AGATAGAGCGTTTAAAAAAAGAAAAGAATGATTT 3 32 1 TTGCTCCCTTATTAAAATATAAAAAGAAATCTTA 9 275 0 AACCCCTTAGAAAATTTAAAATTTTAAGTT 6 6 1 AAATTTTTCAATAGAAATCAAAAAGAATGTAATT 10 23 0 AACTAAATGAATTTAAAAGGAAAAAT 8 65 1 TCTAAATCTTTTTTAAATTTGAAATAATGCTCAT 4 72 0 ACGCTTAAATTTAAAAACAATAAAATCCCTAATC 10 134 0 AAAAGAAAATATGAAATTCCTAAACCCAACGAAG 0 15 0 ATTTTTGTCCATAGAATTAGAAAAATGCGAAAAT 10 209 1 TATTGATTTCTTAGAGATTAGAAAATAATTGCAT 0 67 0 GCATGGCTCCTTAGAGATTTGAAATTCCGCCTTT 9 178 0 ATCAAAAAGAATGTAATTTATAAAAAATCAA 10 7 0 AAATGTAGACTTTTAGAAGGAAAAATGTTGT 6 100 1 AAAATTTTAATTCTAATTTTCAAAAAACTTTCAA 7 90 0 TCTATCTTTTATAAAATCTTCAAATTCTTTTCGG 2 14 0 ACCTAACAAACTAAAAAACATAAAACTCTCATTC 9 239 1 TTTAAAAAAGATTTAGACTACAAACTCTTTAATC 4 89 1 GAAAACTCTAATTGAAAATTCAATTAGAGAAAAA 7 23 0 TTTTAAATTCATTTAGTTATGAAAACTGCACTTT 8 49 0 AAATCAAACCATTTAAATAAAAATTCTTT 8 5 0 GGGGCATTCTTTAGAGAATGCAATTATTTTCTAA 0 50 1 TTAGGGTCGTCTAAAGACTTTAAAGCGTTGTTTA 5 140 0 ** ***** *** MAP Score: 16.8569 Motif 7 ATGCAATTATTTTCTAATCTCTAAGAAATCAATA 0 67 1 CTCTATCTTTTATAAAATCTTCAAATTCTTTTCG 2 15 0 AAAGAGCAGGTTCAAAAAGTTAAAGAGAGCTTAC 2 60 1 AGATAGAGCGTTTAAAAAAAGAAAAGAATGATTT 3 32 1 ATGAGCATTATTTCAAATTTAAAAAAGATTTAGA 4 72 1 AACTTAAAATTTTAAATTTTCTAAGGGGTT 6 6 0 AATGTAGACTTTTAGAAGGAAAAATGTTGT 6 101 1 TTGAAAGTTTTTTGAAAATTAGAATTAAAATTTT 7 90 1 AATGGTTTGATTTAAAAGTTTGAAAAGTGCAGTT 8 26 1 ACTAAATGAATTTAAAAGGAAAAAT 8 66 1 AAAGGCGGAATTTCAAATCTCTAAGGAGCCATGC 9 178 1 TTGCTCCCTTATTAAAATATAAAAAGAAATCTTA 9 275 0 TCCTCTTAATATTAAATTTTTCAATAGAAATCAA 10 36 0 TACGCTTAAATTTAAAAACAATAAAATCCCTAAT 10 135 0 GACATAATTTTTCCAAATCTTTAATATTTTCGCA 10 234 0 ******* * ** MAP Score: 10.6633