AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_fusions005_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245297
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0282	50	H. pylori predicted coding region HP0282
#1	HP0289	66	toxin-like outer membrane protein
#2	HP0290	47	diaminopimelate decarboxylase (dap decarboxylase) (lysA)
#3	HP0404	80	protein kinase C inhibitor (SP:P16436)
#4	HP0406	25	H. pylori predicted coding region HP0406
#5	HP0407	103	biotin sulfoxide reductase (bisC)
#6	HP0408	165	H. pylori predicted coding region HP0408
#7	HP1279	300	anthranilate isomerase (trpC)
#8	HP1282	222	anthranilate synthase component I (trpE)
#9	HP1283	97	H. pylori predicted coding region HP1283
#10	HP1284	69	conserved hypothetical protein
#11	HP1285	169	conserved hypothetical secreted protein

Motif 1
ATCCAAGATTAAGGCTTAAACG          	0	0	0
ACCTAACCATAAAATTTGAACGAAGCATTATA	2	19	0
AATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAAAAA	3	55	1
GTGTTTTAGAAAGACTTAAGCGCTAAAGACTT	6	35	1
TTAAGCGCTAAAGACTTGAGCGCTAGCCAAGC	6	50	1
ATTTTAGAGTATGACTTGAGCGCTAAAGATTT	7	30	1
TTGCCCCCCTATGATTTGAAAGAATTACAGAT	7	66	1
CATAAAGCTAAAGATTTAAAAGAGGGTGTGAG	7	210	1
GGGTGTGAGCATGACTTTAGAGCATTTAAAAA	7	233	1
 TTGCGTTATAAGTTTTTAGAGGATAACTTCA	8	9	1
          *** *** ****
MAP Score: 16.9649

Motif 2
TAATCATCTGTTTTAAGGTATAATACAAAAAAT	11	80	1
CGTTATAAGTTTTTAGAGGATAACTTCAGCTTT	8	13	1
AATTCTCAATTTTTATATTATAATACCCAATCA	6	95	1
TGTTTAGATATTTTAGAAAATAAAGGCAAGGAT	7	126	1
         CTTTTTTGCTATAATGCTTCGTTC	2	1	1
GTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGA	3	16	0
TGCAAAGGTCTTTTTTATCATAACAACACCTAC	11	122	0
CTAAAACTATTTTTAAGGAAAAAT         	4	11	1
AGTTTGTTGTATTTAAGCCATAAAGCTAAAGAT	7	192	1
CTTTTTATGCTTTTACAATCTAAAGCTGAAGTT	8	34	0
AATAACGGAATTTTAGAGTATGACTTGAGCGCT	7	21	1
CATAAGAACGATTTTTGCTAAAACATGACAAAA	10	23	1
ATAGTTAGCGTTTTTAATTCAAAATGAAGTGAG	11	16	0
    CAATTTCTTTACGCTAAAAATAAACTCGT	8	203	0
TTAAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAATC	0	13	1
          ***** *  ****
MAP Score: 15.45

Motif 3
AGTTTGTTGTATTTAAGCCATAAAGCTAAAGAT	7	192	1
         CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATAT	0	1	1
TTAGAGTATGACTTGAGCGCTAAAGATTTTGAT	7	33	1
TTTTAGAAAGACTTAAGCGCTAAAGACTTGAGC	6	38	1
TACGAGTTTATTTTTAGCGTAAAGAAATTG   	8	202	1
TAATCATCTGTTTTAAGGTATAATACAAAAAAT	11	80	1
TTTTTGTCATGTTTTAGCAAAAATCGTTCTTAT	10	24	0
TGCTGAGGGCTTATTAGCGGTAATTTTAGGTGA	5	27	1
TTAGAGGATAACTTCAGCTTTAGATTGTAAAAG	8	25	1
AGCGCTAAAGACTTGAGCGCTAGCCAAGCTGAA	6	53	1
CTAAAACTATTTTTAAGGAAAAAT         	4	11	1
         CTTTTTTGCTATAATGCTTCGTTC	2	1	1
ATTAGGAGTGTTTTTACCATTAACCGAATTGCT	11	51	0
ATATTGACGCTTATAAGGATAAAAG        	6	150	1
TTGCAAAAAATCATAAGGCTAAGCC        	7	285	1
          **** ***  ***
MAP Score: 15.3777

Motif 4
TAATCAAATGAGAGAGTTTTTGGCTACTATCTAGGAAAT	1	21	1
TAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGG	3	17	0
       GCTAAAACTATTTTTAAGGAAAAAT       	4	3	1
CATACTAGCATGAGGGTGTTTTAGAAAGACTTAAGCGCT	6	20	1
TCAAGCGTGTTTAGATATTTTAGAAAATAAAGGCAAGGA	7	119	1
GAGCATGACTTTAGAGCATTTAAAAACCAAAGCGCCTTA	7	239	1
CAAAGCGCCTTATGCGCATTTGCAAAAAATCATAAGGCT	7	266	1
    TTGCGTTATAAGTTTTTAGAGGATAACTTCAGCTT	8	6	1
TAAAAGCATAAAAAGGAATTTTCTAACCACCACCAAATT	8	52	1
CACCAAATTGAAAGCTTCTTTTCGCACAACCACATTTTT	8	82	1
CGCTCACTCATTAGCGTATTTATTGCCCATTTATCTATT	8	153	1
    ATTTGATAAGAGACTTTCTACTATAATCACACATT	9	6	1
CCATCGCATAAGAACGATTTTTGCTAAAACATGACAAAA	10	17	1
TGCTGTATAGTTAGCGTTTTTAATTCAAAATGAAGTGAG	11	16	0
ACACTCCTAATCATCTGTTTTAAGGTATAATACAAAAAA	11	73	1
AAACTGATGCAAAGGTCTTTTTTATCATAACAACACCTA	11	123	0
          * ****  ***     * *
MAP Score: 14.0516

Motif 5
TATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATC	3	14	0
ATCTATGTTAGAATTTGGGGTGTTTTAACAGAATGCAAGCTTGAA	5	60	1
GCCCCCCTATGATTTGAAAGAATTACAGATTGAAAACGCACAAGA	7	68	1
GCACTCAAGCGTGTTTAGATATTTTAGAAAATAAAGGCAAGGATT	7	115	1
CGAATGTGGCGAGTTTGTTGTATTTAAGCCATAAAGCTAAAGATT	7	181	1
GTGTGAGCATGACTTTAGAGCATTTAAAAACCAAAGCGCCTTATG	7	235	1
AAACCAAAGCGCCTTATGCGCATTTGCAAAAAATCATAAGGCTAA	7	262	1
        TTGCGTTATAAGTTTTTAGAGGATAACTTCAGCTTTA	8	2	1
TTAGAAAATTCCTTTTTATGCTTTTACAATCTAAAGCTGAAGTTA	8	33	0
TGTTTGCGTGGATTTTACATTGTTGAACACTAAAAAATAGGAGCT	9	58	1
TTTATCCATCGCATAAGAACGATTTTTGCTAAAACATGACAAAAA	10	12	1
CCGAATTGCTGTATAGTTAGCGTTTTTAATTCAAAATGAAGTGAG	11	16	0
TAAAACAGATGATTAGGAGTGTTTTTACCATTAACCGAATTGCTG	11	50	0
TACCTAATGGGGATTTTTTGTATTATACCTTAAAACAGATGATTA	11	80	0
          *  **    *  ***       ***
MAP Score: 13.8646

Motif 6
TTGGAATTTTTGAAAACGCTCACTCATTAGCG	8	137	1
AAAACGCACAAGAAAGCACTCAAGCGTGTTTA	7	100	1
CATTTTGAATTAAAAACGCTAACTATACAGCA	11	23	1
AAGTCTTTCTAAAACACCCTCATGCTAGTATG	6	20	0
ATAGTAGCCAAAAACTCTCTCATTTGATTAAA	1	19	0
CGGTTAATGGTAAAAACACTCCTAATCATCTG	11	58	1
AATTACAGATTGAAAACGCACAAGAAAGCACT	7	88	1
AATTACCGCTAATAAGCCCTCAGCATGGGCGT	5	20	0
AAATGGGCAATAAATACGCTAATGAGTGAGCG	8	153	0
CTTTGGTTTTTAAATGCTCTAAAGTCATGCTC	7	239	0
CTTTATTTTCTAAAATATCTAAACACGCTTGA	7	119	0
TCAACAATGTAAAATCCACGCAAACATTAAGA	9	52	0
GACTTTCTACTATAATCACACATTCGTTTATT	9	21	1
TGCATTCTGTTAAAACACCCCAAATTCTAACA	5	65	0
          AGAAAAACCTAACCATAAAATT	2	35	0
ATAAAAATTGAGAATTACCCCACGCTTCAGCT	6	79	0
          ***** * ****
MAP Score: 12.3038

Motif 7
GATTTAATCAAATGAGAGAGTTTTTGGCTACTA	1	17	1
CTATGTTAGAATTTGGGGTGTTTTAACAGAATG	5	62	1
AACATACTAGCATGAGGGTGTTTTAGAAAGACT	6	18	1
CTTGAGTGCTTTCTTGTGCGTTTTCAATCTGTA	7	91	0
CAAGAAAGCACTCAAGCGTGTTTAGATATTTTA	7	108	1
GTTGTGGCGAATGTGGCGAGTTTGTTGTATTTA	7	174	1
GTGAGCATGACTTTAGAGCATTTAAAAACCAAA	7	237	1
ACCAAAGCGCCTTATGCGCATTTGCAAAAAATC	7	264	1
AACGCTCACTCATTAGCGTATTTATTGCCCATT	8	151	1
ATTCTTAATGTTTGCGTGGATTTTACATTGTTG	9	50	1
AATTTGATCTCTTAGGCGGAGTT          	10	56	1
AAAACAGATGATTAGGAGTGTTTTTACCATTAA	11	61	0
CAACACCTACCTAATGGGGATTTTTTGTATTAT	11	99	0
          **** * * ****
MAP Score: 11.5687

Motif 8
CATACTAGCATGAGGGTGTTTTAGAAAGACTTAAGCG	6	20	1
 GGCTTAGCCTTATGATTTTTTGCAAATGCGCATAAG	7	274	0
CTCAAGCGTGTTTAGATATTTTAGAAAATAAAGGCAA	7	118	1
ATTGCCCATTTATCTATTTCTTGTAAAATACGAGTTT	8	174	1
TTCCAAGACATTCTGCTCTCTTAAAAATGTGGTTGTG	8	106	0
ATCATCTGTTTTAAGGTATAATACAAAAAATCCCCAT	11	82	1
ATTAGGTAGGTGTTGTTATGATAAAAAAGACCTTTGC	11	117	1
TAATTTTAGGTGAATCTATGTTAGAATTTGGGGTGTT	5	47	1
GAGCAGAATGTCTTGGAATTTTTGAAAACGCTCACTC	8	125	1
AATCTAAAGCTGAAGTTATCCTCTAAAAACTTATAAC	8	14	0
TACTCTAAAATTCCGTTATTTTTCAATTCAC      	7	4	0
TTTCCTCACTTCATTTTGAATTAAAAACGCTAACTAT	11	12	1
TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAAT	3	10	1
GCGTTTTCAATCTGTAATTCTTTCAAATCATAGGGGG	7	70	0
ATCAATGCGTTTAATTTCTGTTTTCAATATTGACGCT	6	124	1
TGAGCATGACTTTAGAGCATTTAAAAACCAAAGCGCC	7	238	1
TTTTTTGCTATAATGCTTCGTTCAAATTTTATGGTTA	2	11	1
TTAAACGCATTGATTGGGTATTATAATATAAAAATTG	6	101	0
          * * * * * **  ***
MAP Score: 10.2668

Motif 9
GATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACTTT	3	14	1
TAATTCTCAATTTTTATATTATAATACCCAATCAATGCGTT	6	94	1
         CTTTTATCCTTATAAGCGTCAATATTGAAAAC	6	143	0
ATCCTTGCCTTTATTTTCTAAAATATCTAAACACGCTTGAG	7	118	0
AATCTTTAGCTTTATGGCTTAAATACAACAAACTCGCCACA	7	185	0
CATAAGGCGCTTTGGTTTTTAAATGCTCTAAAGTCATGCTC	7	239	0
     TTGCGTTATAAGTTTTTAGAGGATAACTTCAGCTTT	8	5	1
GAAAATTCCTTTTTATGCTTTTACAATCTAAAGCTGAAGTT	8	34	0
AGCTCCTATTTTTTAGTGTTCAACAATGTAAAATCCACGCA	9	62	0
CATAAGAACGATTTTTGCTAAAACATGACAAAAAATTTGAT	10	23	1
TCCTCACTTCATTTTGAATTAAAAACGCTAACTATACAGCA	11	14	1
TAATGGGGATTTTTTGTATTATACCTTAAAACAGATGATTA	11	80	0
          ****    ** **      **
MAP Score: 7.23959