AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_fusions006_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245322
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0667	300	H. pylori predicted coding region HP0667
#1	HP1354	24	putative adenine specific DNA methyltransferase
#2	HP1360	28	4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase (ubiA)
#3	HP1361	56	competence locus E (comE3)
#4	HP1365	83	response regulator
#5	HP1368	300	type IIS restriction enzyme M2 protein (mod)

Motif 1
AAGGCTTTTTATTCAGCGCTTTTTAAGGCTTTA	0	210	0
TAGCCCTAAGAAGCCCCACTTTTAAAGAAAATC	0	44	0
       GTTAATAACCCCTTTTTAAAGTCT  	1	8	0
CCCTTAAAAAAGACACCGCTTTATTTTA     	4	5	0
AGTGTTTTTTTATAACCGCTTTTAGTATAAAGG	4	38	1
ATATGCAATTAAACAACGCTTTAAAGTCTTTAG	0	131	1
TTTTTATATAATACAGAGCTTTAACGCCACTAT	0	265	1
         AAGACAAAACTTTTCAGGGGGCGT	3	1	1
TTTTAAAGAAAATCCCGCCTTTTGTGTTTGCAT	0	25	0
AGCGCTGAATAAAAAGCCTTTTTAACCCCATTC	0	223	1
GTCTTCTAATAAAAAAATCTTTTTTTGCATGGG	5	128	0
AACCCCATTCTCCAACATCTTTTTATATAATAC	0	246	1
ATTTTTTTAAAATACCCCCATTTCATTGTAAAA	5	229	1
CGACCCTAACACTCCGCCATTTTTGCACCCTTT	0	165	1
ATTATAACAAAGCCCGCTCATTAAGCGCTACAA	5	91	1
CGTTTTCATTATAACGCTCCTTAAAAAACATAG	5	53	1
TATGAAGTTTTAGAAAACCTTTTCATAG     	5	5	0
TGCATATGGCATGCCCCGCATTCAGCGCTCAAA	0	105	0
          *  **** *****
MAP Score: 18.7343

Motif 2
CATATGCAATTAAACAACGCTTTAAAGTCTTTAG	0	130	1
TCCCTTAAAAAAGACACCGCTTTATTTTA     	4	5	0
AAAGGCTTTTTATTCAGCGCTTTTTAAGGCTTTA	0	210	0
        GTTAATAACCCCTTTTTAAAGTCT  	1	8	0
CACCCTTTAGAACTCATCGCTAAAGCCTTAAAAA	0	190	1
GAGTGTTTTTTTATAACCGCTTTTAGTATAAAGG	4	37	1
GCATGGGGGTATTGTAGCGCTTAATGAGCGGGCT	5	101	0
    GGGGGTATTGTAGCGCTAATTGCCTTTATA	4	63	0
        TGATTTGATCCCTAATAAAATGACTT	2	12	0
AAAGCTGCAATTTTGAGCGCTGAATGCGGGGCAT	0	94	1
ACTCCGCCATTTTTGCACCCTTTAGAACTCATCG	0	175	1
GGTTATAAAAAAACACTCCCTTAAAAAAGACACC	4	21	0
TCATTTTTTTAAAATACCCCCATTTCATTGTAAA	5	227	1
TTTGAACTTCTTACGACCCCCAAAGAATACCTG 	3	33	1
ATAAAAAGCCTTTTTAACCCCATTCTCCAACATC	0	231	1
ACTTTTAAAGAAAATCCCGCCTTTTGTGTTTGCA	0	26	0
TAAGAAGTTCAAACGCCCCCTGAAAAGTTTTGTC	3	12	0
CTTTTTATATAATACAGAGCTTTAACGCCACTAT	0	264	1
TCTTTAGCCCTAAGAAGCCCCACTTTTAAAGAAA	0	47	0
TTATGAAGTTTTAGAAAACCTTTTCATAG     	5	5	0
          **   * *******
MAP Score: 17.1264

Motif 3
TTTAGCCCTAAGAAGCCCCACTTTTAAAGAAAATCCCGC	0	40	0
TTTGCACCCTTTAGAACTCATCGCTAAAGCCTTAAAAAG	0	186	1
CTAAAGCCTTAAAAAGCGCTGAATAAAAAGCCTTTTTAA	0	209	1
        GTTAATAACCCCTTTTTAAAGTCT       	1	3	0
CGTAAGAAGTTCAAACGCCCCCTGAAAAGTTTTGTCTT 	3	9	0
TTTGAACTTCTTACGACCCCCAAAGAATACCTG      	3	33	1
CGGTTATAAAAAAACACTCCCTTAAAAAAGACACCGCTT	4	17	0
TTCGTTTTCATTATAACGCTCCTTAAAAAACATAGGAAG	5	51	1
AAGTATTATAACAAAGCCCGCTCATTAAGCGCTACAATA	5	87	1
ATTAAGCGCTACAATACCCCCATGCAAAAAAAGATTTTT	5	110	1
GTCAAACTCCTTAACGCTCTCGCTTAAAAGGTAATCGTC	5	158	0
ATTTCATTGTAAAATTCTTTCATGCAAAACCCATTGAAG	5	248	1
          * *   *** *    ****
MAP Score: 14.7131

Motif 4
    AAAAGTCATTTTATTAGGGATCAAATC	2	6	1
TTGACTGACTCATTTTTTTAAAATACCCCCA	5	218	1
TTTTATTCAGCGCTTTTTAAGGCTTTAGCGA	0	206	0
ATACTTCCTATGTTTTTTAAGGAGCGTTATA	5	62	0
TAAAGCGGTGTCTTTTTTAAGGGAGTGTTTT	4	15	1
GTTAATAACCCCTTTTTAAAGTCT       	1	3	0
AAAAAAAGATTTTTTTATTAGAAGACGATTA	5	135	1
CATTCTCCAACATCTTTTTATATAATACAGA	0	251	1
CTTATTTTTACCTTTTATTAAACTTCAATGG	5	278	0
TTTAAGGGAGTGTTTTTTTATAACCGCTTTT	4	30	1
TAAGAAGCCCCACTTTTAAAGAAAATCCCGC	0	40	0
GACTTTAAAGCGTTGTTTAATTGCATATGGC	0	128	0
TTTTAGAAAACCTTTTCATAG          	5	0	0
AGAAGACGATTACCTTTTAAGCGAGAGCGTT	5	154	1
AATGAGCGGGCTTTGTTATAATACTTCCTAT	5	82	0
GGCGTTAAAGCTCTGTATTATATAAAAAGAT	0	262	0
ACCCCCATTTCATTGTAAAATTCTTTCATGC	5	242	1
          * *********
MAP Score: 13.5461

Motif 5
AAAGGCGGGATTTTCTTTAAAAGTGGGGCT	0	36	1
TTTATTCAGCGCTTTTTAAGGCTTTAGCGA	0	206	0
GGTTAAAAAGGCTTTTTATTCAGCGCTTTT	0	220	0
TTCTCCAACATCTTTTTATATAATACAGAG	0	253	1
GTTAATAACCCCTTTTTAAAGTCT      	1	4	0
     AAAAGTCATTTTATTAGGGATCAAA	2	5	1
TAAAGCGGTGTCTTTTTTAAGGGAGTGTTT	4	15	1
TAAGGGAGTGTTTTTTTATAACCGCTTTTA	4	32	1
TACTTCCTATGTTTTTTAAGGAGCGTTATA	5	62	0
AATAAAAAAATCTTTTTTTGCATGGGGGTA	5	124	0
CAAAAAAAGATTTTTTTATTAGAAGACGAT	5	134	1
GACTGACTCATTTTTTTAAAATACCCCCAT	5	220	1
TATTTTTACCTTTTATTAAACTTCAATGGG	5	277	0
          TCTTATTTTTACCTTTTATT	5	290	0
          **********
MAP Score: 10.4582

Motif 6
TAGCCCTAAGAAGCCCCACTTTTAAAGAAAATCCCG	0	41	0
CATGCCCCGCATTCAGCGCTCAAAATTGCAGCTTTG	0	93	0
TCTAAAGACTTTAAAGCGTTGTTTAATTGCATATGG	0	129	0
CTCCGCCATTTTTGCACCCTTTAGAACTCATCGCTA	0	176	1
AAGGCTTTTTATTCAGCGCTTTTTAAGGCTTTAGCG	0	207	0
      GTTAATAACCCCTTTTTAAAGTCT      	1	4	0
       TGATTTGATCCCTAATAAAATGACTTTT 	2	9	0
AAGAAGTTCAAACGCCCCCTGAAAAGTTTTGTCTT 	3	9	0
TTGAACTTCTTACGACCCCCAAAGAATACCTG    	3	34	1
GTTATAAAAAAACACTCCCTTAAAAAAGACACCGCT	4	18	0
GCCTTTATACTAAAAGCGGTTATAAAAAAACACTCC	4	36	0
CGTTTTCATTATAACGCTCCTTAAAAAACATAGGAA	5	53	1
GTATTATAACAAAGCCCGCTCATTAAGCGCTACAAT	5	89	1
GTTAAGGAGTTTGACTCATTGAAAATTTAGATTGCC	5	182	1
    TCTTATTTTTACCTTTTATTAAACTTCAATGG	5	278	0
          **  * * ** ** **
MAP Score: 6.12419

Motif 7
TGCAATTAAACAACGCTTTAAAGTCTTTAGACGAC	0	134	1
GCCATTTTTGCACCCTTTAGAACTCATCGCTAAAG	0	180	1
ACTCATCGCTAAAGCCTTAAAAAGCGCTGAATAAA	0	201	1
ATGGGGTTAAAAAGGCTTTTTATTCAGCGCTTTTT	0	219	0
CCCATTCTCCAACATCTTTTTATATAATACAGAGC	0	249	1
    GTTAATAACCCCTTTTTAAAGTCT       	1	3	0
GGGGCGTTTGAACTTCTTACGACCCCCAAAGAATA	3	27	1
GTTTTTTTATAACCGCTTTTAGTATAAAGGCAATT	4	41	1
TTCATTATAACGCTCCTTAAAAAACATAGGAAGTA	5	57	1
CAATGAGTCAAACTCCTTAACGCTCTCGCTTAAAA	5	168	0
          *** *****  *  *
MAP Score: 1.15639