AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_fusions007_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245346
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0153	98	recombinase (recA)
#1	HP0282	50	H. pylori predicted coding region HP0282
#2	HP0403	80	phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha subunit (pheS)
#3	HP1253	31	tryptophanyl-tRNA synthetase (trpS)
#4	HP1254	116	biotin synthesis protein (bioC)

Motif 1
AAATCCTAGCCTAAAATCTATTATAATAAA	0	41	0
AGATTTTAGGCTAGGATTTGATAGAATAAA	0	52	1
CTAGGATTTGATAGAATAAACAAATCAAAT	0	62	1
AAATTACCTTATTGAATTTGATTTGTTTAT	0	77	0
AAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAAT	1	15	1
     ACTTCCTAAAAAATGATTACGCCAT	1	35	0
CTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA	2	60	1
       AAACTAAGATAAATTAAAATATT	3	3	1
AAATTAAAATATTAAAATTAG         	3	20	1
CCTTAAATGCCTAAAATTTAGAAAAAATCA	4	15	1
CAAATTTTAGATAAGATCAAGCGTGATTTT	4	38	0
TTGATCTTATCTAAAATTTGCTAAGAATAC	4	48	1
TAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTT	4	69	1
ACGCACCACGCTTGAAATTAAAACTAAATT	4	83	0
          **********
MAP Score: 18.9414

Motif 2
   AGTAAAATCCTTTTGTGATAGGGTAAG	0	7	1
ATAGGGTAAGTCCTTTTATTATAATAGATT	0	27	1
CTTTTTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTT	2	11	1
TTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTAT	2	25	1
    TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAA	2	64	0
      TGATTCCTTAAATGCCTAAAATTT	4	4	1
          **********
MAP Score: 7.4721

Motif 3
GGTAAGTCCTTTTATTATAATAGATTTTAG	0	31	1
ATTTGATTTGTTTATTCTATCAAATCCTAG	0	62	0
CCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTG	2	22	1
TTATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAA	2	40	1
ATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATA	2	55	0
AATATTTTAATTTATCTTAGTTT       	3	3	0
     CTAATTTTAATATTTTAATTTATCT	3	16	0
TCAAGCGTGATTTTTTCTAAATTTTAGGCA	4	22	0
TAAATTTTAGTGTATTCTTAGCAAATTTTA	4	59	0
TACACTAAAATTTAGTTTTAATTTCAAGCG	4	75	1
          **********
MAP Score: 4.69914