AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_fusions007_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245353
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0153	98	recombinase (recA)
#1	HP0282	50	H. pylori predicted coding region HP0282
#2	HP0403	80	phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha subunit (pheS)
#3	HP1253	31	tryptophanyl-tRNA synthetase (trpS)
#4	HP1254	116	biotin synthesis protein (bioC)

Motif 1
AAATCCTAGCCTAAAATCTATTATAATAAA	0	41	0
AGATTTTAGGCTAGGATTTGATAGAATAAA	0	52	1
CTAGGATTTGATAGAATAAACAAATCAAAT	0	62	1
AAATTACCTTATTGAATTTGATTTGTTTAT	0	77	0
AAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAAT	1	15	1
     ACTTCCTAAAAAATGATTACGCCAT	1	35	0
CTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA	2	60	1
       AAACTAAGATAAATTAAAATATT	3	3	1
AAATTAAAATATTAAAATTAG         	3	20	1
CCTTAAATGCCTAAAATTTAGAAAAAATCA	4	15	1
CAAATTTTAGATAAGATCAAGCGTGATTTT	4	38	0
TTGATCTTATCTAAAATTTGCTAAGAATAC	4	48	1
TAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTT	4	69	1
ACGCACCACGCTTGAAATTAAAACTAAATT	4	83	0
          **********
MAP Score: 18.9414

Motif 2
       AGTAAAATCCTTTTGTGATAGGGTAA	0	3	1
TGTGATAGGGTAAGTCCTTTTATTATAATAGAT	0	23	1
AATCCTAGCCTAAAATCTATTATAATAAAAGGA	0	37	0
      CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATAAT	1	4	1
TGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGT	2	17	1
TTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAA	2	35	1
ATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTT	2	56	1
 AAACTAAGATAAATTAAAATATTAAAATTAG 	3	9	1
GCTTGAAATTAAAACTAAATTTTAGTGTATTCT	4	71	0
          **** * **** *
MAP Score: 4.25286

Motif 3
   AGTAAAATCCTTTTGTGATAGGGTAAGTCCTTTT	0	7	1
GGGTAAGTCCTTTTATTATAATAGATTTTAGGCTAGG	0	30	1
TTTGATTTGTTTATTCTATCAAATCCTAGCCTAAAAT	0	54	0
TATAATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGT        	1	31	1
   GCTTTTTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTAT	2	7	1
TCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATA	2	36	1
    TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTA	2	57	0
TTTTAATATTTTAATTTATCTTAGTTT          	3	0	0
AGATCAAGCGTGATTTTTTCTAAATTTTAGGCATTTA	4	18	0
AAATCACGCTTGATCTTATCTAAAATTTGCTAAGAAT	4	39	1
          *  ** * * ****  *
MAP Score: 2.96269

Motif 4
          AGTAAAATCCTTTTGTGATA	0	0	1
CAAATCCTAGCCTAAAATCTATTATAATAA	0	42	0
TTGTTTATTCTATCAAATCCTAGCCTAAAA	0	55	0
          CGTTTAAGCCTTAATCTTGG	1	0	1
ATGATTACGCCATTATATCCAAGATTAAGG	1	18	0
ATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAAT	2	42	1
   TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAA	2	63	0
     TGATTCCTTAAATGCCTAAAATTTA	4	5	1
CTTGATCTTATCTAAAATTTGCTAAGAATA	4	47	1
CTAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATT	4	68	1
AAGCGTGGTGCGTTAAAGGCGGTGGT    	4	100	1
          **********
MAP Score: 1.93136

Motif 5
TTACCCTATCACAAAAGGATTTTACT    	0	6	0
ATCTATTATAATAAAAGGACTTACCCTATC	0	26	0
TCCTTTTATTATAATAGATTTTAGGCTAGG	0	37	1
AGGCTAGGATTTGATAGAATAAACAAATCA	0	59	1
GCGTAATCATTTTTTAGGAAGT        	1	38	1
AAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAAAAAAGC	2	10	0
TACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAA	2	24	0
TTAAAAAGCTATAATACAACTTTAATAAAA	2	38	0
TTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATAC	2	51	0
TAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA     	2	65	1
ATAAATTAAAATATTAAAATTAG       	3	18	1
AATTTTAGGCATTTAAGGAATCA       	4	3	0
TTCTTAGCAAATTTTAGATAAGATCAAGCG	4	45	0
          **********
MAP Score: 0.187649