AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_fusions008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245359
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0845	44	thiamin phosphate pyrophosphorylase/hyroxyethylthiazole kinase (thiM)
#1	HP0846	290	type I restriction enzyme R protein (hsdR)
#2	HP1287	300	transcriptional regulator (tenA)

Motif 1
TAATGCAAAAGCGTTCATGAA          	0	0	0
     AAAGGGCGTTTATTAAGCTTTTAGAA	1	5	1
CGTTTATTAAGCTTTTAGAAAAACAAGGCTA	1	16	1
ACAAGGCTATGAATTTAAAAAAATCCACAAA	1	38	1
TTTTCTAACTGCTCTTTTAAATTGTCTTTTA	1	79	0
TCAATTCATCGCTAATAAAAACGATGACTAT	1	158	1
TCTCTAGCGTGAGATTAAAAATCGGATCTTC	1	213	0
TTGTAGTATGGCACTTACAAAATAG      	2	4	0
TGTAGGTTTTGATTTTTAGAAGTTTTTATTA	2	42	0
GCTACCATTTGCAATCATAAAAGGTTAATTC	2	83	0
AGCGATTAATGATATTACAAGGCTTGTATTG	2	135	0
ATCATTAATCGCTATTCAAAATCACAGATAT	2	153	1
AGTAAGCCCTGCTATCTAAAATTGAACGATA	2	191	0
TACTCATAAATCTTTTAAAAACAAATTTTTA	2	218	1
TGTTGAATTGGATTTTAGGAGTGTAAAA   	2	282	1
          ******* ***
MAP Score: 10.4698

Motif 2
CATTAAGGCTCAAAAAAAGCGCCGTTTA  	0	26	1
TCTAAAAGCTTAATAAACGCCCTTT     	1	5	0
AGCCTTGTTTTTCTAAAAGCTTAATAAACG	1	16	0
GCTATGAATTTAAAAAAATCCACAAAGAAG	1	43	1
AAAAGACAATTTAAAAGAGCAGTTAGAAAA	1	80	1
AAAAGAGCAGTTAGAAAAGCTTAATGATCA	1	92	1
AATTCATCGCTAATAAAAACGATGACTATA	1	160	1
AAACCAAAAACATTAAAATCATTGATAAGA	1	250	1
CAAGTTCCCATAATAAAAACTTCTAAAAAT	2	32	1
AATAAAAACTTCTAAAAATCAAAACCTACA	2	43	1
CCATTTGCAATCATAAAAGGTTAATTCCAT	2	80	0
AACATAAAGGCAATACAAGCCTTGTAATAT	2	125	1
GAACGATATATCAAAATATCTGTGATTTTG	2	169	0
CTCATAAATCTTTTAAAAACAAATTTTTAT	2	220	1
  TTTTACACTCCTAAAATCCAATTCAACA	2	282	0
          **********
MAP Score: 8.53326

Motif 3
AAACGGCGCTTTTTTTGAGCCTTAATGCAAAAGCG	0	18	0
  AAAGGGCGTTTATTAAGCTTTTAGAAAAACAAG	1	8	1
AACTGCTCTTTTAAATTGTCTTTTAATTCTTCTTC	1	69	0
TAGTCATCGTTTTTATTAGCGATGAATTGAGAATA	1	153	0
TGGATCTTTTTCGTTTTAGCCTTATAGTCATCGTT	1	177	0
TTAATGTTTTTGGTTTTCCCGTTCTCTAGCGTGAG	1	231	0
CTATGGATATTTTTCTTATCAATGATTTTAATGTT	1	258	0
CAGAGCGAGATGGAATTAACCTTTTATGATTGCAA	2	71	1
ATTACAAGGCTTGTATTGCCTTTATGTTGTTTAAG	2	118	0
AATACAAGCCTTGTAATATCATTAATCGCTATTCA	2	136	1
TATCTGTGATTTTGAATAGCGATTAATGATATTAC	2	148	0
CACAGATATTTTGATATATCGTTCAATTTTAGATA	2	175	1
TAAAAACAAATTTTTATACCCATATTGCGGGCTTT	2	233	1
          ***  *** * ** *
MAP Score: 7.19038

Motif 4
CGGCGCTTTTTTTGAGCCTTAATGCAAAAGCGTTCATGAA 	0	9	0
AAGGGCGTTTATTAAGCTTTTAGAAAAACAAGGCTATGAAT	1	11	1
AGGCTATGAATTTAAAAAAATCCACAAAGAAGAAGAATTAA	1	41	1
AAGAAGAAGAATTAAAAGACAATTTAAAAGAGCAGTTAGAA	1	67	1
TTTATTCTCAATTCATCGCTAATAAAAACGATGACTATAAG	1	151	1
AACCAAAAACATTAAAATCATTGATAAGAAAAATATCCATA	1	251	1
AAGTTCCCATAATAAAAACTTCTAAAAATCAAAACCTACAG	2	33	1
TTGTAATATCATTAATCGCTATTCAAAATCACAGATATTTT	2	146	1
GCTATCTAAAATTGAACGATATATCAAAATATCTGTGATTT	2	171	0
          *** * *   *    ***  *
MAP Score: 4.70414

Motif 5
TAAACGGCGCTTTTTTTGAGCCTTAATGCAA	0	23	0
TTTGTGGATTTTTTTAAATTCATAGCCTTGT	1	38	0
TTAAATTGTCTTTTAATTCTTCTTCTTTGTG	1	63	0
CTAACTGCTCTTTTAAATTGTCTTTTAATTC	1	75	0
AGTGTCCCATTCTTTAGGCGTGAAAGAATGA	1	119	0
AATGGGACACTCTTTATTCTCAATTCATCGC	1	139	1
ATAGTCATCGTTTTTATTAGCGATGAATTGA	1	158	0
TTCTTGGATCTTTTTCGTTTTAGCCTTATAG	1	185	0
GAAGATCCGATTTTTAATCTCACGCTAGAGA	1	213	1
TTATCAATGATTTTAATGTTTTTGGTTTTCC	1	247	0
TCTATGGATATTTTTCTTATCAATGATTTTA	1	263	0
      CTATTTTGTAAGTGCCATACTACAA	2	4	1
TTTTTAGAAGTTTTTATTATGGGAACTTGTA	2	30	0
GCTCTGTAGGTTTTGATTTTTAGAAGTTTTT	2	46	0
TGGAATTAACCTTTTATGATTGCAAATGGTA	2	81	1
TATTACAAGGCTTGTATTGCCTTTATGTTGT	2	123	0
ATATCTGTGATTTTGAATAGCGATTAATGAT	2	153	0
TAAAAACAAATTTTTATACCCATATTGCGGG	2	233	1
          ******** **
MAP Score: 2.76473

Motif 6
    TTCATGAACGCTTTTGCATTAAGGCTCAAAAAAAGC	0	6	1
TGTTTTTCTAAAAGCTTAATAAACGCCCTTT         	1	1	0
CTTTTCTAACTGCTCTTTTAAATTGTCTTTTAATTCTTCT	1	71	0
AGCAGTTAGAAAAGCTTAATGATCATTCTTTCACGCCTAA	1	97	1
TTCTCTAGCGTGAGATTAAAAATCGGATCTTCTTGGATCT	1	205	0
TGATTTTTAGAAGTTTTTATTATGGGAACTTGTAGTATGG	2	24	0
AGATGGAATTAACCTTTTATGATTGCAAATGGTAGCCAAT	2	78	1
ATTGCCTTTATGTTGTTTAAGATTGGCTACCATTTGCAAT	2	99	0
AATAGCGATTAATGATATTACAAGGCTTGTATTGCCTTTA	2	129	0
TCAAAATATCTGTGATTTTGAATAGCGATTAATGATATTA	2	149	0
TTTAGATAGCAGGGCTTACTCATAAATCTTTTAAAAACAA	2	202	1
          ** * ***   ** *    *
MAP Score: 0.727048