AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_fusions008_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245373
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0845	44	thiamin phosphate pyrophosphorylase/hyroxyethylthiazole kinase (thiM)
#1	HP0846	290	type I restriction enzyme R protein (hsdR)
#2	HP0848	101	type I restriction enzyme S protein (hsdS)
#3	HP0850	173	type I restriction enzyme M protein (hsdM)
#4	HP1287	300	transcriptional regulator (tenA)

Motif 1
CTTTTGCATTAAGGCTCAAAAAAAGCGCCGTTTA	0	20	1
TGTTTTTCTAAAAGCTTAATAAACGCCCTTT   	1	7	0
ATTTAAAAAAATCCACAAAGAAGAAGAATTAAAA	1	50	1
AGAAGAATTAAAAGACAATTTAAAAGAGCAGTTA	1	71	1
GGCGTGAAAGAATGATCATTAAGCTTTTCTAACT	1	100	0
TTAGCGATGAATTGAGAATAAAGAGTGTCCCATT	1	139	0
TTCTCAATTCATCGCTAATAAAAACGATGACTAT	1	155	1
CGATGACTATAAGGCTAAAACGAAAAAGATCCAA	1	179	1
CATTAAAATCATTGATAAGAAAAATATCCATAGA	1	260	1
ATCAATTATTAAAGAAAATCCAAATAATTGGGCG	2	17	1
TTATTCAATCAAACCAAATAAAAAAATAGTATTT	2	65	1
        TCAAACCCCTTTAAAAAATGAATTTT	3	2	1
CCCTTTAAAAAATGAATTTTAAAAAGGCGATTAT	3	16	1
TTGCCCCACAAACGCACAGAAAACGCAAGGAATA	3	57	1
CAGAAAACGCAAGGAATAAAAAAATAATATTCTT	3	73	1
AAAGGCTGACAACGCCAAACAGAACCGCCAATCA	3	125	1
CAGAACCGCCAATCAAAACACAAAAAAGGGGCTT	3	144	1
AACTTGTAGTATGGCACTTACAAAATAG      	4	4	0
AAACAACATAAAGGCAATACAAGCCTTGTAATAT	4	121	1
AATATCATTAATCGCTATTCAAAATCACAGATAT	4	150	1
TCTAAAATTGAACGATATATCAAAATATCTGTGA	4	174	0
          ** ** **  ****
MAP Score: 19.3967

Motif 2
CTTGTTTTTCTAAAAGCTTAATAAACGCCCTT	1	11	0
AGAAGAAGAATTAAAAGACAATTTAAAAGAGC	1	68	1
AAAGACAATTTAAAAGAGCAGTTAGAAAAGCT	1	81	1
AGAGCAGTTAGAAAAGCTTAATGATCATTCTT	1	95	1
TCTTTAGGCGTGAAAGAATGATCATTAAGCTT	1	108	0
AGCGTGAGATTAAAAATCGGATCTTCTTGGAT	1	207	0
ATTGGGCGATTAAAGAGGGAATTTATTCAATC	2	43	1
TCAAACCAAATAAAAAAATAGTATTTCCAAGA	2	73	1
CAAACCCCTTTAAAAAATGAATTTTAAAAAGG	3	11	1
AAATGAATTTTAAAAAGGCGATTATATCTTAT	3	25	1
ACGCAAGGAATAAAAAAATAATATTCTTTGCT	3	79	1
TTTGCAATCATAAAAGGTTAATTCCATCTCGC	4	75	0
AATTTGTTTTTAAAAGATTTATGAGTAAGCCC	4	213	0
AATATGGGTATAAAAATTTGTTTTTAAAAGAT	4	227	0
          ******  ****
MAP Score: 12.6844

Motif 3
GCTTTTTTTGAGCCTTAATGCAAAAGCGTTCATGAA         	0	1	0
ATTTAAAAAAATCCACAAAGAAGAAGAATTAAAAGACAATTTAAA	1	50	1
GATGACTATAAGGCTAAAACGAAAAAGATCCAAGAAGATCCGATT	1	180	1
TCCGATTTTTAATCTCACGCTAGAGAACGGGAAAACCAAAAACAT	1	218	1
CATTAAAATCATTGATAAGAAAAATATCCATAGAAACGCC     	1	260	1
ATCAATTATTAAAGAAAATCCAAATAATTGGGCGATTAAAGAGGG	2	17	1
GAATTTATTCAATCAAACCAAATAAAAAAATAGTATTTCCAAGAT	2	61	1
AACGCACAGAAAACGCAAGGAATAAAAAAATAATATTCTTTGCTA	3	67	1
GCCAAACAGAACCGCCAATCAAAACACAAAAAAGGGGCTTATATC	3	138	1
CTATTTTGTAAGTGCCATACTACAAGTTCCCATAATAAAAACTTC	4	10	1
AACTTCTAAAAATCAAAACCTACAGAGCGAGATGGAATTAACCTT	4	49	1
AATGGTAGCCAATCTTAAACAACATAAAGGCAATACAAGCCTTGT	4	105	1
          *  *  ** * * * *     *  *
MAP Score: 9.3595

Motif 4
ACAAGGCTATGAATTTAAAAAAATCCACAAA	1	38	1
CACAAAGAAGAAGAATTAAAAGACAATTTAA	1	63	1
GCGATGAATTGAGAATAAAGAGTGTCCCATT	1	139	0
TCAATTCATCGCTAATAAAAACGATGACTAT	1	158	1
TCTCTAGCGTGAGATTAAAAATCGGATCTTC	1	213	0
TAAAATCATTGATAAGAAAAATATCCATAGA	1	263	1
AAATAATTGGGCGATTAAAGAGGGAATTTAT	2	38	1
TTCAATCAAACCAAATAAAAAAATAGTATTT	2	68	1
TTTAAAAAATGAATTTTAAAAAGGCGATTAT	3	19	1
AGAAAACGCAAGGAATAAAAAAATAATATTC	3	74	1
GGCTGACAACGCCAAACAGAACCGCCAATCA	3	128	1
AAACAGAACCGCCAATCAAAACACAAAAAAG	3	141	1
TACAAGTTCCCATAATAAAAACTTCTAAAAA	4	30	1
AAAAACTTCTAAAAATCAAAACCTACAGAGC	4	46	1
GCTACCATTTGCAATCATAAAAGGTTAATTC	4	83	0
ATTTTGAATAGCGATTAATGATATTACAAGG	4	144	0
AGTAAGCCCTGCTATCTAAAATTGAACGATA	4	191	0
TACTCATAAATCTTTTAAAAACAAATTTTTA	4	218	1
CCCGCAATATGGGTATAAAAATTTGTTTTTA	4	233	0
          ** ********
MAP Score: 3.49298

Motif 5
TAAGGCTCAAAAAAAGCGCCGTTTA        	0	29	1
AAAATCCACAAAGAAGAAGAATTAAAAGACAAT	1	57	1
AAAGACAATTTAAAAGAGCAGTTAGAAAAGCTT	1	81	1
TTGGGCGATTAAAGAGGGAATTTATTCAATCAA	2	44	1
AACCAAATAAAAAAATAGTATTTCCAAGATTTT	2	76	1
AAACCCCTTTAAAAAATGAATTTTAAAAAGGCG	3	12	1
AAATGAATTTTAAAAAGGCGATTATATCTTATT	3	25	1
ATCAAAACACAAAAAAGGGGCTTATATC     	3	155	1
ATAAATCTTTTAAAAACAAATTTTTATACCCAT	4	223	1
          ****** * * **
MAP Score: 2.9935

Motif 6
CTTTTGCATTAAGGCTCAAAAAAAGCGCCGTTTA	0	20	1
GCGTTTATTAAGCTTTTAGAAAAACAAGGCTATG	1	15	1
AAACAAGGCTATGAATTTAAAAAAATCCACAAAG	1	36	1
CACAAAGAAGAAGAATTAAAAGACAATTTAAAAG	1	63	1
TTCTCAATTCATCGCTAATAAAAACGATGACTAT	1	155	1
CGATGACTATAAGGCTAAAACGAAAAAGATCCAA	1	179	1
AAACATTAAAATCATTGATAAGAAAAATATCCAT	1	257	1
ATTCAATCAAACCAAATAAAAAAATAGTATTTCC	2	67	1
CAGAAAACGCAAGGAATAAAAAAATAATATTCTT	3	73	1
TACTACAAGTTCCCATAATAAAAACTTCTAAAAA	4	27	1
TTACTCATAAATCTTTTAAAAACAAATTTTTATA	4	217	1
          * *  * *******
MAP Score: 2.75098

Motif 7
AAAAATCCACAAAGAAGAAGAATTAAAAGACAATTTA	1	56	1
AGCAGTTAGAAAAGCTTAATGATCATTCTTTCACGCC	1	97	1
TATAAGGCTAAAACGAAAAAGATCCAAGAAGATCCGA	1	186	1
GAGAACGGGAAAACCAAAAACATTAAAATCATTGATA	1	240	1
       GAAAAGTATCAATTATTAAAGAAAATCCAA	2	3	1
TTTATTCAATCAAACCAAATAAAAAAATAGTATTTCC	2	64	1
AAACCCCTTTAAAAAATGAATTTTAAAAAGGCGATTA	3	12	1
AAACGCACAGAAAACGCAAGGAATAAAAAAATAATAT	3	66	1
ACAGAACCGCCAATCAAAACACAAAAAAGGGGCTTAT	3	143	1
AAACTTCTAAAAATCAAAACCTACAGAGCGAGATGGA	4	48	1
AAATGGTAGCCAATCTTAAACAACATAAAGGCAATAC	4	104	1
TAAATCTTTTAAAAACAAATTTTTATACCCATATTGC	4	224	1
          *** *  **  ** * *
MAP Score: 1.98451

Motif 8
          TTCATGAACGCTTTTGCATT	0	0	1
TTCTAAAAGCTTAATAAACGCCCTTT    	1	6	0
TCTTTAGGCGTGAAAGAATGATCATTAAGC	1	110	0
TCTTTCACGCCTAAAGAATGGGACACTCTT	1	123	1
TGAATTGAGAATAAAGAGTGTCCCATTCTT	1	136	0
TAGCGTGAGATTAAAAATCGGATCTTCTTG	1	210	0
TGGATTTTCTTTAATAATTGATACTTTTC 	2	9	0
AATTGGGCGATTAAAGAGGGAATTTATTCA	2	42	1
TCAAACCCCTTTAAAAAATGAATTTTAAAA	3	10	1
AAAAATGAATTTTAAAAAGGCGATTATATC	3	23	1
AATCAAAACACAAAAAAGGGGCTTATATC 	3	154	1
GAATTAACCTTTTATGATTGCAAATGGTAG	4	83	1
CTTTATGTTGTTTAAGATTGGCTACCATTT	4	104	0
TTTTAAAAGATTTATGAGTAAGCCCTGCTA	4	208	0
TGAATTGGATTTTAGGAGTGTAAAA     	4	285	1
          **********
MAP Score: 1.81665