AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_fusions009_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245390
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0090	300	malonyl coenzyme A-acyl carrier protein transacylase (fabD)
#1	HP0558	300	beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase II (fabF)
#2	HP0598	22	8-amino-7-oxononanoate synthase (bioF)
#3	HP0599	71	hemolysin secretion protein precursor (hylB)
#4	HP0600	163	multidrug resistance protein (spaB)
#5	HP1045	197	acetyl-CoA synthetase (acoE)

Motif 1
CGTTAATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAA	0	43	1
CAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAAGGCTGGCGG	0	60	1
CAAAGTAGAATTATAGTAAAAATAAGTTAAAA	0	185	1
CTTTAATGGTTTCTAAACAAAACTAAGGGCTT	0	228	1
TAATTTAAAATTGTAATATAAAAGCCCTTAGT	0	249	0
TGTCTCCAGGTTTTAGTCAAAAATTTGGCTTT	1	23	1
TAAAACTAGATTTTAGCTAAAGCCAAATTTTT	1	41	0
TTAGGCTATATTCAAGCTAAAAGAGGTTAAAA	1	128	1
TCTTTTGGGATTATACCCAAAATTACCAAACA	3	23	0
TCCCAAAAGATTCAAATTTAAATAAGGAATGC	3	45	1
CCGATTATAGTTCCAACCAAAAGCAAGGATGC	4	42	0
GGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAG	4	94	1
ATCACCCTTTTTGTAGTCATAATGTTCTACTA	5	10	1
AGTTTGGATATAATAATAAAAAATGCGCTTAA	5	154	1
          ** *** *****
MAP Score: 14.5568

Motif 2
AGTTTCTAAGCATTCCTTTTACGA       	0	3	0
CGCCAGCCTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTG	0	60	0
AAAGTTTAAGGTTTATTTTAACTTATTTTTA	0	201	0
AAAATAAACCTTAAACTTTAATGGTTTCTAA	0	213	1
TTTTATTAATCCATAATTTAAAATTGTAATA	0	263	0
      GGTGTTATCCTTTAAGTTTTATTAA	0	285	0
GCGTTTGTCTCCAGGTTTTAGTCAAAAATTT	1	18	1
TAGTCAAAAATTTGGCTTTAGCTAAAATCTA	1	36	1
TGGGATAAAACTAGATTTTAGCTAAAGCCAA	1	47	0
CGAAAAACTCCTATCCTTTAGGTAGAGATAT	1	84	1
AAATATCCATGCAGACTTTAAAGAACAAAGC	1	178	1
GCATTCAATGGAATGCTTTAGTTAGGAAGCT	1	220	1
TTAGGAAGCTCCTTGCTTTAAGCAAGGGGTG	1	241	1
CTCCTCATTTCAAAACTTTAATTCAGTGAAA	1	273	0
CCAAAGGCATCCTTGCTTTTGGTTGGAACTA	4	36	1
CTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGATTATAG	4	64	0
TTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAATT	4	87	1
TGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGA	4	100	1
AAAAAGTATCCCTCCCTTTAAAAGAGTGTGA	5	124	1
TCTCCTTTTTCATGGTTTTAAGCGCATTTTT	5	172	0
          *** *******
MAP Score: 13.4003

Motif 3
AAGTTAAAATAAACCTTAAACTTTAATGGT	0	208	1
TTTTATATTACAATTTTAAATTATGGATTA	0	258	1
ATGGATTAATAAAACTTAAAGGATAACACC	0	280	1
ATATCCATGCAGACTTTAAAGAACAAAGCC	1	180	1
TCCTCATTTCAAAACTTTAATTCAGTGAAA	1	273	0
CCAAAAGATTCAAATTTAAATAAGGAATGC	3	47	1
TTTAAAATTTCAAACTTTAACCGATTATAG	4	64	0
TTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTT	4	74	1
TTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAA	4	102	1
TATAATAAAGAAAATTTATACCAAATCTTA	4	139	1
          **********
MAP Score: 10.3931

Motif 4
CAAAGTAGAATTATAGTAAAAATAAGTTAAAATAA	0	185	1
TAAAAATAAGTTAAAATAAACCTTAAACTTTAATG	0	201	1
CTTTAATGGTTTCTAAACAAAACTAAGGGCTTTTA	0	228	1
AGCTGTTAGGCTATATTCAAGCTAAAAGAGGTTAA	1	123	1
TCTTTTGGGATTATACCCAAAATTACCAAACATTT	3	20	0
TAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTT	4	15	1
TGAAAATGGGCTATAATAAAGAAAATTTATACCAA	4	128	1
TAAAGAAAATTTATACCAAATCTTATTGC      	4	144	1
TTTTTTATTATTATATCCAAACTCACACTCTTTTA	5	142	0
AAAAATGCGCTTAAAACCATGAAAAAGGAGATGCG	5	172	1
          *****  *** *  *
MAP Score: 8.58605

Motif 5
      TCGTAAAAGGAATGCTTAGAAACTAT	0	4	1
TTTAAAGGCAAAAAGGCTGGCGGACAGGGAGG	0	69	1
AGGCTGGCGGACAGGGAGGGATTCGAACCCTC	0	82	1
GCATCCTTAGCAGGGATGTGGTTTCAGCCAAC	0	132	1
ATCTCTACCTAAAGGATAGGAGTTTTTCGTGC	1	81	0
TGCTAACACGAAAGGCTTTGTTCTTTAAAGTC	1	191	0
TGTTAGCATTCAATGGAATGCTTTAGTTAGGA	1	215	1
TTGCTTTAAGCAAGGGGTGGTTTCACTGAATT	1	253	1
   TTTTATTCAATGAAGTGTTTTG       	2	7	1
AGTTCCAACCAAAAGCAAGGATGCCTTTGGGT	4	34	0
TGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAA	4	82	1
TTATGACTACAAAAAGGGTGAT          	5	0	0
GATGAAACCTAAAGGGGATATTAGCGTTAATA	5	50	0
ACACTCTTTTAAAGGGAGGGATACTTTTTTCT	5	121	0
CCTCCCTTTAAAAGAGTGTGAGTTTGGATATA	5	134	1
AAACCATGAAAAAGGAGATGCG          	5	185	1
          ****** *** *
MAP Score: 8.4967

Motif 6
      TCGTAAAAGGAATGCTTAGAAACTATGGTG	0	4	1
AATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAA	0	47	1
AAGTTAAAATAAACCTTAAACTTTAATGGTTTCTAA	0	208	1
TTTCTAAACAAAACTAAGGGCTTTTATATTACAATT	0	237	1
GGTTTTAGTCAAAAATTTGGCTTTAGCTAAAATCTA	1	31	1
GTAGAGATATAAGTGCATAGCTGTTAGGCTATATTC	1	105	1
TTCCTACCCCAAAAAGACTATTTTAACCTCTTTTAG	1	144	0
TGTTAGCATTCAATGGAATGCTTTAGTTAGGAAGCT	1	215	1
TTTAGTTAGGAAGCTCCTTGCTTTAAGCAAGGGGTG	1	236	1
TAAAGTTTTGAAATGAGGAGCTATTG          	1	284	1
TTCCTTATTTAAATTTGAATCTTTTGGGATTATACC	3	38	0
AAGCCCTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGATTATAG	4	64	0
TGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAATT	4	82	1
ATATAATAATAAAAAATGCGCTTAAAACCATGAAAA	5	161	1
          ***      *******
MAP Score: 8.00473

Motif 7
ATCTAGTTTTATCCCAACAGCACGAAAAACTCCTATCC	1	62	1
ATCAGTCTCAATCCACACAGAAAGAAAAAAGTATCCCT	5	99	1
AATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAAGG	0	47	1
GGCTATATTCAAGCTAAAAGAGGTTAAAATAGTCTTTT	1	131	1
TTTGGGTATAATCCCAAAAGATTCAAATTTAAATAAGG	3	34	1
GGTAGGAAATATCCATGCAGACTTTAAAGAACAAAGCC	1	172	1
TAGCACGATGAAACCTAAAGGGGATATTAGCGTTAATA	5	50	0
TTTTGGGATTATACCCAAAATTACCAAACATTTTAAGC	3	15	0
ACCTGTCCTCATTCACAAAGTAGAATTATAGTAAAAAT	0	170	1
TTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTGCTTTTGGTT	4	22	1
TGGATTAATAAAACTTAAAGGATAACACC         	0	281	1
          ** *  ****     ***
MAP Score: 3.75961

Motif 8
GAGGGTTCGAATCCCTCCCTGTCCGCCAGCCTTTTTGC	0	76	0
ATCTAGTTTTATCCCAACAGCACGAAAAACTCCTATCC	1	62	1
ATGCACTTATATCTCTACCTAAAGGATAGGAGTTTTTC	1	85	0
GGTAGGAAATATCCATGCAGACTTTAAAGAACAAAGCC	1	172	1
AATTCAGTGAAACCACCCCTTGCTTAAAGCAAGGAGCT	1	247	0
       CAAAACACTTCATTGAATAAAA         	2	1	0
TTTGGGTATAATCCCAAAAGATTCAAATTTAAATAAGG	3	34	1
ATCAGTCTCAATCCACACAGAAAGAAAAAAGTATCCCT	5	99	1
AGAAAAAAGTATCCCTCCCTTTAAAAGAGTGTGAGTTT	5	121	1
          *****  ***     * *
MAP Score: 1.90624