AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_fusions009_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245411
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0090	300	malonyl coenzyme A-acyl carrier protein transacylase (fabD)
#1	HP0558	300	beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase II (fabF)
#2	HP0598	22	8-amino-7-oxononanoate synthase (bioF)
#3	HP0599	71	hemolysin secretion protein precursor (hylB)
#4	HP0600	163	multidrug resistance protein (spaB)
#5	HP1045	197	acetyl-CoA synthetase (acoE)

Motif 1
CGTTAATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAA	0	43	1
CAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAAGGCTGGCGG	0	60	1
CAAAGTAGAATTATAGTAAAAATAAGTTAAAA	0	185	1
CTTTAATGGTTTCTAAACAAAACTAAGGGCTT	0	228	1
TGTCTCCAGGTTTTAGTCAAAAATTTGGCTTT	1	23	1
TAAAACTAGATTTTAGCTAAAGCCAAATTTTT	1	41	0
TTAGGCTATATTCAAGCTAAAAGAGGTTAAAA	1	128	1
TCTTTTGGGATTATACCCAAAATTACCAAACA	3	23	0
CCGATTATAGTTCCAACCAAAAGCAAGGATGC	4	42	0
AAATTTTGCTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAA	4	87	0
ATCACCCTTTTTGTAGTCATAATGTTCTACTA	5	10	1
          ** *** *****
MAP Score: 13.7469

Motif 2
AGTTTCTAAGCATTCCTTTTACGA       	0	3	0
CGCCAGCCTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTG	0	60	0
AAAGTTTAAGGTTTATTTTAACTTATTTTTA	0	201	0
AAAATAAACCTTAAACTTTAATGGTTTCTAA	0	213	1
TTTTATTAATCCATAATTTAAAATTGTAATA	0	263	0
      GGTGTTATCCTTTAAGTTTTATTAA	0	285	0
GCGTTTGTCTCCAGGTTTTAGTCAAAAATTT	1	18	1
TAGTCAAAAATTTGGCTTTAGCTAAAATCTA	1	36	1
TGGGATAAAACTAGATTTTAGCTAAAGCCAA	1	47	0
CGAAAAACTCCTATCCTTTAGGTAGAGATAT	1	84	1
AAATATCCATGCAGACTTTAAAGAACAAAGC	1	178	1
GCATTCAATGGAATGCTTTAGTTAGGAAGCT	1	220	1
TTAGGAAGCTCCTTGCTTTAAGCAAGGGGTG	1	241	1
CTCCTCATTTCAAAACTTTAATTCAGTGAAA	1	273	0
CCAAAGGCATCCTTGCTTTTGGTTGGAACTA	4	36	1
CTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGATTATAG	4	64	0
TTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAATT	4	87	1
TGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGA	4	100	1
AAAAAGTATCCCTCCCTTTAAAAGAGTGTGA	5	124	1
TCTCCTTTTTCATGGTTTTAAGCGCATTTTT	5	172	0
          *** *******
MAP Score: 13.4003

Motif 3
TTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTGCT	4	22	1
TAGCACGATGAAACCTAAAGGGGATATTAGC	5	57	0
ACTTATATCTCTACCTAAAGGATAGGAGTTT	1	88	0
ATTATAGTTCCAACCAAAAGCAAGGATGCCT	4	40	0
AGGCTATATTCAAGCTAAAAGAGGTTAAAAT	1	130	1
AATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGC	0	47	1
TTTTGGGTATAATCCCAAAAGATTCAAATTT	3	33	1
TGGATTAATAAAACTTAAAGGATAACACC  	0	281	1
AACATTATGACTACAAAAAGGGTGAT     	5	5	0
ATCCACACAGAAAGAAAAAAGTATCCCTCCC	5	109	1
TTTTGGGATTATACCCAAAATTACCAAACAT	3	22	0
CGCTTAAAACCATGAAAAAGGAGATGCG   	5	179	1
ATTGAATGCTAACACGAAAGGCTTTGTTCTT	1	198	0
GATTTTAGCTAAAGCCAAATTTTTGACTAAA	1	34	0
CTTTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCA	4	97	1
GTTTCTAAACAAAACTAAGGGCTTTTATATT	0	236	1
ACCTGTCCTCATTCACAAAGTAGAATTATAG	0	170	1
AAGGAGCTTCCTAACTAAAGCATTCCATTGA	1	224	0
          ***** *****
MAP Score: 12.902

Motif 4
TCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAAG	0	54	1
TATAGTAAAAATAAGTTAAAATAAACCTTA	0	196	1
AAGTTAAAATAAACCTTAAACTTTAATGGT	0	208	1
TTTTATATTACAATTTTAAATTATGGATTA	0	258	1
ATGGATTAATAAAACTTAAAGGATAACACC	0	280	1
AATATCCATGCAGACTTTAAAGAACAAAGC	1	179	1
TCCTCATTTCAAAACTTTAATTCAGTGAAA	1	273	0
AAAATTACCAAACATTTTAAGCGCTCG   	3	7	0
CCAAAAGATTCAAATTTAAATAAGGAATGC	3	47	1
TTTAAAATTTCAAACTTTAACCGATTATAG	4	64	0
TTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTT	4	74	1
TTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAA	4	102	1
TATAATAAAGAAAATTTATACCAAATCTTA	4	139	1
          **********
MAP Score: 9.40472

Motif 5
CTAAAAGAGGTTAAAATAGTCTTTTTGGGGTAGG	1	144	1
    TTTTATTCAATGAAGTGTTTTG        	2	6	1
TTTTGCTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAATTTCA	4	82	0
GTTTCTAAACAAAACTAAGGGCTTTTATATTACA	0	236	1
CAGACTTTAAAGAACAAAGCCTTTCGTGTTAGCA	1	189	1
       TCGTAAAAGGAATGCTTAGAAACTATG	0	3	1
TAAAAATAAGTTAAAATAAACCTTAAACTTTAAT	0	201	1
TAATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAA	0	46	1
GCTGTTGGGATAAAACTAGATTTTAGCTAAAGCC	1	49	0
GATATAATAATAAAAAATGCGCTTAAAACCATGA	5	160	1
GTGTTAGCATTCAATGGAATGCTTTAGTTAGGAA	1	214	1
GTAGGAAATATCCATGCAGACTTTAAAGAACAAA	1	173	1
GGTTTTAGTCAAAAATTTGGCTTTAGCTAAAATC	1	31	1
GTGGTTTCACTGAATTAAAGTTTTGAAATGAGGA	1	269	1
CATGCTCCTTTAAATTTTGCTTTTAAAACAAAGC	4	96	0
TTTAATTCAGTGAAACCACCCCTTGCTTAAAGCA	1	254	0
          * ***  ** ****
MAP Score: 8.5806

Motif 6
      TCGTAAAAGGAATGCTTAGAAACT	0	4	1
TTTAAAGGCAAAAAGGCTGGCGGACAGGGA	0	69	1
AGGCTGGCGGACAGGGAGGGATTCGAACCC	0	82	1
CGCATCCTTAGCAGGGATGTGGTTTCAGCC	0	131	1
TAAACAAAACTAAGGGCTTTTATATTACAA	0	241	1
TATCTCTACCTAAAGGATAGGAGTTTTTCG	1	84	0
ATGCTAACACGAAAGGCTTTGTTCTTTAAA	1	194	0
TGCTTTAAGCAAGGGGTGGTTTCACTGAAT	1	254	1
GTTTTTTATAACAAGGAGTTACAACA    	4	6	0
TTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAG	4	81	1
GGAGCATGAAAATGGGCTATAATAAAGAAA	4	122	1
ATGACTACAAAAAGGGTGAT          	5	0	0
ATGAAACCTAAAGGGGATATTAGCGTTAAT	5	51	0
AGACTGATAAAAAAGGAAATAGCACGATGA	5	77	0
ACACTCTTTTAAAGGGAGGGATACTTTTTT	5	123	0
AAAACCATGAAAAAGGAGATGCG       	5	184	1
          **********
MAP Score: 7.49314