AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons001_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245428 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0116 165 DNA topoisomerase I (topA) #1 HP0174 300 H. pylori predicted coding region HP0174 #2 HP0246 188 flagellar basal-body P-ring protein (flgI) #3 HP0330 248 ketol-acid reductoisomerase (ilvC) #4 HP0331 24 cell division inhibitor (minD) #5 HP0350 259 H. pylori predicted coding region HP0350 #6 HP0351 43 flagellar basal-body M-ring protein (fliF) #7 HP0444 115 H. pylori predicted coding region HP0444 #8 HP0550 263 transcription termination factor Rho (rho) #9 HP0584 81 flagellar switch protein (fliN) #10 HP0585 228 endonuclease III (nth) #11 HP0672 158 solute-binding signature and mitochondrial signature protein (aspB) #12 HP0673 81 H. pylori predicted coding region HP0673 #13 HP0685 300 flagellar biosynthetic protein (fliP) #14 HP0762 169 H. pylori predicted coding region HP0762 #15 HP0769 87 molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A (mobA) #16 HP0828 121 ATP synthase F0, subunit a (atpB) #17 HP0870 207 flagellar hook (flgE) #18 HP0906 259 H. pylori predicted coding region HP0906 #19 HP0907 50 hook assembly protein, flagella (flgD) #20 HP1015 111 H. pylori predicted coding region HP1015 #21 HP1017 97 amino acid permease (rocE) #22 HP1018 47 H. pylori predicted coding region HP1018 #23 HP1038 128 3-dehydroquinase type II (aroQ) #24 HP1041 140 flagellar biosynthesis protein (flhA) #25 HP1091 259 alpha-ketoglutarate permease (kgtP) #26 HP1092 52 flagellar basal-body rod protein (flgG) #27 HP1132 22 ATP synthase F1, subunit beta (atpD) #28 HP1137 110 ATP synthase F0, subunit b' (atpF') #29 HP1141 23 methionyl-tRNA formyltransferase (fmt) #30 HP1142 39 H. pylori predicted coding region HP1142 #31 HP1143 243 H. pylori predicted coding region HP1143 #32 HP1147 21 ribosomal protein L19 (rpl19) #33 HP1151 73 ribosomal protein S16 (rpS16) #34 HP1153 130 valyl-tRNA synthetase (valS) #35 HP1324 21 H. pylori predicted coding region HP1324 #36 HP1325 174 fumarase (fumC) #37 HP1422 24 isoleucyl-tRNA synthetase (ileS) #38 HP1423 101 conserved hypothetical protein #39 HP1559 207 flagellar basal-body rod protein (flgB) (proximal rod protein) #40 HP1574 74 riboflavin synthase alpha subunit (ribC) #41 HP1582 126 pyridoxal phosphate biosynthetic protein J (pdxJ) #42 HP1584 64 sialoglycoprotease (gcp) #43 HP1585 179 flagellar basal-body rod protein (flgG) Motif 1 ACATAAAAGCTTTTCATTTTAATCAAACCTAG 5 137 0 ATTTTTCCTTTTAAATTCATTTAG 12 67 0 GATCGTGGTGTTTTCTTTTTTAAGGACCGCTT 13 230 1 TAACGACAACTTTTATTTTTAAAAAATGGGGT 18 113 1 AAAATGGGGTTTTTCGTTTTAAAAACACCTTT 18 135 1 CAAACATTATTTTTGATTTTTAAAAAGTTACC 25 33 1 TGAGAAAAGTTTTTGTTTTTAATGAAGGATTG 25 134 0 CAAGTATCCTTTATTTTTAAATTTAAACTT 8 8 1 TGTTCCAACTCTTTGATTTTTAACGCTGTTAT 0 55 1 ATGATTCCTTTTATTTTAAATGAT 4 5 0 AAATCAAAGATTTTAATTTTAGCCTTTTATTA 2 53 0 AAATTGTTTTTTTTTTTTTTTGAAATCGCTTT 5 91 0 CTTATAAGGGTTTTAGTTTTAGCATGTTAGCA 38 40 0 ATTTCCTTATTTTTGGTTTTTGAATAGGCGTT 39 14 1 CTGCTCACGCTTTTAGTTTTAGCCCCGTCATT 13 168 1 TTTTTGCCTTTTTTATTTTTTGTTGTTTGTAT 31 119 1 GGACTATCCTTTTTAATTTAAATGCTTTGTTG 34 11 1 GGTTATTAAGTTTTAGTTTAAAGGGAAAATC 43 158 1 AAAGAATTTTTATTTAAATGGTTTGATT 12 6 1 TTGCTATAATTTTTCCTTTAAAAGGATTCTTG 26 29 1 TTCTTCATTTTTTTTATTTATAATGTAGTTTT 31 73 1 TATTGCGTTCCTTTAATTTTTGCTTCTTAAAT 5 14 1 TTTGAAATCGCTTTAATTTTTGCCCTCTTTTA 5 73 0 GGTTATCCTTTTTAAAACAACTCT 18 245 0 CTCTCTAAAATTATCGTTTTTATTTAATTGTA 18 16 1 TTTAACGCTGTTATGGTTTTTATGGTTTAATG 0 73 1 GACTATCCTTTATTTTATAATAATGATTT 41 107 0 AAATTAAAATCTTTGATTTAAAGTTTATAAGA 2 66 1 GGTTATCCTTTAATTTAAAGAAATTCAAT 17 188 0 GATTTTCCTTTAAGATTTGATTTT 31 229 0 TCCTTTAAGATTTGATTTTTTATATTTTATAA 31 216 0 GCTTTAGCTTTTTGTATTTTTATCTTAATTGC 8 203 1 ATTCTTTATATTTGGTTTTTTAGCATTGCATG 1 200 1 TGGTAGGTGGTTTGTCTTTTTAGGCTTATTAT 24 95 0 AGAGTTTATGCTATTTTTTTAAGGTTTTAAAA 36 132 1 ATGACTTATGCTATAATTTTAAGTTTAAATTT 8 28 0 TCACCCAAATCTATTCTTTTTAATCTCTTTGG 7 87 0 GGTGTTAGTTTTATTCTTTTTGGAAAGAAAAA 1 69 1 CCCTTATGCCCTTTTATTTAAGCTTTTAGTGT 15 19 1 ACCAGGGTTATTATTCTTTATATTTGGTTTTT 1 188 1 ACCTTGTTGGCTTGTATTTTAAAATCT 42 5 0 TTTTTTGTTGTTTGTATTTAAAATCCCTATTT 31 134 1 TCCTTTGAAATTTGATTTTAAAACCTTAAAAA 36 147 0 GTTTTTTCTATTATAATTTAAGGC 3 2 0 GTTTAAAAAATTAGGGTTTTTAAGTAGAAGGT 36 97 1 AAAAACACCTTTAGCATTTTTAGATTTGATCA 18 155 1 TTATTTTACCCTATTCTTTAAGTTTTTATCCA 38 75 0 **** ****** MAP Score: 68.0724 Motif 2 AATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAG 5 43 1 TAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAAAATTAAAGCGAT 5 63 1 AAAAAAACCTTAAAACGCTTAAAAAACTATCGCTTG 21 39 1 TAACTCCTAGTAAAATTACCTAAAAATTTCATATTC 25 223 1 CAACAAAAAATAAAAAAGGCAAAAAATACCCTTCGC 31 108 0 AATTTGATTTTAAAACCTTAAAAAAATAGCATAAAC 36 135 0 AAATGAGGATTAAAAAAATGAAAAAACGCAAAATTC 13 19 0 GCGTTCTTTACAAAAATCTCTAAAAATCGTTTTAAT 14 55 1 AAAGCGATTTCAAAAAAAAAAAAAAACAATTTCAGT 5 91 1 TGAAACTTTATAAAAAGCTAATAAAAGGCTAAAATT 2 35 1 TATTAAAACCTTGATAAAATTTTCATTCT 6 24 0 CATTATAGTGTAAAATACCCATAAAATACCTTAAGA 39 47 0 AAAATTATAGCAAAAATTAAATAAAAACAGAT 26 6 0 TACAAAAATCTCCTAAAATATTCGTATT 33 55 0 CAAAAGCACCCAAAACATGCTTAAAAG 33 1 0 CAAATCGTTAAAAAACTCGTTAAAAAGCTTGGTTTA 16 29 1 TCTAATTTTCAAAAAACTTTCAAAAATGTTTCAAAA 11 77 0 CTATCTTAACAAAAAATCGCTTAAAATTTGAGAATA 28 18 0 ATGAGATTAGCCAAAGAGATTAAAAAGAATAGATTT 7 77 1 TATGTTACACTAAAAGCTTAAATAAAAGGGCATAAG 15 21 0 CAGGCATTTTTAAAATCAATCATAAAGGGCTTGCGA 25 74 0 AAACTAACACCAAAAAAGACAATAAATATTATTACA 1 44 0 TCAATCTATGCAAAATAAAGCAAAAGTTGTTCCTAA 17 157 0 CAACGAATTTTAAAATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGA 5 184 0 CTCATTCTATTATAAAATATAAAAAATCAAATCTTA 31 207 1 TGCTTTGTTGTATAATTTTGAAAAAATACGCAACAA 34 33 1 ATAGCCCCACACAAAGGGGCGAAAAAATAGCCCAAC 20 78 0 ACAAATTCCTTAAAAAGAGTGGTGGC 38 0 1 CATAATAAATTAAAACCACTCTAAAGTTAAATAAAA 8 57 1 TGCAATGCTAAAAAACCAAATATAAAGAATAATAAC 1 194 0 AGTGAAAATACTAAATCCAATAAAAA 41 0 0 AACTTTATATTATAATAAGCCTAAAAAGACAAACCA 24 84 1 CCATAAAAACCATAACAGCGTTAAAAATCAAAGAGT 0 62 0 AAAGAACGCTAAAAACTTCTTTTAAAATA 21 3 0 TGAACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA 5 241 1 TATGCTATACTCAAAAATCTTATAAACTTTAAATCA 2 79 0 CAAGATAAGATTAAATTTGACTAAAACGCGCTTTTT 43 110 0 GTTTTCATAACTAAATGAATTTAAAAGGAAAAAT 12 57 1 AAGGATTGATAATAAAGTCTAAAAAATGCACACAGG 25 106 0 TTTTGGAAAGAAAAAAAATGTTAAAGAAGATTCAAA 1 86 1 ATTCAAAGCGGGTAAAAGTGTTCGCCTC 1 2 1 TTGCTAAACTTCAAAATTAAGAAAAGA 22 1 0 GGTTTTATCCAATAAGTTCAGTAAAATAGGGATTTT 31 153 0 AAAATTATAGCATAAGTCATAATAAATTAAAACCAC 8 40 1 AAAGCGCATGATAAAACGCCCTAAAATTTATCAATA 43 24 1 TCAATTAGGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGCTTATGC 2 124 1 CCATGTAAAATATAAAGAAATAAAAGAGTTGTTTTA 18 221 1 CTTGCAAATTCATAACATGCAAAAAGCATTCCAATA 39 159 0 AACACCACCCCATAACGCTTTTTAAAGGTTATCGCT 17 33 0 ACGCCTATTCAAAAACCAAAAATAAGGAAATCCTA 39 9 0 ATGGTTTGATTTAAAAGTTTGAAAAGTGCAGTTTTC 12 27 1 CAATTAAGTTTTAAAAACTCATTAAACCAAGCTTTT 16 51 0 ATACAAAAAGCTAAAGCATTCTTAAAAAATTAGTGT 8 184 0 TGCGATCAATTCAAAGCATGCTTAAGCTTGAGCGAT 39 98 0 TAAACACATCCTTAAGAATAATAAAATGGTAACTAA 14 141 0 TGCAATTAAGATAAAAATACAAAAAGCTAAAGCATT 8 200 0 CGTGATCAAATCTAAAAATGCTAAAGGTGTTTTTAA 18 153 0 CATGCTAAAACTAAAACCCTTATAAGTTATGGATAA 38 46 1 GACAATGAAGTTTAAACACATAAAAGCTTTTCATTT 5 150 0 ***** ***** MAP Score: 53.815 Motif 3 CTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAA 5 52 1 AGCGATAATGTTTAAAAACATGCAGAATATTAAG 3 174 0 GAAATTTGATTTTAAAACCTTAAAAAAATAGCAT 36 139 0 AAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATTTAAAGTTT 2 58 1 ATACGCAACAATTAAAAGCGTAAAAGCAAAAGGC 34 58 1 AAAAAACTCGTTAAAAAGCTTGGTTTAATGAGTT 16 38 1 GCGATAACCTTTAAAAAGCGTTATGGGGTGGTGT 17 34 1 TACCTTCTACTTAAAAACCCTAATTTTTTAAACA 36 96 0 CGGTAACTTTTTAAAAATCAAAAATAATGTTTGC 25 32 0 CATAACAGCGTTAAAAATCAAAGAGTTGGAACAC 0 54 0 AACCATAGTTTTAAAAACCTCTGTTCTCATTAAG 18 73 1 GATGAAGCCCTTAAAAAACGCTTTCTCTCTTTTG 10 71 1 TATTTAAAACCCTTTTTTTAGTAGTT 5 243 0 CACAGGCATTTTTAAAATCAATCATAAAGGGCTT 25 78 0 GCAATTAAGTTTTAAAAACTCATTAAACCAAGCT 16 54 0 GGTTTTTCGTTTTAAAAACACCTTTAGCATTTTT 18 142 1 GTTGTTTGTATTTAAAATCCCTATTTTACTGAAC 31 140 1 ATTCTAATTTTCAAAAAACTTTCAAAAATGTTTC 11 81 0 TATGCTATACTCAAAAATCTTATAAACTTTAAAT 2 81 0 TAAAAAAACCTTAAAACGCTTAAAAAACTATCGC 21 38 1 GACAATGAAGTTTAAACACATAAAAGCTTTTCAT 5 152 0 TCAATCTCTCTTTAAACGCTCCTAATGATCCTAA 13 103 1 TTGAAACTTTATAAAAAGCTAATAAAAGGCTAAA 2 34 1 TATTAAAACCTTGATAAAATTTTCA 6 28 0 TCAATCCTTCATTAAAAACAAAAACTTTTCTCAA 25 133 1 TTGAATTAAAAACAAGGAATAAC 29 4 1 GTCATAATAAATTAAAACCACTCTAAAGTTAAAT 8 55 1 AGCGTTCTTTACAAAAATCTCTAAAAATCGTTTT 14 54 1 TACAAAAATCTCCTAAAATATTCGT 33 58 0 ATTATGTTACACTAAAAGCTTAAATAAAAGGGCA 15 25 0 GAACGCCTATTCAAAAACCAAAAATAAGGAAATC 39 13 0 AAAGCGCATGATAAAACGCCCTAAAATTTATCAA 43 24 1 TTTAAAACGCTTGTTTTTCTCTAAT 11 1 1 ACATGCTAAAACTAAAACCCTTATAAGTTATGGA 38 45 1 ACTCGTCATCACTAAAATCAATGACGGGGCTAAA 13 185 0 CCTTTGCTTGACTAAAATCAAATATCTATGCAAA 0 20 0 AATAAAACCCCTTTTTCAAACCCTT 39 192 0 ACCCTAATTTTTTAAACACCATTTCCACAATTTT 36 80 0 ******* * * * MAP Score: 38.5168 Motif 4 TTTTTTTTTGAAATCGCTTTAATTTTTGCCCT 5 79 0 GCCAATCTCTCTAAAATTATCGTT 18 2 1 TAATAAATTAAAACCACTCTAAAGTTAAATAA 8 59 1 ATCGCTTGATCAAGCTCTTTTACTATTTAATC 21 67 1 CTCATTAAACCAAGCTTTTTAACGAGTTTTTT 16 38 0 TAGAGAAAAACAAGCGTTTTAAA 11 1 0 GCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAG 5 52 0 AAATCTCTAAAAATCGTTTTAATGGTTATAAC 14 68 1 TTACAATAATCAAACATTCTAACATAAGGAGA 40 39 1 AATCCGCAACCAATCATTCTAAAAAGCTATTT 17 127 1 TTGTTTTTCGCAAGCCCTTTATGATTGATTTT 25 67 1 ACAAAAAGCTAAAGCATTCTTAAAAAATTAGT 8 186 0 AATAAAACCCCTTTTTCAAACCCTTG 39 191 0 TATTTAAAACCCTTTTTTTAGTAGTTC 5 242 0 AACAAACTAGAAATCTCTTTTTGTTAAAAGGA 8 235 1 TGCCTAGCGTCAATCTCTCTTTAAACGCTCCT 13 94 1 GTTCCAAATCCAACCATTTTTTAAGGAACGCT 34 92 1 AATAGCCCAACAAGCATTTTTTAATGAATTGC 20 57 0 CAAAAGAGAGAAAGCGTTTTTTAAGGGCTTCA 10 73 0 TAGCCCTTTTCAAGCGTTCTTTACAAAAATCT 14 42 1 AAAAAACCTTAAAACGCTTAAAAAACTATCGC 21 40 1 TCTTAACAAAAAATCGCTTAAAATTTGAGAAT 28 19 0 TGCTAAAACTAAAACCCTTATAAGTTATGGAT 38 48 1 CTGCACTTTTCAAACTTTTAAATCAAACCATT 12 26 0 CTTTTAAATCAAACCATTTAAATAAAAATTCT 12 12 0 ATTATACAACAAAGCATTTAAATTAAAAAGGA 34 17 0 ATTCAGCCACCACTCTTTTTAAGGAATTTGT 38 9 0 ACCACCCCATAACGCTTTTTAAAGGTTATCGC 17 34 0 TAATTTTCAAAAAACTTTCAAAAATGTTTCAA 11 79 0 AGCGCATGATAAAACGCCCTAAAATTTATCAA 43 26 1 CTTACCCCTTAAATCCCCCTAAGAACGAATCA 23 49 0 TCAAACCCTTTCTTATTCCCTAAAT 2 173 0 TTTCGTTTTAAAAACACCTTTAGCATTTTTAG 18 146 1 GCTTTTTTAACACCCTCTTTTTTAAGCTCTTG 43 85 0 ATTTGACTAAAACGCGCTTTTTTAACACCCTC 43 100 0 GTGGTGTTGCAAAACCCCCTATTTTCTTATGA 17 61 1 ACTTTATTATCAATCCTTCATTAAAAACAAAA 25 124 1 TTCTATGCTACAATCATTCATTAATAGGTATA 0 121 1 AAGAACGCTAAAAACTTCTTTTAAAATA 21 6 0 TACAAAAATCTCCTAAAATATTCGTAT 33 56 0 TTATACAACAAAAGCACCCAAAACATGCTTAA 33 13 0 TAGATTTGATCACGCGTCTTAAGGAACTCTTT 18 175 1 GGAACGCCTTTAATAAAATGTTTA 0 151 0 TTTTTAAAACAACTCTTTTATTTCTTTATATT 18 229 0 TATAAACACATCCTTAAGAATAATAA 14 153 0 TCTCTCTTTAAACGCTCCTAATGATCCTAAAC 13 107 1 *** * ****** MAP Score: 36.8998 Motif 5 TTTTAACGAGTTTTTTAACGATTTGTCTTG 16 24 0 CTATCATAATTTTTTTAACAAAGTCAAATT 8 91 0 TAAAACGCGCTTTTTTAACACCCTCTTTTT 43 95 0 AAACCCTAATTTTTTAAACACCATTTCCAC 36 86 0 ATTCTGCATGTTTTTAAACATTATCGCTCC 3 180 1 TGGTGTTTTCTTTTTTAAGGACCGCTTTGG 13 235 1 AATCCAACCATTTTTTAAGGAACGCTCTAT 34 98 1 TTTATGCTATTTTTTTAAGGTTTTAAAATC 36 136 1 AGAGAAAGCGTTTTTTAAGGGCTTCATCGC 10 69 0 CCCATAACGCTTTTTAAAGGTTATCGCTCA 17 31 0 GTTACACTAATTTTTTAAGAATGCTTTAGC 8 181 1 GTTTTAAGGTTTTTTTAAAGAACGCTAAAA 21 25 0 TTTTTAAAGATTAAATAGTA 21 87 0 TAACACCCTCTTTTTTAAGCTCTTGCCTCA 43 80 0 CAAGCGATAGTTTTTTAAGCGTTTTAAGGT 21 45 0 AAAAACCCCATTTTTTAAAAATAAAAGTTG 18 119 0 CGTCAATCTCTCTTTAAACGCTCCTAATGA 13 101 1 TTATTTTTGATTTTTAAAAAGTTACCGCTT 25 39 1 GTTTAATGAGTTTTTAAAACTTAATTGCTA 16 60 1 AGAACAGAGGTTTTTAAAACTATGGTTTCG 18 70 0 GCTAAAGGTGTTTTTAAAACGAAAAACCCC 18 140 0 GGTTATCCTTTTTAAAACAACTCTTTTA 18 241 0 ATTTTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACC 5 60 0 TTAAACCAAGCTTTTTAACGAGTTTTTTAA 16 36 0 AAATTTTCATTCTTTTAAGCCGTTCGT 6 7 0 TCGTTTCACTTCTTTAAAAGTGCTCGTAGC 3 75 1 GCTAAAAACTTCTTTTAAAATA 21 2 0 GAGTTAATGTTTTTATAACAAATGCGAGTT 28 53 1 TTACTATAAATTTTATAACAAATAAAGCCA 9 10 0 TCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGAC 5 50 0 AGCCACCACTCTTTTTAAGGAATTTGT 38 7 0 GCAAGAATCCTTTTAAAGGAAAAATTATA 26 33 0 TTTATTAGCTTTTTATAAAGTTTCAAATTA 2 30 0 GGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGCTTATGCT 2 131 1 TAAATTTCCTTTTAACAAAAAGAGATT 8 246 0 ********** MAP Score: 36.2277 Motif 6 AGGCTAAAATTAAAATCTTTGATTTAAAGTTTATAA 2 60 1 AAAAACTCGTTAAAAAGCTTGGTTTAATGAGTTTTT 16 39 1 TATAAAGAAATAAAAGAGTTGTTTTAAAAAGGATAA 18 231 1 AAAAATCTCCTAAAATATTCGTATTAAATTTGAGAT 33 44 0 CCAATCTCTCTAAAATTATCGTTTTTATTTAATTGT 18 11 1 TTTAAAACGCTTGTTTTTCTCTAATTGA 11 2 1 AAATGGTGTTTAAAAAATTAGGGTTTTTAAGTAGAA 36 90 1 AATGAACTACTAAAAAAAGGGTTTTAAATA 5 239 1 CTTTTATTTTTAAAAAATGGGGTTTTTCGTTTTAAA 18 122 1 TATGGTTCTCTAAAACTTGTGCTTTTGGGACAACTT 31 12 1 ATCGTTTAAGTGAAAAATTAGCTTTTCTTGCTATAA 3 36 1 AAATCATTCTTGAAAGAGTAGAGTTTT 9 64 1 ACATACTAAATAAAACCATAGGATAAAAGC 40 4 0 AATTTAAACTTAAAATTATAGCATAAGTCATAATAA 8 29 1 AAAGCATTCTTAAAAAATTAGTGTAACCAAAAGATG 8 172 0 TTTAAAACCTTAAAAAAATAGCATAAACTCTTATAC 36 127 0 TGCAAGGGTTTGAAAAAGGGGTTTTATT 39 189 1 TGAAAAAACGCAAAATTCTAGCCTTAA 13 1 0 AAAAATCGCTTAAAATTTGAGAATATTCAAGCG 28 7 0 TTTAAACACATAAAAGCTTTTCATTTTAATCAAACC 5 140 0 AATGTAAGTCTAAAATTTAAGGGTTATAACCATTAA 14 86 0 AATCTAAAATCAATGCCTTAATCTGGTAGG 24 120 0 TAAACCTAAACGAAACCATAGTTTTAAAAACCTCTG 18 60 1 TAAATTTGACTAAAACGCGCTTTTTTAACACCCTCT 43 99 0 CATTATAGCGTAAAATAAGCTTTTTTGTATCATACG 24 44 1 TGATTTTAACCGAAAGCGTGGCTTTTTTCATGGAAT 10 141 0 GCGTTCCTTAAAAAATGGTTGGATTTGGAACGCCTT 34 87 0 AATAAGAAACTGAAATTGTTTTTTTTTTTTTTTGAA 5 99 0 TAAAGAACGCTAAAAACTTCTTTTAAAATA 21 4 0 AATTTTTATTTAAATGGTTTGATTTAAAAGTTTGAA 12 14 1 CTTATAGGTGTAAGAGGCGGGTTTTATGTTACAATT 41 67 1 AGGGGTAAGATAAAAACTTATGCTATAATGTGGTCT 23 72 1 TTGAATTAAAAACAAGGAATAAC 29 6 1 CAAATTCATAAGAAAATAGGGGGTTTTGCAACACCA 17 62 0 AATTTTTACACAAAAGAGGGTTATTATCCGTTCGCA 36 50 0 GGGAGTTAAGCAAAAAGAGTTCCTTAAGACGCGTGA 18 184 0 TTAAAGTTTATAAGATTTTTGAGTATAGCATAAAAA 2 83 1 GCTAATCCTTTGAAATTTGATTTTAAAACCTTAAAA 36 148 0 TCGCGCTTAATGAGAACAGAGGTTTTTAAAACTATG 18 76 0 ***** * * *** MAP Score: 33.2426 Motif 7 GGAACGCCTTTAATAAAATGTTTATACCTATTA 0 142 0 TTTATTGTCTTTTTTGGTGTTAGTTTTATTCTTTTT 1 54 1 GCATCGAGAATTTTTGAATCTTCTTTAACATTTTTT 1 98 0 TCATACCTCAATTTAATTTGAAACTTTATAAAAAGC 2 17 1 TAATTTTAGCCTTTTATTAGCTTTTTATAAAGTTTC 2 36 0 TAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACCTAATT 2 126 0 CGTTTCACTTCTTTAAAAGTGCTCGTAGCTCAGCTG 3 76 1 TTTTAACCCTTTTTAGACTACAATTTAAGAAGCAAA 5 32 0 TTTTTTTTTTTTTTTGAAATCGCTTTAATTTTTGCC 5 81 0 TGTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAAAATTCGT 5 182 1 TATTTAAAACCCTTTTTTTAGTAGTTCA 5 241 0 AATTTTCATTCTTTTAAGCCGTTCGT 6 0 0 TATCCTTTATTTTTAAATTTAAACTTAAAATTATAG 8 14 1 TTTAGAGTGGTTTTAATTTATTATGACTTATGCTAT 8 46 0 TTACACTAATTTTTTAAGAATGCTTTAGCTTTTTGT 8 182 1 TTTAAAACGCTTGTTTTTCTCTAATT 11 0 1 TCTAATTGAATTTTCAATTAGAGTTTTCTTGCATAG 11 29 1 TTTTGAAACATTTTTGAAAGTTTTTTGAAAATTAGA 11 77 1 ATCAAAAAAATTTTAATTCTAATTTTCAAAAAACTT 11 94 0 TTTTTTCATTTTTTTAATCCTCATTTGCCCTTTAAT 13 29 1 CTCATTTGCCCTTTAATATGCCCTTTAATGAGCGCT 13 48 1 GGTGTTTTCTTTTTTAAGGACCGCTTTGGGCACGCA 13 236 1 GGTTTAGCCCTTTTCAAGCGTTCTTTACAAAAATCT 14 38 1 CCCTTATGCCCTTTTATTTAAGCTTTTAGTGTAACA 15 19 1 AAACCAAGCTTTTTAACGAGTTTTTTAACGATTTGT 16 28 0 GTTTAATGAGTTTTTAAAACTTAATTGCTACAATTA 16 60 1 AACAGAGGTTTTTAAAACTATGGTTTCGTTTAGGTT 18 62 0 GGGTTTTTCGTTTTAAAAACACCTTTAGCATTTTTA 18 141 1 GGTTATCCTTTTTAAAACAACTCTTTTATTTCTTTA 18 233 0 GATCTCTTCCTTCTTAAAGATGTCTTATTATAGAGC 19 24 0 TATTTTAAAAGAAGTTTTTAGCGTTCTT 21 2 1 TTATGATTGATTTTAAAAATGCCTGTGTGCATTTTT 25 85 1 ATCTGTTTTTATTTAATTTTTGCTATAATTT 26 5 1 ATAATTTTTCCTTTAAAAGGATTCTTGC 26 34 1 ATATTCTCAAATTTTAAGCGATTTTTTGTTAAGATA 28 17 1 TTCTTCATTTTTTTTATTTATAATGTAGTTTTTATG 31 73 1 GTTGTTTGTATTTAAAATCCCTATTTTACTGAACTT 31 140 1 GATTTTCCTTTAAGATTTGATTTTTTATATTTTA 31 219 0 CTTTTAAGCATGTTTTGGGTGCTTTT 33 0 1 AAACCCTAATTTTTTAAACACCATTTCCACAATTTT 36 80 0 TTTTTTAAGGTTTTAAAATCAAATTTCAAAGGATTA 36 146 1 ATTCTTTAAGTTTTTATCCATAACTTATAAGGGTTT 38 59 0 CTCTTAAGGTATTTTATGGGTATTTTACACTATAAT 39 46 1 TTTGCAAGGGTTTGAAAAAGGGGTTTTATT 39 187 1 TATCCTTTATTTTATAATAATGATTTTTGGAATTGT 41 97 0 AAACGCGCTTTTTTAACACCCTCTTTTTTAAGCTCT 43 87 0 GATTTTCCCTTTAAACTAAAACTTAATAACCTAA 43 155 0 ******* *** MAP Score: 19.419 Motif 8 TTTAACGCTGTTATGGTTTTTATGGTTTAATGA 0 73 1 GTAATAATATTTATTGTCTTTTTTGGTGTTAGT 1 45 1 AGATTTTAATTTTAGCCTTTTATTAGCTTTTTA 2 45 0 TTAAACCTAATTGAGCGTATTTTTATGCTATAC 2 105 0 TTTCTTAATATTCTGCATGTTTTTAAACATTAT 3 171 1 TCGCTTTAATTTTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTT 5 65 0 ACTGAAATTGTTTTTTTTTTTTTTTGAAATCGC 5 94 0 TTAAGAATGCTTTAGCTTTTTGTATTTTTATCT 8 195 1 CCAAAAGAGAGAAAGCGTTTTTTAAGGGCTTCA 10 73 0 TAAAATTTTTTTGATCATGTTATGATAGTTCAA 11 115 1 AAGGCTAGAATTTTGCGTTTTTTCATTTTTTTA 13 12 1 CTTTGGTTGGTTTAGCCCTTTTCAAGCGTTCTT 14 30 1 TTATAACCATTAAAACGATTTTTAGAGATTTTT 14 66 0 TTTTTAACGATTTGTCTTGTTTTCTTTTACAAT 16 10 0 ATTGCTACAATTAAGGAAATTTTCAATAAGGCT 16 83 1 GAATGATTGGTTGCGGATTTTAAAGTTTTGTTA 17 113 0 TAAAAACACCTTTAGCATTTTTAGATTTGATCA 18 154 1 AAAATGCTTGTTGGGCTATTTTTTCGCCCCTTT 20 69 1 AAAAGAAGTTTTTAGCGTTCTTTAAAAAAACCT 21 16 1 TTTAAGCGTTTTAAGGTTTTTTTAAAGAACGCT 21 29 0 AATTTTGAAGTTTAGCAAATTTTAAGGAAGTAA 22 19 1 TTTTACGCTATAATGCGAACTTTATTAAATTAC 24 26 0 GTTTGTCTTTTTAGGCTTATTATAATATAAAGT 24 85 0 TTTAAAAAGTTACCGCTTGTTTTTCGCAAGCCC 25 51 1 AAAAATGCCTGTGTGCATTTTTTAGACTTTATT 25 99 1 TTCTCAAATTTTAAGCGATTTTTTGTTAAGATA 28 20 1 GTTATTCCTTGTTTTTAATTCAA 29 9 0 TTATCTCAATTTCTTCATTTTTTTTATTTATAA 31 63 1 GAAGGGTATTTTTTGCCTTTTTTATTTTTTGTT 31 110 1 TCAATTTAACTTAAGCAGGTTTTATCCAATAAG 31 173 0 CTTTTAAGCATGTTTTGGGTGCTTTT 33 3 1 TAAACACCATTTCCACAATTTTTACACAAAAGA 36 69 0 GTTTAAAAAATTAGGGTTTTTAAGTAGAAGGTA 36 97 1 GTATAAGAGTTTATGCTATTTTTTTAAGGTTTT 36 127 1 TTAAGGTATTTTATGGGTATTTTACACTATAAT 39 49 1 TCGCTCAAGCTTAAGCATGCTTTGAATTGATCG 39 99 1 TTGGAATGCTTTTTGCATGTTATGAATTTGCAA 39 161 1 TGATAAATTTTAGGGCGTTTTATCATGCGCTTT 43 24 0 ** ** ****** MAP Score: 7.74952 Motif 9 CGATTCATTAAACCATAAAAACCATAACAG 0 80 0 ATTTAATTTGAAACTTTATAAAAAGCTAAT 2 27 1 AACTTTATAAAAAGCTAATAAAAGGCTAAA 2 38 1 ATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATTT 2 55 1 AAAATCTTATAAACTTTAAATCAAAGATTT 2 72 0 CCTTTTATAAAAACTTTAAACCTAATTGAG 2 123 0 TTTAAGAAGCAAAAATTAAAGGAACGCAAT 5 15 0 AAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAA 5 56 1 AAAAGAGGGCAAAAATTAAAGCGATTTCAA 5 74 1 ATACGCCAACGAATTTTAAAATTGCTCTTA 5 196 0 TTTTAAATTTAAACTTAAAATTATAGCATA 8 24 1 TGCACTTTTCAAACTTTTAAATCAAACCAT 12 27 0 TGACGGGGCTAAAACTAAAAGCGTGAGCAG 13 168 0 TAATGGTTATAACCCTTAAATTTTAGACTT 14 87 1 TGTTACACTAAAAGCTTAAATAAAAGGGCA 15 25 0 CTTGAGCGATAACCTTTAAAAAGCGTTATG 17 29 1 TTGATTAACAAAACTTTAAAATCCGCAACC 17 108 1 CCCATTTTTTAAAAATAAAAGTTGTCGTTA 18 113 0 CCCACCATGTAAAATATAAAGAAATAAAAG 18 217 1 TTCTTTAAAAAAACCTTAAAACGCTTAAAA 21 33 1 AAAATTTGCTAAACTTCAAAATTAAGAAAA 22 12 0 GAAGTTTAGCAAATTTTAAGGAAGTAACCA 22 25 1 AACTTTTTAAAAATCAAAAATAATGTTTGC 25 32 0 TCCTTCATTAAAAACAAAAACTTTTCTCAA 25 137 1 AAATTATAGCAAAAATTAAATAAAAACAGA 26 11 0 GAATATTCTCAAATTTTAAGCGATTTTTTG 28 15 1 ACAAACAACAAAAAATAAAAAAGGCAAAAA 31 119 0 ATAAAAAATCAAATCTTAAAGGAAAATC 31 225 1 TTTGATTTTAAAACCTTAAAAAAATAGCAT 36 139 0 CTAACATGCTAAAACTAAAACCCTTATAAG 38 42 1 GTTATGGATAAAAACTTAAAGAATAGGGTA 38 71 1 CTTGATGATAAAATCTTATAGGTGTAAGAG 41 53 1 CTTTAAACTAAAACTTAATAACCTAAAATT 43 151 0 ********** MAP Score: 2.8611