AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons002_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245558 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0350 259 H. pylori predicted coding region HP0350 #1 HP0351 43 flagellar basal-body M-ring protein (fliF) #2 HP0364 205 ribonucleoside diphosphate reductase, beta subunit (nrdB) #3 HP0477 117 outer membrane protein (omp12) #4 HP0480 45 GTP-binding protein, fusA-homolog (yihK) #5 HP0616 77 chemotaxis protein (cheV) #6 HP0617 34 aspartyl-tRNA synthetase (aspS) #7 HP1050 53 homoserine kinase (thrB) #8 HP1051 72 H. pylori predicted coding region HP1051 #9 HP1054 63 H. pylori predicted coding region HP1054 #10 HP1057 148 H. pylori predicted coding region HP1057 #11 HP1197 88 ribosomal protein S12 (rps12) #12 HP1198 223 DNA-directed RNA polymerase, beta subunit (rpoB) #13 HP1199 45 ribosomal protein L7/L12 (rpl7/l12) #14 HP1200 108 ribosomal protein L10 (rpl10) #15 HP1201 44 ribosomal protein L1 (rpl1) #16 HP1203 300 transcription termination factor NusG (nusG) #17 HP1204 35 ribosomal protein L33 (rpL33) #18 HP1205 300 translation elongation factor EF-Tu (tufB) #19 HP1295 22 ribosomal protein S11 (rps11) #20 HP1297 78 ribosomal protein L36 (rpl36) #21 HP1300 42 preprotein translocase subunit (secY) #22 HP1318 34 ribosomal protein L4 (rpl4) #23 HP1319 36 ribosomal protein L3 (rpl3) #24 HP1320 164 ribosomal protein S10 (rps10) #25 HP1512 153 iron-regulated outer membrane protein (frpB) #26 HP1513 226 selenocysteine synthase SelA, putative #27 HP1514 101 transcription termination factor NusA (nusA) Motif 1 CTTGATAAAATTTTCATTCTTTTAAGCCGTTCGT 1 9 0 AAAAAAGAAATTTTAAGCTTTTTAGCTCTTACGAT 14 39 0 AGTCAATAACTTTTGCTATTTTTAGGGCTTTTTAG 24 46 0 ATTTGGAGTTTTTTCTGGCTTTTAGGGGGTTTTAA 2 115 1 TAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGTATAATTGAA 10 85 1 TTTAGGGGGTTTTAAATTCTTTTAAGGTATTCTAA 2 135 1 TTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAG 0 52 0 GGGTAAAAATTTTACTCCATTTTAACCGGTCATTT 10 63 1 AATGAAAATTTTATCAAGGTTTTAATA 1 26 1 TGCAGGTGGGTTTTTGGTATTTTTATCATGGATGG 12 114 1 TTTTAGGGCTTTTTAGAGATTTTTACTTCCTTTTT 24 27 0 AAACTTCAATTTTTCAGTATTTTTAAAGGATTAAA 2 74 0 TTTATTGTTTTATTCTGTTTTTTAGTAACGGATAA 24 116 1 CTGAAATTGTTTTTTTTTTTTTTTGAAATCGCTTT 0 91 0 TTGATTCCTTTTTTGAGAGTTTAAAATAAGCGTTA 26 190 0 AATGAAAAGCTTTTATGTGTTTAAACTTCATTGTC 0 151 1 GTTTTATCCCTTTAAATTAAAACAAA 6 18 0 CCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 5 5 0 AATATGTTAATATAAAAGTTTTTAGTAGTGCCTAA 20 32 1 CATTTTACCCTAATTTTTCTTTTAAAAATCTTAAC 11 22 0 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTAAAGGGA 6 3 1 TGTATAATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGG 7 4 1 ATTAAGATGCTCTTAAGGATTTTAAAAAAGTAGTT 26 124 1 AACTTCATTGTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTT 0 174 1 TAATAATACCTTAAATTTGTTTTAGGATTAAGAAA 25 48 0 GATTTTTCTCCTTTGAAAAAATTAGGC 20 61 0 TTAGGATTTCTTTTTGAATTTTGAACATGGAAACA 26 23 1 AAAGAAGCAGTATTTTAGCTTTTTAATCCTTTAAA 2 53 1 TACCACAAAATTTAAGACATTTTTGTCTTATCGCC 18 202 0 TGAAACCATTTTTAAGCCATTTTTGAATACAATAA 3 37 0 ATTTATACATTAAAAGAATTTTTAATTCTATCCAA 16 37 0 AATGCTAAAACTTTTTTTAATCACATTTTT 25 5 1 TTCGCTATAATAAAATTTCTTTTAAACGCGCCATA 27 13 1 TTCTTTTAGCCTTTTTATTTACTTTTTT 25 135 0 AATCCAATCCTTCACATTTTTTTAAATTAAAGCCA 13 20 0 GACTATATCATTGAGATAGTTTTAAGGAAATTAAG 2 173 1 ACAATAAGAGTATTTTATTTTTAAGGTTAGAACA 3 9 0 TCTTAAGTTCCTTTAAATTGATGTTCT 27 84 0 TTTTGAGTAGTATTTCAGTTTTTATTTTATTGTTT 24 91 1 AATTTTTTAATTTTAGTTTAAGCTATTTTGGA 16 7 1 TATTCTCCTTATTTAAAGCCACCAACC 16 283 0 TTTTTCCTTATTCTAAAAATTTAAAACTAAAAGTT 11 61 0 **** ****** MAP Score: 44.7304 Motif 2 ATACTTCTAATTTCAATTTTGCTTGTTAGGA 4 19 1 ATTGCGTTCCTTTAATTTTTGCTTCTTAAAT 0 15 1 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTA 6 1 1 TTGAAATCGCTTTAATTTTTGCCCTCTTTTA 0 73 0 TTGAGTAGTATTTCAGTTTTTATTTTATTGT 24 93 1 TTAAAAATGGTTTCACTTTTTTCTATTAAAA 3 57 1 GTTGATACCCTTTCATTTTTAAAACTAGCAT 7 16 0 TATTATAGCATTTAATCTTTGATAGGGCTTT 5 44 1 ATCACGCTGTTTTTAGCTTTGTTGGATTTTT 16 221 1 AATAAGAGTATTTTATTTTTAAGGTTAGAAC 3 11 0 GCGTTAGTCGTTTTAATTTTAGGGGGTTAT 9 43 1 ATGGGGGAACTTTTAGTTTTAAATTTTTAGA 11 54 1 AATTTTTTAATTTTAGTTTAAGCTA 16 4 1 TAGGATAACATTTTAGTTTTTGAGACGCCTA 18 83 1 AACGCACTTATTTCTGTTTTGGTGGTGGTGA 16 185 1 AGAAGCAGTATTTTAGCTTTTTAATCCTTTA 2 55 1 CAAAAGGATCTTTAAACTTTAGAACCATCCA 12 142 0 AAAAAGAAATTTTAAGCTTTTTAGCTCTTAC 14 42 0 AATTGTTTTTTTTTTTTTTTGAAATCGCTTT 0 91 0 TGAATTAGGGTTTATTTTTTGGAATTGGATT 8 13 1 GATTTTTCTCCTTTGAAAAAATTAG 20 63 0 TTGATAAAATTTTCATTCTTTTAAGCCGTTC 1 12 0 AAGCTTAAAATTTCTTTTTTAAAAAGATAAT 14 54 1 CGCAAAGGCCTTTCTGTTTTTAAGTC 12 5 0 CGTTAGGAGTTTTTAATCTTAGGCTGAAGAT 14 10 1 TTTACCCTAATTTTTCTTTTAAAAATCTTAA 11 23 0 TTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTACA 0 46 0 TTCTTTTAGCCTTTTTATTTACTT 25 139 0 ACGCTAAAATTTTAAACCTTAACTCCAAGAT 9 16 0 AGGATTTCTTTTTGAATTTTGAACATGGAAA 26 25 1 ACAAAAATGTCTTAAATTTTGTGGTAGCATT 18 211 1 ATTTAAGACATTTTTGTCTTATCGCCATTCA 18 197 0 TTTTAAAAAACTTCAATTTTTCAGTATTTTT 2 85 0 TGTATTTCTCCTTAATTTTTTGAAATGGATT 18 278 0 GTTTTATCCCTTTAAATTAAAAC 6 21 0 ***** ***** MAP Score: 42.9715 Motif 3 CTATAATAAAATTTCTTTTAAACGCGCCATAT 27 17 1 GAAAAATTGAAGTTTTTTAAAATTTGGAGTTT 2 94 1 AGTAGTGCCTAATTTTTTCAAAGGAGAAAAAT 20 55 1 TGATAAAACTACTTTTTTAAAATCCTTAAGAG 26 133 0 ATTTCTCCTTAATTTTTTGAAATGGATTTTAG 18 274 0 TTAGCTTTTTAATCCTTTAAAAATACTGAAAA 2 67 1 TAGAATTAAAAATTCTTTTAATGTATAAATGT 16 42 1 ATCCTTAAAAATTTCTTTCAATTCCAACAAAA 15 15 0 TCTTAAGTTCCTTTAAATTGATGTTCT 27 84 0 TTGTTCCTTAATTTCCTTAAAACTATCTCAAT 2 182 0 TTACCCTAATTTTTCTTTTAAAAATCTTAACC 11 21 0 AATGCTAAAACTTTTTTTAATCACATTTTTC 25 9 1 AATCCTTCACATTTTTTTAAATTAAAGCCATC 13 18 0 TTGTTTTTTTTTTTTTTTGAAATCGCTTTAAT 0 88 0 GCTTAAAATTTCTTTTTTAAAAAGATAATCTT 14 56 1 GGGGGTTTTAAATTCTTTTAAGGTATTCTAAC 2 139 1 TTAAAAAAGTAGTTTTATCAAAAATTTAGCGG 26 145 1 AACTTGACTAAATTTTTAGAAAAAAGTAAATA 25 116 1 TTTTTTTAGTAGTTCATTCAAAACGGATATTA 0 225 0 GGTTTCACTTTTTTCTATTAAAATTAGTGTAT 3 65 1 GTTTGTAAAAACCTTTTAAACTAAATTAGG 5 8 1 TTTAGTTTTAAATTTTTAGAATAAGGAAAAAT 11 65 1 AATCGCCAAATCCCTTGAATTGTTTGTTAA 10 128 0 GTTTTATCCCTTTAAATTAAAACAAA 6 18 0 TATTAACATATTTTCATTGAAATAACCCTTAA 20 12 0 ATTGAAAGAAACTTTTAACAAACAATTCAAGG 10 114 1 AAAGAATGAAAATTTTATCAAGGTTTTAATA 1 22 1 TGATACCCTTTCATTTTTAAAACTAGCATTAT 7 13 0 TAAAGTGATATTTCCTATTAAAGAGCAGATAC 16 151 1 TCCAGTTTATAATCTCTTGAATGGCGATAAGA 18 180 1 TTTTTATATTTCCTTATAAAAAGGAAGTAA 24 8 1 AAAGCTTTTCATTTTAATCAAACCTAGCTAAT 0 132 0 AGGAAGTAAAAATCTCTAAAAAGCCCTAAAAA 24 31 1 CGCTAAATCCAATTCCAAAAAATAAACCCTAA 8 17 0 GATTCTAATCCTTAAAAATTTCTTTCA 15 27 0 * ****** *** MAP Score: 27.294 Motif 4 GTATAATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGGGT 7 11 1 GGGAACTTTTAGTTTTAAATTTTTAGAATA 11 58 1 CTTGGAGTTAAGGTTTAAAATTTTAGCGTT 9 18 1 TAATAACCTTAGGTTTAAAACTTGACTAAA 25 98 1 CTAAAAAAAGGGTTTTAAATA 0 248 1 GCTTTTAGGGGGTTTTAAATTCTTTTAAGG 2 132 1 AGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAAA 0 58 1 CTTTTTTGAGAGTTTAAAATAAGCGTTATT 26 188 0 TAGCGGGTTTAGTTTAAAATAACGCTTATT 26 171 1 TCAACAATAGGGGTTTAAAAT 7 42 1 ATAGGTTGGTGGCTTTAAATAAGGAGAATA 16 280 1 TGCTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAGTT 0 174 0 CGTTAGGAGTTTTTAATCTTAGGCTGA 14 7 1 TTTTAAGAGCAATTTTAAAATTCGTTGGCG 0 193 1 AAAAACTCCAAATTTTAAAAAACTTCAATT 2 98 0 AGAGCTAAAAAGCTTAAAATTTCTTTTTTA 14 45 1 AAAAATCCTAAGTGTTAAATATAGTGGCAT 10 11 1 AATTTTATCAAGGTTTTAATA 1 32 1 TGCTCTTAAGGATTTTAAAAAAGTAGTTTT 26 131 1 TAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAA 0 48 1 ATTCAAAAATGGCTTAAAAATGGTTTCACT 3 44 1 ATGGTTCTAAAGTTTAAAGATCCTTTTGCA 12 145 1 TATAGGCTCCAGTTTATAATCTCTTGAATG 18 173 1 TGATGGCTTTAATTTAAAAAAATGTGAAGG 13 17 1 TTAATATAAAAGTTTTTAGTAGTGCCTAAT 20 38 1 ACATTAAAAGAATTTTTAATTCTATCCAAA 16 36 0 AAGAAAAATTAGGGTAAAATGGGGGAACTT 11 36 1 TAAATGTATTAAGTTTAAGTGAGGGCGAAA 16 67 1 AATCGGTTAAGATTTTTAAAAGAAAAATTA 11 17 1 ********** MAP Score: 26.6567 Motif 5 AAGTTATTGCGTTCCTTTAATTTTTGCTTCTTAA 0 5 1 TTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTAC 0 47 0 CTGAAATTGTTTTTTTTTTTTTTTGAAATCGCTTTAATT 0 87 0 AAAAAAACAATTTCAGTTTCTTATTAGCTAGGTTTGATT 0 110 1 AGAAGCAGTATTTTAGCTTTTTAATCCTTTAAAAATACT 2 55 1 ATACTGAAAAATTGAAGTTTTTTAAAATTTGGAGTTTTT 2 89 1 TTTTAGGGGGTTTTAAATTCTTTTAAGGTATTCTAACAA 2 134 1 CAAAAATGGCTTAAAAATGGTTTCACTTTTTTCTATTAA 3 47 1 TTAGTGTATGATTGAGATTATTTTTGATTAGGATCAACC 3 88 1 TCTAATTTCAATTTTGCTTGTTAGGACATTT 4 24 1 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTAAAGGGATA 6 1 1 TTAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGTATAATTGAAAGA 10 84 1 GAACTTTTAGTTTTAAATTTTTAGAATAAGGAAAAATA 11 60 1 TGCAGGTGGGTTTTTGGTATTTTTATCATGGATGGTTCT 12 114 1 GTTCTAAAGTTTAAAGATCCTTTTGCAATGCTTACTTGA 12 148 1 GATCAAAAATTTTGAGTTATTTAATGCATTAATTCAAGT 12 181 0 AAAAAGAAATTTTAAGCTTTTTAGCTCTTACGATCTTCA 14 34 0 AATTTTTTAATTTTAGTTTAAGCTATTTTGGATA 16 5 1 TTGGATAGAATTAAAAATTCTTTTAATGTATAAATGTAT 16 37 1 ATCACGCTGTTTTTAGCTTTGTTGGATTTTTCTCTAGGG 16 221 1 TTAGGAATACTTAGGATTTTGTTTAGTATAATTCTAAAA 18 241 1 ATTTAAGGGTTATTTCAATGAAAATATGTTA 20 2 1 TTAGGGCTTTTTAGAGATTTTTACTTCCTTTTTATAAGG 24 21 0 GTCAATAACTTTTGCTATTTTTAGGGCTTTTTAGAGATT 24 41 0 TTTGAGTAGTATTTCAGTTTTTATTTTATTGTTTTATTC 24 92 1 TATTTTATTGTTTTATTCTGTTTTTTAGTAACGGATAAA 24 113 1 TAATAATACCTTAAATTTGTTTTAGGATTAAGAAAATAC 25 44 0 AGCCTTTTTATTTACTTTTTTCTAAAAATTTAGTCAAGT 25 117 0 ATAGGGCTTTTTCATGTTTGTTTCCATGTTCAAAATTCA 26 37 0 TTAGTTTAAAATAACGCTTATTTTAAACTCTCAAAAAAG 26 179 1 *** * ** *** * MAP Score: 8.32838 Motif 6 TTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTT 0 55 0 AGGGCAAAAATTAAAGCGATTTCAAAAAAAAA 0 79 1 AATGAAAAGCTTTTATGTGTTTAAACTTCATT 0 151 1 AAAATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAA 0 177 0 TTTCAGTATTTTTAAAGGATTAAAAAGCTAAA 2 66 0 TTTTTTAAAATTTGGAGTTTTTTCTGGCTTTT 2 106 1 TTTTCTGGCTTTTAGGGGGTTTTAAATTCTTT 2 125 1 CTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 5 7 0 GTCGTTTTAATTTTAGGGGGTTAT 9 49 1 TGATCAAAAATTTTGAGTTATTTAATGCATTA 12 189 0 AAAAAGAAATTTTAAGCTTTTTAGCTCTTACG 14 41 0 TTAATTTTAGTTTAAGCTATTTTGGATAGAAT 16 16 1 CATTTATACATTAAAAGAATTTTTAATTCTAT 16 41 0 AAAGCTCTTCTCTAGCCAATTTATATTGCATG 16 118 0 TGGATTTTTCTCTAGGGGCTTTTGTCTCTAGT 16 243 1 ACCACAAAATTTAAGACATTTTTGTCTTATCG 18 204 0 TCAGCTTGATTTAAGAGGAATAAGTTATT 21 23 1 TTGAATATAATATAAAGGGTTTGAT 22 19 1 TTTAGGGCTTTTTAGAGATTTTTACTTCCTTT 24 29 0 ACGAGTTCTTTTAGGAGAGTTT 24 152 1 CTAAAACAAATTTAAGGTATTATTAAATAGAA 25 58 1 TTTCTAAAAATTTAGTCAAGTTTTAAACCTAA 25 106 0 TTCTTTTAGCCTTTTTATTTACTTTT 25 137 0 TGGCGGTTTCTATAGGGCTTTTTCATGTTTGT 26 55 0 TTATCAAAAATTTAGCGGGTTTAGTTTAAAAT 26 159 1 TTGATTCCTTTTTTGAGAGTTTAAAATAAGCG 26 193 0 GAAATTTTATTATAGCGAATTT 27 0 0 ******* *** MAP Score: 5.81905