AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons003_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245599 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0493 124 phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase (mraY) #1 HP0598 22 8-amino-7-oxononanoate synthase (bioF) #2 HP0599 71 hemolysin secretion protein precursor (hylB) #3 HP0600 163 multidrug resistance protein (spaB) #4 HP0624 119 solute-binding signature and mitochondrial signature protein (aspB) #5 HP0707 178 conserved hypothetical protein #6 HP0737 146 conserved hypothetical integral membrane protein #7 HP0738 77 D-alanine:D-alanine ligase A (ddlA) #8 HP0743 300 rod shape-determining protein (mreB) #9 HP0786 147 preprotein translocase subunit (secA) #10 HP0977 128 conserved hypothetical secreted protein #11 HP0979 130 cell divison protein (ftsZ) #12 HP1054 63 H. pylori predicted coding region HP1054 #13 HP1057 148 H. pylori predicted coding region HP1057 #14 HP1154 130 H. pylori predicted coding region HP1154 #15 HP1491_HP1492 138 HP1491: phosphate permease, HP1492: conserved hypothetical nifU-like protein #16 HP1556 155 cell division protein (ftsI) #17 HP1560 207 cell division protein (ftsW) #18 HP1572 87 regulatory protein DniR #19 HP1573 74 conserved hypothetical protein #20 HP1581 126 methicillin resistance protein (llm) Motif 1 TTTAAGAAAATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAA 7 11 1 ATGGTTGGATTTGGAACGCCTTTTGCTTTTACGC 14 41 1 GAGCCGATTATTGGAATGCTTTTTGCATGTTATG 17 42 0 CTACACCCCATTTTAACGGATTTTACCATCAAAA 16 73 1 AGCATGGCGATTTTAGGGGATTTT 0 110 1 ATTTTCTTTATTATAGCCCATTTTCATGCTCCTT 3 120 0 AAAGGGTGTCTTTAAGCCCTTTTTAGTCCTTATA 5 18 1 ATAGACTTTATTGCAATCGTTTTTAGGGAGTTTG 7 50 1 TCCTTTTTAATTTAAATGCTTTGTTGTATAATTT 14 99 0 TGAGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAAA 15 61 0 GTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCA 3 79 1 ATTATCCTTATTATAGAGAGTTTTTAAC 10 4 0 AAGTAAAATTTTAAAGAGAGTTTTAAAAA 15 5 0 ATCTAAGGGTTTTAAGGGGATTGT 5 164 1 AAAAGTTTCTTTATAATCAATTTTAGCTTTTTAA 5 81 0 TTTAGTCCTTATAAAAAGGGTTTTAGTTTGGATT 5 39 1 AATAAAACCCCTTTTTCAAACCCTT 17 1 1 TAAGGCTGTGTTAGAAAGCGTTATTCAAGTTTAG 18 12 1 TTTGATAACCATCAAGGCGTTTTTATCGCATAAA 11 24 0 GTCGTTTTAATTTTAGGGGGTTAT 12 49 1 CCGTCTCATCATTAAAGCACTTTTCTAGCACTTT 8 159 0 GGCGTTCCAAATCCAACCATTTTTTAAGGAACGC 14 27 0 TTTATTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAACAA 6 81 0 AAGCGTCAGTTTTTAATCCCATTTTAGCATGGAT 9 75 0 CTTTATTTTATAATAATGATTTTTGGAATTGTAA 20 17 1 CTCATCTTTAATAAAACCCTTTATTTTACATGAC 9 32 1 TGGGTAAAAATTTTACTCCATTTTAACCGGTCAT 13 62 1 AAGGCTTAATTTTAAGCACGTTTTAGTATGATAA 6 46 0 ** ** ** **** MAP Score: 38.3823 Motif 2 TATATTTACCTAAAAAAAGGCTTTTGAATTTTCT 7 15 0 GCCATTTTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGG 15 57 1 AAGTAAAATTTTAAAGAGAGTTTTAAAAA 15 5 0 TTTATTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAACAA 6 81 0 TGCAAGGGTTTGAAAAAGGGGTTTTATT 17 4 0 AAAAGTCATGTAAAATAAAGGGTTTTATTAAAGA 9 36 0 TATTATCCTAAAATAGAGCGTTCCTTAAAAAA 14 8 1 TTGGTCCTTTTTAAAGAGAGGGTTTGTTGTTGCT 16 41 1 AGACCACTATTAGAACAAGGTTTTTATGACGAT 15 115 1 ATAACTAAACTTGAATAACGCTTTCTAACACAGC 18 16 0 TTTTAGTCCTTATAAAAAGGGTTTTAGTTTGGAT 5 38 1 TCCTTTATTTTATAATAATGATTTTTGGAATTGT 20 15 1 TTGAAAGTGCTAGAAAAGTGCTTTAATGATGAGA 8 156 1 TTGGGTTTTTTATAACAAGGAGTTACAACA 3 6 0 TTAGTATAATTGAAAGAAACTTTTAACAAACAAT 13 106 1 AGAGCGTTCCTTAAAAAATGGTTGGATTTGGAAC 14 24 1 AACCTTTGGTTAAAATAAGGTTATTTGATTTTAC 10 44 1 ATTATCCTTATTATAGAGAGTTTTTAAC 10 4 0 CGTTTTCTCATCAAAGAATGCGATCAATTCAAAG 17 75 1 AAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAG 3 77 1 CTATTCAGCTTTTAAAATAGCTTTGATTATAACT 18 44 0 AAATTCAGGTTTAAACAACCTTATAGTAAAATCA 10 69 0 * *** ** * *** MAP Score: 34.9791 Motif 3 TTTATTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAA 6 85 0 TGAGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATA 15 65 0 ACCCTTTAAAAGGGTGTCTTTAAG 5 4 1 GTAAAATCCGTTAAAATGGGGTGTAGCAAC 16 69 0 AGCATTTAAATTAAAAAGGATAGTCCA 14 113 1 AACCCTCTCTTTAAAAAGGACCAAGCGATC 16 35 0 TTTATAAGGACTAAAAAGGGCTTAAAGACA 5 24 0 TTTAGTCCTTATAAAAAGGGTTTTAGTTTG 5 39 1 TGCAAGGGTTTGAAAAAGGGGTTTTATT 17 8 0 AAGGAAACCATTAACAAGCGTTCTCCCCAC 8 48 0 AAATGACCGGTTAAAATGGAGTAAAATTTT 13 68 0 TACTTTAATCTTAAAATGGAATAGTTAATC 4 94 0 TTTTCGCATCTTAAAAAGCTAAAATTGATT 5 71 1 AGGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAG 3 93 1 TTTATCCATGCTAAAATGGGATTAAAAACT 9 72 1 TAAGGCTGTGTTAGAAAGCGTTATTCAAGT 18 12 1 TAAAGGAGCATGAAAATGGGCTATAATAAA 3 118 1 ATACGCAACAATTAAAAGCGTAAAAGCAAA 14 62 0 ATTTTTGATTTTTTAAAGGGATTAGAGTTC 10 106 1 AAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTA 3 77 1 TCAAAGCTATTTTAAAAGCTGAATAGCTAT 18 52 1 TCCTTTTTAATTTAAATGCTTTGTTGTATA 14 103 0 ********** MAP Score: 30.4531 Motif 4 CGTCTCATCATTAAAGCACTTTTCTAGCACTT 8 160 0 GTCATGTAAAATAAAGGGTTTTATTAAAGATG 9 34 0 TATTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAACAA 6 81 0 AGATTTTATCATCAAGCTATCTTTTGCTATAA 20 77 1 TTTGATAACCATCAAGGCGTTTTTATCGCATA 11 26 0 ATAAATGAGATTAAAGCACTCTTAATAAGGTT 9 116 1 GTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAG 3 79 1 ATTTACCTAAAAAAAGGCTTTTGAATTTTCTT 7 14 0 TAGTCCTTATAAAAAGGGTTTTAGTTTGGATT 5 41 1 CAAGGGTTTGAAAAAGGGGTTTTATT 17 4 0 GGAAACCATTAACAAGCGTTCTCCCCACTTGC 8 44 0 TAACAAACAATTCAAGGGATTTGGCGATT 13 129 1 CCACTATTAGAACAAGGTTTTTATGACGAT 15 118 1 TTAGTTATAATCAAAGCTATTTTAAAAGCTGA 18 42 1 TGTTACAATAATCAAACATTCTAACATAAGGA 19 25 0 TATTCAAACCTTAAAACAATCTCTCATCTTTA 9 10 1 TTTTTAAAACTCTCTTTAAAATTTT 15 3 1 GTGTAGCAACAACAAACCCTCTCTTTAAAAAG 16 47 0 AAAATTATACAACAAAGCATTTAAATTAAAAA 14 98 1 GAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTATA 13 110 0 GTTAAAAACTCTCTATAATAAGGA 10 2 1 TGCCATGATTTAAAAAGAATTTAAGGCAATGA 6 124 1 ACCCAAAATTACCAAACATTTTAAGCGCTCG 2 9 0 AGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAAA 15 61 0 TTTTGATTTTTTAAAGGGATTAGAGTTCTT 10 108 1 TATAAGGACTAAAAAGGGCTTAAAGACACCCT 5 20 0 GGTTTTTTATAACAAGGAGTTACAACA 3 5 0 ACAATCCCCTTAAAACCCTTAGATGAATTTT 5 157 0 TTTAAAAAGGACCAAGCGATCATTTAAAGAGA 16 24 0 ******* *** MAP Score: 29.0369 Motif 5 AATTGATTTACTTAAAAATAGCATGAATAGGGTAGGATA 0 40 0 AAATCGCCATGCTTGAAATTTAGAAAAAAGAAAATTGTA 0 84 0 CGAGCGCTTAAAATGTTTGGTAATTTTGGGTATA 2 5 1 TTTCATGCTCCTTTAAATTTTGCTTTTAAAACAAAGCCC 3 94 0 GTTAATCTTACCTAAAATTTAAGCGTTATGGTATGAAAC 4 62 0 CTACTTTAATCTTAAAATGGAATAGTTAATCTTACCTAA 4 86 0 ACCCTTTAAAAGGGTGTCTTTAAGCCCTTTTT 5 3 1 ATTTTCGCATCTTAAAAAGCTAAAATTGATTATAAAGAA 5 70 1 ACAATCCCCTTAAAACCCTTAGATGAATTTTCCAAAC 5 151 0 CTAAAACGTGCTTAAAATTAAGCCTTATTGTTTAAGAAA 6 54 1 CAAATAAAATGCTAAAATGCCATGATTTAAAAAGAATTT 6 107 1 TCTATATTTACCTAAAAAAAGGCTTTTGAATTTTCTTAA 7 12 0 GATCAAACTCCCTAAAAACGATTGCAATAAAGTCTATCT 7 48 0 TTAATGGTTTCCTTAAATTCATTCCTGTTGTGGGGAGTG 8 64 1 ATTTGAAAGTGCTAGAAAAGTGCTTTAATGATGAGACGG 8 154 1 TATTCAAACCTTAAAACAATCTCTCATCTTTAATAAA 9 8 1 TTTTATCCATGCTAAAATGGGATTAAAAACTGACGCTTT 9 71 1 GTTAAAAACTCTCTATAATAAGGATAATT 10 0 1 TGAAATTCAGGTTTAAACAACCTTATAGTAAAATCAAAT 10 66 0 ACTCTAATCCCTTTAAAAAATCAAAAATATGAAATTCAG 10 95 0 ATAACCCCCTAAAATTAAAACGACTAACGCTAAAAT 12 37 0 AAAATGACCGGTTAAAATGGAGTAAAATTTTTACCCACC 13 60 0 TCGCCAAATCCCTTGAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTC 13 117 0 TATTATCCTAAAATAGAGCGTTCCTTAAAAAATGG 14 6 1 TTAAAACTCTCTTTAAAATTTTACTTTAAGATACCATAT 15 13 1 TTGAGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAAATGGC 15 57 0 AGTGGCTTCTCTTTAAATGATCGCTTGGTCCTTTTTAAA 16 17 1 GGTAAAATCCGTTAAAATGGGGTGTAGCAACAACAAACC 16 61 0 ATTTGCAAGGGTTTGAAAAAGGGGTTTTATT 17 2 0 ATAAGGCTGTGTTAGAAAGCGTTATTCAAGTTTAGTTAT 18 11 1 TTCTCCTTATGTTAGAATGTTTGATTATTGTAACATACT 19 22 1 ******** * * MAP Score: 26.2209 Motif 6 TCAAGCTATCTTTTGCTATAATAGTGAAAATA 20 88 1 AACCTTTAATTTTTGAGAGAATTTAAAAGTTA 6 17 1 ATTTTAATTATTTTAGTATAATTGAAAGAAAC 13 94 1 GAACGCTCTATTTTAGGATAATA 14 1 0 TTTTAAGAAAATTCAAAAGCCT 7 0 1 GTTATTCAAGTTTAGTTATAATCAAAGCTATT 18 31 1 AACTTCTCTCTTTAAGGAGAATTATCTCAACT 8 227 1 TTTAATAACCTTTGGTTAAAATAAGGTTATTT 10 38 1 GTTTGGTAATTTTGGGTATAATCCCAAAAGAT 2 24 1 TGTTGTATAATTTTGAAAAAATACGCAACAAT 14 80 0 GAGGCGGGTTTTATGTTACAATTCCAAAAATC 20 34 0 GTTATTCTCCTTATGTTAGAATGTTTGATTAT 19 18 1 CTATCCTTTATTTTATAATAATGATTTTTGGA 20 12 1 TTAAACAACCTTATAGTAAAATCAAATAACCT 10 61 0 TTCATGCTATTTTTAAGTAAATCAATTTGCGC 0 52 1 AAAAGCCTTTTTTTAGGTAAATATAGATAGAC 7 24 1 TTTAAGCACGTTTTAGTATGATAACTTTTAAA 6 38 0 AGAACAAGGTTTTTATGACGAT 15 126 1 AATGCCATGATTTAAAAAGAATTTAAGGCAAT 6 122 1 ATATGGTATCTTAAAGTAAAATTTTAAAGAGA 15 20 0 GACTATCCTTTTTAATTTAAATGCTTTGTTGT 14 106 0 ACGCTTAAATTTTAGGTAAGATTAACTATTCC 4 75 1 AAAAGCGTTGTTTGATAAAAATGGCTCATTAT 15 50 0 CATTCCTTATTTAAATTTGAATCTTTTGGGAT 2 44 0 CTCTCAAAAATTAAAGGTTAATTTTA 6 4 0 TAAAAAGGGTTTTAGTTTGGATTTTCGCATCT 5 50 1 GCAATAAGATTTGGTATAAATTTTCTTTATT 3 142 0 TTAATCCCATTTTAGCATGGATAAAATAAAAG 9 65 0 TTTGCAAATCTTAAACTTTGATAAATAGCTAA 11 82 0 ***** ** *** MAP Score: 24.9557 Motif 7 AATTTCATATTTTTGATTTTTTAAAGGGATT 10 98 1 ATTTCCTTATTTTTGGTTTTTGAATAGGCGT 17 182 0 AAAAAAAGGCTTTTGAATTTTCTTAAAA 7 7 0 TATAATCAATTTTAGCTTTTTAAGATGCGAA 5 73 0 CAAGGATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGG 3 20 0 TTTTATTGGATTTAGTATTTTCACTATTATA 20 104 0 ATCATGGCATTTTAGCATTTTATTTGCATTA 6 102 0 TTGGAATGCTTTTTGCATGTTATGAATTTGC 17 35 0 TATGGTTTTATTTAGTATGTTACAATAATCA 19 43 0 TAGAAGCTTATTTTAATTTTTAGGAATCTTT 0 11 0 GGAGTTAAGGTTTAAAATTTTAGCGTTAGTC 12 21 1 TAAAACTCTCTTTAAAATTTTACTTTAAGAT 15 14 1 GCTTTTACGCTTTTAATTGTTGCGTATTTTT 14 65 1 TCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTT 3 70 1 CTCCTTTAAATTTTGCTTTTAAAACAAAGCC 3 95 0 TTGGAACGCCTTTTGCTTTTACGCTTTTAAT 14 51 1 ATATTTAACACTTAGGATTTTTA 13 2 0 ATTTGAATCTTTTGGGATTATACCCAAAATT 2 31 0 TAAAATTAACCTTTAATTTTTGAGAGAATTT 6 10 1 TTAAGCACGTTTTAGTATGATAACTTTTAAA 6 38 0 TTTACATGACTTTTATTTTATCCATGCTAAA 9 56 1 GCGTTAGTCGTTTTAATTTTAGGGGGTTAT 12 43 1 AAGGGTTTTAGTTTGGATTTTCGCATCTTAA 5 54 1 ***** ***** MAP Score: 21.4459 Motif 8 ACCCTTTAAAAGGGTGTCTTTAAGCCCTTTTTA 5 8 1 ATTGTTTAAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAATAAA 6 80 1 TTGGCATGATAACTTCTCTCTTTAAGGAGAATTAT 8 217 1 ATGGGATTAAAAACTGACGCTTTAATAAAATAAAT 9 87 1 GTTAAAAACTCTCTATAATAAGGATAAT 10 3 1 ACTCCATTTTAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGT 13 76 1 TTTTTAAAACTCTCTTTAAAATTTTACTT 15 4 1 ATTTTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCA 15 60 1 ** * * ****** MAP Score: 2.75449 Motif 9 CTACCCTATTCATGCTATTTTTAAGTAAATCA 0 44 1 CTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAATTTCAAAC 3 79 0 GGGTGTCTTTAAGCCCTTTTTAGTCCTTATAA 5 21 1 TCCAAACTAAAACCCTTTTTATAAGGACTAAA 5 39 0 ACAATCCCCTTAAAACCCTTAGAT 5 164 0 TTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAACAATA 6 79 0 CATTGCCTTAAATTCTTTTTAAATCATGGCAT 6 123 0 TTACCTAAAAAAAGGCTTTTGAATTTTCTTAA 7 12 0 ACGCAAACCCAATGCCTTCTGTGATAATTACA 8 122 0 CATCTTTAATAAAACCCTTTATTTTACATGAC 9 34 1 GTCAGTTTTTAATCCCATTTTAGCATGGATAA 9 73 0 AGTAGTAATAACCTTATTAAGAGTGCTTTA 9 127 0 AAGAACTCTAATCCCTTTAAAAAATCAAAAA 10 107 0 GATAACCATCAAGGCGTTTTTATCGCATAAAG 11 23 0 TTGGATTTGGAACGCCTTTTGCTTTTACGCTT 14 45 1 ATTATACAACAAAGCATTTAAATTAAAAAGGA 14 101 1 TGGACTATCCTTTTTAATTTAAATGCT 14 113 0 TTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCA 15 63 1 ATCGTCATAAAAACCTTGTTCTAATAGTGGTC 15 116 0 GTTGTTGCTACACCCCATTTTAACGGATTTTA 16 66 1 AATAAAACCCCTTTTTCAAACCCTTG 17 4 1 CGATTATTGGAATGCTTTTTGCATGTTATGAA 17 40 0 ACCTTAAGAGAACGCCTATTCAAAAACCAAAA 17 171 1 AAACTTGAATAACGCTTTCTAACACAGCCTTA 18 12 0 AGTTATAATCAAAGCTATTTTAAAAGCTGAAT 18 44 1 ** ******* * MAP Score: 2.65361 Motif 10 AGCGCAAATTGATTTACTTAAAAATAGCATG 0 54 0 GCCCATTTTCATGCTCCTTTAAATTTTGCTT 3 108 0 TTTGGTATAAATTTTCTTTATTATAGCCCAT 3 133 0 TACGCCCAAAAGTTTCTTTATAATCAATTTT 5 91 0 ACAATCCCCTTAAAACCCTTAGA 5 165 0 ATTAAAAAGCGATTTTCTTAAACAATAAGGC 6 75 0 TTAGCATTTTATTTGCATTAAAAAGCGATTT 6 91 0 ATTGCCTTAAATTCTTTTTAAATCATGGCAT 6 123 0 TCATTGCCTTAAATTCTTTTTA 6 134 0 AAGGCTTTTGAATTTTCTTAAAA 7 2 0 GCTTGTTAATGGTTTCCTTAAATTCATTCCT 8 59 1 AGTGCTAGAAAAGTGCTTTAATGATGAGACG 8 161 1 GGCGAAGTCAATTTGCCTGATGAAGTTGGCA 8 192 1 AGTTGAGATAATTCTCCTTAAAGAGAGAAGT 8 228 0 TTATTGTGTTAATTTCTTGATTGTATCCAAG 8 257 0 GCGTTTTTCATAACCCCTAATCT 8 287 0 ACCTTATTAAGAGTGCTTTAATCTCATTTAT 9 116 0 GTTAAAAACTCTCTATAATAAGGATAAT 10 7 1 AAGAACTCTAATCCCTTTAAAAAATCAAAA 10 108 0 GATACAGCCATTTCTTTATGCGATAAAAA 11 8 1 TTTTTAAAACTCTCTTTAAAATTTTACTT 15 8 1 TTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCA 15 64 1 TCTTAAGTGGCTTCTCTTTAAATGATCGCTT 16 12 1 AACAACAAACCCTCTCTTTAAAAAGGACCAA 16 41 0 AATGGCTCTGAATTGGCTTATCGCTCAAGCT 17 117 0 TAGGATTTCCTTATTTTTGGTTTT 17 193 0 ATTGATTGTTATTCTCCTTATGTTAGAATGT 19 11 1 * ********* MAP Score: 1.23718