AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons003_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245622 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0493 124 phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase (mraY) #1 HP0598 22 8-amino-7-oxononanoate synthase (bioF) #2 HP0599 71 hemolysin secretion protein precursor (hylB) #3 HP0600 163 multidrug resistance protein (spaB) #4 HP0624 119 solute-binding signature and mitochondrial signature protein (aspB) #5 HP0706 182 outer membrane protein (omp15) #6 HP0707 178 conserved hypothetical protein #7 HP0737 146 conserved hypothetical integral membrane protein #8 HP0738 77 D-alanine:D-alanine ligase A (ddlA) #9 HP0743 300 rod shape-determining protein (mreB) #10 HP0786 147 preprotein translocase subunit (secA) #11 HP0977 128 conserved hypothetical secreted protein #12 HP0979 130 cell divison protein (ftsZ) #13 HP1054 63 H. pylori predicted coding region HP1054 #14 HP1057 148 H. pylori predicted coding region HP1057 #15 HP1154 130 H. pylori predicted coding region HP1154 #16 HP1491_HP1492 138 HP1491: phosphate permease, HP1492: conserved hypothetical nifU-like protein #17 HP1556 155 cell division protein (ftsI) #18 HP1557 127 flagellar basal-body protein (fliE) #19 HP1559_HP1560 207 HP1559: flagellar basal-body rod protein (flgB) (proximal rod protein), HP1560: cell division protein (ftsW) #20 HP1572 87 regulatory protein DniR #21 HP1573 74 conserved hypothetical protein #22 HP1581 126 methicillin resistance protein (llm) Motif 1 TTATTTTAATTTTTAGGAATCTTTT 0 0 0 TTTGGGTTTTTTATAACAAGGAGTTACAACA 3 6 0 GTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAA 3 79 1 GGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCAT 3 94 1 ATTTTCTTATTTTAAGGAAACTCTTGCAACATAAA 5 16 0 AGAAAATGGATTAAAAGGAGCTATTATACTTCAAA 5 44 1 AAGAATGGTTTTATTATCATTTCTTATTCATAAGA 5 80 1 ATGCTATTATTTTATGAGACAATTTTAAAGATAGG 5 146 1 TAAAAAGGGCTTAAAGACACCCTTTTAAAGGGT 6 8 0 TTTTTAGTCCTTATAAAAAGGGTTTTAGTTTGGAT 6 37 1 CTAAAATTGATTATAAAGAAACTTTTGGGCGTAAC 6 89 1 TAACCTTTAATTTTTGAGAGAATTTAAAAGTTATC 7 16 1 TAAGGCTTAATTTTAAGCACGTTTTAGTATGATAA 7 46 0 TTTATTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAACAAT 7 80 0 TAGATAGACTTTATTGCAATCGTTTTTAGGGAGTT 8 47 1 CAGGAATGAATTTAAGGAAACCATTAACAAGCGTT 9 56 0 ATAATTCTCCTTAAAGAGAGAAGTTATCATGCCAA 9 217 0 TCTCTCATCTTTAATAAAACCCTTTATTTTACATG 10 29 1 AAGCGTCAGTTTTTAATCCCATTTTAGCATGGATA 10 74 0 AGTAATAACCTTATTAAGAGTGCTTTAATCTCATT 10 119 0 ATTATCCTTATTATAGAGAGTTTTTAAC 11 3 0 AATAACCTTATTTTAACCAAAGGTTATTAAAATTA 11 34 0 ACTAAAATAATTAAAATGACCGGTTAAAATGGAGT 14 76 0 TGAAAGAAACTTTTAACAAACAATTCAAGGGATTT 14 116 1 TCCTTTTTAATTTAAATGCTTTGTTGTATAATTTT 15 98 0 TTTTTAAAACTCTCTTTAAAATTTTA 16 1 1 ATATGGTATCTTAAAGTAAAATTTTAAAGAGAGTT 16 17 0 TGAGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAAAT 16 60 0 AAGACCACTATTAGAACAAGGTTTTTATGACGAT 16 114 1 GTGGCTTCTCTTTAAATGATCGCTTGGTCCTTTTT 17 18 1 TTGGTCCTTTTTAAAGAGAGGGTTTGTTGTTGCTA 17 41 1 GAGTTAAATTTTTAAAAAAGAGCTTAAGGAGGTTC 18 101 1 AACGAGCCGATTATTGGAATGCTTTTTGCATGTTA 19 148 1 TTTGCAAGGGTTTGAAAAAGGGGTTTTATT 19 187 1 TAAGGCTGTGTTAGAAAGCGTTATTCAAGTTTAGT 20 12 1 ATCCTTTATTTTATAATAATGATTTTTGGAATTGT 22 14 1 ****** ** ** MAP Score: 42.4464 Motif 2 ATTTTCTTTATTATAGCCCATTTTCATGCTCCTT 3 120 0 AAAGGGTGTCTTTAAGCCCTTTTTAGTCCTTATA 6 18 1 TAATAGCTCCTTTTAATCCATTTTCTTATTTTAA 5 36 0 GAGCCGATTATTGGAATGCTTTTTGCATGTTATG 19 151 1 TTTAAGAAAATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAA 8 11 1 ATGGTTGGATTTGGAACGCCTTTTGCTTTTACGC 15 41 1 AGCATGGCGATTTTAGGGGATTTT 0 110 1 ATAGACTTTATTGCAATCGTTTTTAGGGAGTTTG 8 50 1 CTACACCCCATTTTAACGGATTTTACCATCAAAA 17 73 1 ATTATCCTTATTATAGAGAGTTTTTAAC 11 4 0 AAGTAAAATTTTAAAGAGAGTTTTAAAAA 16 5 0 AAAAGTTTCTTTATAATCAATTTTAGCTTTTTAA 6 81 0 AATAAAACCCCTTTTTCAAACCCTT 19 192 0 TTTGATAACCATCAAGGCGTTTTTATCGCATAAA 12 24 0 GTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCA 3 79 1 TGGGTAAAAATTTTACTCCATTTTAACCGGTCAT 14 62 1 TTATTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAACAAT 7 80 0 TTTAGTCCTTATAAAAAGGGTTTTAGTTTGGATT 6 39 1 TCCTTTTTAATTTAAATGCTTTGTTGTATAATTT 15 99 0 TGAGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAAA 16 61 0 GCTATTATTTTATGAGACAATTTTAAAGATAGGA 5 148 1 ATCTAAGGGTTTTAAGGGGATTGT 6 164 1 CTTTATTTTATAATAATGATTTTTGGAATTGTAA 22 17 1 GGCGTTCCAAATCCAACCATTTTTTAAGGAACGC 15 27 0 CCGTCTCATCATTAAAGCACTTTTCTAGCACTTT 9 159 0 AGCGTCAGTTTTTAATCCCATTTTAGCATGGATA 10 74 0 AAGGCTTAATTTTAAGCACGTTTTAGTATGATAA 7 46 0 AAGTCATGTAAAATAAAGGGTTTTATTAAAGATG 10 34 0 GATACCATATAATGAGCCATTTTTATCAAACAAC 16 42 1 TAAGGCTGTGTTAGAAAGCGTTATTCAAGTTTAG 20 12 1 ATTCTTTTTAAATCATGGCATTTTAGCATTTTAT 7 110 0 AGGTAAGATTAACTATTCCATTTTAAGATTAAAG 4 88 1 GTCGTTTTAATTTTAGGGGGTTAT 13 49 1 ** ** ** **** MAP Score: 39.0599 Motif 3 AAGCATGGCGATTTTAGGGGATTTT 0 109 1 AGTCGTTTTAATTTTAGGGGGTTAT 13 48 1 CAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCAAGG 16 68 1 CCAAGCGATCATTTAAAGAGAAGCCACTTA 17 15 0 CATCTAAGGGTTTTAAGGGGATTGT 6 163 1 GCTTGGTCCTTTTTAAAGAGAGGGTTTGTT 17 39 1 TAAAGTAAAATTTTAAAGAGAGTTTTAAAA 16 11 0 AAAGACACCCTTTTAAAGGGT 6 1 0 AAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTA 3 77 1 ATTTTTGATTTTTTAAAGGGATTAGAGTTC 11 106 1 CCATTTTCTTATTTTAAGGAAACTCTTGCA 5 23 0 CTTATTTTAATTTTTAGGAATCTTTT 0 6 0 ACAGGAATGAATTTAAGGAAACCATTAACA 9 62 0 ATTGCAATCGTTTTTAGGGAGTTTGATC 8 59 1 TAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAAAAT 3 105 1 ATCCAACCATTTTTTAAGGAACGCTCTATT 15 21 0 ATTACCAAACATTTTAAGCGCTCG 2 4 0 GGAACGCTCTATTTTAGGATAATA 15 4 0 TAACTATTCCATTTTAAGATTAAAGTAGCC 4 97 1 CAATTTTAGCTTTTTAAGATGCGAAAATCC 6 68 0 AATCAAAGCTATTTTAAAAGCTGAATAGCT 20 50 1 ACATGCTATTATTTTATGAGACAATTTTAA 5 144 1 CTCTTAAGGTATTTTATGGGTATTTTACAC 19 46 1 TATGAGACAATTTTAAAGATAGGAATGTAA 5 158 1 AAATGCCATGATTTAAAAAGAATTTAAGGC 7 121 1 ATAAGGCTTAATTTTAAGCACGTTTTAGTA 7 52 0 TTTAAAAAGAATTTAAGGCAATGA 7 132 1 GCTACACCCCATTTTAACGGATTTTACCAT 17 72 1 ********** MAP Score: 34.7844 Motif 4 TGTTTAAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAATAAA 7 82 1 TGAAGTATAATAGCTCCTTTTAATCCATTTTCT 5 44 0 TTTTTAAAACTCTCTTTAAAATTTTACTT 16 6 1 GTCAGTTTTTAATCCCATTTTAGCATGGATAAA 10 72 0 GGGTGTCTTTAAGCCCTTTTTAGTCCTTATAAA 6 21 1 GCTTAATTTTAAGCACGTTTTAGTATGATAACT 7 44 0 TTTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCA 16 62 1 GTTGTTGCTACACCCCATTTTAACGGATTTTAC 17 66 1 AATAAAACCCCTTTTTCAAACCCTTGCA 19 189 0 GGTAGGATAGAAGCTTATTTTAATTTTTAGGAA 0 16 0 AAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAAGGTTA 11 43 0 TTCCAAATCCAACCATTTTTTAAGGAACGCTCT 15 24 0 GAACCTCCTTAAGCTCTTTTTTAAAAATTTAAC 18 103 0 TCATTGCCTTAAATTCTTTTTAAATCATGGCAT 7 123 0 GTTAAAAACTCTCTATAATAAGGATAAT 11 5 1 ACAATCCCCTTAAAACCCTTAGATG 6 163 0 TTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTT 3 77 0 AAGAACTCTAATCCCTTTAAAAAATCAAAAAT 11 106 0 ATCCAAACTAAAACCCTTTTTATAAGGACTAAA 6 39 0 TAAACTTGAATAACGCTTTCTAACACAGCCTTA 20 12 0 TTCTTTATTATAGCCCATTTTCATGCTCCTTTA 3 118 0 GCAACAACAAACCCTCTCTTTAAAAAGGACCAA 17 41 0 GGGCTTAAAGACACCCTTTTAAAGGGT 6 4 0 TAAGATTAACTATTCCATTTTAAGATTAAAGTA 4 91 1 GTAAAAATTTTACTCCATTTTAACCGGTCATTT 14 65 1 TCGTCATAAAAACCTTGTTCTAATAGTGGTCTT 16 114 0 GATCAAACTCCCTAAAAACGATTGCAA 8 60 0 GAAAATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAATATA 8 16 1 AGCACTTTTCTAGCACTTTCAAATACGCAAACC 9 145 0 ATAACCCCCTAAAATTAAAACGAC 13 49 0 AATGAGATTAAAGCACTCTTAATAAGGTTATTA 10 119 1 ** * * ****** MAP Score: 33.491 Motif 5 AAAAGTCATGTAAAATAAAGGGTTTTATTAAAGATGA 10 33 0 GAGTTAAATTTTTAAAAAAGAGCTTAAGGAGGTTCT 18 101 1 TTGCAAGGGTTTGAAAAAGGGGTTTTATT 19 188 1 AAAGTTATCATACTAAAACGTGCTTAAAATTAAGCCT 7 42 1 TTTTTAGTCCTTATAAAAAGGGTTTTAGTTTGGATTT 6 37 1 ATTTTATCCATGCTAAAATGGGATTAAAAACTGACGC 10 70 1 GCCATTTTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTC 16 57 1 TATATTTACCTAAAAAAAGGCTTTTGAATTTTCTTAA 8 12 0 TAAAGTAAAATTTTAAAGAGAGTTTTAAAAA 16 4 0 TTGGTCCTTTTTAAAGAGAGGGTTTGTTGTTGCTACA 17 41 1 TATTTGATTTTACTATAAGGTTGTTTAAACCTGAATT 11 65 1 CGTTTTCTCATCAAAGAATGCGATCAATTCAAAGCAT 19 115 0 TTGGGTTTTTTATAACAAGGAGTTACAACA 3 3 0 AGACCACTATTAGAACAAGGTTTTTATGACGAT 16 115 1 ATTATCCTTATTATAGAGAGTTTTTAAC 11 1 0 TTTATTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAACAATAA 7 78 0 AACCTTTGGTTAAAATAAGGTTATTTGATTTTACTAT 11 44 1 TCCTTTATTTTATAATAATGATTTTTGGAATTGTAAC 22 15 1 ATTTTGCTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAATTTCAAA 3 80 0 ATAACTAAACTTGAATAACGCTTTCTAACACAGCCTT 20 13 0 TTCAAAATTATACAACAAAGCATTTAAATTAAAAAGG 15 95 1 TATTATCCTAAAATAGAGCGTTCCTTAAAAAATGG 15 8 1 TTTTTATAAGGACTAAAAAGGGCTTAAAGACACCCTT 6 19 0 TTGAAAGTGCTAGAAAAGTGCTTTAATGATGAGACGG 9 156 1 ATAATTCTCCTTAAAGAGAGAAGTTATCATGCCAACT 9 215 0 * ** ** * * ** * MAP Score: 33.1657 Motif 6 TGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAATTT 3 82 1 TTTTTAATTTAAATGCTTTGTTGTATAATTTTGAAAA 15 93 0 TGTTTAAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAATAAAATGC 7 82 1 CAAGTGGGGAGAACGCTTGTTAATGGTTTCCTTAAAT 9 45 1 CTCTTTAAATGATCGCTTGGTCCTTTTTAAAGAGAGG 17 25 1 TATAGCAAAAGATAGCTTGATGATAAAATCTTATAGG 22 71 0 ATGCGATAAAAACGCCTTGATGGTTATCAAAAGCCAG 12 27 1 GGGTGTCTTTAAGCCCTTTTTAGTCCTTATAAAAAGG 6 21 1 ATCTTTAATAAAACCCTTTATTTTACATGACTTTTAT 10 35 1 CGAGCGCTTAAAATGTTTGGTAATTTTGGGTATAATC 2 10 1 TTACCTAAAAAAAGGCTTTTGAATTTTCTTAAAA 8 7 0 TTCAAAAAAGAATGGTTTTATTATCATTTCTTATTCA 5 73 1 AATGGTTTTATGTTGCAAGAGTTTCCT 5 0 1 TTTTTAAAGAGAGGGTTTGTTGTTGCTACACCCCATT 17 48 1 CCTTATGTTAGAATGTTTGATTATTGTAACATACTAA 21 26 1 CCGATTATTGGAATGCTTTTTGCATGTTATGAATTTG 19 154 1 ACCTTATTAAGAGTGCTTTAATCTCATTTATTTTATT 10 110 0 ATCGTCATAAAAACCTTGTTCTAATAGTGGTCTTAT 16 112 0 TGTTGTAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGG 3 6 1 CCCCTTTTTCAAACCCTTGCAAATTCATAACATGCAA 19 173 0 TTGGATTTGGAACGCCTTTTGCTTTTACGCTTTTAAT 15 45 1 AAATCCCTTGAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAAT 14 114 0 AGTGCTAGAAAAGTGCTTTAATGATGAGACGGGCGAA 9 161 1 CAGCTTTTAAAATAGCTTTGATTATAACTAAACTTGA 20 36 0 TCCTTATAAAAAGGGTTTTAGTTTGGATTTTCGCATC 6 44 1 CTCATAAAATAATAGCATGTTTATCCTTAATCAAGCA 5 127 0 CATTGCCTTAAATTCTTTTTAAATCATGGCATTTTAG 7 118 0 ATTTAAATTTGAATCTTTTGGGATTATACCCAAAATT 2 31 0 ** ***** * * * MAP Score: 23.8276 Motif 7 TATTTTTAAGTAAATCAATTTGCGCTACAA 0 59 1 CAAAACACTTCATTGAATAA 1 12 0 GCTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAATTTCA 3 82 0 TCTTGCAACATAAAACCATT 5 0 0 ATAGCTCCTTTTAATCCATTTTCTTATTTT 5 38 0 GAAATGATAATAAAACCATTCTTTTTTGAA 5 73 0 AAGGGTGTCTTTAAGCCCTTTTTAGTCCTT 6 19 1 AAATCCAAACTAAAACCCTTTTTATAAGGA 6 44 0 ACAATCCCCTTAAAACCCTTAGATGAATTT 6 158 0 TAAGAAAATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTA 8 13 1 GTCTCATCATTAAAGCACTTTTCTAGCACT 9 161 0 TCATCTTTAATAAAACCCTTTATTTTACAT 10 33 1 AAGAACTCTAATCCCTTTAAAAAATCA 11 111 0 AATCGCCAAATCCCTTGAATTGTTTG 14 132 0 ATCGTCATAAAAACCTTGTTCTAATAG 16 121 0 AACCCCTTTTTCAAACCCTTGCAAATTCAT 19 182 0 AATAAAACCCCTTTTTCAAACC 19 195 0 ********** MAP Score: 23.4201 Motif 8 TAATGCAAATAAAATGCTAAAATGCCATGAT 7 102 1 TATAATAGTGAAAATACTAAATCCAATAAAA 22 104 1 TTTTAAGAAAATTCAAAAGCCTTTTTTT 8 7 1 TTCGCATCTTAAAAAGCTAAAATTGATTATA 6 73 1 AATCCCTTTAAAAAATCAAAAATATGAAATT 11 98 0 ACGCCTATTCAAAAACCAAAAATAAGGAAAT 19 14 0 TGATTATTGTAACATACTAAATAAAACCATA 21 43 1 TAAAAATCCTAAGTGTTAAATAT 14 2 1 GCAAATTCATAACATGCAAAAAGCATTCCAA 19 161 0 GACTAACGCTAAAATTTTAAACCTTAACTCC 13 21 0 ATCTTAAAGTAAAATTTTAAAGAGAGTTTTA 16 14 0 TTAAGATGCGAAAATCCAAACTAAAACCCTT 6 54 0 AAAGATTCCTAAAAATTAAAATAAGCTTCTA 0 11 1 CCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTG 3 20 1 TTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAAA 3 102 1 ACAATAATCAAACATTCTAACATAAGGAGAA 21 22 0 AAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGA 3 70 0 AAAAATACGCAACAATTAAAAGCGTAAAAGC 15 65 0 AAATTCTCTCAAAAATTAAAGGTTAATTTTA 7 10 0 AAAATTACCAAACATTTTAAGCGCTCG 2 6 0 GCTCTTTTTTAAAAATTTAACTCTATTAAAT 18 93 0 ACTTTTAACAAACAATTCAAGGGATTTGGCG 14 124 1 ***** ***** MAP Score: 22.7995 Motif 9 CCCATTTTCATGCTCCTTTAAATTTTGCTT 3 108 0 AATAGCATGTTTATCCTTAATCAAGCAAAT 5 124 0 CTTTACATTCCTATCTTTAAAATTGTCTCA 5 160 0 TTAAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAATAAA 7 85 1 TTGCCTTAAATTCTTTTTAAATCATGGCAT 7 123 0 ATGATAACTTCTCTCTTTAAGGAGAATTAT 9 222 1 GTTAAAAACTCTCTATAATAAGGATAAT 11 8 1 AAACATGGTATAATCCTTTAGCTATTTATC 12 65 1 TTAAGGAACGCTCTATTTTAGGATAATA 15 8 0 TGGACTATCCTTTTTAATTTAAAT 15 116 0 TTTTTAAAACTCTCTTTAAAATTTTACTT 16 9 1 TATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCA 16 65 1 CTTAAGTGGCTTCTCTTTAAATGATCGCTT 17 13 1 ACAACAAACCCTCTCTTTAAAAAGGACCAA 17 41 0 CCTCCTTAAGCTCTTTTTTAAAAATTTAAC 18 103 0 GACTATCCTTTATTTTATAATA 22 2 1 TATCATCAAGCTATCTTTTGCTATAATAGT 22 83 1 ********** MAP Score: 7.53149 Motif 10 AAGATTCCTAAAAATTAAAATAAGCTTCTA 0 12 1 CGAGCGCTTAAAATGTTTGGTA 2 2 1 ATAATCCCAAAAGATTCAAATTTAAATAAG 2 41 1 TTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTT 3 74 1 TTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAA 3 102 1 TATAATAAAGAAAATTTATACCAAATCTTA 3 139 1 TTCATACCATAACGCTTAAATTTTAGGTAA 4 64 1 CTTATTCATAAGAGTTAAAAATATTTGCTT 5 102 1 TTTTATGAGACAATTTTAAAGATAGGAATG 5 155 1 AGGACTAAAAAGGGCTTAAAGACACCCTTT 6 18 0 CCTTATAAAAAGGGTTTTAGTTTGGATTTT 6 45 1 CGCATCTTAAAAAGCTAAAATTGATTATAA 6 75 1 AATTCATCTAAGGGTTTTAAGGGGATTGT 6 159 1 AATTCTCTCAAAAATTAAAGGTTAATTTTA 7 10 0 AATTTTTGAGAGAATTTAAAAGTTATCATA 7 24 1 TGATTTAAAAAGAATTTAAGGCAATGA 7 129 1 AGATTGTTTTAAGGTTTGAATA 10 2 0 GCTATTTATCAAAGTTTAAGATTTGCAAAA 12 85 1 TCTTGGAGTTAAGGTTTAAAATTTTAGCGT 13 17 1 ATAACCCCCTAAAATTAAAACGACTAACGC 13 43 0 TATACAACAAAGCATTTAAATTAAAAAGGA 15 103 1 AATTTTAAAGAGAGTTTTAAAAA 16 3 0 ATCTTAAAGTAAAATTTTAAAGAGAGTTTT 16 15 0 TTTTTAAAAAAGAGCTTAAGGAGGTTCT 18 109 1 ATAGCTATTCAGCTTTTAAAATAGCTTTGA 20 52 0 ********** MAP Score: 1.89814