AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons004_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245670 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0090 300 malonyl coenzyme A-acyl carrier protein transacylase (fabD) #1 HP0194 214 triosephosphate isomerase (tpi) #2 HP0197 64 S-adenosylmethionine synthetase 2 (metX) #3 HP0198 66 nucleoside diphosphate kinase (ndk) #4 HP0199 25 H. pylori predicted coding region HP0199 #5 HP0201 74 fatty acid/phospholipid synthesis protein (plsX) #6 HP0202 24 beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III (fabH) #7 HP0358 300 H. pylori predicted coding region HP0358 #8 HP0558 300 beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase II (fabF) #9 HP0559 52 acyl carrier protein (acpP) #10 HP0560 97 H. pylori predicted coding region HP0560 #11 HP0561 41 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (fabG) #12 HP0562 100 ribosomal protein S21 (rps21) #13 HP0890 217 conserved hypothetical protein #14 HP0966 220 conserved hypothetical protein #15 HP1010 300 polyphosphate kinase (ppk) #16 HP1011 36 dihydroorotate dehydrogenase (pyrD) #17 HP1376 171 (3R)-hydroxymyristoyl-(acyl carrier protein) dehydratase (fabZ) Motif 1 TAAAATATTACCCTTAAAATATTTTT 3 6 0 TAGACTGGCACCCTTAAAATCTATAAAACC 7 168 1 CCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTTAGCG 15 13 0 ATACCAAAAACCCTAAAAATTTAAGCTCCT 7 106 0 AAACGCTAAAAAAATTTTAAGCG 15 3 1 GAATAACCAACGCTAAAAATAGCGCTTTAA 17 124 1 AGCCTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTGTTT 0 57 0 CAATCCTTTAAAATTAAAAACTAA 14 206 0 CCGTTGCAATCCTTTAAAATACTTTCTATC 5 29 0 TATCTAATAGCGTTTAAAAAATGTAAATTT 1 153 0 ATGATGATTATTCTTAAAAATTCGCTTTCT 14 54 1 TCAATCCCCTTAACATAGTCATCT 6 8 0 TAAATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGTT 15 269 0 GCTTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTG 15 78 0 CTTCATTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAA 15 24 0 AAGGGGCTATTGTTTAAAATTTACATTTTT 1 137 1 GCGTTGGTTATTCTAAAAAAATAACCGCTA 17 107 0 AAACTTTTATCGCTAAAAGAACCCTTTGTT 10 15 0 CCCAAAAAATCCCCAAAAAAGGGTTTATAT 14 153 0 ACGCAAAAATCCCCAAAAAATCCCCAAAAA 14 164 0 TTAAAATCATTGCTTAACAATGGCTACAAA 12 55 0 TTAAAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTA 13 23 1 TCCTAAACAAAGGGTTCTTT 10 0 1 CGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATG 15 211 1 TCTCTTATTATTTTTAAAATTCCTCTAATA 13 105 0 ATACAAAAATTTTTTAAAATATTACCCTTA 3 20 0 AAAAACTGCTCCTAAAAACTCAAAATTA 1 8 1 GCGTCCTTAAAAGGCTTGTTGCA 5 61 0 AAGGCTTTGTTCTTTAAAGTCTGCATGGAT 8 182 0 TTTTAAATTTTTCTTAAAGTCTA 11 3 0 CTTTAATGGTTTCTAAACAAAACTAAGGGC 0 228 1 CGTTAATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTA 0 43 1 ********** MAP Score: 31.3896 Motif 2 GGTTTCTAAACAAAACTAAGGGCTTTTATATTACAAT 0 235 1 AAAAGAAAGCCAAAAGGTGGCGGTTATCACTGGGGCG 13 160 1 TAATTGAATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT 17 151 1 CCAAAAAATCCCCAAAAAAGGGTTTATATGGGTTTAT 14 145 0 GAGGTTATTCTAAAACAAAGAGGTTATTATCAA 10 74 1 TACTCCGCAATCAAAAAGGGAGATTGTAGCGCGAGTT 15 109 0 AATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAAC 15 66 1 TTTTTGCAAATACAAGCGAGCGGTTTTCTTATGGTAT 17 68 1 CTTTCTATCACTAAAGATAGCTTTTATA 5 1 0 TATAATCACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGAT 15 256 1 ATAACCAACGCTAAAAATAGCGCTTTAATTGAATCCA 17 126 1 TTAATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAA 0 45 1 TGAATTTTTTCTCAATTTAGGTTTTGTTTATAAGAAA 1 95 0 TCCTAAACAAAGGGTTCTTTTAGCGATAA 10 2 1 ATTAAAGTTTTGAAATGAGGAGCTATTG 8 282 1 AAGAAAAATTTAAAAATTAAGGATTATTGAATA 11 18 1 AAAAATTCAATTCAAAGGGGCTATTGTTTAAAATTTA 1 123 1 CATTCGTATTCAAAATGGGCTTATTATAGCTTATTTC 2 15 0 TTAATTTTTACAAAACAAGGGAGTTTTAATT 9 31 1 GGCTATTGTTTAAAATTTACATTTTTTAAACGCTATT 1 141 1 TCTTTTAGGGTTAAATGAAGTTTTATTCAAAAAATGA 15 34 1 TATTTCCTACCCCAAAAAGACTATTTTAACCTCTTTT 8 146 0 TTCTCCTTAATTAAAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTT 13 13 1 GTTCAAATCATAAAAGATAAGGATTTAA 16 18 1 CGTGTTAGCATTCAATGGAATGCTTTAGTTAGGAAGC 8 213 1 * *** ** * ** * MAP Score: 27.5247 Motif 3 AATCCCCAAAAAAGGGTTTATATGGGTTTATA 14 144 0 GTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACT 15 72 1 GCTTGTTTTGTAAGGGTTTCTAACATTTTTTA 7 239 0 TTTATATGGGTATGGGTTTATATGGGGGTGAA 14 118 0 TAAATGGTGCTAGGAGTTTGTAATGATGATTA 14 32 1 AATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT 17 157 1 TAAACAAAACTAAGGGCTTTTATATTACAATT 0 241 1 TCGTATTCAAAATGGGCTTATTATAGCTTATT 2 17 0 ATTCTAAAACAAAGAGGTTATTATCAA 10 80 1 TGCATAAGCGGTTTCTATGCAAAGCGT 17 5 1 ATGCTAACATTATGAGGTTATTCTAAAACAAA 10 61 1 ATGATGATTTAAAGGATTTCTA 15 288 1 TTTACAAAACAAGGGAGTTTTAATT 9 37 1 AACAATTCACAAGGAGTTTAAA 3 54 1 TACCGCTCGTTAAGGCTTTATAAAAAATGTTA 7 219 1 TGCTAACACGAAAGGCTTTGTTCTTTAAAGTC 8 191 0 ATTCAAGCTAAAAGAGGTTAAAATAGTCTTTT 8 137 1 CATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAA 0 51 1 TTATTCAAAAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAG 15 56 1 TTTAGGGTTAAATGAAGTTTTATTCAAAAAAT 15 37 1 GATTTAAGGGCGTTTTTAAGTAAGC 4 5 1 CATGTTTAAAAATCAGTTTGTTTGGTGTGATT 15 259 0 GTTTCTATGCAAAGCGTTTCTTGAAGCTTATG 17 20 1 TATTTGTTCTAAGGAGCTTAAATTTTTAGGGT 7 95 1 TTGGCGGCTTTATCGGCTTATATTTGTTCTAA 7 75 1 ACCTAAAGGATAGGAGTTTTTCGTGCTGTTGG 8 75 0 CTTTTAGCGATAAAAGTTTGTAAGTAGCAAAA 10 26 1 GCGTCCTTAAAAGGCTTGTTGCAATCCGTT 5 54 0 ** ****** ** MAP Score: 27.0557 Motif 4 CCTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTGTTTAGAATG 0 51 0 TCTACTACATTTGAAATAATTTTTCTTATAAACA 1 74 1 AAAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAAC 13 25 1 AGGGTAATATTTTAAAAAATTTTTGTATAATCAA 3 22 1 TTGCAATCCTTTAAAATACTTTCTATCACTAAAG 5 22 0 AACATGATGATTTAAAGGATTTCTA 15 285 1 AAATATTACCCTTAAAATATTTTT 3 0 0 TAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTTAGCGTTT 15 7 0 TATATAGTTCTTGGAATGTTTTTTACAAAAAACA 13 42 0 TTGTAAGGGTTTCTAACATTTTTTATAAAGCCTT 7 230 0 GCGTCCTTAAAAGGCTTGTTGCAATCCGTT 5 54 0 AATCCTTAATTTTTAAATTTTTCTTAAAGTCTA 11 9 0 TTTCCATAGCTTAAAATCATTGCTTAACAATGGC 12 61 0 TATAAACCCATATAAACCCTTTTTTGGGGATTTT 14 144 1 AGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGTAAAACTT 15 70 0 AAACCTATCGCTATAAAAATTTTTATTACCGCTC 7 193 1 TAAGGTTTATTTTAACTTATTTTTACTATAATTC 0 192 0 GCGGTTTCTATGCAAAGCGTTTCTTGAAGCTTAT 17 17 1 AAACCTTAAACTTTAATGGTTTCTAAACAAAACT 0 218 1 AATGATAATCATTGAAGCTTTTTTAAAAAGTCAT 15 216 0 GCCCCTTTGAATTGAATTTTTTCTCAATTTAGGT 1 110 0 ** *** ***** MAP Score: 26.7157 Motif 5 TTTGTCTCCAGGTTTTAGTCAAAAATTTGGCTTT 8 21 1 TGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAACATTCCAAG 13 33 1 TCAAAAATTTGGCTTTAGCTAAAATCTAGTTTTA 8 39 1 TAGACTTTAAGAAAAATTTAAAAATT 11 2 1 CGCTCGTTAAGGCTTTATAAAAAATGTTAGAAAC 7 222 1 GGTTAAATGAAGTTTTATTCAAAAAATGAAGTTT 15 42 1 CAAAAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAA 15 61 1 ACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGCAAA 15 77 1 TTTAGGTTTTGTTTATAAGAAAAATTATTTCAAA 1 83 0 CTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATGA 15 208 1 TTTTAGCGTTGGTTATTCTAAAAAAATAACCGCT 17 108 0 TTGTAATGATGATTATTCTTAAAAATTCGCTTTC 14 49 1 TATCCATGCAGACTTTAAAGAACAAAGCCTTTCG 8 181 1 AAATTTTTAGGGTTTTTGGTATAACATTTCTCAC 7 114 1 GGTTGATTTAATTTTTACAAAACAAGGGAGTTTT 9 24 1 CACAAAGTAGAATTATAGTAAAAATAAGTTAAAA 0 183 1 ATATTAGAGGAATTTTAAAAATAATAAGAGAGTT 13 104 1 AAAAAATGTAAATTTTAAACAATAGCCCCTTTGA 1 134 0 AATATTACTTAATTTTTACTAATATATAGTTCTT 13 64 0 ATTATACAAAAATTTTTTAAAATATTACCCTTAA 3 19 0 GAATACGAATGATTATTTTAATAAGGACAATCA 2 41 1 AAAACTAAGGGCTTTTATATTACAATTTTAAATT 0 246 1 AACTTTAATGGTTTCTAAACAAAACTAAGGGCTT 0 226 1 TTAGATTTTAGTTTTTAATTTTAAAGGATTG 14 199 1 * ***** **** MAP Score: 22.4342 Motif 6 TCGTAAAAGGAATGCTTAGAAACTATGGTG 0 4 1 AACCAACGCTAAAAATAGCGCTTTAATTGAATCCAA 17 128 1 TTATTCTAAAAAAATAACCGCTATTATACCATAAGA 17 94 0 TGTAAGTAGCAAAAATCATGCTAACATTATGAGGTT 10 44 1 TTTCTAAACAAAACTAAGGGCTTTTATATTACAATT 0 237 1 TACCATAAGAAAACCGCTCGCTTGTATTTGCAAAAA 17 68 0 AAAATCTATAAAACCTATCGCTATAAAAATTTTTAT 7 183 1 CGCTTGACGCAAAAACACTGCCTTAATTCTACTACA 1 47 1 ATGGGCGAGAAAAAAGAAAGCCAAAAGGTGGCGGTT 13 149 1 AACAACTAAGCAAACTCGCGCTACAATCTCCCTTTT 15 97 1 AGAAACCCTTACAAAACAAGCTAATATATTCTATTC 7 250 1 AATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAA 0 47 1 GCAATCCTTTAAAATACTTTCTATCACTAAAGATAG 5 18 0 AAAAAATCCCCAAAAAAGGGTTTATATGGGTTTATA 14 144 0 TGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACT 15 68 1 TCCATAGCTTAAAATCATTGCTTAACAATGGCTACA 12 57 0 CTTTCTATCACTAAAGATAGCTTTTATA 5 2 0 AATTGAGTATAATGAGAGCCATTAAATGGTGCTA 14 8 1 TGTTTTTTGTAAAAAACATTCCAAGAACTATATATT 13 42 1 TTCAGTGAAACCACCCCTTGCTTAAAGCAAGGAGCT 8 247 0 ACAGCACGAAAAACTCCTATCCTTTAGGTAGAGATA 8 78 1 TTAAGGCTTTATAAAAAATGTTAGAAACCCTTACAA 7 228 1 GTTTTTTACAAAAAACATTTTTAACACCAATTTTAA 13 23 0 CTTTTTTGTAAAACTTCATTTTTTGAATAAAACTTC 15 50 0 CATTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTTAG 15 15 0 **** * **** * MAP Score: 16.3435 Motif 7 CAAAAACCCTAAAAATTTAAGCTCCTTAGAAC 7 100 0 AATGGGCGAGAAAAAAGAAAGCCAAAAGGTGG 13 148 1 TATGGGGGTGAAAAGATAAAGCGGCTGACTAG 14 98 0 AAACGCTAAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAG 15 10 1 ATGGATTAATAAAACTTAAAGGATAACACC 0 280 1 AAAGCCGCCAAAGATAGAAAGCGAAAAGTTAT 7 54 0 AAGAAAAATTTAAAAATTAAGGATTATTGAAT 11 18 1 TAGAAACCATTAAAGTTTAAGGTTTATTTTAA 0 211 0 TGCAGACTTTAAAGAACAAAGCCTTTCGTGTT 8 187 1 TGCGCAATATAAAGAACAAAGCAAATAA 7 6 0 GCTCCTTAGAACAAATATAAGCCGATAAAGCC 7 80 0 ATAGGTTTTATAGATTTTAAGGGTGCCAGTCT 7 169 0 TGGTTTCTAAACAAAACTAAGGGCTTTTATAT 0 234 1 AAAGTTTTTAAAGGCAAAAAGGCTGGCGGACA 0 63 1 AAAAATATTTTAAGGGTAATATTTT 3 3 1 AGAAAGCGAAAAGTTATAAAGCAAAAGAGATT 7 39 0 TTTAAAATTGTAATATAAAAGCCCTTAGTTTT 0 246 0 TTTTAGTTTTTAATTTTAAAGGATTG 14 204 1 GAGAAAAAATTCAATTCAAAGGGGCTATTGTT 1 119 1 AGTTACCACCTATAAAATAAGGATCGTTCA 1 194 1 AGAATGAAATAAGCTATAATAAGC 2 2 1 CGAGACACCATAGTTTCTAAGCATTCCTTTTA 0 13 0 **** * ***** MAP Score: 12.1245 Motif 8 AAGTTAAAATAAACCTTAAACTTTAATGGT 0 208 1 ATGGATTAATAAAACTTAAAGGATAACACC 0 280 1 ACTGCTCCTAAAAACTCAAAATTAACCTAA 1 14 1 AACTCAAAATTAACCTAAAATCGCTTGACG 1 26 1 TCTTATAAACAAAACCTAAATTGAGAAAAA 1 97 1 TTTAAAATATTACCCTTAAAATATTTTT 3 8 0 AATCCGTTGCAATCCTTTAAAATACTTTCT 5 32 0 TCAATCCCCTTAACATAGTCATC 6 11 0 TAGAAAGCGAAAAGTTATAAAGCAAAAGAG 7 42 0 GAACAAATATAAGCCGATAAAGCCGCCAAA 7 74 0 TTATACCAAAAACCCTAAAAATTTAAGCTC 7 108 0 TATAGACTGGCACCCTTAAAATCTATAAAA 7 166 1 TATAAAACCTATCGCTATAAAAATTTTTAT 7 189 1 CATTTTTTATAAAGCCTTAACGAGCGGTAA 7 218 0 GATTTTAGCTAAAGCCAAATTTTTGACTAA 8 35 0 AGGCTATATTCAAGCTAAAAGAGGTTAAAA 8 130 1 ACAAACTTTTATCGCTAAAAGAACCCTTTG 10 17 0 GTTTTAGAATAACCTCATAATGTTAGCATG 10 60 0 CCTCTTTTCCATAGCTTAAAATCATTGCTT 12 70 0 GAGAAAAAAGAAAGCCAAAAGGTGGCGGTT 13 155 1 TCCCCAAAAAATCCCCAAAAAAGGGTTTAT 14 155 0 AAGACGCAAAAATCCCCAAAAAATCCCCAA 14 167 0 TTTAAAATTAAAAACTAAAATCTAAATAAG 14 194 0 AAACGCTAAAAAAATTTTAAG 15 1 1 ACCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTTAG 15 15 0 AACTTCATTTAACCCTAAAAGATCGCTTAA 15 26 0 ACTTTTTAAAAAAGCTTCAATGATTATCAT 15 219 1 TAGAAATCCTTTAAATCATCATGT 15 286 0 TAGAATAACCAACGCTAAAAATAGCGCTTT 17 122 1 ********** MAP Score: 5.92383 Motif 9 TGGTTTCTAAACAAAACTAAGGGCTTTTATATT 0 234 1 ATATTACAATTTTAAATTATGGATTAATAAAAC 0 262 1 AGTTACCACCTATAAAATAAGGATCGTTCA 1 194 1 AAAAATATTTTAAGGGTAATATTTTA 3 3 1 AGATGACTATGTTAAGGGGATTGA 6 5 1 ATTTAATTTTTACAAAACAAGGGAGTTTTAATT 9 29 1 AAGAAAAATTTAAAAATTAAGGATTATTGAATA 11 18 1 AAGCAATGATTTTAAGCTATGGAAAAGAGGTGA 12 70 1 TATATATTAGTAAAAATTAAGTAATATTGAGTG 13 70 1 GTTCAAATCATAAAAGATAAGGATTTAA 16 18 1 TTTAATTGAATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT 17 149 1 * *** ****** MAP Score: 2.20934