AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons004_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245700 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0090 300 malonyl coenzyme A-acyl carrier protein transacylase (fabD) #1 HP0194 214 triosephosphate isomerase (tpi) #2 HP0197 64 S-adenosylmethionine synthetase 2 (metX) #3 HP0198 66 nucleoside diphosphate kinase (ndk) #4 HP0199 25 H. pylori predicted coding region HP0199 #5 HP0201 74 fatty acid/phospholipid synthesis protein (plsX) #6 HP0202 24 beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III (fabH) #7 HP0358 300 H. pylori predicted coding region HP0358 #8 HP0558 300 beta ketoacyl-acyl carrier protein synthase II (fabF) #9 HP0559 52 acyl carrier protein (acpP) #10 HP0560 97 H. pylori predicted coding region HP0560 #11 HP0561 41 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase (fabG) #12 HP0562 100 ribosomal protein S21 (rps21) #13 HP0563 247 H. pylori predicted coding region HP0563 #14 HP0890 217 conserved hypothetical protein #15 HP0966 220 conserved hypothetical protein #16 HP0967 285 virulence associated protein D (vapD) #17 HP0971 49 H. pylori predicted coding region HP0971 #18 HP0972 111 glycyl-tRNA synthetase, beta subunit (glyS) #19 HP1010 300 polyphosphate kinase (ppk) #20 HP1011 36 dihydroorotate dehydrogenase (pyrD) #21 HP1376 171 (3R)-hydroxymyristoyl-(acyl carrier protein) dehydratase (fabZ) #22 HP1377 300 H. pylori predicted coding region HP1377 Motif 1 CTACCCCAAAAAGACTATTTTAACCTCTTTTAG 8 144 0 GATTTAAGGGCGTTTTTAAGTAAGC 4 5 1 TTTACAAAACAAGGGAGTTTTAATT 9 37 1 CTAACTAAAAAAGGAAATTTTAATGGAATTAGG 13 74 0 GAGAGAGAGAAAGCGAATTTTTAAGAATAATCA 15 58 0 CGCTAAATTCAAGCTTTTTTTAAGCGAGGAAGT 16 108 1 AGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACT 19 71 1 AAAAATATTTTAAGGGTAATATT 3 0 1 TTGATTATACAAAAATTTTTTAAAATATTACCC 3 23 0 AAATCTAAAGAAAAATATTTTTAGATGTGCTAG 13 162 1 GTTTTTTACAAAAAACATTTTTAACACCAATTT 14 26 0 CATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAAG 0 51 1 AAACGCTAAAAAAATTTTAAGCGATCTTTT 19 7 1 CACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATGA 19 262 1 TCTATCACTAAAGATAGCTTTTATA 5 2 0 TAGACTTTAAGAAAAATTTAAAAATTAAGGA 11 8 1 TTGAATACGAATGATTATTTTAATAAGGACAAT 2 39 1 AAAGGCTTTGATGATTTTTTTTATGTGGAATGC 16 11 1 TCCTAAACAAAGGGTTCTTTTAGCGATAAAAG 10 9 1 CCTAAAAAACAAAATCACTTTTAAGACTAAATC 18 75 0 ATAATCATTGAAGCTTTTTTAAAAAGTCATGGT 19 213 0 AAACAAAACTAAGGGCTTTTATATTACAATTTT 0 242 1 GAGCGGTAATAAAAATTTTTATAGCGATAGGTT 7 194 0 AAATCCCCAAAAAAGGGTTTATATGGGTTTATA 15 144 0 ATTAAAGTTTAAGGTTTATTTTAACTTATTTTT 0 202 0 AAAACTAGCGAAAATTGATTTTACCAAAATTGT 22 217 1 TTGTTACAAGATAAGCTTTTTTATCAAAAATAA 13 204 1 TTAGTGATAGAAAGTATTTTAAAGGATTGCAAC 5 24 1 TGTTGGGATAAAACTAGATTTTAGCTAAAGCCA 8 48 0 TTTTTGAATAAAACTTCATTTAACCCTAAAAGA 19 34 0 ATTTTTAAACATGATGATTTAAAGGATTTCTA 19 278 1 GGAAATATCCATGCAGACTTTAAAGAACAAAGC 8 176 1 GCTCCAACGAATGGTTGATTTAATTTTTACAAA 9 12 1 **** ****** MAP Score: 32.1742 Motif 2 AGCCTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTGTTT 0 57 0 TATCTAATAGCGTTTAAAAAATGTAAATTT 1 153 0 ATAGTTACCACCTATAAAATAAGGATCGTT 1 192 1 TAAAATATTACCCTTAAAATATTTTT 3 6 0 CCGTTGCAATCCTTTAAAATACTTTCTATC 5 29 0 ATACCAAAAACCCTAAAAATTTAAGCTCCT 7 106 0 TAGACTGGCACCCTTAAAATCTATAAAACC 7 168 1 ATGTTAGAAACCCTTACAAAACAAGCTAAT 7 245 1 TATTTCCTACCCCAAAAAGACTATTTTAAC 8 153 0 TCCTAAACAAAGGGTTCTTTT 10 1 1 AAACTTTTATCGCTAAAAGAACCCTTTGTT 10 15 0 TCTTTTCACCCCCATATAAACCCATACCCA 15 114 1 TAAACCCATACCCATATAAACCCATATAAA 15 130 1 CCCATATAAACCCATATAAACCCTTTTTTG 15 140 1 CCCAAAAAATCCCCAAAAAAGGGTTTATAT 15 153 0 CGCAAAAATCCCCAAAAAATCCCCAAAAAA 15 163 0 CAATCCTTTAAAATTAAAAACTAA 15 206 0 GCGACTTCCTCGCTTAAAAAAAGCTTGAAT 16 114 0 AAAAGTTACCCCCAAACAAAAACGCCAGAC 17 26 0 TCTCAATTCTCCCTAAAAAACAAAATCACT 18 89 0 AAACGCTAAAAAAATTTTAAGCG 19 3 1 CCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTTAGCG 19 13 0 CTTCATTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAA 19 24 0 GAATAACCAACGCTAAAAATAGCGCTTTAA 21 124 1 ********** MAP Score: 31.3033 Motif 3 AGATAAGCTTTTTTATCAAAAATAATGATGAC 13 212 1 TTGGAATGTTTTTTACAAAAAACATTTTTAAC 14 34 0 AAAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAA 19 63 1 TGTCTCCAGGTTTTAGTCAAAAATTTGGCTTT 8 23 1 TTAAATGAAGTTTTATTCAAAAAATGAAGTTT 19 44 1 TAGGTTTTGTTTATAAGAAAAATTATTTCAAA 1 83 0 GTGAGAAATGTTATACCAAAAACCCTAAAAAT 7 116 0 CAAAGTAGAATTATAGTAAAAATAAGTTAAAA 0 185 1 GTTATTGGGATTATATCCAAAACTAGCGAAAA 22 199 1 CGTTAATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAA 0 43 1 CTTTAATGGTTTCTAAACAAAACTAAGGGCTT 0 228 1 TCTTCGCTGCTTTTAAGCCAAAAAGAGCAGGT 16 59 1 TAGACTTTAAGAAAAATTTAAAAATT 11 4 1 TTGATTTAATTTTTACAAAACAAGGGAGTTTT 9 26 1 CTCGTTAAGGCTTTATAAAAAATGTTAGAAAC 7 224 1 CGAAAATTGATTTTACCAAAATTGTTTGATAT 22 225 1 AAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGCAAA 19 79 1 TATGAGGTTATTCTAAAACAAAGAGGTTATTA 10 71 1 AAACTCTGTATTATATCAAACAATTTTGGTAA 22 237 0 GAATTGTTGATTATACAAAAATTTTTTAAAAT 3 30 0 GAAAGCGAATTTTTAAGAATAATCATCATTAC 15 51 0 ATTAGAGGAATTTTAAAAATAATAAGAGAGTT 14 106 1 GCGTTGGTTATTCTAAAAAAATAACCGCTATT 21 105 0 AAGAACTATATATTAGTAAAAATTAAGTAATA 14 64 1 TAAAAACATGCTATAACACAAACCAATAAAGG 16 256 1 CTAAGGGCTTTTATATTACAATTTTAAATTAT 0 250 1 ACAAAATCACTTTTAAGACTAAATCATGTTAG 18 68 0 TTAAAATACTTTCTATCACTAAAGATAGCTTT 5 14 0 ***** ***** MAP Score: 29.6963 Motif 4 AATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAA 0 47 1 TTTAAGGTTTATTTTAACTTATTTTTACTATAATT 0 193 0 TTTCTAAACAAAACTAAGGGCTTTTATATTACAAT 0 237 1 AATGTAGTAGAATTAAGGCAGTGTTTTTGCGTCAA 1 50 0 ATTCTACTACATTTGAAATAATTTTTCTTATAAAC 1 72 1 ATTTTTTCTCAATTTAGGTTTTGTTTATAAGAAAA 1 94 0 TAAGGGTAATATTTTAAAAAATTTTTGTATAATCA 3 20 1 GATTTAAGGGCGTTTTTAAGTAAGC 4 1 1 TGAATAGAATATATTAGCTTGTTTTGTAAGGGTTT 7 252 0 CAAAAAGACTATTTTAACCTCTTTTAGCTTGAATA 8 136 0 TAAAGTTTTGAAATGAGGAGCTATTG 8 284 1 AATTTTTACAAAACAAGGGAGTTTTAATT 9 33 1 TCCTAAACAAAGGGTTCTTTTAGCGATAA 10 4 1 AAAAATTTAAAAATTAAGGATTATTGAATA 11 21 1 CAATGGCTACAAATGAAATAGTATTATATAAGACG 12 33 0 CACACTAACTAAAAAAGGAAATTTTAATGGAATTA 13 76 0 TATTTTTGATAAAAAAGCTTATCTTGTAACAAATG 13 201 0 ATATTAGTAAAAATTAAGTAATATTGAGTGAATAT 14 73 1 ATATAAACCCATATAAACCCTTTTTTGGGGATTTT 15 143 1 AAAAAGCTTGAATTTAGCGTATCTTTACGCCCGCT 16 92 0 GCTTCTAAAGAAATGAAATTGTTTTATTCTCAAAC 16 178 1 CGCTAAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGGTTAA 19 13 1 TTTTAGGGTTAAATGAAGTTTTATTCAAAAAATGA 19 36 1 TAATCACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGAT 19 258 1 TTATTCTAAAAAAATAACCGCTATTATACCATAAG 21 95 0 TTTTGGATTCAATTAAAGCGCTATTTTTAGCGTTG 21 131 0 ACTCTGTATTATATCAAACAATTTTGGTAAAATCA 22 232 0 **** *** * ** MAP Score: 29.5306 Motif 5 ATTAGAGGAATTTTAAAAATAATAAGAGAGTTG 14 106 1 AGTTTGTAAGTAGCAAAAATCATGCTAACATTA 10 40 1 TAAGCTTTTTTATCAAAAATAATGATGACATAG 13 215 1 GTTTTGTTTATAAGAAAAATTATTTCAAATGTA 1 79 0 GCATTCCACATAAAAAAAATCATCAAAGCCTTT 16 11 0 AGGGTAATATTTTAAAAAATTTTTGTATAATCA 3 22 1 CTCCCTTGTTTTGTAAAAATTAAATCAACCATT 9 21 0 TGAAGTTTTATTCAAAAAATGAAGTTTTACAAA 19 49 1 TAACGAGCGGTAATAAAAATTTTTATAGCGATA 7 198 0 GTTAAGGCTTTATAAAAAATGTTAGAAACCCTT 7 227 1 AACTATATATTAGTAAAAATTAAGTAATATTGA 14 67 1 TCTAATAGCGTTTAAAAAATGTAAATTTTAAAC 1 148 0 TAGACTTTAAGAAAAATTTAAAAATTAAGG 11 7 1 TAGCAAAAGCTTTAAAAAATCAGTTCGCTTCTA 16 152 1 AGTAGAATTATAGTAAAAATAAGTTAAAATAAA 0 188 1 CCTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTGTTTAGAAT 0 52 0 TTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGTAAAA 19 73 0 AATTATGGATTAATAAAACTTAAAGGATAACAC 0 276 1 TAGCTCCTCATTTCAAAACTTTAATTCAGTGAA 8 274 0 TGATTGTCCTTATTAAAATAATCATTCGTATT 2 42 0 TTAAAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAA 14 23 1 TCAAACAATTTTGGTAAAATCAATTTTCGCTAG 22 221 0 AATTTGGCTTTAGCTAAAATCTAGTTTTATCCC 8 44 1 ** ****** ** MAP Score: 22.1577 Motif 6 TTTCACCCCCATATAAACCCATACCCATAT 15 117 1 ACCCATACCCATATAAACCCATATAAACCC 15 133 1 ATATAAACCCATATAAACCCTTTTTTGGGG 15 143 1 TTCTAACATGAAATAAACGCCGTTTTATAT 13 131 1 CTAGTTTTGGATATAATCCCAATAACTTAA 22 195 0 GCTTACTTAAAAACGCCCTTAAATC 4 9 0 GGAAATAAAAATATAAAACCCGGTCGCAAG 13 46 0 AAATGTTATACCAAAAACCCTAAAAATTTA 7 113 0 CCCTTAAAATCTATAAAACCTATCGCTATA 7 178 1 AAAAATCCCCAAAAAATCCCCAAAAAAGGG 15 160 0 AAATCAAGAAAAATAATCCCAGTAAATCTC 22 94 0 GGAATGAGCAAAATAAAACCACAAATCAAG 22 116 0 TTACCCCCAAACAAAAACGCCAGACTTTGC 17 21 0 TAAAATTGTAATATAAAAGCCCTTAGTTTT 0 246 0 ATTATTTTTGATAAAAAAGCTTATCTTGTA 13 208 0 AAAACTGCTCCTAAAAACTCAAAATTAACC 1 11 1 AAAATAAACTCCTTGTTTTGG 21 160 0 AAATAAGACGCAAAAATCCCCAAAAAATCC 15 171 0 CAAAATTAACCTAAAATCGCTTGACGCAAA 1 30 1 ATAAAAAATGTTAGAAACCCTTACAAAACA 7 238 1 CCATAAGCTTCAAGAAACGCTTTGCATAGA 21 23 0 TAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGTAA 19 75 0 CCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATGATT 19 214 1 CTTCCTCGCTTAAAAAAAGCTTGAATTTAG 16 110 0 CATTCCACATAAAAAAAATCATCAAAGCCT 16 13 0 TATTATACCATAAGAAAACCGCTCGCTTGT 21 79 0 AGCAAAAGCTTTAAAAAATCAGTTCGCTTC 16 153 1 TTTAGATGTGCTAGAATACCCATTTGTTAC 13 181 1 TAACCAACGCTAAAAATAGCGCTTTAATTG 21 127 1 ********** MAP Score: 19.5055 Motif 7 CGTTAATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAA 0 43 1 CTTTAATGGTTTCTAAACAAAACTAAGGGCT 0 228 1 ATAATTTTTCTTATAAACAAAACCTAAATTG 1 89 1 TAGAAACCCTTACAAAACAAGCTAATATATT 7 249 1 ATTTAATTTTTACAAAACAAGGGAGTTTTAA 9 29 1 TCCTAAACAAAGGGTTCTTTT 10 0 1 ATGAGGTTATTCTAAAACAAAGAGGTTATTA 10 72 1 TCATTATTTTTGATAAAAAAGCTTATCTTGT 13 209 0 CCCAAAAAATCCCCAAAAAAGGGTTTATATG 15 152 0 TAGCATTCCACATAAAAAAAATCATCAAAGC 16 15 0 GACTTCCTCGCTTAAAAAAAGCTTGAATTTA 16 111 0 AAAAAGTTACCCCCAAACAAAAACGCCAGAC 17 26 0 CAATTCTCCCTAAAAAACAAAATCACTTTTA 18 85 0 AAACGCTAAAAAAATTTTAAGCGA 19 3 1 AAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAA 19 65 1 GACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATGAT 19 212 1 TATATAATCACACCAAACAAACTGATTTTTA 19 254 1 GCGTTGGTTATTCTAAAAAAATAACCGCTAT 21 106 0 TTTAATTGAATCCAAAACAAGGAGTTTATTT 21 149 1 GCACCATTTCTCCAAATCAAGCCCAGCCGCA 22 35 1 AAAATAAAACCACAAATCAAGAAAAATAATC 22 106 0 * ********* MAP Score: 15.8767 Motif 8 ATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAAG 0 52 1 CCATTAAAGTTTAAGGTTTATTTTAACTTATT 0 205 0 CCTTAAACTTTAATGGTTTCTAAACAAAACTA 0 221 1 TTTTCTCAATTTAGGTTTTGTTTATAAGAAAA 1 94 0 AAAAATATTTTAAGGGTAATATT 3 1 1 GATTATACAAAAATTTTTTAAAATATTACCCT 3 22 0 CAACAATTCACAAGGAGTTTAAA 3 53 1 ATCACTAAAGATAGCTTTTATA 5 0 0 TTAGTGATAGAAAGTATTTTAAAGGATTGCAA 5 24 1 TTTTATAGCGATAGGTTTTATAGATTTTAAGG 7 179 0 TATCGCTATAAAAATTTTTATTACCGCTCGTT 7 198 1 TACCGCTCGTTAAGGCTTTATAAAAAATGTTA 7 219 1 GCTTGTTTTGTAAGGGTTTCTAACATTTTTTA 7 239 0 TACCTAAAGGATAGGAGTTTTTCGTGCTGTTG 8 76 0 TGCTAACACGAAAGGCTTTGTTCTTTAAAGTC 8 191 0 TTCACTGAATTAAAGTTTTGAAATGAGGAGCT 8 274 1 CCTTAATTTTTAAATTTTTCTTAAAGTCTA 11 8 0 CATTGTTAAGCAATGATTTTAAGCTATGGAAA 12 63 1 AATCTAAAGAAAAATATTTTTAGATGTGCTAG 13 163 1 TTGTTACAAGATAAGCTTTTTTATCAAAAATA 13 204 1 ATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAACA 14 28 1 AATCCCCAAAAAAGGGTTTATATGGGTTTATA 15 144 0 AAAAGGCTTTGATGATTTTTTTT 16 1 1 CTCGCTTAAAAAAAGCTTGAATTTAGCGTATC 16 104 0 TACCTCTAGCAAAAGCTTTAAAAAATCAGTTC 16 146 1 TAAAGAAATGAAATTGTTTTATTCTCAAACGC 16 183 1 ACAAACCAATAAAGGAGTTAAA 16 273 1 AAGATCGCTTAAAATTTTTTTAGCGTTT 19 6 0 AGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAAC 19 71 1 ATGATGATTTAAAGGATTTCTA 19 288 1 GTTTCTATGCAAAGCGTTTCTTGAAGCTTATG 21 20 1 GAATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT 21 156 1 AACCAGCGCTCAATGATTTCTAAGCTAAACTC 22 263 0 ***** *** ** MAP Score: 8.04656 Motif 9 AGGCAAAAAGGCTGGCGGACAGGGAGGGATTCGAACCC 0 74 1 GCAAAAGAGATTTTGCGCAATATAAAGAACAAAGCAAA 7 13 0 GCTTTCTATCTTTGGCGGCTTTATCGGCTTATATTTGT 7 64 1 TAATAAGAGAGTTGGCGTTAGATAATGGGCGAGAAAAA 14 125 1 AAAGCCAAAAGGTGGCGGTTATCACTGGGGCGAGTTCT 14 165 1 CGAGTTCTGGGATTGGGTTGGAGTGTGCGTTA 14 195 1 ATAAACCCTTTTTTGGGGATTTTTTGGGGATTTTTGCG 15 155 1 TTTTGGGGATTTTTGCGTCTTATTTAGATTTTAGTTTT 15 176 1 GAGCAGGTGAGCGGGCGTAAAGATACGCTAAATTCAAG 16 83 1 AAACGCAAAGTCTGGCGTTTTTGTTTGGGGGTAACTTT 17 17 1 CTCCCTTTTTGATTGCGGAGTATGGCGCAGCCTGATTA 19 124 1 CCCACCCCAAGGGTGCGCGCTAATCAGGCTGCGCCATA 19 144 0 CGCACCCTTGGGGTGGGTGAGGTCGTGGGTTTGAATCC 19 165 1 TCTTGAAGCTTATGGCGCAATGCATCGGTGTTTTTGCA 21 38 1 GGCGTCTTTTTGGTGCGGCTGGGCTTGATTTGGAGAAA 22 41 0 * ****** * ** MAP Score: 4.14459 Motif 10 AAACTTTAATGGTTTCTAAACAAAACTAAGGGCT 0 225 1 TTAAGGCAGTGTTTTTGCGTCAAGCGATTTTAGG 1 39 0 TTTAGGTTTTGTTTATAAGAAAAATTATTTCAAA 1 83 0 CTTTGAATTGAATTTTTTCTCAATTTAGGTTTTG 1 106 0 GAATACGAATGATTATTTTAATAAGGACAATCA 2 41 1 TTATACAAAAATTTTTTAAAATATTACCCTTAAA 3 18 0 AAATTTTTAGGGTTTTTGGTATAACATTTCTCAC 7 114 1 CGCTCGTTAAGGCTTTATAAAAAATGTTAGAAAC 7 222 1 TTGTCTCCAGGTTTTAGTCAAAAATTTGGCTTTA 8 22 1 CAAAAATTTGGCTTTAGCTAAAATCTAGTTTTAT 8 40 1 AACATTATGAGGTTATTCTAAAACAAAGAGGTTA 10 66 1 TAGACTTTAAGAAAAATTTAAAAATT 11 2 1 AATAAACGCCGTTTTATATTAAATCTAAAGAAAA 13 142 1 TACAAGATAAGCTTTTTTATCAAAAATAATGATG 13 208 1 TGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAACATTCCAAG 14 33 1 TTGTAATGATGATTATTCTTAAAAATTCGCTTTC 15 49 1 AAATGAAATTGTTTTATTCTCAAACGCATGGGTT 16 188 1 GTTATAGCATGTTTTTACTTAGAATTTCGTTTGA 16 239 0 GTTAAATGAAGTTTTATTCAAAAAATGAAGTTTT 19 43 1 AAAAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAA 19 62 1 CTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTTCAATGA 19 208 1 ATGCATCGGTGTTTTTGCAAATACAAGCGAGCGG 21 57 1 TTTTAGCGTTGGTTATTCTAAAAAAATAACCGCT 21 108 0 AGCGAAAATTGATTTTACCAAAATTGTTTGATAT 22 223 1 * **** ***** MAP Score: 0.266755