AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons005_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245737 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0019 107 chemotaxis protein (cheV) #1 HP0082 155 methyl-accepting chemotaxis transducer (tlpC) #2 HP0099 203 methyl-accepting chemotaxis protein (tlpA) #3 HP0103 205 methyl-accepting chemotaxis protein (tlpB) #4 HP0165 25 H. pylori predicted coding region HP0165 #5 HP0166 235 response regulator (ompR) #6 HP0392 56 histidine kinase (cheA) #7 HP0395 22 conserved hypothetical protein #8 HP0398 28 H. pylori predicted coding region HP0398 #9 HP0399 120 ribosomal protein S1 (rps1) #10 HP0599 71 hemolysin secretion protein precursor (hylB) #11 HP0600 163 multidrug resistance protein (spaB) #12 HP0616 77 chemotaxis protein (cheV) #13 HP1043 300 response regulator #14 HP1067 290 chemotaxis protein (cheY) #15 HP1365 83 response regulator #16 HP1368 300 type IIS restriction enzyme M2 protein (mod) Motif 1 CCAACGACACTTAAAAACTAAAATTCCTTTG 0 25 0 CATTTGCCCTTTTAAAACGAATTGATAGAGA 1 132 0 ACAAAATCGTTTAAAAACTAACAATTAGCGG 9 38 0 AAATTTTGCTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAA 11 88 0 TTCTGCAACTTTAAAAACGATTAACTTTGTT 5 190 0 CAAGGATTAAAAAACAACCGCCAAGAC 13 6 1 TTTAAAAACATTAAAAAATAAGACTTTATTT 5 29 1 ATAACGCTCCTTAAAAAACATAGGAAGTATT 16 63 1 ATGGGGGTATTTTAAAAAAATGAGTCAGTCA 16 219 0 AAACACTCCCTTAAAAAAGACACCGCTTTAT 15 14 0 GAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCTAATTGT 9 18 1 ACCCGGTTGTTTGAAAACGAAACAAAAGAAC 3 81 0 TGAAAATATCTTAAAAATAAAAATTCAAAAC 5 113 0 TGTAAAAACCTTTTAAACTAAATTAGGGTAG 12 13 1 TCATGGAATATTGAAAAATAAAGTCTTATTT 5 44 0 AGGGTTTGACTTAAAAATGATTTATAGGAGA 3 181 1 ATGGATAATTTTTAAAATCATTTGCTAAAAA 13 132 0 CTTAAACTAATTTAAAATTATGATATAATCA 13 242 1 TTTTTAATGTTTTTAAACAATTCCTTTGATC 5 15 0 ATTTTATTACTTTTAAACGATTATCATAGCA 14 78 1 ACGATATAATTATAAAACGATACGAAAACCT 0 70 1 TCGTTCTCATTAAAAAACCATTTAAGGTTAC 2 71 0 CTAAAAGCGGTTATAAAAAAACACTCCCTTA 15 32 0 TTTACAATTTTATAAAAAGAA 6 0 0 TTCTCATGCTTTTAAAATCACTCT 8 3 0 TAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCAT 11 15 1 ACTGCCTTACTATAAAATAAATATAAAATCC 9 97 0 GCGTTCTTATTTGTAAAAAAATTCAGTTTGT 14 110 0 AATCGTCTTCTAATAAAAAAATCTTTTTTTG 16 134 0 CGTTTAAAAGTAATAAAATAACTCTTTGAGT 14 66 0 TTTGAAATTTTAATAAAACAAGAGAGGACAA 1 83 0 GTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAATGACCC 14 27 1 TGATTATTGGTTGTAAAAAATGCCTTTGAGC 13 169 0 TTTATTAAAATTTCAAAATAATGTATAATAA 1 97 1 TTTTATAAAATTGTAAAATACTCTTATCTCA 6 14 1 ******** ** MAP Score: 40.0922 Motif 2 AGGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAA 11 93 1 AGCAAATGATTTTAAAAATTATCCATAAAAACGCTCAAA 13 137 1 CCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 12 1 0 TATAATGCGGTTTAAAATTTTGCCGCAAAGGGCAAAAAA 2 151 1 AGAACACCCTTTTTTAAGTTAGGCTTAAAGATAAAATAA 3 25 0 TTATACATTATTTTGAAATTTTAATAAAACAAGAGAGGA 1 86 0 AAGACTTTATTTTTCAATATTCCATGAAAACAAAGCCTT 5 48 1 AAAGGCATTTTTTACAACCAATAATCAAGGGCTTGATTT 13 173 1 ATAAGAGTATTTTACAATTTTATAAAAAGAA 6 2 0 TGAATTTTTATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATCTTTAA 5 117 1 AATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGCCAAAAAAGG 9 43 1 ATGATAATCGTTTAAAAGTAATAAAATAACTCTTTGAGT 14 66 0 GGGGGGTGCATTTAGAAGCTAAACTCTAAAATTAGGGTT 3 148 1 TTAAATTAGTTTAAGAAAATATTAATAAAAGTTATCGCT 13 218 0 CTATAAATCATTTTTAAGTCAAACCCTAATTTTAGAGTT 3 169 0 CACATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCTA 9 5 1 AATGGTTGGATTTGTAATTATACAATAAAATGGTGATTT 13 96 1 CACGATATAATTATAAAACGATACGAAAACCTAAATTAA 0 69 1 CTTAAACTAATTTAAAATTATGATATAATCAGTGCCTGA 13 242 1 AAAGGAATTGTTTAAAAACATTAAAAAATAAGACTTTAT 5 19 1 AACCCGGTTGTTTGAAAACGAAACAAAAGAACAAACAAG 3 74 0 CAAGGATTAAAAAACAACCGCCAAGACAAAGGGAA 13 6 1 CCATTTGCCCTTTTAAAACGAATTGATAGAGAACGATTA 1 125 0 GCATTATAGTATTATAAGCATAAATCAAAAATTAAACTG 2 120 0 GTTCGTTTTCATTATAACGCTCCTTAAAAAACATAGGAA 16 50 1 AAAGAGCCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGCA 14 259 1 AAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAGAAATCATTGAAGGA 5 194 1 ATTATCATAGTTATTAATGGAAATTTAAGGCTTTGTTTT 5 74 0 ATGAAAAGGTTTTCTAAAACTTCATAAAATTGCGCTTCG 16 12 1 **** ** * *** MAP Score: 32.9806 Motif 3 AATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGCCAAA 9 43 1 AAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAG 11 77 1 TATGGATAATTTTTAAAATCATTTGCTAAAAATC 13 130 0 TATATCATAATTTTAAATTAGTTTAAGAAAATAT 13 235 0 CCCTTAAGGATTTTATATTTATTTTATAGTAAGG 9 90 1 TTGATCGTCTTTTTAATCCAGTTTAATTTTTGAT 2 102 1 AACAACCGGGTTTTAATTTTGTTTTGTGCCACTC 3 101 1 AAGCGATAACTTTTATTAATATTTTCTTAAACTA 13 217 1 TCCTCTCTTGTTTTATTAAAATTTCAAAATAATG 1 86 1 TTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAAAATGT 9 11 0 TGCGGCAAAATTTTAAACCGCATTATAGTATTAT 2 144 0 TGTAAAAACCTTTTAAACTAAATTAGGGTAGTAT 12 13 1 CCATTTGCCCTTTTAAAACGAATTGATAGAGAAC 1 130 0 ATTTTATTACTTTTAAACGATTATCATAGCAAAC 14 78 1 CCCCATTTCATTGTAAAATTCTTTCATGCAAAAC 16 244 1 TGAATTTTTATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATC 5 117 1 AAAGTCTTATTTTTTAATGTTTTTAAACAATTCC 5 22 0 TTTCGTATCGTTTTATAATTATATCGTGTTTGCG 0 63 0 CGAAGCGCAATTTTATGAAGTTTTAGAAAACCTT 16 17 0 TTCTTTTTATAAAATTGTAAAATACTCT 6 4 1 GGGAGTGTTTTTTTATAACCGCTTTTAGTATAAA 15 35 1 AATTTTTTATTTTTATTATTTTATCTTTAAGCCT 3 10 1 GCGGTGTCTTTTTTAAGGGAGTGTTTTTTTATAA 15 19 1 ******* *** MAP Score: 31.0287 Motif 4 AACCCCCACCAAAGGAATTTTAGTTTTTAAGT 0 16 1 CCAAAAATAAAAAGGAATCATTTT 2 2 0 TTCGCTCTTTTAGGGTATGCTACGACTTGAAA 2 38 0 ATGTAACCTTAAATGGTTTTTTAATGAGAACG 2 69 1 TAACTTAAAAAAGGGTGTTCTATAATTTCAGC 3 43 1 TTTGACTTAAAAATGATTTATAGGAGATAA 3 185 1 AAAACGATCAAAGGAATTGTTTAAAAACATT 5 9 1 AATGGAAATTTAAGGCTTTGTTTTCATGGAAT 5 66 0 CGTTTGAGATAAGAGTATTTTACAATTTTATA 6 17 0 CAAACGCTAAAAAGGGGTTTTAA 6 43 1 TAAAATCCTTAAGGGTATTGTATCCTTTTTTG 9 73 0 CGAGCGCTTAAAATGTTTGGTAATTTTGGGTA 10 10 1 TAAAAAACCCAAAGGCATCCTTGCTTTTGGTT 11 28 1 TGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAA 11 82 1 AATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 12 5 0 AACCAAACCATAAGGAATGGTTGGATTTGTAA 13 81 1 AAAAACGCTCAAAGGCATTTTTTACAACCAAT 13 163 1 ACCAATAATCAAGGGCTTGATTTTAACCAAGC 13 189 1 TGTCTTTTTTAAGGGAGTGTTTTTTTATAACC 15 23 1 CTATGAAAAGGTTTTCTAAAACTTCATA 16 6 1 CCCATGCAAAAAAAGATTTTTTTATTAGAAGA 16 128 1 ***** *** ** MAP Score: 23.0018 Motif 5 TACATTATTTTGAAATTTTAATAAAACAAGAGAGGA 1 86 0 GAATGTAACCTTAAATGGTTTTTTAATGAGAACGAT 2 67 1 ACACCCTTTTTTAAGTTAGGCTTAAAGATAAAATAA 3 25 0 AAAACAAAATTAAAACCCGGTTGTTTGAAAACGAAA 3 90 0 AGCTAAACTCTAAAATTAGGGTTTGACTTAAAAATG 3 164 1 AGGGTTTGACTTAAAAATGATTTATAGGAGATAA 3 181 1 AAAAACATTAAAAAATAAGACTTTATTTTTCAATAT 5 32 1 AAATAAAAATTCAAAACATTATCATAGTTATTAATG 5 94 0 ATCTCAAACGCTAAAAAGGGGTTTTAA 6 39 1 CACATTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCT 9 7 1 TTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGCCAAAAAAG 9 45 1 TGCCTTACTATAAAATAAATATAAAATCCTTAAGGG 9 90 0 CGAGCGCTTAAAATGTTTGGTAATTTTGGGTAT 10 7 1 CATTCCTTATTTAAATTTGAATCTTTTGGGATTATA 10 40 0 GTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAAA 11 79 1 TCATGCTCCTTTAAATTTTGCTTTTAAAACAAAGCC 11 95 0 TAAAGGAGCATGAAAATGGGCTATAATAAAGAAAAT 11 118 1 AATTATACAATAAAATGGTGATTTTTAGCAAATGAT 13 111 1 ATAAAAACGCTCAAAGGCATTTTTTACAACCAATAA 13 161 1 TATCATAATTTTAAATTAGTTTAAGAAAATATTAAT 13 231 0 TTACTTGTAAAATCCTTGTCTTTCTTTTTTCAA 14 7 1 TTTATCGCACTCAAAGAGTTATTTTATTACTTTTAA 14 58 1 TTTATTACTTTTAAACGATTATCATAGCAAACAAAC 14 80 1 GTAATTTTAATCAAAACATGCTATTATTTGGAACGA 14 183 1 AAGATTGCATTTAAATTAGGCTCTTTTTAAACAGCC 14 249 0 TGCCTTTATACTAAAAGCGGTTATAAAAAAACACTC 15 37 0 CTATGAAAAGGTTTTCTAAAACTTCATAA 16 3 1 CCTATGTTTTTTAAGGAGCGTTATAATGAAAACGAA 16 51 0 CCCCCATGCAAAAAAAGATTTTTTTATTAGAAGACG 16 126 1 AATTTTACAATGAAATGGGGGTATTTTAAAAAAATG 16 228 0 * *** ** * *** MAP Score: 8.35005 Motif 6 GTTTAATGCCAACGACACTTAAAAACTAAAATTC 0 30 0 ACGCAAACACGATATAATTATAAAACGATACGAA 0 62 1 GACTTCCCCTTAATTTAGGTTTTC 0 93 0 CTACGACTTGAAATTATCCAAAAATAAAAAGGAA 2 17 0 TTCAAGTCGTAGCATACCCTAAAAGAGCGAATGT 2 39 1 TAAAAGAGCGAATGTAACCTTAAATGGTTTTTTA 2 58 1 ACGATCAATCGTTCTCATTAAAAAACCATTTAAG 2 76 0 TATTTTTATTATTTTATCTTTAAGCCTAACTTAA 3 17 1 GCATTTAGAAGCTAAACTCTAAAATTAGGGTTTG 3 155 1 CTAAAATTAGGGTTTGACTTAAAAATGATTTATA 3 173 1 AGATACCTTGAAAATATCTTAAAAATAAAAATTC 5 118 0 AGATATTTTCAAGGTATCTTTAATAATAAAATGC 5 133 1 AGAATAGCCATAAAGAAGAATT 7 0 1 AAAAAAGGATACAATACCCTTAAGGATTTTATAT 9 74 1 ATCTTTTGGGATTATACCCAAAATTACCAAACAT 10 22 0 TTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAAA 11 99 1 CTATTTTCCCCTAAAGCCCTATCAAA 12 61 0 ATATTTTCTTAAACTAATTTAAAATTATGATATA 13 235 1 ATCAGTGCCTGAATTACTCTTAAATGCAGGAGTC 13 269 1 GTTTGCTATGATAATCGTTTAAAAGTAATAAAAT 14 78 0 ATTGTCGGTCAAGGTAATTTTAATCAAAACATGC 14 170 1 CATTTAAATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCAAAGC 14 244 0 CCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGCAC 14 265 1 TTATAAAAAAACACTCCCTTAAAAAAGACACCGC 15 19 0 ACTCCTTAACGCTCTCGCTTAAAAGGTAATCGTC 16 158 0 CAATGAAATGGGGGTATTTTAAAAAAATGAGTCA 16 223 0 * ** ******* MAP Score: 6.97745 Motif 7 TAAGTGTCGTTGGCATTAAACGCAAACACGATATAATT 0 43 1 TCCTCTCTTGTTTTATTAAAATTTCAAAATAATGTATA 1 86 1 AGTCGTAGCATACCCTAAAAGAGCGAATGTAACCTTAA 2 43 1 AACCGCATTATAGTATTATAAGCATAAATCAAAAATTA 2 125 0 GGCTTAAAGATAAAATAATAAAAATAAAAAATT 3 5 0 ATCAAAGGAATTGTTTAAAAACATTAAAAAATAAGACT 5 16 1 AAAATATCTTAAAAATAAAAATTCAAAACATTATCATA 5 104 0 GGACTAATTCTAGCATTTTATTATTAAAGATACCTTGA 5 141 0 CTAGAATTAGTCCCCTAAAACATTAACAAAGTTAATCG 5 166 1 TTCTTTTTATAAAATTGTAAAATACTCTTATC 6 4 1 TAAAATACTCTTATCTCAAACGCTAAAAAGGGGTTTTA 6 27 1 AGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAAAATGTG 9 5 0 GCTTACAAAATCGTTTAAAAACTAACAATTAGCGGTTT 9 35 0 TGACTGCCTTACTATAAAATAAATATAAAATCCTTAA 9 93 0 TGTAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTG 11 13 1 TGGAACTATAATCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGG 11 59 1 TTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAG 11 88 1 AGCATGAAAATGGGCTATAATAAAGAAAATTTATACCA 11 124 1 TGGTTGGATTTGTAATTATACAATAAAATGGTGATTTT 13 98 1 TTGAGCGTTTTTATGGATAATTTTTAAAATCATTTGCT 13 137 0 TTTAAATTAGTTTAAGAAAATATTAATAAAAGTTATCG 13 220 0 CATTGGATGGTTTGAAAAAAGAAAGACAAGGATTTTAC 14 16 0 GCTATGATAATCGTTTAAAAGTAATAAAATAACTCTTT 14 70 0 TAAATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCAAAGCGTCTCTAA 14 236 0 TATGAAAAGGTTTTCTAAAACTTCATAAAATTGCGCTT 16 11 1 CCCATTGAAGTTTAATAAAAGGTAAAAATAAGA 16 277 1 * ***** * *** MAP Score: 3.8332 Motif 8 AAACACGATATAATTATAAAACGATACGAAAACCTAAAT 0 66 1 TATTTTGAAATTTTAATAAAACAAGAGAGGACAAAAAAA 1 78 0 CTCTATCAATTCGTTTTAAAAGGGCAAATGGA 1 133 1 TTCCTTTTTATTTTTGGATAATTTCAAGTCGTAGCATAC 2 17 1 TCAATCGTTCTCATTAAAAAACCATTTAAGGTTACATTC 2 67 0 CGATTGATCGTCTTTTTAATCCAGTTTAATTTTTGATTT 2 99 1 AACCGCATTATAGTATTATAAGCATAAATCAAAAATTAA 2 124 0 GGCTTAAAGATAAAATAATAAAAATAAAAAATT 3 4 0 TAAAACCCGGTTGTTTGAAAACGAAACAAAAGAACAAAC 3 77 0 GGGGTGCATTTAGAAGCTAAACTCTAAAATTAGGGTTTG 3 150 1 TTATCTCCTATAAATCATTTTTAAGTCAAACCCT 3 181 0 ATCAAAGGAATTGTTTAAAAACATTAAAAAATAAGACTT 5 16 1 GAAAATATCTTAAAAATAAAAATTCAAAACATTATCATA 5 104 0 AAGGTATCTTTAATAATAAAATGCTAGAATTAGTCCCCT 5 143 1 ACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAGAAATCATTGAA 5 191 1 TTCTTTTTATAAAATTGTAAAATACTCTTA 6 1 1 AGAGTGATTTTAAAAGCATGAGAATGGC 8 4 1 TAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAAAATGTG 9 5 0 TACTATAAAATAAATATAAAATCCTTAAGGGTATTGTAT 9 82 0 TTGTAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTG 11 12 1 AAAGATTAAATGCTATAATACTACCCTAATTTAGTTTAA 12 25 0 TTTTAGCAAATGATTTTAAAAATTATCCATAAAAACGCT 13 133 1 CAGGCACTGATTATATCATAATTTTAAATTAGTTTAAGA 13 241 0 CTTGTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAATGACCCTTTAT 14 24 1 CGTTTAAAAGTAATAAAATAACTCTTTGAGTGCGATAAA 14 58 0 TCAGTTTGTTTGCTATGATAATCGTTTAAAAGTAATAAA 14 80 0 TGAGCGTTCTTATTTGTAAAAAAATTCAGTTTGTTTGCT 14 105 0 TGGAACGATTTATTATTATAAGGCGTTAGAGACGCTTTG 14 211 1 TAAATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCAAAGCGTCTCTAAC 14 235 0 TTTTATGAAGTTTTAGAAAACCTTTTCATAG 16 2 0 TAAGGAGCGTTATAATGAAAACGAACGAAGCGCAATTTT 16 37 0 ATTATAACGCTCCTTAAAAAACATAGGAAGTATTATAAC 16 60 1 AATGGGGGTATTTTAAAAAAATGAGTCAGTCAAGGCAAT 16 212 0 * *** **** ** MAP Score: 2.32572 Motif 9 ACGATATAATTATAAAACGATACGAAAACCTAAATT 0 70 1 AAAGGAATTGTTTAAAAACATTAAAAAATAAGACTT 5 19 1 TTCTGCAACTTTAAAAACGATTAACTTTGTTAATGT 5 185 0 AATACTCTTATCTCAAACGCTAAAAAGGGGTTTTAA 6 30 1 AATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGCCAAAAA 9 43 1 TTGGGTATAATCCCAAAAGATTCAAATTTAAATAAG 10 35 1 GTTTGTAAAAACCTTTTAAACTAAATTAG 12 3 1 TGGTGATTTTTAGCAAATGATTTTAAAAATTATCCA 13 126 1 GTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAATGACCCTTTAT 14 27 1 ATTTTATTACTTTTAAACGATTATCATAGCAAACAA 14 78 1 GCTTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAATTTAAATGCA 14 244 1 ATAACGCTCCTTAAAAAACATAGGAAGTATTATAAC 16 63 1 CATTGAAGTTTAATAAAAGGTAAAAATAAGA 16 279 1 * ******* ** MAP Score: 2.23885