AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons005_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245755 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0012 286 DNA primase (dnaG) #1 HP0014 88 H. pylori predicted coding region HP0014 #2 HP0015 146 H. pylori predicted coding region HP0015 #3 HP0018 251 H. pylori predicted coding region HP0018 #4 HP0019 107 chemotaxis protein (cheV) #5 HP0082 155 methyl-accepting chemotaxis transducer (tlpC) #6 HP0084 300 ribosomal protein L13 (rpl13) #7 HP0099 203 methyl-accepting chemotaxis protein (tlpA) #8 HP0103 205 methyl-accepting chemotaxis protein (tlpB) #9 HP0104 154 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase (cpdB) #10 HP0105 37 conserved hypothetical protein #11 HP0106 24 cystathionine gamma-synthase (metB) #12 HP0107 38 cysteine synthetase (cysK) #13 HP0165 25 H. pylori predicted coding region HP0165 #14 HP0166 235 response regulator (ompR) #15 HP0168 46 H. pylori predicted coding region HP0168 #16 HP0170 74 H. pylori predicted coding region HP0170 #17 HP0171 60 peptide chain release factor RF-2 (prfB) #18 HP0174 300 H. pylori predicted coding region HP0174 #19 HP0392 56 histidine kinase (cheA) #20 HP0395 22 conserved hypothetical protein #21 HP0398 28 H. pylori predicted coding region HP0398 #22 HP0399 120 ribosomal protein S1 (rps1) #23 HP0403 80 phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha subunit (pheS) #24 HP0599 71 hemolysin secretion protein precursor (hylB) #25 HP0600 163 multidrug resistance protein (spaB) #26 HP0616 77 chemotaxis protein (cheV) #27 HP1043 300 response regulator #28 HP1067 290 chemotaxis protein (cheY) #29 HP1365 83 response regulator #30 HP1368 300 type IIS restriction enzyme M2 protein (mod) Motif 1 AAAATAAGGTTTTTTAAAAAATTTGTTTGACTGC 6 193 0 GTTTTTAACTCCTTTATTCATAAAT 10 22 0 AAAGTCTTATTTTTTAATGTTTTTAAACAATTCC 14 22 0 TGAATTTTTATTTTTAAGATATTTTCAAGGTATC 14 117 1 TAATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTAAGCCAA 22 42 1 TATGGATAATTTTTAAAATCATTTGCTAAAAATC 27 130 0 TATATCATAATTTTAAATTAGTTTAAGAAAATAT 27 235 0 AAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAG 25 77 1 GGTTTTTCCTTTTTTATTGAATTT 11 0 0 TTGGCTTTGCTTTTTTACCCTTTTAAAGATAAAA 2 27 1 TTTTAGAGGATTTTTATGGTTTTTTTGAGATAAT 2 80 1 TTCTGTTTAATTTTAATTAACTTTATAAGTCTTT 2 114 0 TTGATCGTCTTTTTAATCCAGTTTAATTTTTGAT 7 102 1 CCCTTAAGGATTTTATATTTATTTTATAGTAAGG 22 90 1 AACAACCGGGTTTTAATTTTGTTTTGTGCCACTC 8 101 1 AAGCGATAACTTTTATTAATATTTTCTTAAACTA 27 217 1 TCCTCTCTTGTTTTATTAAAATTTCAAAATAATG 5 86 1 CCTTACCCATTATTTTACCCATTTTGCCCATAAG 9 43 1 CTCAAAGAGTTATTTTATTACTTTTAAACGATTA 28 67 1 TAACAAACCTTATTTTAAGATTTTATTTATTGAG 0 207 1 GTTGTAATAATATTTATTGTCTTTTTTGGTGTTA 18 42 1 GAGATAAGAGTATTTTACAATTTTATAAAAAGAA 19 10 0 ATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAA 23 42 1 ATTAAGTCTATTTGTATCAAGTTTCATTAGTTTA 0 142 1 AACGATTAACTTTGTTAATGTTTTAGGGGACTAA 14 172 0 GCATTTAATCTTTGATAGGGCTTTAGGGGAAAAT 26 51 1 ATCGAGAATTTTTGAATCTTCTTTAACATTTTTT 18 98 0 TCTTATTTTTACCTTTTATTAAACTTC 30 283 0 TAAAAAACCTTATTTTTAAACTTTAAACTTTCCT 6 211 1 AATTTTTTATTTTTATTATTTTATCTTTAAG 8 7 1 TACGATGGTTTTTGATTGGAATTTAACGCTTATG 9 71 0 CTATGAAAAGGTTTTCTAAAACTTC 30 1 1 GGAGTGTTTTTTTATAACCGCTTTTAGTATAAAG 29 36 1 GCCAATTGGTTTTAAAAAGCGTTTTATAGTAACC 16 39 0 CCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 26 6 0 CATTAATAACTATGATAATGTTTTGAATTTTTAT 14 94 1 GTTTGTTTGCTATGATAATCGTTTAAAAGTAATA 28 82 0 GTTATTATTCTTTATATTTGGTTTTTTAGCATTG 18 194 1 TCTAACCCTTTTAATTGATATTTTTTTGCTTGA 3 228 0 TAAGATTTGGTATAAATTTTCTTTATTATAGCCC 25 135 0 TTATCTCCTATAAATCATTTTTAAGTCAAACC 8 183 0 TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTAT 23 56 0 ******* *** MAP Score: 52.2119 Motif 2 AAAGTTAGTTTTGTTTTAAAAAGTTAATACT 3 16 1 TTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAATTTA 25 89 1 CTCTATCAATTCGTTTTAAAAGGGCAAATGG 5 133 1 CCTTGCCAATTGGTTTTAAAAAGCGTTTTAT 16 46 0 ACAAAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGCAGAAA 14 191 1 CGCTAATTGTTAGTTTTTAAACGATTTTGTA 22 39 1 GGTTTTCGTATCGTTTTATAATTATATCGTG 4 69 0 AAAGGAATTTTAGTTTTTAAGTGTCGTTGGC 4 26 1 GACTGACTCATTTTTTTAAAATACCCCCATT 30 220 1 CCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATA 23 52 0 GTCTTGGCGGTTGTTTTTTAATCCTTG 27 6 0 TAACCTTAAATGGTTTTTTAATGAGAACGAT 7 72 1 CAATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCA 22 17 0 TTTTAGCAAATGATTTTAAAAATTATCCATA 27 133 1 AGAGTGATTTTAAAAGCATGAGAAT 21 4 1 TCTTTATATTTGGTTTTTTAGCATTGCATGT 18 202 1 TATGAATCTCTTGTATTAAAAGGACTTCA 9 135 1 TAAGGGAGTGTTTTTTTATAACCGCTTTTAG 29 32 1 TTCTTTTTATAAAATTGTAAAA 19 1 1 CAAGTTTCATTAGTTTAAAAATACAAGGATT 0 159 1 ATCAAAGGAATTGTTTAAAAACATTAAAAAA 14 16 1 TAAAGCGGTGTCTTTTTTAAGGGAGTGTTTT 29 15 1 ATACTTCCTATGTTTTTTAAGGAGCGTTATA 30 62 0 TACCCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAA 26 12 0 GCTATGATAATCGTTTAAAAGTAATAAAATA 28 77 0 TTAAAAAACCTTATTTTTAAACTTTAAACTT 6 210 1 AACCGCATTATAGTATTATAAGCATAAATCA 7 132 0 CTCCTATAAATCATTTTTAAGTCAAACCCTA 8 180 0 TTTTGAATTTTTATTTTTAAGATATTTTCAA 14 114 1 GATTTTATATTTATTTTATAGTAAGGCAGTC 22 98 1 TAAATTAGGGTAGTATTATAGCATTTAATCT 26 31 1 TTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAA 23 39 1 TCCTCTCTTGTTTTATTAAAATTTCAAAATA 5 86 1 TTCTTTTGTTTCGTTTTCAAACAACCGGGTT 8 82 1 AAATAAAGTCTTATTTTTTAATGTTTTTAAA 14 29 0 AATCAAGCGGTAATTTTTTAAGCGGTCTTTT 6 47 1 GTCAAACAAATTTTTTAAAAAACCTTATTTT 6 196 1 AAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATA 23 28 1 TCTAGCATTTTATTATTAAAGATACCTTGAA 14 140 0 GGTCATTGGATGGTTTGAAAAAAGAAAGACA 28 26 0 TGGAACGATTTATTATTATAAGGCGTTAGAG 28 211 1 * ********* MAP Score: 50.4196 Motif 3 CAATTAGCGCTACAATACCCCC 29 71 1 CATTAAGCGCTACAATACCCCCATGCAAAAAA 30 109 1 CTCATTTTTTTAAAATACCCCCATTTCATTGT 30 226 1 CAAAAAAGGATACAATACCCTTAAGGATTTTA 22 73 1 GCTGAAATTATAGAACACCCTTTTTTAAGTTA 8 43 0 AAGGTTTGTTAATAACGCCCCTTTCTCTAATC 0 186 0 AACCCCCAACTAAAAACCCCCTAACCCCAAAA 6 74 0 TAAAACCCTCAAAAACTCCCTT 1 0 0 ATAGCATAAAAAGAAAACCCCTAAAACCCTCA 1 21 0 AGGGTTATTGTAAAATACCTCCCTATCCCCTT 6 113 1 ACTTAAAAACTAAAATTCCTTTGGTGGGGGTT 4 16 0 TTAAAACCCCTTTTTAGCGTTTG 19 43 0 AAAAAAACCATAAAAATCCTCTAAAAGGGGGT 2 74 0 TCGTTTTCATTATAACGCTCCTTAAAAAACAT 30 52 1 TTGCTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAATTTCA 25 82 0 AATGTTTTTAAACAATTCCTTTGATCGTTTT 14 9 0 ATTGGTTGTAAAAAATGCCTTTGAGCGTTTTT 27 163 0 TATGAAGTTTTAGAAAACCTTTTCATAG 30 6 0 TATAAAATTGTAAAATACTCTTATCTCAAACG 19 17 1 GCGGTTATAAAAAAACACTCCCTTAAAAAAGA 29 25 0 GGTATTTTACAATAACCCTCCCCTACAACCCC 6 100 0 ATGTTTTGATTAAAATTACCTTGACCGACAAT 28 170 0 AAATATAAAGAATAATAACCCTGGTAACCAAG 18 181 0 CGGGCTTTGTTATAATACTTCCTATGTTTTTT 30 75 0 ATGGTTACTATAAAACGCTTTTTAAAACCAAT 16 37 1 CTCATGCTTTTAAAATCACTCT 21 0 0 TTAAAAGTAATAAAATAACTCTTTGAGTGCGA 28 62 0 TTTTAAAGATAAAAACCACCCCTTTTGACCCC 2 47 1 CATTTCATTGTAAAATTCTTTCATGCAAAACC 30 247 1 GTTTGTAAAAACCTTTTAAACTAAATT 26 5 1 ACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGC 23 18 0 TCTTCTAATAAAAAAATCTTTTTTTGCATGGG 30 128 0 TTTTTATGGCTAAAATGATCCCTAAGCTCTTA 3 155 0 ** *** ***** MAP Score: 36.2844 Motif 4 ACAAACCTTATTTTAAGATTTTATTTATTGAGT 0 209 1 AATTTTTTATTTTTATTATTTTATCTTTAAGCC 8 10 1 GGCTTTGCTTTTTTACCCTTTTAAAGATAAAAA 2 29 1 GATAAGAGTATTTTACAATTTTATAAAAAGAA 19 9 0 TTTAGAGGATTTTTATGGTTTTTTTGAGATAAT 2 81 1 AAGTCTTATTTTTTAATGTTTTTAAACAATTCC 14 22 0 TTGGTGTTAGTTTTATTCTTTTTGGAAAGAAAA 18 67 1 TTTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAA 23 14 1 AAGGGAGTTTTTGAGGGTTTTAGGGGTTTTCT 1 9 1 ACCAAAGGAATTTTAGTTTTTAAGTGTCGTTGG 4 23 1 AAAACCTTATTTTTAAACTTTAAACTTTCCTTA 6 214 1 TATGATAATGTTTTGAATTTTTATTTTTAAGAT 14 104 1 TTATACATTATTTTGAAATTTTAATAAAACAAG 5 92 0 AAAAAATGCCTTTGAGCGTTTTTATGGATAATT 27 153 0 TTTCGTATCGTTTTATAATTATATCGTGTTTGC 4 64 0 TCTTATTTTTACCTTTTATTAAACTTCAA 30 281 0 TCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGT 25 70 1 GGTTTTTCCTTTTTTATTGAATTT 11 8 0 CAAGGATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGGAG 25 18 0 CCCTTAAGGATTTTATATTTATTTTATAGTAAG 22 90 1 AATTCTAGCATTTTATTATTAAAGATACCTTGA 14 141 0 GATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAAT 23 53 0 TAAAACCCCTTTTTAGCGTTTGAGATAAGAGTA 19 32 0 CTCTCTTTTATTTTCTGCTTTTTTTGTCCTCTC 5 60 1 AATTTGAATCTTTTGGGATTATACCCAAAATTA 24 30 0 TTAGAGACGCTTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTA 28 236 1 CAAAATTGAATTTTATTGTTTGTTATAGGAGAA 12 15 1 TTCAAAATAGTATTAACTTTTTAAAACAAAACT 3 22 0 TCCATTTGCCCTTTTAAAACGAATTGA 5 138 0 CTCCTTTAAATTTTGCTTTTAAAACAAAGCCCT 25 93 0 ***** ***** MAP Score: 35.8639 Motif 5 AAGTTTTGATAAATAAAATAGAAATTTAGCGCTTA 0 22 1 TATACTCAATAAATAAAATCTTAAAATAAGGTTTG 0 210 0 AAGCGAGTTAAAACAAGAAAGCAAGATGAAGAAAG 0 253 1 AAAGGGTAAAAAAGCAAAGCCAAAGAGTGTAAAAG 2 15 0 TTATTATCTCAAAAAAACCATAAAAATCCTCTAAA 2 81 0 ATAACATTTTTAATGAAAACATAAGCTTTTTATGG 3 178 0 TTATAAAACGATACGAAAACCTAAATTAAGGGGAA 4 79 1 AGCTCCCCCCAAAGGAGAGGCAAAAAGAAATAGAG 5 11 0 GAGGACAAAAAAAGCAGAAAATAAAAGAGAGCCAA 5 56 0 TTGCTGAATTTAAGGAAAGTTTAAAGTTTAAAAAT 6 222 0 TTATAAGCATAAATCAAAAATTAAACTGGATTAAA 7 113 0 AAAGATAAAATAATAAAAATAAAAAATT 8 3 0 TTTGAAAACGAAACAAAAGAACAAACAAGCTGAAA 8 68 0 TGAGTGGCACAAAACAAAATTAAAACCCGGTTGTT 8 101 0 GTGCATTTAGAAGCTAAACTCTAAAATTAGGGTTT 8 153 1 AATCATTTTTAAGTCAAACCCTAATTTTAGAGTTT 8 168 0 AAATTCAATAAAAAAGGAAAAACC 11 0 1 TTCTCCTATAACAAACAATAAAATTCAATTTT 12 16 0 TTGTTTAAAAACATTAAAAAATAAGACTTTATTTT 14 26 1 ATATTCCATGAAAACAAAGCCTTAAATTTCCATTA 14 64 1 AATATCTTAAAAATAAAAATTCAAAACATTATCAT 14 105 0 AACTAACACCAAAAAAGACAATAAATATTATTACA 18 44 0 TTTTGGAAAGAAAAAAAATGTTAAAGAAGATTCAA 18 86 1 CAATGCTAAAAAACCAAATATAAAGAATAATAACC 18 193 0 CGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAAAATGTG 22 6 0 GCCTTACTATAAAATAAATATAAAATCCTTAAGGG 22 90 0 ACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAAA 23 15 0 TAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA 23 57 1 ACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTGC 25 17 1 CTTTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAA 25 97 1 AACAACCGCCAAGACAAAGGGAAAGGAGGGGGAGG 27 22 1 AGCCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGCA 28 263 1 CATTGAAGTTTAATAAAAGGTAAAAATAAGA 30 279 1 *** *** **** MAP Score: 26.5372 Motif 6 TATTCTAATAAGGAGTTAAGGGGTT 13 5 1 GGGTTTTTTATAACAAGGAGTTACAACA 25 5 0 CGATTTATTATTATAAGGCGTTAGAGACGCTTT 28 216 1 TCTCAAACGCTAAAAAGGGGTTTTAA 19 40 1 CTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 26 6 0 TGCAGAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT 14 214 1 ACAATTTATGAATAAAGGAGTTAAAAAC 10 19 1 TAAAGTTTAAAAATAAGGTTTTTTAAAAAATTT 6 203 0 GAAAAAAGAAAGACAAGGATTTTACAAGTAA 28 8 0 TTAAAATTAAACAGAAGGGTTTTG 2 132 1 ATCTCTTGTATTAAAAGGACTTCA 9 140 1 CCAATTGGTTTTAAAAAGCGTTTTATAGTAACC 16 39 0 AGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAG 25 78 1 CTATGAAAAGGTTTTCTAAAACTTCA 30 3 1 TTTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAA 23 14 1 TTTTTTGAGATAATAAAGACTTATAAAGTTAAT 2 100 1 GAATATTGAAAAATAAAGTCTTATTTTTTAATG 14 37 0 TATTCCATGAAAACAAAGCCTTAAATTTCCATT 14 65 1 ATTTAATCTTTGATAGGGCTTTAGGGGAAAATA 26 53 1 CCTTTATCGCACTCAAAGAGTTATTTTATTACT 28 56 1 AAAAATATCAATTAAAAGGGTTAGA 3 236 1 ACCCCCATGCAAAAAAAGATTTTTTTATTAGAA 30 125 1 AGCCAAAGAGTGTAAAAGCCTTA 2 0 0 GCCTAACTTAAAAAAGGGTGTTCTATAATTTCA 8 40 1 AAGGGAGTTTTTGAGGGTTTTAGGGGTTTTCT 1 9 1 * * **** **** MAP Score: 20.8399