AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons006_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245789 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0497 228 sodium- and chloride-dependent transporter #1 HP0500 57 DNA polymerase III beta-subunit (dnaN) #2 HP0513 290 H. pylori predicted coding region HP0513 #3 HP0514 60 ribosomal protein L9 (rpl9) #4 HP0577 73 methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase (folD) #5 HP0584 81 flagellar switch protein (fliN) #6 HP0585 228 endonuclease III (nth) #7 HP0687 143 iron(II) transport protein (feoB) #8 HP0698 187 H. pylori predicted coding region HP0698 #9 HP0699 39 H. pylori predicted coding region HP0699 #10 HP0834 76 GTP-binding protein homologue (yphC) #11 HP0835 141 histone-like DNA-binding protein HU (hup) #12 HP1431 253 16S rRNA (adenosine-N6,N6-)-dimethyltransferase (ksgA) #13 HP1441 120 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B, cyclosporin-type rotamase (ppi) #14 HP1447 71 ribosomal protein L34 (rpl34) #15 HP1529 152 chromosomal replication initiator protein (dnaA) Motif 1 AATAATAGGATTTTAATTATATAAAGGACAA 4 52 1 ATCACTATACTTTCAATAAAATAAGGGGTTTTTT 9 15 1 TAGTGCTGACTTTTAATCTAAAAACGATATAACT 7 80 1 TACTAACATCTTTGAATGAAAAAAGCTATAATAA 12 156 1 AGCGTGGCTTTTTTCATGGAATAATGCAAAAGAA 6 129 0 TTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAAATTAGATT 10 51 0 TTGGTTAGATTTTGCATTATAAAATGAAATCCTA 12 51 0 AGCAAATTTTCTTCAATCCTAACAAATTTGGCTG 8 81 1 TGGGTTTTTTCTTAAATCTTAAGATCTTTAAAGA 0 118 1 GTTGCGTCTGCTTCCATAATAACACTCCTTGATT 2 130 0 ATCTTTAGGATTTGATTATAATTACCGCTCAATC 11 57 1 GACATCGCTCTTTAATTTTAATCATTGACAAGGA 0 189 1 TGTGTTTATGTTTAATTTTTATCAAGGGAGTTTT 14 45 1 TAACCACCTTTAATTGTTATGAATTGAGTTTG 2 8 1 AATAATGAAATTTTCTTAAAATTATACAATATGT 0 26 1 TTCCCACCAATTTTTATAATATCATCCCATAATT 2 259 0 TAATAGAGCATTTGAATGACAAAAGCTTATCGCA 13 89 1 ATTGTTTTGATTTTCTTCAAAAAATCCTAATAGT 2 167 0 TCTTGTCTCGCTTTTATTATATAACAATTAGTCT 7 36 1 CAACTTACCGCTTAAATTTCAAAAGTATCCTACA 13 14 1 GTCTATAATGCTTGCTTTATAATAAGCTAATGGA 15 28 0 AATTATACTCTTTATTTTGAATAAGTTGGGTTT 3 9 0 TGGCTTTATTTGTTATAAAATTTATAGT 5 4 1 CAAACTAGGTTTTTATTCCATTAAACGCATGAT 4 9 1 AGAATTTAAATTTCAATTAAAGGAGTCATC 12 6 0 AATGATTTGACTTTGATTATAAAATCTTAATTTT 5 38 0 *** *** *** * MAP Score: 23.0524 Motif 2 TTAAAGTGGGTTTTTTCTTAAATCTTAAGATCT 0 112 1 TTGGTCTTAATTATAGCNTAAAAGAACGCTTTT 1 10 0 ATAGGGGTGATTATAGCATTTATGGGGCAAAAA 2 46 1 TTAGCGGATTTTACCGCATGCATCTTAATAAAA 2 98 0 AACTAGGTTTTTATTCCATTAAACGCATGATTT 4 12 1 AAACGCATGATTTTTGCTACAATAATAGGATTT 4 32 1 TTCTTTTGCATTATTCCATGAAAAAAGCCACGC 6 129 1 GTTATATCGTTTTTAGATTAAAAGTCAGCACTA 7 80 0 AATTAAAAAATTTAAGCTTTTTTCTTTTTTTTT 8 117 1 TTTTTCTTTTTTTTTGATTTAATACTAGGTATA 8 135 1 TTATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTAG 10 12 0 CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAAA 10 58 0 TTAAGGGGGTTTAACGCATAAAAAAT 11 3 0 TAAAAAAGCGTTTTTGCTTGATTTATCTTTAGG 11 33 1 AATCGCTTGGTTTTGGCATCTATTAGAAAAGGG 11 109 1 AACTTCTTTATTATAGCTTTTTTCATTCAAAGA 12 164 0 ATTCCTCATATTATACCTTAAAAAGGGGATTTG 12 214 0 TATCCAACTTACCGCTTAAATTTCAAAAGTA 13 8 1 AAATGCTCTATTATAGCAACAAATTAAAACAAA 13 69 0 TTTAGTCAATTTTTAGCATTCTTTAGCTAAAAT 14 11 1 GAAAATCCTTTTTTCGCATCCATTAGCTTATTA 15 10 1 CACCTTAATTTTAAGGCTTCATTCACATTTCAT 15 78 1 GGCGTTATTATAGCGTGAATAAGTGGTGAA 15 132 0 **** ** * *** MAP Score: 22.6162 Motif 3 CTCTGTATTTTTTAGGTATTTTTAAAGTGGGTT 0 91 1 AATTAAAAAATTTAAGCTTTTTTCTTTTTTTTT 8 117 1 AGGTGTTTCTTTTAAGGGTTTGTCTATAATGCT 15 50 0 AGCCTTAAAATTAAGGTGTTTCTTTTAAGGGTT 15 63 0 ATGCTCCGCATTAAAGTTTTTCTAATTTTTAGT 7 111 0 ACACCTTAATTTTAAGGCTTCATTCACATTTCA 15 77 1 AAAGCGTTTTTTAAGGGCTTCATCGCAGTTAGC 6 62 0 ATAGGGGTGATTATAGCATTTATGGGGCAAAAA 2 46 1 AACTTCTTTATTATAGCTTTTTTCATTCAAAGA 12 164 0 TTTAGTCAATTTTTAGCATTCTTTAGCTAAAAT 14 11 1 AATCGCTTGGTTTTGGCATCTATTAGAAAAGGG 11 109 1 CAACCACACTATTAGGATTTTTTGAAGAAAATC 2 160 1 TTATAGTAAAATTAAGATTTTATAATCAAAGTC 5 31 1 GCTTTCTCTCTTTTGGTATCCATGAAGGGGTTC 6 90 1 TTTCAATAAAATAAGGGGTTTTTT 9 25 1 TTGATTTATCTTTAGGATTTGATTATAATTACC 11 50 1 AAAATTAGTATTAAAATCTTTTTCGTTAATAAT 12 84 0 AAATTGATTGTTTTGATTTTCTTCAAAAAATCC 2 174 0 GCTTTATTTGTTATAAAATTTATAGTAAAATTA 5 12 1 TCCTTTCATTTTTTAACATTCTTGTCTCGCTTT 7 17 1 ACCAAGAGGCATAAAGCCTCTTTCATAAAAAGG 8 21 0 CTGTATTAGTTTTTAAAATCTTTAAAGATCTTA 0 137 0 CCCCTTGAATTTTTGGTCTTAATTATAGCNTAA 1 22 0 ****** *** * MAP Score: 21.6998 Motif 4 TAATTCCCCTTACTTAAATAATGAAA 0 2 1 AAAAAACCCCTTATTTTATTGAAAGTA 9 22 0 AGGAAAGACAAATCCCCTTTTTAAGGTATAATAT 12 206 1 AGTTAAAATAATCCCCTTGAATTTTTGGTCTTA 1 34 0 GTGGATAACCCCTTTTCTAATAGATGCCAA 11 121 0 TTATGCGTTAAACCCCCTTAAAAAAGCGTTTTTG 11 15 1 TTCCATAATAACACTCCTTGATTTAGCGGATTTT 2 119 0 CCCTTAAAAGAAACACCTTAATTTTAAGGCTTCA 15 65 1 ATTTGTAATTATACTCTTTATTTTGAATAAGTTG 3 15 0 TACACGCTCCTTTCATTTTTTAACATT 7 3 1 AGAGGCATAAAGCCTCTTTCATAAAAAGGATTGA 8 16 0 TAACCACCTTTAATTGTTATGAATT 2 1 1 ATACAGAGCAACGCCCTTAGATTATACTATAGTT 0 65 0 ATCCCCTTTAAGTTGTAAGTAATT 3 46 0 CGCTAGACCCTTATTTAAGCTTTAAATA 10 4 1 TTAAGAAAAAACCCACTTTAAAAATACCTAAAAA 0 99 0 TTCACATGTTATTCCTTTTTCATTCACCACTTAT 15 110 1 ATCGGCTAAAATACCATTTGTTTTAATTTGTTGC 13 53 1 AACTGCGATGAAGCCCTTAAAAAACGCTTTCTCT 6 65 1 TTAGTATTAAAATCTTTTTCGTTAATAATTGGTT 12 79 0 TAAAAAATTTAAGCTTTTTTCTTTTTTTTTGATT 8 120 1 CTTGATACAGATTCTACTTTTTTTGCCCCATAAA 2 64 0 ATTTTACCGCATGCATCTTAATAAAACTTGATAC 2 90 0 TTCCTTTTTAATGCAACTTCTTTATTATAGCTTT 12 177 0 * ****** *** MAP Score: 20.4405 Motif 5 TAAAGATCTTAAGATTTAAGAAAAAACCCACTTTA 0 113 0 ATTAACGAAAAAGATTTTAATACTAATTTTTAATA 12 87 1 AGCGATTTCTACGATTTCATAAACTTTGTCTTTAA 6 30 0 TAATCTAAAAACGATATAACTAAAAATTAGAAAAA 7 93 1 CAATTATGGGATGATATTATAAAAATTGGTGGGAA 2 258 1 AAGATCTTTAAAGATTTTAAAAACTAATACAGCAA 0 138 1 CTACAATAATAGGATTTTAATTATATAAAGGACAA 4 48 1 ATTTATCTTTAGGATTTGATTATAATTACCGCTCA 11 53 1 TAGTAAAATTAAGATTTTATAATCAAAGTCAAATC 5 34 1 AAATCAACCCAAGCTTTTAGCACCAAGAGGCATAA 8 40 0 GCGTTCTTTTANGCTATAATTAAGACCAAAAATTC 1 14 1 ACCCTTATTTAAGCTTTAAATAACTATAATATTGT 10 16 1 TGAATGAAAAAAGCTATAATAAAGAAGTTGCATTA 12 168 1 TACATATTGTATAATTTTAAGAAAATTTCATTATT 0 26 0 CCACACTATTAGGATTTTTTGAAGAAAATCAAAAC 2 163 1 TTCTATCACTATACTTTCAATAAAATAAGGGGTTT 9 11 1 CATTAAACGCATGATTTTTGCTACAATAATAGGAT 4 28 1 CTCATTAGCTAGGATTTCATTTTATAATGCAAAAT 12 42 1 TTTTTAAGGTATAATATGAGGAATTTTAGAAGCGT 12 223 1 AATACTAGGTATAATTTTAATTCCACCTAACAAGG 8 155 1 CTAATGAGCTAGAATTTAAATTTCAATTAAAGGAG 12 15 0 TATTTGTTATAAAATTTATAGTAAAATTAAGATTT 5 16 1 * ***** * ** * MAP Score: 20.381 Motif 6 GCATTATTCCATGAAAAAAGCCACGCTTTC 6 136 1 ACATCTTTGAATGAAAAAAGCTATAATAAA 12 161 1 TAAGTGGTGAATGAAAAAGGAATAACATGT 15 113 0 AATCCTTTTTATGAAAGAGGCTTTATGCCT 8 18 1 AAGAAGTTGCATTAAAAAGGAAAGACAAAT 12 189 1 ATGTTAAAAAATGAAAGGAGCGTGTA 7 6 0 GTTAAACCCCCTTAAAAAAGCGTTTTTGCT 11 21 1 CATATTATACCTTAAAAAGGGGATTTGTCT 12 211 0 ATCAAAAAAAAAGAAAAAAGCTTAAATTTT 8 123 0 TTAAATTTCAATTAAAGGAGTCATC 12 5 0 AAAAAGCTATAATAAAGAAGTTGCATTAAA 12 175 1 AATGATTAAAATTAAAGAGCGATGTCCTTA 0 185 0 TTACTTACAACTTAAAGGGGAT 3 48 1 GAGCATTTGAATGACAAAAGCTTATCGCAA 13 94 1 CGATGAAGCCCTTAAAAAACGCTTTCTCTC 6 70 1 CTTAAGATTTAAGAAAAAACCCACTTTAAA 0 111 0 TTTGGCATCTATTAGAAAAGGGGTTATCCA 11 120 1 ********** MAP Score: 16.884 Motif 7 TGGCTTTATTTGTTATAAAATT 5 2 1 AAGCGTTTTTGCTTGATTTATCTTTAGGAT 11 38 1 AAAATAATCCCCTTGAATTTTTGGTCTTAA 1 33 0 ACGCTTTCTTTGATGACAAGGT 6 216 0 TCCATTAAACGCATGATTTTTGCTACAATA 4 26 1 ACTTGAATGCGGTTGATTTTAACCGAAAGC 6 160 0 TGTCTATAATGCTTGCTTTATAATAAGCTA 15 33 0 AAAGAAAAAAGCTTAAATTTTTTAATTTGC 8 114 0 CCAACTTACCGCTTAAATTTCAAAAGTATC 13 13 1 GTAATTATACTCTTTATTTTGAATAAGTTG 3 15 0 TAATAACACTCCTTGATTTAGCGGATTTTA 2 118 0 AAAAGAAACACCTTAATTTTAAGGCTTCAT 15 70 1 CGATTGAATCGCTTGGTTTTGGCATCTATT 11 103 1 TACACGCTCCTTTCATTTTTTAACATTC 7 8 1 GGGGTTCAATGCATTCTTTTGCATTATTCC 6 116 1 TAACCACCTTTAATTGTTATGAATTG 2 6 1 GATGACTCCTTTAATTGAAATTTAAAT 12 7 1 AGGACATCGCTCTTTAATTTTAATCATTGA 0 187 1 CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAAATT 10 56 0 TAAAAGCTTGGGTTGATTTAACTCAAGCAA 8 56 1 GATTATAAAATCTTAATTTTACTATAAATT 5 28 0 AAATTCAAGGGGATTATTTTAACT 1 43 1 TCAATTTTTAGCATTCTTTAGCTAAAATCT 14 16 1 CAATAGAAGTGCTTCAATTAACGCTCGTAT 12 119 0 AAAATTAAGGTGTTTCTTTTAAGGGTTTGT 15 60 0 TCTGTGTTTATGTTTAATTTTTATCAAGGG 14 43 1 TAAGAAAATTTCATTATTTAAGTAAGGGGA 0 14 0 ********** MAP Score: 16.7205 Motif 8 ACAGATTCTACTTTTTTTGCCCCATAAATGCTATAATC 2 54 0 CATTCTTTTGCATTATTCCATGAAAAAAGCCACGCTTT 6 127 1 TGGCTTTATTTGTTATAAAATTTATAGTAAA 5 3 1 TCTTGTCTCGCTTTTATTATATAACAATTAGTCTTATA 7 36 1 TTGTCCTTTATATAATTAAAATCCTATTATTG 4 51 0 CGCTAGACCCTTATTTAAGCTTTAAATAACTATAAT 10 8 1 AAAAATCATGCGTTTAATGGAATAAAAACCTAGTTTG 4 9 0 GATGACTCCTTTAATTGAAATTTAAATTCTAGCTCA 12 8 1 ATCTTAAGATCTTTAAAGATTTTAAAAACTAATACAGC 0 133 1 AAGCTTTTTTCTTTTTTTTTGATTTAATACTAGGTATA 8 130 1 CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAAA 10 58 0 GCTAGGATTTCATTTTATAATGCAAAATCTAACCAATT 12 49 1 GGCGTTATTATAGCGTGAATAAGTGGTGAA 15 132 0 ATTTTTTATGCGTTAAACCCCCTTAAAAAAGCGTTTTT 11 10 1 AAAAAACCCACTTTAAAAATACCTAAAAAATACAGAGC 0 90 0 CATTCAAATGCTCTATTATAGCAACAAATTAAAACAAA 13 69 0 TAACCACCTTTAATTGTTATGAATTGAGTTTGAT 2 6 1 AAGACAAATCCCCTTTTTAAGGTATAATATGAGGAATT 12 210 1 TCGCATTATTCCTTTTTCCAACTATACAACCTCTGATA 2 219 0 GTTCTATCACTATACTTTCAATAAAATAAGGGGTT 9 7 1 AAACTACTAACATCTTTGAATGAAAAAAGCTATAATAA 12 152 1 AAAGAAGTTGCATTAAAAAGGAAAGACAAATCCCCTTT 12 188 1 * ***** * *** MAP Score: 15.268 Motif 9 TAATTCCCCTTACTTAAATAATGAAAT 0 6 1 GTTCTTTTANGCTATAATTAAGACCAAAAAT 1 16 1 TTGTCCTTTATATAATTAAAATCCT 4 58 0 TGCGATGAAGCCCTTAAAAAACGCTTTCTCT 6 68 1 TTGCATTATTCCATGAAAAAAGCCACGCTTT 6 134 1 AAAAAACCCCTTATTTTATTGAAAGTAT 9 21 0 CGCTAGACCCTTATTTAAGCTTTAAATA 10 7 1 CCTTATTTAAGCTTTAAATAACTATAATATT 10 18 1 TTAAATTGAAGCGATAAAAAAG 10 64 1 GCGTTAAACCCCCTTAAAAAAGCGTTTTTGC 11 19 1 GATGACTCCTTTAATTGAAATTTAAATT 12 7 1 GTTAGATTTTGCATTATAAAATGAAATCCTA 12 51 0 TTTAATACGAGCGTTAATTGAAGCACTTCTA 12 115 1 AATGAAAAAAGCTATAATAAAGAAGTTGCAT 12 170 1 TTAATTTGTTGCTATAATAGAGCATTTGAAT 13 75 1 TTAAAACTCCCTTGATAAAAATTAAACATA 14 51 0 TATAATGCTTGCTTTATAATAAGCTAATGGA 15 28 0 TATAGACAAACCCTTAAAAGAAACACCTTAA 15 55 1 GGCGTTATTATAGCGTGAATAA 15 140 0 ** ******** MAP Score: 13.8917 Motif 10 TTTAAGAAAATTTCATTATTTAAGTAAGGGGAAT 0 12 0 CACCTTTAATTGTTATGAATTGAGTTTGATTGAT 2 14 1 AATCAAGGAGTGTTATTATGGAAGCAGACGCAAC 2 130 1 ATAATAGGATTTTAATTATATAAAGGACAA 4 53 1 AAAATTAAGATTTTATAATCAAAGTCAAATCATT 5 38 1 TTTTGCATTATTCCATGAAAAAAGCCACGCTTTC 6 132 1 CACAATACCTTGTCATCAAAGAAAGCGT 6 210 1 GCTCAATCCTTTTTATGAAAGAGGCTTTATGCCT 8 14 1 TCACTATACTTTCAATAAAATAAGGGGTTTTTT 9 16 1 TAGGATTTCATTTTATAATGCAAAATCTAACCAA 12 51 1 ACTAACATCTTTGAATGAAAAAAGCTATAATAAA 12 157 1 AATAAAGAAGTTGCATTAAAAAGGAAAGACAAAT 12 185 1 AATAGAGCATTTGAATGACAAAAGCTTATCGCAA 13 90 1 TATGTTTAATTTTTATCAAGGGAGTTTTAA 14 51 1 TCCATTAGCTTATTATAAAGCAAGCATTATAGAC 15 28 1 *** ** ** *** MAP Score: 9.32069 Motif 11 AATTCCCCTTACTTAAATAATGAAATTTTC 0 11 1 AGTTACATATTGTATAATTTTAAGAAAATT 0 34 0 ACTTAACTATAGTATAATCTAAGGGCGTTG 0 61 1 GTGGGTTTTTTCTTAAATCTTAAGATCTTT 0 117 1 CTTGTCAATGATTAAAATTAAAGAGCGATG 0 191 0 GTTCTTTTANGCTATAATTAAGACCAAAAA 1 16 1 AGTTAAAATAATCCCCTTGAA 1 46 0 CCCCATAAATGCTATAATCACCCCTATCAA 2 43 0 AGATGCATGCGGTAAAATCCGCTAAATCAA 2 106 1 CATGATTTTTGCTACAATAATAGGATTTTA 4 37 1 TAAAATTTATAGTAAAATTAAGATTTTATA 5 25 1 CACGCTTTCGGTTAAAATCAACCGCATTCA 6 157 1 AATTTGCTTGAGTTAAATCAACCCAAGCTT 8 59 0 AAAGAAAAAAGCTTAAATTTTTTAATTTGC 8 114 0 TTTAATACTAGGTATAATTTTAATTCCACC 8 152 1 GTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTAGCG 10 10 0 GCTTTAAATAACTATAATATTGTAATCTAA 10 28 1 CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAAATT 10 56 0 TTGAGCGGTAATTATAATCAAATCCTAAAG 11 59 0 TAGAATTTAAATTTCAATTAAAGGAGTCAT 12 11 0 AATGAAAAAAGCTATAATAAAGAAGTTGCA 12 170 1 CCCTTTTTAAGGTATAATATGAGGAATTTT 12 220 1 AAGAAACGCTTCTAAAATTCCTCATATTAT 12 233 0 AACACTATCGGCTAAAATACCATTTGTTTT 13 47 1 GCATTCTTTAGCTAAAATCTGTGTTTATGT 14 26 1 ACTTATTCACGCTATAATAACGCC 15 138 1 ********** MAP Score: 5.77738 Motif 12 AGGTATTTTTAAAGTGGGTTTTTTCTTAAATCT 0 104 1 ATCTTAAGATCTTTAAAGATTTTAAAAACTAAT 0 133 1 AAGACCAAAAATTCAAGGGGATTATTTTAACT 1 35 1 ATTCATAACAATTAAAGGTGGTTA 2 1 0 AAATCCGCTAAATCAAGGAGTGTTATTATGGAA 2 120 1 CAAACTAGGTTTTTATTCCATTAA 4 1 1 TTTTGCTACAATAATAGGATTTTAATTATATAA 4 43 1 ATTTATAGTAAAATTAAGATTTTATAATCAAAG 5 29 1 ATACCAAAAGAGAGAAAGCGTTTTTTAAGGGCT 6 76 0 GAATGCTCCGCATTAAAGTTTTTCTAATTTTTA 7 113 0 CAAATTAAAAAATTTAAGCTTTTTTCTTTTTTT 8 115 1 TACTTTCAATAAAATAAGGGGTTTTTT 9 22 1 TTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTAGCG 10 3 0 TAAACCCCCTTAAAAAAGCGTTTTTGCTTGATT 11 23 1 TCAATCAATCAAGCTAGGCGATTGAATCGCTTG 11 85 1 ATAGATGCCAAAACCAAGCGATTCAATCGCCTA 11 99 0 CAATTATTAACGAAAAAGATTTTAATACTAATT 12 82 1 AGCTTTTTTCATTCAAAGATGTTAGTAGTTTTG 12 150 0 TATTATACCTTAAAAAGGGGATTTGTCTTTCCT 12 206 0 AATTAAACATAAACACAGATTTTAGCTAAAGAA 14 29 0 AATGGATGCGAAAAAAGGATTTTC 15 1 0 GAAGCCTTAAAATTAAGGTGTTTCTTTTAAGGG 15 65 0 *** **** * ** MAP Score: 4.61236 Motif 13 TAATTCCCCTTACTTAAATAATGA 0 1 1 AAAAGCGTTCTTTTANGCTATAA 1 0 1 TAACCACCTTTAATTGTTATGAAT 2 1 1 GCATGCGGTAAAATCCGCTAAATCAAGGAGTGT 2 110 1 GAAGCCCTTAAAAAACGCTTTCTCTCTTTTGGT 6 74 1 AAAAAACCCCTTATTTTATTGAAAG 9 24 0 TTTATGCGTTAAACCCCCTTAAAAAAGCGTTTT 11 14 1 AAGGAAAGACAAATCCCCTTTTTAAGGTATAAT 12 205 1 CTATCGGCTAAAATACCATTTGTTTTAATTTGT 13 51 1 GAAAATCCTTTTTTCGCATCCATT 15 1 1 CCCTTAAAAGAAACACCTTAATTTTAAGGCTTC 15 65 1 *** ****** * MAP Score: 3.40758