AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons006_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245835 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0497 228 sodium- and chloride-dependent transporter #1 HP0500 57 DNA polymerase III beta-subunit (dnaN) #2 HP0513 290 H. pylori predicted coding region HP0513 #3 HP0514 60 ribosomal protein L9 (rpl9) #4 HP0577 73 methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase (folD) #5 HP0584 81 flagellar switch protein (fliN) #6 HP0585 228 endonuclease III (nth) #7 HP0687 143 iron(II) transport protein (feoB) #8 HP0695 300 hydantoin utilization protein A (hyuA) #9 HP0698 187 H. pylori predicted coding region HP0698 #10 HP0699 39 H. pylori predicted coding region HP0699 #11 HP0834 76 GTP-binding protein homologue (yphC) #12 HP0835 141 histone-like DNA-binding protein HU (hup) #13 HP1431 253 16S rRNA (adenosine-N6,N6-)-dimethyltransferase (ksgA) #14 HP1441 120 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B, cyclosporin-type rotamase (ppi) #15 HP1447 71 ribosomal protein L34 (rpl34) #16 HP1529 152 chromosomal replication initiator protein (dnaA) Motif 1 TGAATTTCGCCTTTTGATTTAATATCAGTTTAAT 8 63 1 TATCACTATACTTTCAATAAAATAAGGGGTTTTT 10 14 1 GATGACTCCTTTAATTGAAATTTAAATTCTAG 13 8 1 AAACGCATGATTTTTGCTACAATAATAGGATTTT 4 32 1 TTTTTCTTTTTTTTTGATTTAATACTAGGTATAA 9 135 1 AAAAGCCACGCTTTCGGTTAAAATCAACCGCATT 6 151 1 AATGATTTGACTTTGATTATAAAATCTTAATTTT 5 38 0 CTACTAACATCTTTGAATGAAAAAAGCTATAATA 13 155 1 ATAGTGCTGACTTTTAATCTAAAAACGATATAAC 7 79 1 TAAGGCTGATTTTTAAATGGAAATCATTTATTTC 8 228 0 AAATCCCCTTTTTAAGGTATAATATGAGGAATTT 13 215 1 TTTTAGCATTCTTTAGCTAAAATCTGTGTTTATG 15 21 1 AAAGCGTTCTTTTANGCTATAATTAAGACCAAAA 1 11 1 TAAAAAAGCGTTTTTGCTTGATTTATCTTTAGGA 12 33 1 TTGTTACTACTTTTCACTTTATTACGCCAAATTT 8 173 1 CAAACTAGGTTTTTATTCCATTAAACGCATGAT 4 9 1 TTGTAATCTAATTTTGATTAAATTGAAGCGATAA 11 47 1 GGACATCGCTCTTTAATTTTAATCATTGACAAGG 0 188 1 AAATCGGCACTTTAGAATTGAATTTCGCCTTTTG 8 45 1 ATCGGTAGCGTTTTGAATAAATTTGTTACTACTT 8 151 1 TGTTATAAAATTTATAGTAAAATTAAGATTTTAT 5 20 1 CAACTTACCGCTTAAATTTCAAAAGTATCCTACA 14 14 1 TCTTGTCTCGCTTTTATTATATAACAATTAGTCT 7 36 1 TATCTTTAGGATTTGATTATAATTACCGCTCAAT 12 56 1 TAGACCCTTATTTAAGCTTTAAATAACTATAATA 11 13 1 AATAATAGGATTTTAATTATATAAAGGACAA 4 52 1 AGGATTTCATTTTATAATGCAAAATCTAACCAAT 13 52 1 ATCCTAACAAATTTGGCTGCAAATTAAAAAATTT 9 96 1 AAAATCTGTGTTTATGTTTAATTTTTATCAAGGG 15 39 1 TTTTGGGTAATTTAAGATGAATATCGGTAGCGTT 8 129 1 **** * * **** MAP Score: 26.191 Motif 2 AAATCATGCGTTTAATGGAATAAAAACCTAGTT 4 12 0 GCGTGGCTTTTTTCATGGAATAATGCAAAAGAA 6 129 0 ATTTTTTATGCGTTAAACCCCCTTAA 12 3 1 TTTGTTTTAATTTGTTGCTATAATAGAGCATTT 14 69 1 CTTGTCTCGCTTTTATTATATAACAATTAGTCT 7 37 1 ATAATAGGATTTTAATTATATAAAGGACAA 4 53 1 TTAGCTAGGATTTCATTTTATAATGCAAAATCT 13 46 1 TTTTTTCTTTTTTTTTGATTTAATACTAGGTAT 9 134 1 TTTAAGAAAATTTCATTATTTAAGTAAGGGGAA 0 13 0 TACACGCTCCTTTCATTTTTTAACATTCTTGTC 7 10 1 TATTTCAAAGTTGTTTGTAATAAGGGAAAATTT 8 201 0 ACTAACATCTTTGAATGAAAAAAGCTATAATAA 13 157 1 AATAGAGCATTTGAATGACAAAAGCTTATCGCA 14 90 1 ATGATTTGACTTTGATTATAAAATCTTAATTTT 5 38 0 TGGCTTTATTTGTTATAAAATTTATAGT 5 5 1 CAAATCCCCTTTTTAAGGTATAATATGAGGAAT 13 214 1 TGAAGAAAATTTGCTTGAGTTAAATCAACCCAA 9 63 0 AAAAGCGTTCTTTTANGCTATAATTAAGACCAA 1 10 1 AGAAAAAAGCTTAAATTTTTTAATTTGCAGCCA 9 109 0 ATTATACTCTTTATTTTGAATAAGTTGGGTTT 3 9 0 AACTTACCGCTTAAATTTCAAAAGTATCCTACA 14 15 1 *** *** **** MAP Score: 21.3799 Motif 3 TACTTTCAATAAAATAAGGGGTTTTTT 10 22 1 TAAGACCAAAAATTCAAGGGGATTATTTTAACT 1 34 1 TTTCATTATTTAAGTAAGGGGAATTA 0 2 0 ATATTATACCTTAAAAAGGGGATTTGTCTTTCCT 13 206 0 AAAATCCGCTAAATCAAGGAGTGTTATTATGGAA 2 119 1 CAAAAACGCTTTTTTAAGGGGGTTTAACGCATAA 12 15 0 AATGTTAAAAAATGAAAGGAGCGTGTA 7 3 0 GCAACACTTTAATACAAGGAGTCTAA 8 284 1 TGAAGCCTTAAAATTAAGGTGTTTCTTTTAAGGG 16 65 0 AATTCATAACAATTAAAGGTGGTTA 2 1 0 TTGGCATCTATTAGAAAAGGGGTTATCCAC 12 121 1 CAACTTATTCAAAATAAAGAGTATAATTACAAAT 3 15 1 CAATCCTTTTTATGAAAGAGGCTTTATGCCTCTT 9 17 1 ATAAGTGGTGAATGAAAAAGGAATAACATGTGAA 16 110 0 AATTACTTACAACTTAAAGGGGAT 3 46 1 AACTATAGTATAATCTAAGGGCGTTGCTCTGTAT 0 65 1 TTTTTAGGTATTTTTAAAGTGGGTTTTTTCTTAA 0 99 1 ATTTTTGGGTAATTTAAGATGAATATCGGTAGCG 8 127 1 AATCAAAAAAAAAGAAAAAAGCTTAAATTTTTTA 9 120 0 AACCAATTATTAACGAAAAAGATTTTAATACTAA 13 79 1 TATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTAGCG 11 4 0 AGAGAAAGCGTTTTTTAAGGGCTTCATCGCAGTT 6 65 0 GTATCAAGTTTTATTAAGATGCATGCGGTAAAAT 2 90 1 TAATATGAGGAATTTTAGAAGCGTTTCTT 13 234 1 *** ****** * MAP Score: 20.7852 Motif 4 AAACTTTGTCTTTAATGGCTTCATTGAGCGTCAT 6 11 0 AACACCTTAATTTTAAGGCTTCATTCACATTTCA 16 76 1 GAAAGCGTTTTTTAAGGGCTTCATCGCAGTTAGC 6 62 0 AAAAGCGTTCTTTTANGCTATAATTAAGACCAAA 1 10 1 TTTGTTTTAATTTGTTGCTATAATAGAGCATTTG 14 69 1 CAAATCCCCTTTTTAAGGTATAATATGAGGAATT 13 214 1 GCGTGGCTTTTTTCATGGAATAATGCAAAAGAAT 6 128 0 GATAGGGGTGATTATAGCATTTATGGGGCAAAAA 2 45 1 ATTTTTTATGCGTTAAACCCCCTTAAA 12 3 1 TTCACCACTTATTCACGCTATAATAACGCC 16 132 1 TTTTAGTCAATTTTTAGCATTCTTTAGCTAAAAT 15 10 1 CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAAA 11 58 0 GAAAATCCTTTTTTCGCATCCATTAGCTTATTA 16 9 1 TTTTTTCTTTTTTTTTGATTTAATACTAGGTATA 9 134 1 AAATTAAAAAATTTAAGCTTTTTTCTTTTTTTTT 9 116 1 AGACCAAAAATTCAAGGGGATTATTTTAACT 1 36 1 AAATCATGCGTTTAATGGAATAAAAACCTAGTTT 4 11 0 CTAGACCCTTATTTAAGCTTTAAATAACTATAAT 11 12 1 CATGAAGGGGTTCAATGCATTCTTTTGCATTATT 6 110 1 TGCTCTGTATTTTTTAGGTATTTTTAAAGTGGGT 0 89 1 CAACTTCTTTATTATAGCTTTTTTCATTCAAAGA 13 164 0 TTAACATTCTTGTCTCGCTTTTATTATATAACAA 7 29 1 AGTTAGCGATTTCTACGATTTCATAAACTTTGTC 6 35 0 TAAACGCATGATTTTTGCTACAATAATAGGATTT 4 31 1 TCTTAAGATCTTTAAAGATTTTAAAAACTAATAC 0 134 1 AAGGTGTTTCTTTTAAGGGTTTGTCTATAATGCT 16 50 0 *** * ** ** ** MAP Score: 20.6925 Motif 5 AAAAGCGTTCTTTTANGCTATA 1 1 1 AGGGGTGATTATAGCATTTATGGGGCAAAAA 2 48 1 TTGTTCGCATTATTCCTTTTTCCAACTATAC 2 230 0 AATCAAAGTCAAATCATTCTTGAAAGAGTAG 5 54 1 CAAAAGAGAGAAAGCGTTTTTTAAGGGCTTC 6 74 0 GAAGGGGTTCAATGCATTCTTTTGCATTATT 6 113 1 TACACGCTCCTTTCATTTTTTAACATTCTT 7 9 1 ATTTTTAGTTATATCGTTTTTAGATTAAAAG 7 89 0 TTTTAAATGGAAATCATTTATTTCAAAGTTG 8 221 0 GATTGCTCAATCCTTTTTATGAAAGAGG 9 7 1 CAAGAGGCATAAAGCCTCTTTCATAAAAAGG 9 21 0 TTAAAAAATTTAAGCTTTTTTCTTTTTTTTT 9 119 1 CCCCCTTAAAAAAGCGTTTTTGCTTGATTTA 12 27 1 ATTAGTATTAAAATCTTTTTCGTTAATAATT 13 83 0 CTTCTTTATTATAGCTTTTTTCATTCAAAGA 13 164 0 GGGGATTTGTCTTTCCTTTTTAATGCAACTT 13 192 0 TAGTCAATTTTTAGCATTCTTTAGCTAAAAT 15 13 1 GAAAATCCTTTTTTCGCATCCAT 16 2 1 ATTCACATGTTATTCCTTTTTCATTCACCAC 16 109 1 ***** ***** MAP Score: 19.4012 Motif 6 TTATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTAG 11 12 0 CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAAA 11 58 0 TATCCAACTTACCGCTTAAATTTCAAAAGTA 14 8 1 AAACGCATGATTTTTGCTACAATAATAGGATTT 4 32 1 AAAGCGTTCTTTTANGCTATAATTAAGACCAAA 1 11 1 CCTACAACACTATCGGCTAAAATACCATTTGTT 14 42 1 TTTTGCCCCATAAATGCTATAATCACCCCTATC 2 45 0 TAAAAAAGCGTTTTTGCTTGATTTATCTTTAGG 12 33 1 CACCTTAATTTTAAGGCTTCATTCACATTTCAT 16 78 1 TTAAAGTGGGTTTTTTCTTAAATCTTAAGATCT 0 112 1 AAAAAAAAGAAAAAAGCTTAAATTTTTTAATTT 9 116 0 ACTTTGTCTTTAATGGCTTCATTGAGCGTCATT 6 10 0 AATCCTAGCTAATGAGCTAGAATTTAAATTTCA 13 25 0 CTTTGAATGAAAAAAGCTATAATAAAGAAGTTG 13 165 1 TTTGACAATAGAAGTGCTTCAATTAACGCTCGT 13 121 0 TTGTTTTAATTTGTTGCTATAATAGAGCATTTG 14 70 1 TTTTAGCATTCTTTAGCTAAAATCTGTGTTTAT 15 21 1 GGCGTTATTATAGCGTGAATAAGTGGTGAA 16 132 0 CGCTACCGATATTCATCTTAAATTACCCAAAAA 8 128 0 AACTCAAGCAAATTTTCTTCAATCCTAACAAAT 9 75 1 AATTTGTAATTATACTCTTTATTTTGAATAAGT 3 17 0 *** **** *** MAP Score: 19.0829 Motif 7 ACATATTGTATAATTTTAAGAAAATTTCATTATTTAA 0 23 0 GGTTTTTTCTTAAATCTTAAGATCTTTAAAGATTTTA 0 120 1 AGACGCAACCACACTATTAGGATTTTTTGAAGAAAAT 2 155 1 GGAAAAAGGAATAATGCGAACAATTATGGGATGATAT 2 238 1 CTTATCATTCCCACCAATTTTTATAATATCA 2 269 0 ATCCCCTTTAAGTTGTAAGTAATTTGTAATTATAC 3 35 0 TTTTATAATCAAAGTCAAATCATTCTTGAAAGAGTAG 5 48 1 GATATAACTAAAAATTAGAAAAACTTTAATGCGGAGC 7 105 1 TTCCTATATGATATTTATATGATATTTTTGGGTAATT 8 104 1 AATAAAGTGAAAAGTAGTAACAAATTTATTCAAAACG 8 159 0 AAATTTTCCCTTATTACAAACAACTTTGAAATAAATG 8 201 1 TTGGGTTGATTTAACTCAAGCAAATTTTCTTCAATCC 9 63 1 CAAATTTTCTTCAATCCTAACAAATTTGGCTGCAAAT 9 83 1 TGCAAATTAAAAAATTTAAGCTTTTTTCTTTTTTTTT 9 113 1 AGGTGGAATTAAAATTATACCTAGTATTAAATCAAAA 9 146 0 AATAACTATAATATTGTAATCTAATTTTGATTAAATT 11 34 1 TTTATAATGCAAAATCTAACCAATTATTAACGAAAAA 13 62 1 GTATTAAAAATTAGTATTAAAATCTTTTTCGTTAATA 13 86 0 TCTATTGTCAAAACTACTAACATCTTTGAATGAAAAA 13 142 1 TTTTTAAGGTATAATATGAGGAATTTTAGAAGCGTTT 13 223 1 * * * * *** *** MAP Score: 18.3883 Motif 8 TGCTATAATCACCCCTATCAATCAAACTCAATTCAT 2 28 0 CATGCGGTAAAATCCGCTAAATCAAGGAGTGTTATT 2 111 1 CATTATAGACAAACCCTTAAAAGAAACACCTTAATT 16 52 1 TTATGCGTTAAACCCCCTTAAAAAAGCGTTTTTGCT 12 15 1 GATGACTCCTTTAATTGAAATTTAAATTCT 13 4 1 TTAAAACTCCCTTGATAAAAATTAAACATAA 15 50 0 ATTTTACCGCATGCATCTTAATAAAACTTGATACAG 2 88 0 AATGACGCTCAATGAAGCCATTAAAGA 6 1 1 AATGTGAATGAAGCCTTAAAATTAAGGTGTTTCTTT 16 71 0 CTTATTACAAACAACTTTGAAATAAATGATTTCCAT 8 210 1 TAATTCCCCTTACTTAAATAATGAAATT 0 2 1 AAACCCAACTTATTCAAAATAAAGAGTA 3 2 1 AACTGCGATGAAGCCCTTAAAAAACGCTTTCTCTCT 6 65 1 GCTATAATTAAGACCAAAAATTCAAGGGGATTATTT 1 26 1 TGCCTTGAGCAACACTTTAATACAAGGAGTCTAA 8 276 1 GATTGCTCAATCCTTTTTATGAAAGAGGCTTTAT 9 8 1 ATCAAACTCAATTCATAACAATTAAAGGTGGTTA 2 8 0 AAAACTACTAACATCTTTGAATGAAAAAAGCTATAA 13 151 1 CTATTATAGCAACAAATTAAAACAAATGGTATTTTA 14 59 0 GAAAAGTAGTAACAAATTTATTCAAAACGCTACCGA 8 152 0 CACTTTAAAAATACCTAAAAAATACAGAGCAACGCC 0 84 0 TAAATTACCCAAAAATATCATATAAATATCATATAG 8 107 0 CTAGTATTAAATCAAAAAAAAAGAAAAAAGCTTAAA 9 127 0 * ** * *** *** MAP Score: 15.3534 Motif 9 TTGTCTTTCCTTTTTAATGCAACTTCTTTA 13 187 0 ATAAACTTTGTCTTTAATGGCTTCATTGAG 6 17 0 CAAAAACGCTTTTTTAAGGGGGTTTAACGC 12 19 0 GAGAAAGCGTTTTTTAAGGGCTTCATCGCA 6 68 0 AATTAGAAAAACTTTAATGCGGAGCATTCA 7 117 1 AAACACCTTAATTTTAAGGCTTCATTCACA 16 75 1 TTAATACTAATTTTTAATACGAGCGTTAAT 13 103 1 TAAGGTGTTTCTTTTAAGGGTTTGTCTATA 16 55 0 AAGCGTGGCTTTTTTCATGGAATAATGCAA 6 134 0 ACTAGGTATAATTTTAATTCCACCTAACAA 9 158 1 ACAAATCCCCTTTTTAAGGTATAATATGAG 13 213 1 TATTATAGCTTTTTTCATTCAAAGATGTTA 13 159 0 ATGTTATTCCTTTTTCATTCACCACTTATT 16 115 1 AGGATTTCATTTTATAATGCAAAATCTAAC 13 52 1 GATGACTCCTTTAATTGAAATTTAAAT 13 7 1 TAACCACCTTTAATTGTTATGAATTG 2 6 1 TAAGGGTTTGTCTATAATGCTTGCTTTATA 16 41 0 AAGCTTAAATTTTTTAATTTGCAGCCAAAT 9 106 0 AGGACATCGCTCTTTAATTTTAATCATTGA 0 187 1 ATTTTTTATGCGTTAAACCCC 12 1 1 AACGAAAAAGATTTTAATACTAATTTTTAA 13 90 1 CTTGAGCAACACTTTAATACAAGGAGTCTA 8 279 1 ********** MAP Score: 13.5823 Motif 10 TTTAGGTATTTTTAAAGTGGGTTTTTTCTTAA 0 101 1 AAGACCAAAAATTCAAGGGGATTATTTTAACT 1 35 1 ATTCATAACAATTAAAGGTGGTTA 2 2 0 TTACTTACAACTTAAAGGGGAT 3 48 1 TTTTGGTATCCATGAAGGGGTTCAATGCATTC 6 100 1 AATCAACCGCATTCAAGTGGCTTTAAGATCCC 6 172 1 AATGCTCCGCATTAAAGTTTTTCTAATTTTTA 7 113 0 GACTCCTTGTATTAAAGTGTTGCTCAAGGCAA 8 275 0 ACTTTCAATAAAATAAGGGGTTTTTT 10 23 1 TTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTAGCG 11 4 0 AAAAACGCTTTTTTAAGGGGGTTTAACGCATA 12 16 0 GGCATCTATTAGAAAAGGGGTTATCCAC 12 123 1 TATTATACCTTAAAAAGGGGATTTGTCTTTCC 13 207 0 TACTTTTGAAATTTAAGCGGTAAGTTGGATA 14 9 0 AAGGTGTTTCTTTTAAGGGTTTGTCTATAATG 16 52 0 *** ****** * MAP Score: 9.56877 Motif 11 TGCTCTGTATTTTTTAGGTATTTTTAAAGTGGG 0 89 1 AGGTATTTTTAAAGTGGGTTTTTTCTTAAATCT 0 104 1 ATCTTAAGATCTTTAAAGATTTTAAAAACTAAT 0 133 1 TTTTAATCATTGACAAGGAGTTTGGTAGTTAAG 0 204 1 ATTCATAACAATTAAAGGTGGTTA 2 1 0 AAATCCGCTAAATCAAGGAGTGTTATTATGGAA 2 120 1 CGCAACCACACTATTAGGATTTTTTGAAGAAAA 2 158 1 AACTTATTCAAAATAAAGAGTATAATTACAAAT 3 16 1 CAAACTAGGTTTTTATTCCATTAA 4 1 1 TTTTGCTACAATAATAGGATTTTAATTATATAA 4 43 1 ATTTATAGTAAAATTAAGATTTTATAATCAAAG 5 29 1 CATTCTTGAAAGAGTAGAGTTTT 5 68 1 AAGCCATTAAAGACAAAGTTTATGAAATCGTAG 6 24 1 ATACCAAAAGAGAGAAAGCGTTTTTTAAGGGCT 6 76 0 GAATGCTCCGCATTAAAGTTTTTCTAATTTTTA 7 113 0 TTAGGCTGGGATTGAAAGGTTTTACTA 8 4 0 AAATCATTTATTTCAAAGTTGTTTGTAATAAGG 8 209 0 CAAATTAAAAAATTTAAGCTTTTTTCTTTTTTT 9 115 1 TACTTTCAATAAAATAAGGGGTTTTTT 10 22 1 TAAACCCCCTTAAAAAAGCGTTTTTGCTTGATT 12 23 1 GGCATCTATTAGAAAAGGGGTTATCCAC 12 123 1 CAATTATTAACGAAAAAGATTTTAATACTAATT 13 82 1 AGCTTTTTTCATTCAAAGATGTTAGTAGTTTTG 13 150 0 ATATTATACCTTAAAAAGGGGATTTGTCTTTCC 13 207 0 TTTGTTGCTATAATAGAGCATTTGAATGACAAA 14 79 1 AATTAAACATAAACACAGATTTTAGCTAAAGAA 15 29 0 AATGGATGCGAAAAAAGGATTTTC 16 1 0 TAAGGTGTTTCTTTTAAGGGTTTGTCTATAATG 16 52 0 GAAGCCTTAAAATTAAGGTGTTTCTTTTAAGGG 16 65 0 * * **** **** MAP Score: 9.08138