AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons008_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944245879 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0214 95 sodium-dependent transporter (huNaDC-1) #1 HP0220 173 synthesis of [Fe-S] cluster (nifS) #2 HP0221 21 nifU-like protein #3 HP0252 300 outer membrane protein (omp7) #4 HP0255 99 adenylosuccinate synthetase (purA) #5 HP0404 80 protein kinase C inhibitor (SP:P16436) #6 HP0777 107 uridine 5'-monophosphate (UMP) kinase (pyrH) #7 HP0980 300 conserved hypothetical secreted protein #8 HP1221 40 conserved hypothetical protein #9 HP1222 65 D-lactate dehydrogenase (dld) #10 HP1255 116 protein translocation protein, low temperature (secG) #11 HP1554 248 ribosomal protein S2 (rps2) Motif 1 TCTTTTTCCTATTTTGATATGATTTTTCT 0 3 1 TTTGATATGATTTTTCTAAAATCTTAGTTTTGAAAA 0 22 1 AAAATCTTAGTTTTGAAAAAGTTTTATTGTAGCATG 0 39 1 ATTCATCTTATTTTAAGTTAAAATTAAGAAAATATC 1 79 1 AATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATGCTCG 3 165 0 AACTTTCTAATTTTAAGATAATCATTCTTAATTTGC 3 226 0 AGAAAGTTTCTTTTATGGATTAAGTAAAATCACTTA 3 254 1 ATAAAGAGGCTTTTTACTTTTTTTTTGGTATTCTAA 4 26 1 ATCTACTTTGTTTTAAGGATAATATTTT 4 81 1 TATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGT 5 12 0 AAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTT 5 36 0 CAATCACAAGTTTTATTAAAATTTTATTAATTAATG 6 71 1 CGCTTGCCATTTTTTCTTAAAAAGTAAATGGTAGGC 7 175 1 TTATCCTTAGTTTTTAAAATAAGGTTATGTTACAAT 9 12 1 TAAAACTAAATTTTAGTGTATTCTTAGCAAATTTTA 10 41 1 TCAAGCGTGATTTTTTCTAAATTTTAGGCATTTAAG 10 84 1 AAAATTCTAATTTTGTCTTTATTATAACCTAAAAGC 11 23 1 CCTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAAAAAACCTTA 11 50 1 AACCTTAATCTTTTGCTATAATCGTAGGGTTTTGTC 11 79 1 AATCGTAGGGTTTTGTCGTTTTTCTATCATTTTAAT 11 98 1 **** **** ** MAP Score: 23.5859 Motif 2 ATCACGCTTGATCTTATCTAAAATTTGCTAAG 10 63 0 ATCAAGCGTGATTTTTTCTAAATTTTAGGCAT 10 83 1 TTGTAACCTAATCTTGCTTAAAAACACCCTTT 6 42 0 GCATTATAACATTTTGCTTAAAAGATGTCAAT 3 168 1 AATTAATAAAATTTTAATAAAACTTGTGATTG 6 71 0 TTTTGATATGATTTTTCTAAAATCTTAGTTTT 0 21 1 TGAGATCTATCCTAAAATTCTAATTT 11 4 1 CTACAATAAAACTTTTTCAAAACTAAGATTTT 0 39 0 AAAATATTATCCTTAAAACAAAGTAGA 4 82 0 CTAAGTCTAAATTATGATTAAATACAAGATAT 1 110 0 AAACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGGTT 11 79 0 TATTTTCTTAATTTTAACTTAAAATAAGATGA 1 81 0 TACGCTTGCCATTTTTTCTTAAAAAGTAAATG 7 173 1 CTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTT 5 40 1 ATTAAGAATGATTATCTTAAAATTAGAAAGTT 3 230 1 AGATAAGAAAATCTATGTAAAATTTTTGAGGA 1 140 1 AGCCTTTTTTACTTAAGCTAAAAAACCTTAAT 11 56 1 CACGCTTGAAATTAAAACTAAATTTTAGTGTA 10 29 1 TTGTAACATAACCTTATTTTAAAAACTAAGGA 9 15 0 ATCCTAGACTATCATGGTTTAAGCTATGAGAC 7 136 0 AAAATCACTTATCAAAGCAAAAAGGATATTT 3 279 1 ATTTCTCAAAATGTTTTCAAAAATTCATCTTA 1 57 1 ATAATTAAAGAATTTCTTTAAAGGGTAAAGGC 8 17 1 GAGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGG 11 232 0 ***** ***** MAP Score: 23.0513 Motif 3 TAGATTGGATTATTTAAAAGCTTGTTAGAATACCAAAAAA 4 46 0 TTCTCATTAATTAATAAAATTTTAATAAAACTTGTGATTG 6 71 0 CGCTTGATCTTATCTAAAATTTGCTAAGAATACACTAAAA 10 51 0 ATTCCTTAAATGCCTAAAATTTAGAAAAAATCACGCTTGA 10 84 0 GTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA 5 9 0 TAAGATGAATTTTTGAAAACATTTTGAGAAATGCGAACAC 1 49 0 TTTTATGGATTAAGTAAAATCACTTATCAAAGCAAAAAGG 3 264 1 ACGGGTTTGATCCATAAAGAAAGAGAATAAGCGTAATAAT 3 37 1 ATGGTGTATAATTAAAGAATTTCTTTAAAGGGTAAAGG 8 8 1 CCTCCATGCTACAATAAAACTTTTTCAAAACTAAGATTTT 0 39 0 ACATAACCTTATTTTAAAAACTAAGGATAAAC 9 2 0 AACTAAGATTTTAGAAAAATCATATCAAAATAGGAAAAAG 0 11 0 CTTGTTAGAATACCAAAAAAAAAGTAAAAAGCCTCTTTAT 4 26 0 TTAGGTGTTCTTAAGAAAATTAAGAATCAAATGAGCATGG 11 182 1 AGGCTTAAAATTCAGAAAGGGTGTTTTTAAGCAAGATTAG 6 27 1 TGCTAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTCAAGCGT 10 30 0 TTAGACTTAGATAAGAAAATCTATGTAAAATTTTTGAGGA 1 132 1 ACACGACGCTTCCCTGAAATGTGGCTAAAATTTTTTCTCA 7 258 0 TGCCTTGTTCCTATTAAAATGATAGAAAAACGACAAAACC 11 106 0 GAGGTTAGTAATTTTAAAGGGTAAAATAAA 0 75 1 AATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAA 5 44 1 TTTTACTTAATCCATAAAAGAAACTTTCTAATTTTAAGAT 3 243 0 * ***** * * ** MAP Score: 22.9676 Motif 4 TTTAGAAAAATCATATCAAAATAGGAAAAAGA 0 6 0 TTTGATATGATTTTTCTAAAATCTTAGTTTTGAAAA 0 22 1 AAAATCTTAGTTTTGAAAAAGTTTTATTGTAGCATG 0 39 1 TGGAGGTTAGTAATTTTAAAGGGTAAAATAAA 0 73 1 TTTCTTAATTTTAACTTAAAATAAGATGAATTTTTG 1 74 0 TAAGTCTAAATTATGATTAAATACAAGATATTTTCT 1 105 0 ACATAGATTTTCTTATCTAAGTCTAAATTATGATTA 1 122 0 ATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATGCTCGC 3 164 0 TTAAGAATGATTATCTTAAAATTAGAAAGTTTCTTT 3 231 1 TATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA 5 9 0 AAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTT 5 36 0 CAATCACAAGTTTTATTAAAATTTTATTAATTAATG 6 71 1 CATTTACTTTTTAAGAAAAAATGGCAAGCGTATTGA 7 169 0 AACCTTATTTTAAAAACTAAGGATAAAC 9 2 0 ACGCTTGAAATTAAAACTAAATTTTAGTGTATTCTT 10 30 1 TCTTAGCAAATTTTAGATAAGATCAAGCGTGATTTT 10 62 1 TCAAGCGTGATTTTTTCTAAATTTTAGGCATTTAAG 10 84 1 TGAGATCTATCCTAAAATTCTAATTTTGTCTT 11 6 1 GGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAAATTAGAATTT 11 24 0 ATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTA 11 52 0 AACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTA 11 74 0 **** ***** * MAP Score: 13.951 Motif 5 TCTTTTTCCTATTTTGATATGATTTTTCT 0 3 1 TTTGATATGATTTTTCTAAAATCTTAGTTTTGAAAA 0 22 1 TTTCTTAATTTTAACTTAAAATAAGATGAATTTTTG 1 74 0 TAATCATAATTTAGACTTAGATAAGAAAATCTATGT 1 122 1 TAATGCTCGCTTAATTTTATTTGGGGTGTTAGCTCA 3 138 0 CATTATAACATTTTGCTTAAAAGATGTCAATTTGAT 3 169 1 GATGTCAATTTGATGCTTTTTTGAAACGCTTAATAG 3 191 1 TTAAGAATGATTATCTTAAAATTAGAAAGTTTCTTT 3 231 1 TGATAAGTGATTTTACTTAATCCATAAAAGAAACTT 3 257 0 AAATATCCTTTTTGCTTTGATAAGTGATTTTACTT 3 275 0 TAAAGAGGCTTTTTACTTTTTTTTTGGTATTCTAAC 4 27 1 AAAATATTATCCTTAAAACAAAGTAGATTGGA 4 77 0 TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATA 5 9 1 AAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTT 5 36 0 CAATCACAAGTTTTATTAAAATTTTATTAATTAATG 6 71 1 CGCTTGCCATTTTTTCTTAAAAAGTAAATGGTAGGC 7 175 1 GTTTATCCTTAGTTTTTAAAATAAGGTT 9 2 1 CAAGCGTGATTTTTTCTAAATTTTAGGCATTTAAGG 10 85 1 TGAGATCTATCCTAAAATTCTAATTTTGTCTT 11 6 1 AAATTCTAATTTTGTCTTTATTATAACCTAAAAGCC 11 24 1 ATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTA 11 52 0 AACCTTAATCTTTTGCTATAATCGTAGGGTTTTGTC 11 79 1 GGTTTTGTCGTTTTTCTATCATTTTAATAGGAACAA 11 106 1 **** **** * * MAP Score: 9.89932 Motif 6 TTGATATGATTTTTCTAAAATCTTAGTTTTGAA 0 23 1 AAAATCTTAGTTTTGAAAAAGTTTTATTGTAGC 0 39 1 GTGTTCGCATTTCTCAAAATGTTTTCAAAAATT 1 49 1 ATTTGATGCTTTTTTGAAACGCTTAATAGCAAA 3 198 1 GTAGATTGGATTATTTAAAAGCTTGTTAGAATA 4 54 0 TTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAAC 5 19 1 AAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGC 5 39 0 AATCACAAGTTTTATTAAAATTTTATTAATTAA 6 72 1 TTGCCATTTTTTCTTAAAAAGTAAATGGTAGGC 7 178 1 ATTAAAGAATTTCTTTAAAGGGTAAAGGCA 8 20 1 CAAGCGTGATTTTTTCTAAATTTTAGGCATTTA 10 85 1 **** ***** * MAP Score: 4.89424 Motif 7 CAATAAAACTTTTTCAAAACTAAGATTTTAGAA 0 35 0 AGGTTAGTAATTTTAAAGGGTAAAATAAA 0 76 1 ATTCATCTTATTTTAAGTTAAAATTAAGAAAAT 1 79 1 TTTGATTCCTTTATATTCTTT 2 0 0 TATTCTCTTTCTTTATGGATCAAACCCGTTTTC 3 33 0 AATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATGC 3 168 0 GAATGATTATCTTAAAATTAGAAAGTTTCTTTT 3 235 1 AGAAAGTTTCTTTTATGGATTAAGTAAAATCAC 3 254 1 TCCTTTTTGCTTTGATAAGTGATTTTACTTAAT 3 272 0 ATCTACTTTGTTTTAAGGATAATATTTT 4 81 1 TATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGAT 5 15 0 ATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAA 5 42 1 GAAAGGGTGTTTTTAAGCAAGATTAGGTTACAA 6 41 1 AGCTATGAGACATTAAGAGAGAAATTGTTAGAA 7 114 0 ACCATTTACTTTTTAAGAAAAAATGGCAAGCGT 7 174 0 TAAAGAATTTCTTTAAAGGGTAAAGGCA 8 22 1 CATAACCTTATTTTAAAAACTAAGGATAAAC 9 8 0 TCTTAGCAAATTTTAGATAAGATCAAGCGTGAT 10 62 1 ACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC 11 231 1 ******* * ** MAP Score: 3.25673 Motif 8 CTTAGTTTTGAAAAAGTTTTATTGTAGCATGGAGG 0 44 1 TTTAACTTAAAATAAGATGAATTTTTGAAAACATT 1 66 0 TTAAGTTAAAATTAAGAAAATATCTTGTATTTAAT 1 91 1 AAAGAAAGAGAATAAGCGTAATAATGGTGGAGTGT 3 52 1 ATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATGCTCG 3 165 0 TTAATAGCAAATTAAGAATGATTATCTTAAAATTA 3 220 1 ACTTAATCCATAAAAGAAACTTTCTAATTTTAAGA 3 244 0 AAAAAAAAGTAAAAAGCCTCTTTATAAGCCCTAAA 4 16 0 TCTACTTTGTTTTAAGGATAATATTTT 4 82 1 TTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAA 5 32 0 TTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGT 5 50 0 AAAGGGTGTTTTTAAGCAAGATTAGGTTACAATCA 6 42 1 TATGAGACATTAAGAGAGAAATTGTTAGAATGCGC 7 109 0 TTTAGATAAGATCAAGCGTGATTTTTTCTAAATTT 10 73 1 TATTATAACCTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAA 11 42 1 ATAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAA 11 63 0 CCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC 11 232 1 ****** *** * MAP Score: 1.30889 Motif 9 ATCATATCAAAATAGGAAAAAGA 0 2 0 TTAGTAATTTTAAAGGGTAAAATAAA 0 79 1 TCATCTTATTTTAAGTTAAAATTAAGAAAAT 1 81 1 GGTTTGATCCATAAAGAAAGAGAATAAGCGT 3 40 1 ATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATG 3 169 0 TACTTAATCCATAAAAGAAACTTTCTAATTT 3 249 0 TCTTTTATGGATTAAGTAAAATCACTTATCA 3 262 1 AAATCACTTATCAAAGCAAAAAGGATATTT 3 280 1 AATACCAAAAAAAAAGTAAAAAGCCTCTTTA 4 27 0 TATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATC 5 14 0 TACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAG 5 46 1 AAAGGGTGTTTTTAAGCAAGATTAGGTTACA 6 42 1 CATTTACTTTTTAAGAAAAAATGGCAAGCGT 7 174 0 GCTAATGGCCATGAGAAAAAATTTTAGCCAC 7 247 1 AGAATTTCTTTAAAGGGTAAAGGCA 8 25 1 CGCACCACGCTTGAAATTAAAACTAAATTTT 10 24 1 CTTAGCAAATTTTAGATAAGATCAAGCGTGA 10 63 1 ATGCCTAAAATTTAGAAAAAATCACGCTTGA 10 84 0 AACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGGTT 11 79 0 ****** **** MAP Score: 0.169498