AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons008_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245894
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0214	95	sodium-dependent transporter (huNaDC-1)
#1	HP0219	127	H. pylori predicted coding region HP0219
#2	HP0220	173	synthesis of [Fe-S] cluster (nifS)
#3	HP0221	21	nifU-like protein
#4	HP0252	300	outer membrane protein (omp7)
#5	HP0255	99	adenylosuccinate synthetase (purA)
#6	HP0404	80	protein kinase C inhibitor (SP:P16436)
#7	HP0777	107	uridine 5'-monophosphate (UMP) kinase (pyrH)
#8	HP0778	127	H. pylori predicted coding region HP0778
#9	HP0980	300	conserved hypothetical secreted protein
#10	HP1221	40	conserved hypothetical protein
#11	HP1222	65	D-lactate dehydrogenase (dld)
#12	HP1255	116	protein translocation protein, low temperature (secG)
#13	HP1554	248	ribosomal protein S2 (rps2)

Motif 1
       TCTTTTTCCTATTTTGATATGATTTTTCT	0	3	1
TTTGATATGATTTTTCTAAAATCTTAGTTTTGAAAA	0	22	1
AAAATCTTAGTTTTGAAAAAGTTTTATTGTAGCATG	0	39	1
TTAAGCCCTTTTTTTTTGAAATCGTTTTGCGTTCTC	1	11	1
TAAGATGTATTTTTATGATCATGCTACAATAAGAGA	1	43	0
GAATAATCATTTTTAATGATTAAATAGCTATTTATT	1	97	1
ATTCATCTTATTTTAAGTTAAAATTAAGAAAATATC	2	79	1
AATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATGCTCG	4	165	0
AACTTTCTAATTTTAAGATAATCATTCTTAATTTGC	4	226	0
AGAAAGTTTCTTTTATGGATTAAGTAAAATCACTTA	4	254	1
ATAAAGAGGCTTTTTACTTTTTTTTTGGTATTCTAA	5	26	1
ATCTACTTTGTTTTAAGGATAATATTTT        	5	81	1
TATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGT	6	12	0
TTTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGT	6	50	0
CAATCACAAGTTTTATTAAAATTTTATTAATTAATG	7	71	1
AACAAAACTCTTTTTACTTTTAGTTAAGTTGTAAGA	8	64	1
  TTATTTGTTTTTATAGTCTTCATAGGTTAATCCT	9	8	1
CGCTTGCCATTTTTTCTTAAAAAGTAAATGGTAGGC	9	175	1
TTATCCTTAGTTTTTAAAATAAGGTTATGTTACAAT	11	12	1
TAAAACTAAATTTTAGTGTATTCTTAGCAAATTTTA	12	41	1
TCAAGCGTGATTTTTTCTAAATTTTAGGCATTTAAG	12	84	1
AAAATTCTAATTTTGTCTTTATTATAACCTAAAAGC	13	23	1
CCTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAAAAAACCTTA	13	50	1
AACCTTAATCTTTTGCTATAATCGTAGGGTTTTGTC	13	79	1
AATCGTAGGGTTTTGTCGTTTTTCTATCATTTTAAT	13	98	1
          ****    ****  **
MAP Score: 30.2472

Motif 2
AAACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGGTT	13	79	0
TCCTATTAAAATGATAGAAAAACGACAAAACC	13	106	0
TACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGG	6	46	1
AAAATCACTTATCAAAGCAAAAAGGATATTT 	4	279	1
CAAAACTAAGATTTTAGAAAAATCATATCAAA	0	22	0
AAATCATATCAAAATAGGAAAAAGA       	0	3	0
AATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATG	4	169	0
ACCATTTACTTTTTAAGAAAAAATGGCAAGCG	9	175	0
CGTTTGCCCCATGATAACAAAACTCTTTTTAC	8	49	1
GAATACCAAAAAAAAAGTAAAAAGCCTCTTTA	5	27	0
GCAAAACGATTTCAAAAAAAAAGGGCTTAAA 	1	9	0
TTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATC	6	14	0
TTCTATCATTTTAATAGGAACAAGGCAAAGAC	13	119	1
AAATGCCTAAAATTTAGAAAAAATCACGCTTG	12	85	0
TTTGAAACGCTTAATAGCAAATTAAGAATGAT	4	210	1
AATTAATAAAATTTTAATAAAACTTGTGATTG	7	71	0
GTATTAGGTGTTCTTAAGAAAATTAAGAATCA	13	179	1
TACAACTTAACTAAAAGTAAAAAGAGTTTTGT	8	65	0
AATTTAGACTTAGATAAGAAAATCTATGTAAA	2	129	1
TTTTAGTGTATTCTTAGCAAATTTTAGATAAG	12	51	1
TATGAAGACTATAAAAACAAATAA        	9	2	0
ATGGACGACCTAGAAAGAAACAAAAGCTACAA	9	61	0
TTTTAAGTTAAAATTAAGAAAATATCTTGTAT	2	89	1
TACTTAATCCATAAAAGAAACTTTCTAATTTT	4	248	0
TTTAGTTAAGTTGTAAGAAACTTTAGCTACCA	8	82	1
ACATAACCTTATTTTAAAAACTAAGGATAAAC	11	10	0
          ** **** ****
MAP Score: 26.0791

Motif 3
       TCTTTTTCCTATTTTGATATGATTTTTCTAAAATC	0	3	1
TTAAGAATGATTATCTTAAAATTAGAAAGTTTCTTTTATGGA	4	231	1
AATTTTGTCTTTATTATAACCTAAAAGCCTTTTTTACTTAAG	13	31	1
TTTACTTTTTTTTTGGTATTCTAACAAGCTTTTAAATAATCC	5	38	1
ATTTATCAAATCATTGTAACATAACCTTATTTTAAAAACTAA	11	18	0
    GATCCCTTCTCATTAATTAATAAAATTTTAATAAAACT	7	79	0
 AAATATCCTTTTTGCTTTGATAAGTGATTTTACTTAATCCA	4	269	0
CAAGCGTGATTTTTTCTAAATTTTAGGCATTTAAGGAATCA 	12	85	1
TTACTAACCTCCATGCTACAATAAAACTTTTTCAAAACTAAG	0	44	0
TTAAGCAAGATTAGGTTACAATCACAAGTTTTATTAAAATTT	7	53	1
AAACTAAATTTTAGTGTATTCTTAGCAAATTTTAGATAAGAT	12	43	1
ATTTGAAGCATGGTATTAGAATAATCATTTTTAATGATTAAA	1	79	1
TACACTCCACCATTATTACGCTTATTCTCTTTCTTTATGGAT	4	46	0
       GGTTAATATTCTCCTCAAAAATTTTACATAGATTT	2	148	0
CAAAATGTTATAATGCTCGCTTAATTTTATTTGGGGTGTTAG	4	142	0
CCAACGTCTCCTTTTGTAGCTTTTGTTTCTTTCTAGGTCGTC	9	48	1
      GCTTTTTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTA	6	54	0
TCTTTTGCTATAATCGTAGGGTTTTGTCGTTTTTCTATCATT	13	87	1
TCTCAAAATGTTTTCAAAAATTCATCTTATTTTAAGTTAAAA	2	60	1
    TTTAAGCCCTTTTTTTTTGAAATCGTTTTGCGTTCTCT	1	6	1
ATAACAAAACTCTTTTTACTTTTAGTTAAGTTGTAAGAAACT	8	62	1
TTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAA	6	25	0
          ** *  **   * *     ***
MAP Score: 21.3094

Motif 4
TTTTGAAAAAGTTTTATTGTAGCATGGAGGTTAGT	0	49	1
ATGGAGGTTAGTAATTTTAAAGGGTAAAATAAA  	0	72	1
GTTTTGCGTTCTCTTATTGTAGCATGATCATAAAA	1	34	1
AAAAATACATCTTAATTTGAAGCATGGTATTAGAA	1	65	1
CTTAAAAGATGTCAATTTGATGCTTTTTTGAAACG	4	184	1
AAATTAGAAAGTTTCTTTTATGGATTAAGTAAAAT	4	249	1
         GCTCTTTTTAGGGCTTATAAAGAGGC	5	1	1
AGGCTTTTTACTTTTTTTTTGGTATTCTAACAAGC	5	32	1
ATCCAATCTACTTTGTTTTAAGGATAATATTTT  	5	76	1
TTTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATA	6	27	0
 GCTTTTTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTAT	6	56	0
AACACCCTTTCTGAATTTTAAGCCTACATTCTCAG	7	17	0
      TTATTTGTTTTTATAGTCTTCATAGGTTA	9	4	1
GCTCCAACGTCTCCTTTTGTAGCTTTTGTTTCTTT	9	45	1
TAATTAAAGAATTTCTTTAAAGGGTAAAGGCA   	10	18	1
AAAATTTAGTTTTAATTTCAAGCGTGGTGCGTTAA	12	20	0
GTGATTTTTTCTAAATTTTAGGCATTTAAGGAATC	12	90	1
AAAGACAAAATTAGAATTTTAGGATAGATCTCA  	13	8	0
          **   *** **** *
MAP Score: 20.7587

Motif 5
TTGATATGATTTTTCTAAAATCTTAGTTTTGAAA	0	23	1
TAAGCCCTTTTTTTTTGAAATCGTTTTGCGTTCT	1	12	1
GGGTGTTCGCATTTCTCAAAATGTTTTCAAAAAT	2	47	1
ATTATAACATTTTGCTTAAAAGATGTCAATTTGA	4	170	1
AATTTGATGCTTTTTTGAAACGCTTAATAGCAAA	4	197	1
GTAGATTGGATTATTTAAAAGCTTGTTAGAATAC	5	53	0
TCCAATCTACTTTGTTTTAAGGATAATATTTT  	5	77	1
CTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAAC	6	18	1
AAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGCT	6	38	0
CAATCACAAGTTTTATTAAAATTTTATTAATTAA	7	71	1
TTAATGTCTCATAGCTTAAACCATGATAGTCTAG	9	131	1
GCTTGCCATTTTTTCTTAAAAAGTAAATGGTAGG	9	176	1
TAATTAAAGAATTTCTTTAAAGGGTAAAGGCA  	10	18	1
TAACATAACCTTATTTTAAAAACTAAGGATAAAC	11	10	0
AAACATTCCTATTTATCAAATCATTGTAACATAA	11	36	0
ACGCTTGATCTTATCTAAAATTTGCTAAGAATAC	12	58	0
TCAAGCGTGATTTTTTCTAAATTTTAGGCATTTA	12	84	1
ACCTTAATCTTTTGCTATAATCGTAGGGTTTTGT	13	80	1
          ****** ***   *
MAP Score: 17.7379

Motif 6
TGGAGGTTAGTAATTTTAAAGGGTAAAATAAA     	0	73	1
AAAATACATCTTAATTTGAAGCATGGTATTAGAATAA	1	66	1
TTAAAAGATGTCAATTTGATGCTTTTTTGAAACGCTT	4	185	1
ATCACTTATCAAAGCAAAAAGGATATTT         	4	282	1
TACCAAAAAAAAAGTAAAAAGCCTCTTTATAAGCCCT	5	19	0
GTAGATTGGATTATTTAAAAGCTTGTTAGAATACCAA	5	50	0
TCCAATCTACTTTGTTTTAAGGATAATATTTT     	5	77	1
TTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA        	6	2	0
GCTTTTTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAA	6	53	0
ACACCCTTTCTGAATTTTAAGCCTACATTCTCAGCGA	7	14	0
CTACCATGCGATACAAAAAAGGATTTTAA        	8	108	1
TTAATGTCTCATAGCTTAAACCATGATAGTCTAGGAT	9	131	1
AATTAAAGAATTTCTTTAAAGGGTAAAGGCA      	10	19	1
AAATTTAGTTTTAATTTCAAGCGTGGTGCGTTAAAGG	12	17	0
CAAATTTTAGATAAGATCAAGCGTGATTTTTTCTAAA	12	68	1
TGATTTTTTCTAAATTTTAGGCATTTAAGGAATCA  	12	91	1
GTCTTTATTATAACCTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGC	13	37	1
CGATTATAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGT	13	66	0
GAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC      	13	227	1
          * *  ** **** *  *
MAP Score: 13.6181

Motif 7
TTTTGAAATCGTTTTGCGTTCTCTTATTGTAG	1	24	1
ATTACGCTTATTCTCTTTCTTTATGGATCAAA	4	42	0
  AAATATCCTTTTTGCTTTGATAAGTGATTT	4	280	0
ATAAAGAGGCTTTTTACTTTTTTTTTGGTATT	5	26	1
TTTACTTTTTTTTTGGTATTCTAACAAGCTTT	5	38	1
CGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATA	6	13	1
CCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGT	6	47	0
AACAAAACTCTTTTTACTTTTAGTTAAGTTGT	8	64	1
        TTATTTGTTTTTATAGTCTTCATA	9	2	1
CTTTTGTAGCTTTTGTTTCTTTCTAGGTCGTC	9	58	1
AGGTCGTCCATTTTGTTTCTTGCTGCGGCGCA	9	82	1
GGCGTGTTAGTTTTGCTGTTTTCCACCCCAAG	9	208	1
AAAATTCTAATTTTGTCTTTATTATAACCTAA	13	23	1
AATCGTAGGGTTTTGTCGTTTTTCTATCATTT	13	98	1
GCATGTGTGAATTTGACGCTGTCTTTGCCTTG	13	139	0
CTTAAAGTTATTTTGGTTCTCTTCCTCCATGC	13	216	0
          ***** **** *
MAP Score: 0.693457