AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons009_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245934
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0282	50	H. pylori predicted coding region HP0282
#1	HP0289	66	toxin-like outer membrane protein
#2	HP0290	47	diaminopimelate decarboxylase (dap decarboxylase) (lysA)
#3	HP0408	165	H. pylori predicted coding region HP0408
#4	HP0830	58	Glu-tRNA(Gln) amidotransferase, subunit A (gatA)
#5	HP0832	91	spermidine synthase (speE)
#6	HP0833	76	H. pylori predicted coding region HP0833
#7	HP0854	191	GMP reductase (guaC)
#8	HP0919	98	carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) (pyrAb)
#9	HP0920	143	conserved hypothetical integral membrane protein
#10	HP1084	66	aspartate transcarbamoylase (pyrB)
#11	HP1234	300	conserved hypothetical integral membrane protein
#12	HP1236	78	H. pylori predicted coding region HP1236
#13	HP1279	300	anthranilate isomerase (trpC)
#14	HP1282	222	anthranilate synthase component I (trpE)

Motif 1
     GATCCTTTTTTGCTTTAAAACATTATTT	7	173	0
GACTTAAAGTTTTTAAGCTTTAAACGCATAAAA	11	225	0
GAAAATTCCTTTTTATGCTTTTACAATCTAAAG	14	42	0
ATCGATCAAATTTTGGGCGTCAAAGACCTTACA	7	98	0
TACGAGTTTATTTTTAGCGTAAAGAAATTG   	14	202	1
ACCCATGCCATTTTTAGCTAAAATAAAATCTAT	10	21	1
AATCTTTAGCTTTATGGCTTAAATACAACAAAC	13	193	0
      CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAA	6	4	1
ATTATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTA	6	50	1
         CTTTTTTGCTATAATGCTTCGTTC	2	1	1
TTTTACTACATTTTGCGCTATTATATTGGACCT	9	68	1
AATGAGAGAGTTTTTGGCTACTATCTAGGAAAT	1	27	1
TAAAACATTATTTTTACCTTAAATTGAATAAAA	7	153	0
         CTTTTATCCTTATAAGCGTCAATA	3	151	0
        GTTTTACTCCTTGAATTCAACTCAA	9	128	0
TAATTTAGATTTTTTAGCTAGCATGTTAGCAAT	5	23	1
AGAAAACTCTTTTTAAGCTTTTTAAATCCC   	11	7	0
CGCTCAAGTCTTTAGCGCTTAAGTCTTTCTAAA	3	39	0
TGAGCATGACTTTAGAGCATTTAAAAACCAAAG	13	238	1
        GTTTTTAGCCTTACAAAAAATTTAA	4	43	0
       GCATTTTACCCATAAAGATTTTAGGG	11	284	0
ATTTTATCGTTTTTTAGATAAAACGCTTTTTAA	12	19	0
ATTTTATTTATTTTTAGAGTGTATTTTATCGTT	12	41	0
        CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATA	0	2	1
          ****  **** **
MAP Score: 42.1034

Motif 2
TATCCAAGATTAAGGCTTAAACG        	0	2	0
GGTGTTTTAGAAAGACTTAAGCGCTAAAGAC	3	34	1
TCAGCTTGGCTAGCGCTCAAGTCTTTAGCGC	3	54	0
TTGACGCTTATAAGGATAAAAG         	3	153	1
TTAACATGCTTAGAGATAAAACGAGC     	4	5	0
AAATTTTTTGTAAGGCTAAAAAC        	4	45	1
GATTAAATTGAAGCGATAAAAAAG       	6	3	0
TATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTA	6	52	1
AACTTTCTCTAATCACAAAAAATAAGGAAAT	7	16	0
TAAATTGAATAAAAAATCAAGAGGAAATGAT	7	136	0
AATAATGTTTTAAAGCAAAAAAGGATC    	7	174	1
TAGATTTTATTTTAGCTAAAAATGGCATGGG	10	22	0
AAATCTATATTATAACTAAAAGGGGGTTTT 	10	46	1
  GGGATTTAAAAAGCTTAAAAAGAGTTTTC	11	8	1
AAGGAGTTTGAAATGCTGAAGCTTCTAGAAT	11	124	1
TTTAAGCTTTAAACGCATAAAAGTTGCATTG	11	216	0
AATCTCTAATTAAGACTTAAAGTTTTTAAGC	11	240	0
TTTATCTAAAAAACGATAAAATACACTCTAA	12	30	1
TCAAAATCTTTAGCGCTCAAGTCATACTCTA	13	34	0
TACAGATTGAAAACGCACAAGAAAGCACTCA	13	91	1
ACGCACAAGAAAGCACTCAAGCGTGTTTAGA	13	103	1
TCTTTAGCTTTATGGCTTAAATACAACAAAC	13	193	0
TTTTTTGCAAATGCGCATAAGGCGCTTTGGT	13	264	0
TTTTACAATCTAAAGCTGAAGTTATCCTCTA	14	26	0
TTTAGATTGTAAAAGCATAAAAAGGAATTTT	14	43	1
  CAATTTCTTTACGCTAAAAATAAACTCGT	14	203	0
          ******* ***
MAP Score: 21.2665

Motif 3
AATACCCAATCAATGCGTTTAATTTCTGTTTTCAA	3	116	1
GTTACAATAATTTAGATTTTTTAGCTAGCATGTTA	5	16	1
GAAAGTTTATTGTAGCGTTTTCTTTGCAATATTGT	7	40	1
TATCATTTCCTCTTGATTTTTTATTCAATTTAAGG	7	135	1
ATTTCAATTTTAGGGGGTTTTGTTTGGTATTTTAC	9	39	1
TTAGTTATAATATAGATTTTATTTTAGCTAAAAAT	10	30	0
AAAACTCTTTTTAAGCTTTTTAAATCCC       	11	3	0
TAAAAAGGGTCTAGGAGTTTATTTTCAAAAAGGAT	11	61	1
CATATTTCTATAAGGAGTTTGAAATGCTGAAGCTT	11	113	1
TAACAATGTTCTAGGAGTTTTACCTTTTGTTTTGT	11	163	0
AATGCAACTTTTATGCGTTTAAAGCTTAAAAACTT	11	217	1
AAGTCTTAATTAGAGATTTTAGGTTAAACTACCCT	11	253	1
ATTTTACCCATAAAGATTTTAGGGTAGTTTAACCT	11	273	0
TAATTCTTTAAAAAGCGTTTTATCTAAAAAACGAT	12	12	1
ACTTGAGCGCTAAAGATTTTGATTTGCCCCCCTAT	13	43	1
GAGTGCTTTCTTGTGCGTTTTCAATCTGTAATTCT	13	86	0
GTGGCGAATGTGGCGAGTTTGTTGTATTTAAGCCA	13	177	1
CAAATGCGCATAAGGCGCTTTGGTTTTTAAATGCT	13	253	0
AAATTCCTTTTTATGCTTTTACAATCTAAAGCTGA	14	38	0
TTCTTGTAAAATACGAGTTTATTTTTAGCGTAAAG	14	191	1
          * * *******   *
MAP Score: 14.5871

Motif 4
AATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGT     	0	34	1
ATCAAATGAGAGAGTTTTTGGCTACTATCTA	1	23	1
AATGCTTCGTTCAAATTTTATGGTTAGGTTT	2	22	1
GGGGTAATTCTCAATTTTTATATTATAATAC	3	90	1
AAACTACCATTAAATTTTTTGTAAGGCTAAA	4	34	1
ACAATAATTTAGATTTTTTAGCTAGCATGTT	5	19	1
TATGATTTCCTTATTTTTTGTGATTAGAGAA	7	12	1
ATAGGATCGATCAAATTTTGGGCGTCAAAGA	7	105	0
CATTTCCTCTTGATTTTTTATTCAATTTAAG	7	138	1
AGACTTCAATTTCAATTTTAGGGGGTTTTGT	9	31	1
ATAATATAGATTTTATTTTAGCTAAAAATGG	10	28	0
AGTCTTAATTAGAGATTTTAGGTTAAACTAC	11	254	1
TTTTACCCATAAAGATTTTAGGGTAGTTTAA	11	276	0
GTGTATTTTATCGTTTTTTAGATAAAACGCT	12	25	0
GCATATTTTATTTATTTTTAGAGTGTATTTT	12	47	0
GGGGCAAATCAAAATCTTTAGCGCTCAAGTC	13	42	0
AAGCGTGTTTAGATATTTTAGAAAATAAAGG	13	121	1
CACCCTCTTTTAAATCTTTAGCTTTATGGCT	13	207	0
  TTGCGTTATAAGTTTTTAGAGGATAACTT	14	8	1
AAAATACGAGTTTATTTTTAGCGTAAAGAAA	14	198	1
          * *********
MAP Score: 11.7852

Motif 5
AATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGT      	0	34	1
ATCAAATGAGAGAGTTTTTGGCTACTATCTAG	1	23	1
GGGGTAATTCTCAATTTTTATATTATAATACC	3	90	1
AACTACCATTAAATTTTTTGTAAGGCTAAAAA	4	35	1
CTAAAAAATCTAAATTATTGTAACAAAAGC  	5	8	0
TATGATTTCCTTATTTTTTGTGATTAGAGAAA	7	12	1
TATTTTTTATTAGGTTTTTGCGTGGCGTCCCC	8	25	0
GACTTCAATTTCAATTTTAGGGGGTTTTGTTT	9	32	1
TTAATTAAAATTATTTATTGAGTTGAATTCAA	9	111	1
AAAAATGGCATGGGTTTTAGCAAGGA      	10	4	0
AAACCCCCTTTTAGTTATAATATAGATTTTAT	10	43	0
TTTACCCATAAAGATTTTAGGGTAGTTTAACC	11	274	0
CATATTTTATTTATTTTTAGAGTGTATTTTAT	12	45	0
GAAAAATAACGGAATTTTAGAGTATGACTTGA	13	17	1
ATCCTTGCCTTTATTTTCTAAAATATCTAAAC	13	127	0
CTTAGCCTTATGATTTTTTGCAAATGCGCATA	13	276	0
  TTGCGTTATAAGTTTTTAGAGGATAACTTC	14	8	1
AGAATGTCTTGGAATTTTTGAAAACGCTCACT	14	129	1
AAATACGAGTTTATTTTTAGCGTAAAGAAATT	14	199	1
          * ******** *
MAP Score: 2.66585