AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons009_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245949
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0282	50	H. pylori predicted coding region HP0282
#1	HP0289	66	toxin-like outer membrane protein
#2	HP0290	47	diaminopimelate decarboxylase (dap decarboxylase) (lysA)
#3	HP0404	80	protein kinase C inhibitor (SP:P16436)
#4	HP0406	25	H. pylori predicted coding region HP0406
#5	HP0407	103	biotin sulfoxide reductase (bisC)
#6	HP0408	165	H. pylori predicted coding region HP0408
#7	HP0830	58	Glu-tRNA(Gln) amidotransferase, subunit A (gatA)
#8	HP0832	91	spermidine synthase (speE)
#9	HP0833	76	H. pylori predicted coding region HP0833
#10	HP0854	191	GMP reductase (guaC)
#11	HP0919	98	carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) (pyrAb)
#12	HP0920	143	conserved hypothetical integral membrane protein
#13	HP1084	66	aspartate transcarbamoylase (pyrB)
#14	HP1234	300	conserved hypothetical integral membrane protein
#15	HP1236	78	H. pylori predicted coding region HP1236
#16	HP1279	300	anthranilate isomerase (trpC)
#17	HP1282	222	anthranilate synthase component I (trpE)
#18	HP1283	97	H. pylori predicted coding region HP1283
#19	HP1284	69	conserved hypothetical protein
#20	HP1285	169	conserved hypothetical secreted protein

Motif 1
AAAATCTATATTATAACTAAAAGGGGGTTTT 	13	45	1
CCCATGCCATTTTTAGCTAAAATAAAATCTAT	13	22	1
TTAAAAAGCGTTTTATCTAAAAAACGATAAAA	15	19	1
ATAAGAACGATTTTTGCTAAAACATGACAAAA	19	24	1
ATTTTTTGTATTATACCTTAAAACAGATGATT	20	81	0
ATCTTTAGCTTTATGGCTTAAATACAACAAAC	16	193	0
         ATTTTTCCTTAAAAATAGTTTTA	4	12	0
AAAACATTATTTTTACCTTAAATTGAATAAAA	10	153	0
TCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATA	3	16	1
   GATCCTTTTTTGCTTTAAAACATTATTTT	10	172	0
TTTAGGGTAGTTTAACCTAAAATCTCTAATTA	14	259	0
   CAATTTCTTTACGCTAAAAATAAACTCGT	17	203	0
CCTAAAATCTTTATGGGTAAAATGC       	14	285	1
ATATCCAAGATTAAGGCTTAAACG        	0	2	0
TTTTATGCGTTTAAAGCTTAAAAACTTTAAGT	14	225	1
AAATCTCTAATTAAGACTTAAAGTTTTTAAGC	14	240	0
TTATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTA	9	51	1
GTCTAGGAGTTTATTTTCAAAAAGGATTCGTG	14	69	1
AAAGCTGAAGTTATCCTCTAAAAACTTATAAC	17	14	0
ATCCTTGCCTTTATTTTCTAAAATATCTAAAC	16	127	0
AGCAATTCGGTTAATGGTAAAAACACTCCTAA	20	51	1
        CTTTTTTGCTATAATGCTTCGTTC	2	2	1
       CTTTTATCCTTATAAGCGTCAATAT	6	150	0
AGTTAGCGTTTTTAATTCAAAATGAAGTGAGG	20	15	0
         ATTAATTCTTTAAAAAGCGTTTT	15	1	1
TTAGAAAGACTTAAGCGCTAAAGACTTGAGCG	6	40	1
ATTCTCAATTTTTATATTATAATACCCAATCA	6	96	1
GCAAAGGTCTTTTTTATCATAACAACACCTAC	20	122	0
          ****  ******
MAP Score: 36.418

Motif 2
TAGTAGCCAAAAACTCTCTCATTTGATTAAA	1	19	0
TTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAA	3	53	1
CATTCTGTTAAAACACCCCAAATTCTAACAT	5	64	0
AGTCTTTCTAAAACACCCTCATGCTAGTATG	6	20	0
TTAGCCTTACAAAAAATTTAATGGTAGTTTA	7	33	0
CATGCTAGCTAAAAAATCTAAATTATTGTAA	8	17	0
          AAACACTCCTTAGCTTACTTT	8	80	0
ACCTAATAAAAAATACTTTAAAATATTGATA	11	42	1
ATACCAAACAAAACCCCCTAAAATTGAAATT	12	38	0
         AAAACCCCCTTTTAGTTATAAT	13	54	0
CACTATTAGAAAACTCTTTTTAAGCTTTTTA	14	16	0
AGTGGCATTCAAACCCTTTAAAAAGGGTCTA	14	43	1
TCAGCATTTCAAACTCCTTATAGAAATATGA	14	112	0
TTTAAAGCTTAAAAACTTTAAGTCTTAATTA	14	234	1
AGTTTAACCTAAAATCTCTAATTAAGACTTA	14	252	0
AAACTACCCTAAAATCTTTATGGGTAAAATG	14	278	1
TTTTTAGATAAAACGCTTTTTAAAGAATTAA	15	11	0
AAACGATAAAATACACTCTAAAAATAAATAA	15	40	1
TTTATTTTCTAAAATATCTAAACACGCTTGA	16	119	0
TTTGGTTTTTAAATGCTCTAAAGTCATGCTC	16	239	0
AATGGGCAATAAATACGCTAATGAGTGAGCG	17	153	0
ATTTTGAATTAAAAACGCTAACTATACAGCA	20	24	1
TTAATGGTAAAAACACTCCTAATCATCTGTT	20	61	1
TATAATACAAAAAATCCCCATTAGGTAGGTG	20	98	1
          **** ******
MAP Score: 21.205

Motif 3
AATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGT    	0	34	1
TCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAA	3	16	1
   GCTAAAACTATTTTTAAGGAAAAAT  	4	7	1
TATGATTTCCTTATTTTTTGTGATTAGAGA	10	12	1
CATTTCCTCTTGATTTTTTATTCAATTTAA	10	138	1
CTTTAAAACATTATTTTTACCTTAAATTGA	10	159	0
        GATCCTTTTTTGCTTTAAAACA	10	179	0
GCGTCCCCCCCTATTTTTTCAAA       	11	3	0
ATATTTTAAAGTATTTTTTATTAGGTTTTT	11	38	0
AACTATTATCCTATTTTCAGACTTCAATTT	12	13	1
AAAACCCATGCCATTTTTAGCTAAAATAAA	13	18	1
TATTAGAAAACTCTTTTTAAGCTTTTTAAA	14	14	0
AACTCCTAGACCCTTTTTAAAGGGTTTGAA	14	50	0
GTCTAGGAGTTTATTTTCAAAAAGGATTCG	14	69	1
TTAGATAAAACGCTTTTTAAAGAATTAAT 	15	9	0
CATATTTTATTTATTTTTAGAGTGTATTTT	15	47	0
ATCCTTGCCTTTATTTTCTAAAATATCTAA	16	129	0
CTTAGCCTTATGATTTTTTGCAAATGCGCA	16	278	0
AAATACGAGTTTATTTTTAGCGTAAAGAAA	17	199	1
 AAACAGCTCCTATTTTTTAGTGTTCAACA	18	78	0
TACCTAATGGGGATTTTTTGTATTATACCT	20	95	0
TGATGCAAAGGTCTTTTTTATCATAACAAC	20	128	0
          **********
MAP Score: 17.739

Motif 4
TATCCAAGATTAAGGCTTAAACG        	0	2	0
TATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATC	3	14	0
TTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACTTTA	3	25	1
TTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAA	3	53	1
GGTGTTTTAGAAAGACTTAAGCGCTAAAGAC	6	34	1
TTGACGCTTATAAGGATAAAAG         	6	153	1
AAATTTTTTGTAAGGCTAAAAAC        	7	45	1
TATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTA	9	52	1
AATAATGTTTTAAAGCAAAAAAGGATC    	10	174	1
ACGCCACGCAAAAACCTAATAAAAAATACTT	11	29	1
ACCTAATAAAAAATACTTTAAAATATTGATA	11	42	1
       AACTAATCCTTAAAGAAAGAATGT	11	84	0
AAATCTATATTATAACTAAAAGGGGGTTTT 	13	46	1
  GGGATTTAAAAAGCTTAAAAAGAGTTTTC	14	8	1
TAGAAATATGAAAACATAAAAACACGAATCC	14	92	0
AAGGAGTTTGAAATGCTGAAGCTTCTAGAAT	14	124	1
TTTATGCGTTTAAAGCTTAAAAACTTTAAGT	14	226	1
AATCTCTAATTAAGACTTAAAGTTTTTAAGC	14	240	0
        ATTAATTCTTTAAAAAGCGTTTT	15	2	1
GGGGCAAATCAAAATCTTTAGCGCTCAAGTC	16	42	0
TCTTTAGCTTTATGGCTTAAATACAACAAAC	16	193	0
CACCCTCTTTTAAATCTTTAGCTTTATGGCT	16	207	0
GCATTTGCAAAAAATCATAAGGCTAAGCC  	16	281	1
GTTATCCTCTAAAAACTTATAACGCAA    	17	6	0
TTTTACAATCTAAAGCTGAAGTTATCCTCTA	17	26	0
TTTAGATTGTAAAAGCATAAAAAGGAATTTT	17	43	1
TTACATTGTTGAACACTAAAAAATAGGAGCT	18	72	1
TTTTTTGTATTATACCTTAAAACAGATGATT	20	81	0
TCAATCCTAATAAAACTGATGCAAAGGTCTT	20	143	0
          **** ******
MAP Score: 7.86523

Motif 5
ATCCAAGATTAAGGCTTAAACG        	0	2	0
TCCTAGATAGTAGCCAAAAACTCTCTCATT	1	27	0
 AGAAAAACCTAACCATAAAATTTGAACGA	2	28	0
AATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAAA	3	55	1
AGAAAGACTTAAGCGCTAAAGACTTGAGCG	6	42	1
TCAGCTTGGCTAGCGCTCAAGTCTTTAGCG	6	55	0
TTGACGCTTATAAGGATAAAAG        	6	153	1
     GTTTTTAGCCTTACAAAAAATTTAA	7	43	0
TGCTAGCTAAAAAATCTAAATTATTGTAAC	8	16	0
AACAATATCCATGCCTTAATGAATTGCTAA	8	48	0
GATTAAATTGAAGCGATAAAAAAG      	9	4	0
ACCCTTATTTAAGCTTTAAATAACTATAAT	9	50	0
AACATTATTTTTACCTTAAATTGAATAAAA	10	153	0
 GATCCTTTTTTGCTTTAAAACATTATTTT	10	172	0
CTAATAAAAAATACTTTAAAATATTGATAA	11	44	1
      AACTAATCCTTAAAGAAAGAATGT	11	84	0
TCCAATATAATAGCGCAAAATGTAGTAAAA	12	68	0
GACCTAGCTGTAGGGTTAATTAAAATTATT	12	96	1
 GGGATTTAAAAAGCTTAAAAAGAGTTTTC	14	9	1
TAAAGTTTTTAAGCTTTAAACGCATAAAAG	14	224	0
ATCTCTAATTAAGACTTAAAGTTTTTAAGC	14	240	0
    GCATTTTACCCATAAAGATTTTAGGG	14	284	0
TTTATCTAAAAAACGATAAAATACACTCTA	15	30	1
TAAATAAAATATGCGAGAAAAATC      	15	64	1
CGCTCAAGTCATACTCTAAAATTCCGTTAT	16	22	0
TCAAAATCTTTAGCGCTCAAGTCATACTCT	16	35	0
TACAGATTGAAAACGCACAAGAAAGCACTC	16	91	1
TGTTGTATTTAAGCCATAAAGCTAAAGATT	16	196	1
CATAAAGCTAAAGATTTAAAAGAGGGTGTG	16	210	1
TGGTTTTTAAATGCTCTAAAGTCATGCTCA	16	238	0
TTAGATTGTAAAAGCATAAAAAGGAATTTT	17	44	1
GTGCGAAAAGAAGCTTTCAATTTGGTGGTG	17	79	0
  CAATTTCTTTACGCTAAAAATAAACTCG	17	204	0
TTAAAAACGCTAACTATACAGCAATTCGGT	20	32	1
TTTTTGTATTATACCTTAAAACAGATGATT	20	81	0
          **********
MAP Score: 4.26044