AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons010_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245962
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0417	168	methionyl-tRNA synthetase (metS)
#1	HP0506	203	conserved hypothetical secreted protein
#2	HP1153	130	valyl-tRNA synthetase (valS)
#3	HP1422	24	isoleucyl-tRNA synthetase (ileS)
#4	HP1423	101	conserved hypothetical protein
#5	HP1492	138	conserved hypothetical nifU-like protein
#6	HP1550	62	protein-export membrane protein (secD)
#7	HP1551	47	conserved hypothetical secreted protein
#8	HP1552	23	Na+/H+ antiporter (nhaA)
#9	HP1553	248	helicase

Motif 1
AAAATTGAAAAAGAGTTCAAGGAATAGACAG 	0	9	0
GTTAATTATAATGAATTTTAAGCTAAAAACAC	0	47	1
ACATGCTTTTAAAAATTTAGAGAATAGAGGTT	0	100	0
AGAGATTTAAACAAATTTAAGGTAACACGATT	0	140	1
TTAAGGTAACACGATTATAAAG          	0	156	1
AGACGAGATAAAACCATTTATGAGAAACCACC	1	52	1
GAAAAACGATACAAGTTTAAAGCCTGGCCTTG	1	121	0
AGTATAACATAAGCCATTAAAGAAAAACGATA	1	142	0
TTATACAACAAAGCATTTAAATTAAAAAGGAT	2	16	0
TTTTGCTTTTACGCTTTTAATTGTTGCGTATT	2	57	0
TTCAGCCACCACTCTTTTTAAGGAATTTGT  	4	8	0
CATAACTTATAAGGGTTTTAGTTTTAGCATGT	4	45	0
AGTTATGGATAAAAACTTAAAGAATAGGGTAA	4	70	1
CTATTAGAACAAGGTTTTTATGACGAT     	5	5	0
TTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCAA	5	62	0
ATCTTAAAGTAAAATTTTAAAGAGAGTTTTAA	5	113	1
TGAGATTAAAACATCTTTTAAGGAAATTAA  	7	27	1
      AATTAAAAATTTTAAGGTTGTCT   	8	4	1
GAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC 	9	9	0
AGGTGTTCTTAAGAAAATTAAGAATCAAATGA	9	52	0
CGATTATAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCT	9	165	1
TTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAA	9	196	1
AAGACAAAATTAGAATTTTAGGATAGATCTCA	9	226	1
          ***  *******
MAP Score: 22.4024

Motif 2
TACGCAACAATTAAAAGCGTAAAAGCAAAAGGC	2	59	1
GAGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAAA	5	64	1
TTACTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCTA	9	171	0
        AATTAAAAATTTTAAGGTTGTCT  	8	2	1
CTTGTTCCTATTAAAATGATAGAAAAACGACAA	9	125	1
TAACATGCTTTTAAAAATTTAGAGAATAGAGGT	0	101	0
AAAACTCTCTTTAAAATTTTACTTTAAGATACC	5	110	0
AGCGCGCCAATAAAAACGATTAAACGAGCGTTA	6	17	0
    ATCGTCATAAAAACCTTGTTCTAATAGTG	5	6	1
ATAAGACGAGATAAAACCATTTATGAGAAACCA	1	49	1
         CTAAAAATGCTATAATTTGAGATT	7	1	1
GCATTTAAATTAAAAAGGATAGTCCA       	2	3	0
CATGCTAAAACTAAAACCCTTATAAGTTATGGA	4	46	1
TTATTATAACCTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGC	9	194	0
CCTTTTTAATTTAAATGCTTTGTTGTATAATTT	2	18	1
TAAGTTATGGATAAAAACTTAAAGAATAGGGTA	4	68	1
GTTTTTAGCTTAAAATTCATTATAATTAACGCT	0	44	0
AGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGGTTCTCTTC	9	11	1
TTAAATTTGTTTAAATCTCTTAATTTTAACATG	0	127	0
GAGATCTATCCTAAAATTCTAATTTTGTCTTTA	9	224	0
TTAATTTCCTTAAAAGATGTTTTAATCTCAAAT	7	24	0
GCGTATTTTTTCAAAATTATACAACAAAGCATT	2	31	0
AACGCGCTTCATAAAGCTATAAAAACAAGGCCA	1	96	1
          ****** * ** *
MAP Score: 19.7184

Motif 3
TATAATGAATTTTAAGCTAAAAACACCCCA	0	53	1
AGAGGTTGCATTTATGCTTATTTGTGGGGT	0	77	0
TTTTAAAAATTTAGAGAATAGAGGTTGCAT	0	96	0
TTTAAACAAATTTAAGGTAACACGATTATA	0	145	1
TTATCTCGTCTTATAGCGTTGGGTATTTTC	1	33	0
GGCCTTGTTTTTATAGCTTTATGAAGCGCG	1	98	0
CCAACCATTTTTTAAGGAACGCTCTATTTT	2	101	1
GAACGCTCTATTTTAGGATAATA       	2	117	1
AGGGTTTTAGTTTTAGCATGTTAGCATTCA	4	36	0
GGATAAAAACTTAAAGAATAGGGTAAAATA	4	76	1
TAAAACATCTTTTAAGGAAATTAA      	7	33	1
AATTAAAAATTTTAAGGTTGTCT       	8	10	1
CCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC    	9	6	0
AACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGGT	9	158	1
GATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAG	9	179	1
TAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGAC	9	201	1
AAAATTAGAATTTTAGGATAGATCTCA   	9	231	1
          **********
MAP Score: 9.59533

Motif 4
TAAAAAGAAAATACCCAACGCTATAAGACGAGATAA	1	27	1
GCATAAATGCAACCTCTATTCTCTAAATTTTTAAAA	0	90	1
ATTTATGAGAAACCACCATGCATCAATAAAACGCGC	1	67	1
TTTTGAAAAAATACGCAACAATTAAAAGCGTAAAAG	2	48	1
CCCCTAAAAGAAGCGCGCCAATAAAAACGATTAAAC	6	25	0
TGCATCAATAAAACGCGCTTCATAAAGCTATAAAAA	1	85	1
       AGAAAACCCTACCCCTAAAAGAAGCGCGC	6	43	0
ATTTTAAGCTAAAAACACCCCACAAATAAGCATAAA	0	61	1
 GCGTTTATTTTACCCTATTCTTTAAGTTTTTATCC	4	76	0
CAATTAGCCCTTGAGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTT	5	52	1
AAAAACGACAAAACCCTACGATTATAGCAAAAGATT	9	147	1
TTAGTATAACATAAGCCATTAAAGAAAAACGATACA	1	140	0
ATTCATTATAATTAACGCTCAAAAAATTGAAAAAGA	0	27	0
         TGAGATCTATCCTAAAATTCTAATTTT	9	231	0
          ** * * ** **  **
MAP Score: 5.09106

Motif 5
TTAAACAAATTTAAGGTAACACGATTATAAA	0	146	1
ACGGATTGATTAAAAAGAAAATACCCAACGC	1	17	1
ATAAAACCATTTATGAGAAACCACCATGCAT	1	59	1
ACGCGCTTCATAAAGCTATAAAAACAAGGCC	1	97	1
ACATAAGCCATTAAAGAAAAACGATACAAGT	1	137	0
AACAAAGCATTTAAATTAAAAAGGATAGTCC	2	11	0
ATTAAAAGCGTAAAAGCAAAAGGCGTTCCAA	2	68	1
GCTAACATGCTAAAACTAAAACCCTTATAAG	4	41	1
ATATGGTATCTTAAAGTAAAATTTTAAAGAG	5	106	1
TGCTATAATTTGAGATTAAAACATCTTTTAA	7	17	1
AACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGGTT	9	158	1
CCTTTTTTACTTAAGCTAAAAAACCTTAATC	9	179	0
TAGGTTATAATAAAGACAAAATTAGAATTTT	9	214	1
          ****** ****
MAP Score: 4.80026

Motif 6
TTAACGCTCAAAAAATTGAAAAAGAGTTCAAG	0	20	0
TTAATTATAATGAATTTTAAGCTAAAAACACC	0	48	1
ACATGCTTTTAAAAATTTAGAGAATAGAGGTT	0	100	0
TAAAAGCATGTTAAAATTAAGAGATTTAAACA	0	121	1
AGAGATTTAAACAAATTTAAGGTAACACGATT	0	140	1
GAAAAACGATACAAGTTTAAAGCCTGGCCTTG	1	121	0
TGTTATACTAATAAAATACAGATTTGATTGAA	1	165	1
      AGACAAAAGACTAAGGATTAATCA  	3	4	1
AGTTATGGATAAAAACTTAAAGAATAGGGTAA	4	70	1
TCTTTAAAATTTTACTTTAAGATACCATATAA	5	104	0
      AATTAAAAATTTTAAGGTTGTCT   	8	4	1
GAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC 	9	9	0
GGTGTTCTTAAGAAAATTAAGAATCAAATGAG	9	51	0
CGATTATAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCT	9	165	1
TATAATAAAGACAAAATTAGAATTTTAGGATA	9	219	1
          * ** *******
MAP Score: 4.38624

Motif 7
  CTGTCTATTCCTTGAACTCTTTTTCAATTTTTTG	0	8	1
CTTTTTCAATTTTTTGAGCGTTAATTATAATGAATT	0	28	1
ATTCTCTAAATTTTTAAAAGCATGTTAAAATTAAGA	0	107	1
GGGTATTTTCTTTTTAATCAATCCGTATCATTG   	1	7	0
ACAAGGCCAGGCTTTAAACTTGTATCGTTTTTCTTT	1	120	1
GTATCGTTTTTCTTTAATGGCTTATGTTATACTAAT	1	141	1
TGGACTATCCTTTTTAATTTAAATGCTTTGTTGTAT	2	10	1
TGCTTTTACGCTTTTAATTGTTGCGTATTTTTTCAA	2	50	0
AATAGAGCGTTCCTTAAAAAATGGTTGGATTTGGAA	2	93	0
GCCACCACTCTTTTTAAGGAATTTGT          	4	0	0
TTTACCCTATTCTTTAAGTTTTTATCCATAACTTAT	4	67	0
CAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCAAGGGCTAAT	5	54	0
ATTATATGGTATCTTAAAGTAAAATTTTAAAGAGAG	5	103	1
         TTTTTAAAACTCTCTTTAAAATTTTAC	5	121	0
       AACTTTTTAACGCTCGTTTAATCGTTTTT	6	3	1
CTTAAAAGATGTTTTAATCTCAAATTATAGCATTTT	7	13	0
  GAGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGGTTCTCTTC	9	8	1
 TGAGATCTATCCTAAAATTCTAATTTTGTCTTTAT	9	223	0
          *******   *   **
MAP Score: 4.14571