AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons010_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245974
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0417	168	methionyl-tRNA synthetase (metS)
#1	HP0497	228	sodium- and chloride-dependent transporter
#2	HP0500	57	DNA polymerase III beta-subunit (dnaN)
#3	HP0502	45	H. pylori predicted coding region HP0502
#4	HP0503	88	H. pylori predicted coding region HP0503
#5	HP0505	140	H. pylori predicted coding region HP0505
#6	HP0506	203	conserved hypothetical secreted protein
#7	HP1153	130	valyl-tRNA synthetase (valS)
#8	HP1422	24	isoleucyl-tRNA synthetase (ileS)
#9	HP1423	101	conserved hypothetical protein
#10	HP1492	138	conserved hypothetical nifU-like protein
#11	HP1550	62	protein-export membrane protein (secD)
#12	HP1551	47	conserved hypothetical secreted protein
#13	HP1552	23	Na+/H+ antiporter (nhaA)
#14	HP1553	248	helicase

Motif 1
TTGGCGCGCTTCTTTTAGGGGTAGGGTTTT	11	40	1
AAAAATATCATTTTTTAGGGGCTAATGATA	5	91	1
ATCCAACCATTTTTTAAGGAACGCTCTATT	7	99	1
GCCACCACTCTTTTTAAGGAATTTGT    	9	6	0
AACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC  	14	8	0
CATAATTTTCTCTTTTAGGATTAACTAAAG	4	39	0
CAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCAAGG	10	60	0
GATTAAAACATCTTTTAAGGAAATTAA   	12	30	1
  AATTAAAAATTTTAAGGTTGTCT     	13	8	1
GTATCGTTTTTCTTTAATGGCTTATGTTAT	6	141	1
TTTTTCTTTATCTTTAATGGGGACATCATA	5	36	0
AATCTTAAGATCTTTAAAGATTTTAAAAAC	1	132	1
TTGCTCTGTATTTTTTAGGTATTTTTAAAG	1	88	1
TTTTTAGGTATTTTTAAAGTGGGTTTTTTC	1	99	1
TTAAAGTAAAATTTTAAAGAGAGTTTTAAA	10	116	1
ATTCTCTAAATTTTTAAAAGCATGTTAAAA	0	107	1
TGAACTCACTACTTTAAAAGATGAAAAATA	5	68	1
ATATTGTATAATTTTAAGAAAATTTCATTA	1	28	0
TTAAAATTTTACTTTAAGATACCATATAAT	10	103	0
GATTTAAACAAATTTAAGGTAACACGATTA	0	143	1
AGGAACGCTCTATTTTAGGATAATA     	7	115	1
ACAAAATTAGAATTTTAGGATAGATCTCA 	14	229	1
TTTTTCTATCATTTTAATAGGAACAAGGCA	14	122	0
          **********
MAP Score: 27.2228

Motif 2
AAAAAACCCACTTTAAAAATACCTAAAAAATACAGAGC	1	90	0
ATAATAAACGCTTTAGTTAATCCTAAAAGAGAAAATTA	4	29	1
CCAATTAGCCCTTGAGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTT	10	51	1
ATCTTAAGATCTTTAAAGATTTTAAAAACTAATACAGC	1	133	1
TCTCTAAATTTTTAAAAGCATGTTAAAATTAAGAGATT	0	109	1
ATACCCAACGCTATAAGACGAGATAAAACCATTTATGA	6	37	1
ATAAAACGCGCTTCATAAAGCTATAAAAACAAGGCCAG	6	92	1
AATTTTTGGTCTTAATTATAGCNTAAAAGAACGCTTTT	2	10	0
CTAATTTTGTCTTTATTATAACCTAAAAGCCTTTTTTA	14	201	0
CTTTAAAGATCTTAAGATTTAAGAAAAAACCCACTTTA	1	113	0
AATAAAAACGATTAAACGAGCGTTAAAAAGTT      	11	4	0
TGATGTCCCCATTAAAGATAAAGAAAAATTTGAACTCA	5	38	1
CCTTGTTCCTATTAAAATGATAGAAAAACGACAAAACC	14	124	1
       TTTTTAAAACTCTCTTTAAAATTTTACTTTA	10	117	0
GATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAG	14	179	1
TAAAATTTTACTTTAAGATACCATATAATGAGCCATTT	10	94	0
GGATAAAAACTTAAAGAATAGGGTAAAATAAACGC   	9	76	1
 CTAAAAATGCTATAATTTGAGATTAAAACATCTTTTA	12	9	1
GAACTCACTACTTTAAAAGATGAAAAATATCATTTTTT	5	69	1
TTATCCTAAAATAGAGCGTTCCTTAAAAAATGGTTGGA	7	100	0
GCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCTATAATCGTAGGGTT	14	158	0
TTTTCAATTTTTTGAGCGTTAATTATAATGAATTTTAA	0	30	1
          *** **       *****
MAP Score: 27.0284

Motif 3
TGAGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAA	10	63	1
TTAGGTATTTTTAAAGTGGGTTTTTTCTTAAA	1	102	1
AATGATAAAGTAAAAACTCTTTATGAATTGAG	5	114	1
TATAGTATAATCTAAGGGCGTTGCTCTGTATT	1	68	1
TAAAAACGATTAAACGAGCGTTAAAAAGTT  	11	8	0
ATGATTAAAATTAAAGAGCGATGTCCTTAATC	1	182	0
TCCTTTTTAATTTAAATGCTTTGTTGTATAAT	7	17	1
CTCAAAAAATTGAAAAAGAGTTCAAGGAATAG	0	14	0
AAGTAAAATTTTAAAGAGAGTTTTAAAAA   	10	119	1
GAGCGTTCCTTAAAAAATGGTTGGATTTGGAA	7	93	0
TAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAA	14	192	1
TCTCTTAATTTTAACATGCTTTTAAAAATTTA	0	113	0
         CTAAAAATGCTATAATTTGAGAT	12	1	1
AAGCGTAAAAGCAAAAGGCGTTCCAAATCCAA	7	73	1
TTAATTTCCTTAAAAGATGTTTTAATCTCAAA	12	25	0
TATCCATAACTTATAAGGGTTTTAGTTTTAGC	9	49	0
TGTATTAGTTTTTAAAATCTTTAAAGATCTTA	1	137	0
TATTATCCTAAAATAGAGCGTTCCTTAAAAAA	7	108	0
TGGTGGTTTCTCATAAATGGTTTTATCTCGTC	6	53	0
AGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGGTTCTCTT	14	11	1
TGTTTTTAGCTTAAAATTCATTATAATTAACG	0	46	0
ATGCTTTAATAATAAACGCTTTAGTTAATCCT	4	21	1
AAAACGCGCTTCATAAAGCTATAAAAACAAGG	6	94	1
GACCACTATTAGAACAAGGTTTTTATGACGAT	10	10	0
          * **** *****
MAP Score: 19.0308

Motif 4
     TTTTTAAAACTCTCTTTAAAATTTTACTT	10	119	0
TTTTTTAAGGAACGCTCTATTTTAGGATAATA  	7	108	1
CCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAAATGGC	10	67	1
         AAAAGCGTTCTTTTANGCTATAATT	2	1	1
ACGATTAAGGACATCGCTCTTTAATTTTAATCAT	1	180	1
GCATTCAGCCACCACTCTTTTTAAGGAATTTGT 	9	9	0
GAAAAATTTGAACTCACTACTTTAAAAGATGAAA	5	60	1
TGATAAAGTAAAAACTCTTTATGAATTGAGTGAA	5	116	1
GCCTTCAATCAAATCTGTATTTTATTAGTATAAC	6	166	0
GATTTAAGAAAAAACCCACTTTAAAAATACCTAA	1	102	0
ATTTGAGATTAAAACATCTTTTAAGGAAATTAA 	12	24	1
 ATCGTCATAAAAACCTTGTTCTAATAGTGGTCT	10	9	1
TTATAACCTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAAA	14	190	0
GTTCCAAATCCAACCATTTTTTAAGGAACGCTCT	7	92	1
TTTAATAATAAACGCTTTAGTTAATCCTAAAAGA	4	25	1
GCATCAATAAAACGCGCTTCATAAAGCTATAAAA	6	86	1
AAGACGAGATAAAACCATTTATGAGAAACCACCA	6	51	1
          *** * ** *** *
MAP Score: 15.9074

Motif 5
TGTGGGGTGTTTTTAGCTTAAAATTCATTAT	0	54	0
GTTACCTTAAATTTGTTTAAATCTCTTAATT	0	135	0
TTTATAATCGTGTTACCTTAAATTTGTTTAA	0	146	0
AAATAATGAAATTTTCTTAAAATTATACAAT	1	25	1
CCCACTTTAAAAATACCTAAAAAATACAGAG	1	91	0
TTAAAGTGGGTTTTTTCTTAAATCTTAAGAT	1	112	1
GACATCGCTCTTTAATTTTAATCATTGACAA	1	189	1
CCCTTGAATTTTTGGTCTTAATTATAGCNTA	2	23	0
 CCCCAAGTGTGATGCTTTAATAATAAACGC	4	9	1
AACGCTTTAGTTAATCCTAAAAGAGAAAATT	4	35	1
CAAATTTTTCTTTATCTTTAATGGGGACATC	5	39	0
CATAAAGAGTTTTTACTTTATCATTAGCCCC	5	108	0
CGTTGGGTATTTTCTTTTTAATCAATCCGTA	6	16	0
ACTTGTATCGTTTTTCTTTAATGGCTTATGT	6	137	1
GGACTATCCTTTTTAATTTAAATGCTTTGTT	7	11	1
         TATTATCCTAAAATAGAGCGTT	7	118	0
TCTTTAAGTTTTTATCCATAACTTATAAGGG	9	62	0
CTCTTTAAAATTTTACTTTAAGATACCATAT	10	106	0
        TTAATTTCCTTAAAAGATGTTTT	12	34	0
      GAGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTG	14	4	1
TTGATTCTTAATTTTCTTAAGAACACCTAAT	14	56	1
AACCTTAATCTTTTGCTATAATCGTAGGGTT	14	158	0
CTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAAAAAAC	14	186	0
TTGTCTTTATTATAACCTAAAAGCCTTTTTT	14	202	0
          **** ******
MAP Score: 2.65067