AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons011_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944245990
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0462	159	type I restriction enzyme S protein (hsdS)
#1	HP0464	47	type I restriction enzyme R protein (hsdR)
#2	HP0465	24	conserved hypothetical protein
#3	HP0470	97	oligoendopeptidase F (pepF)
#4	HP0471	300	glutathione-regulated potassium-efflux system protein (kefB)
#5	HP0790	41	anti-codon nuclease masking agent (prrB)
#6	HP0791	24	cadmium-transporting ATPase, P-type (cadA)
#7	HP0795	111	trigger factor (tig)
#8	HP0806	81	H. pylori predicted coding region HP0806
#9	HP0846	290	type I restriction enzyme R protein (hsdR)
#10	HP0848	101	type I restriction enzyme S protein (hsdS)
#11	HP0850	173	type I restriction enzyme M protein (hsdM)
#12	HP1402_HP1403	66	HP1402: type I restriction enzyme R protein (hsdR), HP1403: type I restriction enzyme M protein (hsdM)

Motif 1
AAATTGATATAAAAAGGGGATTTC        	3	83	1
TCAAAACACAAAAAAGGGGCTTATATC     	11	156	1
GGGTCTTGTGAAAAAGGCTATTGA        	2	10	1
AATGAATTTTAAAAAGGCGATTATATCTTATT	11	26	1
GGCTTTCATCAAAAAGGCTTGTCAGTTCGCTT	0	92	0
CCTAAAAACAAAATAGGGCGGTTAAA      	12	4	0
TCCAGTTTATAAAAAGCGGTTTTAATTCTAGT	7	28	0
TATTTTACTAAAATAGAGCGTTTGGTGTTTGC	4	120	1
TTGGGCGATTAAAGAGGGAATTTATTCAATCA	10	44	1
AACCAAATAAAAAAATAGTATTTCCAAGATTT	10	76	1
GAAGAAGAATTAAAAGACAATTTAAAAGAGCA	9	69	1
AACCCCTTTAAAAAATGAATTTTAAAAAGGCG	11	13	1
AAAGACAATTTAAAAGAGCAGTTAGAAAAGCT	9	81	1
TCTTTTTCATAAATAGAAAGTTTGCCTTAACG	4	62	1
GTGAGATTAAAAATCGGATCTTCTTGGATCTT	9	204	0
TAAATTTTTGAAAACTAGAATTAAAACCGCTT	7	15	1
TCTATTTATGAAAAAGATTTTTGAACCCCAAC	4	47	0
CAAGGAATAAAAAAATAATATTCTTTGCTATA	11	82	1
TTTGGAGTTAAAATATGCTTGTATTTTAACAT	3	54	0
CCGCTTTTTATAAACTGGAATTAAAACAAATT	7	41	1
TGGATCAATTTAATAGGATAGTTTCGCTTTTA	4	238	1
          ********  **
MAP Score: 22.0081

Motif 2
TTGATATTATAATGTAAAAATAAAAA          	1	0	0
CTTAATTCTTAATGCAAATAAAATCAATATCAAACA	8	16	1
CAGAACCGCCAATCAAAACACAAAAAAGGGGCTTAT	11	144	1
TTATTCAATCAAACCAAATAAAAAAATAGTATTTCC	10	65	1
TATAAACTGGAATTAAAACAAATTAAGCTATAATGA	7	49	1
CAAGGCTATGAATTTAAAAAAATCCACAAAGAAGAA	9	39	1
GAGAACGGGAAAACCAAAAACATTAAAATCATTGAT	9	240	1
TATAAGGCTAAAACGAAAAAGATCCAAGAAGATCCG	9	186	1
ATCAATTATTAAAGAAAATCCAAATAATTGGGCGAT	10	17	1
TTAGGATTATAATATAAAGCGATAAAAAGCGTTCTT	12	31	1
AAAGAAGAAGAATTAAAAGACAATTTAAAAGAGCAG	9	66	1
AAACGCAAGGAATAAAAAAATAATATTCTTTGCTAT	11	77	1
TTGAAAATTTAATGCAACAATATTCAAGCGAACTGA	0	67	1
TGTTTTAAAGAAATAAAAGCGAAACTATCCTATTAA	4	247	0
CTATTTTAGTAAAATAAAAATTAAAACGCTAGGATT	4	100	0
AAAATCATTGATAAGAAAAATATCCATAGAAACGCC	9	264	1
          ***  *** * **  *
MAP Score: 20.9806

Motif 3
GCAACAAGAAATTTTAGAAACTTTAAAAGG	0	131	1
TAAAAAATGAATTTTAAAAAGGCGATTATA	11	21	1
GTTTATTAAGCTTTTAGAAAAACAAGGCTA	9	17	1
AAGGCTATGAATTTAAAAAAATCCACAAAG	9	40	1
GTTTTCAAAAATTTAAAAAA          	7	0	0
AGTATCAATTATTAAAGAAAATCCAAATAA	10	14	1
  TCAAACCCCTTTAAAAAATGAATTTTAA	11	8	1
 TTTTTCTCCCTTATAAAAATCCTT     	6	5	0
TCTAGCGCAAATTTTAGTAAAATACGCATC	8	61	1
CAAACGCTCTATTTTAGTAAAATAAAAATT	4	114	0
TATCATTAGCCATTTAGAAAGGGGGGCAAA	5	21	1
GTTTAGTAAGATTTAAATAATAAATTACTT	4	164	1
TAAAGGTTTCATTATAGCAAAGAATATTAT	11	96	0
AAACGCAAGGAATAAAAAAATAATATTCTT	11	77	1
AATCAAACCAAATAAAAAAATAGTATTTCC	10	71	1
ATAAACTGGAATTAAAACAAATTAAGCTAT	7	50	1
GCAGTATTTCATTATAGAAGACACGAGCGA	0	17	1
TTAATTCCAGTTTATAAAAAGCGGTTTTAA	7	35	0
ATCAATTTGTTTTAAAGAAATAAAAGCGAA	4	260	0
TAAATTGATCCATTAAATAACACTATTGAA	4	220	0
ATTAAAAGACAATTTAAAAGAGCAGTTAGA	9	77	1
          **********
MAP Score: 18.0758

Motif 4
AAGAAATTTTAGAAACTTTAAAAGGGATTAGGT	0	136	1
TTAACTCCAAATTGATATAAAAAGGGGATTTC 	3	75	1
TTTTAGTAAAATAAAAATTAAAACGCTAGGATT	4	100	0
AATTTGTTTTAAAGAAATAAAAGCGAAACTATC	4	254	0
TCTAGTTTTCAAAAATTTAAAAAA         	7	1	0
ATTTTTGAAAACTAGAATTAAAACCGCTTTTTA	7	18	1
CTTTTTATAAACTGGAATTAAAACAAATTAAGC	7	44	1
ATTAAGCTATAATGATACAAAAATTTAATTTTT	7	70	1
TTTTTTCCTTAATGGCTAAAAAATTAAATTTTT	7	88	0
CTTAATTCTTAATGCAAATAAAATCAATATCAA	8	16	1
AAACAAGGCTATGAATTTAAAAAAATCCACAAA	9	36	1
TCCACAAAGAAGAAGAATTAAAAGACAATTTAA	9	61	1
TTAGCGATGAATTGAGAATAAAGAGTGTCCCAT	9	140	0
TTCTCAATTCATCGCTAATAAAAACGATGACTA	9	155	1
CGTTCTCTAGCGTGAGATTAAAAATCGGATCTT	9	214	0
CGGGAAAACCAAAAACATTAAAATCATTGATAA	9	245	1
TATTCAATCAAACCAAATAAAAAAATAGTATTT	10	66	1
       TCAAACCCCTTTAAAAAATGAATTTT	11	3	1
CCTTTAAAAAATGAATTTTAAAAAGGCGATTAT	11	17	1
CAGAAAACGCAAGGAATAAAAAAATAATATTCT	11	73	1
ATTATAATATAAAGCGATAAAAAGCGTTCTTAA	12	36	1
          *  ** *******
MAP Score: 18.0084

Motif 5
     ACCTAATCCCTTTTAAAGTTTCTAA	0	144	0
        GCACACCCCTTAGATTTAAGGT	1	35	0
       TCAATAGCCTTTTTCACAAGACC	2	11	0
      GAAATCCCCTTTTTATATCAATTT	3	83	0
GCAAACACCAAACGCTCTATTTTAGTAAAA	4	122	0
AAATCTTACTAAACCCATATTCAAACGCAA	4	148	0
ATAGGATAGTTTCGCTTTTATTTCTTTAAA	4	250	1
       TTTGCCCCCCTTTCTAAATGGCT	5	28	0
TAGAATTAAAACCGCTTTTTATAAACTGGA	7	30	1
AAGCTTAATAAACGCCCTTT          	9	0	0
TTTTAAATTCATAGCCTTGTTTTTCTAAAA	9	28	0
AGCTTTTCTAACTGCTCTTTTAAATTGTCT	9	83	0
TCCCTCTTTAATCGCCCAATTATTTGGATT	10	33	0
ATTGAATAAATTCCCTCTTTAATCGCCCAA	10	44	0
        TCAAACCCCTTTAAAAAATGAA	11	2	1
ATAAGATATAATCGCCTTTTTAAAATTCAT	11	27	0
TGCTATAATGAAACCTTTAAAGGCTGACAA	11	107	1
   GATATAAGCCCCTTTTTTGTGTTTTGA	11	156	0
      TTTAACCGCCCTATTTTGTTTTTA	12	4	1
AACGCTTTTTATCGCTTTATATTATAATCC	12	34	0
ACCCCTTAAGAACGCTTTTTATCGCTTTAT	12	44	0
         AAACCCCTTAAGAACGCTTTT	12	55	0
          **********
MAP Score: 11.2719

Motif 6
          TTTTTATTTTTACATTATAA	1	0	1
AAACTTATCATTTGGTTTTTGCGCCA    	3	6	0
AATCCTAGCGTTTTAATTTTTATTTTACTA	4	100	1
AAATAGAGCGTTTGGTGTTTGCGTTTGAAT	4	130	1
ATAGTTTCGCTTTTATTTCTTTAAAACAAA	4	255	1
        TTTTTTAAATTTTTGAAAACTA	7	2	1
TAAAAAGCGGTTTTAATTCTAGTTTTCAAA	7	21	0
TGATACAAAAATTTAATTTTTTAGCCATTA	7	82	1
GTCTGTTTGATATTGATTTTATTTGCATTA	8	25	0
TCTTCTTCTTTGTGGATTTTTTTAAATTCA	9	47	0
TTAAATTGTCTTTTAATTCTTCTTCTTTGT	9	64	0
TCTTGGATCTTTTTCGTTTTAGCCTTATAG	9	185	0
ATTTTAATGTTTTTGGTTTTCCCGTTCTCT	9	239	0
  GGCGTTTCTATGGATATTTTTCTTATCA	9	272	0
CGCCCAATTATTTGGATTTTCTTTAATAAT	10	21	0
AAATACTATTTTTTTATTTGGTTTGATTGA	10	69	0
TAGCAAAGAATATTATTTTTTTATTCCTTG	11	82	0
AAGCCCCTTTTTTGTGTTTTGATTGGCGGT	11	148	0
AACCGCCCTATTTTGTTTTTAGGATTATAA	12	13	1
          **********
MAP Score: 8.40278