AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons011_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246005 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0462 159 type I restriction enzyme S protein (hsdS) #1 HP0464 47 type I restriction enzyme R protein (hsdR) #2 HP0465 24 conserved hypothetical protein #3 HP0470 97 oligoendopeptidase F (pepF) #4 HP0471 300 glutathione-regulated potassium-efflux system protein (kefB) #5 HP0790 41 anti-codon nuclease masking agent (prrB) #6 HP0791 24 cadmium-transporting ATPase, P-type (cadA) #7 HP0795 111 trigger factor (tig) #8 HP0796 28 outer membrane protein (omp18) #9 HP0797 118 flagellar sheath adhesin hpaA #10 HP0801 72 molybdopterin converting factor, subunit 1 (moaD) #11 HP0802 88 GTP cyclohydrolase II (ribA) #12 HP0803 88 H. pylori predicted coding region HP0803 #13 HP0804 170 GTP cyclohydrolase II/3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase (ribA, ribB) #14 HP0805_HP0806 81 HP0805: lipooligosaccharide 5G8 epitope biosynthesis-associated protein (lex2B), HP0806: H. pylori predicted coding region HP0806 #15 HP0846 290 type I restriction enzyme R protein (hsdR) #16 HP0848 101 type I restriction enzyme S protein (hsdS) #17 HP0850 173 type I restriction enzyme M protein (hsdM) #18 HP1402_HP1403 66 HP1402: type I restriction enzyme R protein (hsdR), HP1403: type I restriction enzyme M protein (hsdM) Motif 1 ATGAATTTTAAAAAGGCGATTATATCTTATT 17 27 1 AATTGATATAAAAAGGGGATTTC 3 84 1 CAAAACACAAAAAAGGGGCTTATATC 17 157 1 TCCAGTTTATAAAAAGCGGTTTTAATTCTAG 7 29 0 AAAGGGCGTTTATTAAGCTTT 15 0 1 TAAAAACAAAATAGGGCGGTTAAA 18 3 0 TTTTACTAAAATAGAGCGTTTGGTGTTTGCG 4 122 1 TGCTTGACTTAAAAAGAGTTTATTATACCTT 12 50 0 ATTCATTTTTTAAAGGGGTTTGA 17 2 0 GGTCTTGTGAAAAAGGCTATTGA 2 11 1 TAAGAAAATTATAAAGAGTTTTGATAGAATA 11 22 1 TTCTTGCATGATAGGGGGAGTTTCATTCAAT 13 27 1 AAAAGCGTTCTTAAGGGGTTT 18 55 1 TTAGAAACTTTAAAAGGGATTAGGT 0 144 1 CATCTTTTAAAAAAAGGTATTCTATCAAAAC 11 39 0 GCTTTCATCAAAAAGGCTTGTCAGTTCGCTT 0 92 0 TGAATTGAGAATAAAGAGTGTCCCATTCTTT 15 135 0 ATTTTGACAACAAAAGCGTGTTGGTTGCTTC 9 49 1 ATAAAGCGATAAAAAGCGTTCTTAAGGGGTT 18 44 1 TGAGTGCTTTAAAGAGGTTTTAAAAATATTT 10 16 1 AACCTTAAATCTAAGGGGTGTGC 1 34 1 AATCCAAATAATTGGGCGATTAAAGAGGGAA 16 33 1 TCTATTTATGAAAAAGATTTTTGAACCCCAA 4 48 0 TTGGGCGATTAAAGAGGGAATTTATTCAATC 16 44 1 ******** ** MAP Score: 30.8649 Motif 2 GTTTTCAAAAATTTAAAAAA 7 0 0 AAGGCTATGAATTTAAAAAAATCCACAAAG 15 40 1 TCAAACCCCTTTAAAAAATGAATTTTAA 17 8 1 TAAAAAATGAATTTTAAAAAGGCGATTATA 17 21 1 TAAAACGCATCTTTTAAAAAAAGGTATTCT 11 47 0 GAGCTTAAAATTTAAGAAAATTATAAAGA 11 9 1 GCAACAAGAAATTTTAGAAACTTTAAAAGG 0 131 1 GTTTATTAAGCTTTTAGAAAAACAAGGCTA 15 17 1 TTAAAAGACAATTTAAAAGAGCAGTTAGAA 15 78 1 TAAAATCATGCTTTAAAAGATTTAATATAA 10 46 1 TTTTTCTCCCTTATAAAAATCCTT 6 5 0 CTTTAAAGAGGTTTTAAAAATATTTAAAAT 10 22 1 AGTATCAATTATTAAAGAAAATCCAAATAA 16 14 1 TATTGCTTGACTTAAAAAGAGTTTATTATA 12 54 0 ATTTAAGAAAATTATAAAGAGTTTTGATAG 11 19 1 TATCATTAGCCATTTAGAAAGGGGGGCAAA 5 21 1 AAAGAAGAAGAATTAAAAGACAATTTAAAA 15 66 1 AAACGCAAGGAATAAAAAAATAATATTCTT 17 77 1 AATCAAACCAAATAAAAAAATAGTATTTCC 16 71 1 ACAAATAACGCATAAAAAAAGAACGC 8 12 1 GCTTTTATTTCTTTAAAACAAATTGATTCT 4 263 1 GTTTAGTAAGATTTAAATAATAAATTACTT 4 164 1 TTTATTATACCTTAAAAACATTACAACACA 12 33 0 TATAAACTGGAATTAAAACAAATTAAGCTA 7 49 1 TCTAGCGCAAATTTTAGTAAAATACGCATC 14 10 0 CAAACGCTCTATTTTAGTAAAATAAAAATT 4 114 0 ACTCCAAATTGATATAAAAAGGGGATTTC 3 78 1 TAAATTGATCCATTAAATAACACTATTGAA 4 220 0 ********** MAP Score: 28.1063 Motif 3 TTTAGTAAGATTTAAATAATAAATTACTTATATATA 4 165 1 AAAAATGAATTTTAAAAAGGCGATTATATCTTATTT 17 23 1 GTTGTCAGCCTTTAAAGGTTTCATTATAGCAAAGAA 17 102 0 TTAAAACCTCTTTAAAGCACTCATAATTT 10 3 0 TTTTTTAAATTTTTGAAAACTAGAATTAA 7 3 1 CCTAATCCCTTTTAAAGTTTCTAAAATTTCTTGTTG 0 132 0 AAAATCATGCTTTAAAAGATTTAATATAAGGGTAA 10 47 1 GTTGTAATGTTTTTAAGGTATAATAAACTCTTTTTA 12 36 1 ACCCCTTAGATTTAAGGTTGATATTATAATGTAAAA 1 17 0 GAGCTTAAAATTTAAGAAAATTATAAAGAGTTTTGA 11 10 1 AATCAATTTGTTTTAAAGAAATAAAAGCGAAACTAT 4 255 0 ACCAAAAACATTAAAATCATTGATAAGAAAAATATC 15 252 1 ATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCAATAAAGTTTGCAA 12 58 1 GATTGTAATATTTTAGACTTCTATAACAACAAACCC 9 80 0 AAATTCCCTCTTTAATCGCCCAATTATTTGGATTTT 16 31 0 GCCTTGTTTTTCTAAAAGCTTAATAAACGCCCTTT 15 9 0 TAACTGCTCTTTTAAATTGTCTTTTAATTCTTCTTC 15 69 0 AAAGATGCGTTTTAAAACTAATTTTAGGAGTATCC 11 63 1 TAAAGAGGTTTTAAAAATATTTAAAATCATGCTTTA 10 25 1 AAACCGCTTTTTATAAACTGGAATTAAAACAAATTA 7 38 1 CCTATTTTGTTTTTAGGATTATAATATAAAGCGATA 18 19 1 AAACGCTCTATTTTAGTAAAATAAAAATTAAAACGC 4 107 0 GCGATTTGTATCTAAATAAAGCAATAAAGTAATAAT 13 74 1 TTTTTATTTTTACATTATAATATCAAC 1 1 1 AAGGATTTTTATAAGGGAGAAAAA 6 8 1 TGCCCCCCTTTCTAAATGGCTAATGATACGATCAAG 5 13 0 AACTATCCTATTAAATTGATCCATTAAATAACACTA 4 225 0 TCGGTTAGGGTTTAATTGGATGAAGAA 4 1 0 AAAATTCATTTTTTAAAGGGGTTTGA 17 0 0 TAATATTGAGTTTTATAGAAAAAAGAAATATAGCAT 13 121 0 ****** **** MAP Score: 27.0753 Motif 4 TGGCGCAAAAACCAAATGATAAGTTTGCT 3 6 1 ATTATTAAAGAAAATCCAAATAATTGGGCGATT 16 21 1 TTGTTTTTCTAAAAGCTTAATAAACGCCCTTT 15 9 0 GAGCAGTTAGAAAAGCTTAATGATCATTCTTTC 15 96 1 TAATGCAAATAAAATCAATATCAAACAGACTTA 14 43 0 AGAGAACGGGAAAACCAAAAACATTAAAATCAT 15 239 1 TTTTTCTATAAAACTCAATATTATTGAATAAAA 13 134 1 TATTCTATCAAAACTCTTTATAATTTTCTTAAA 11 20 0 TTATAATCCTAAAAACAAAATAGGGCGGTTAAA 18 10 0 TTAAAGAAATAAAAGCGAAACTATCCTATTAAA 4 246 0 AAACCCCTTAAGAACGCTTTTTA 18 53 0 AAATCTTACTAAACCCATATTCAAACGCAAACA 4 145 0 AGACAAATAACGCATAAAAAAAGAACGC 8 7 1 GATTATAATATAAAGCGATAAAAAGCGTTCTTA 18 35 1 TTGGGGTTCAAAAATCTTTTTCATAAATAGAAA 4 48 1 ATTATACCTTAAAAACATTACAACACATTCAAT 12 27 0 CCGCCAATCAAAACACAAAAAAGGGGCTTATAT 17 149 1 AAGGTATAATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCAAT 12 50 1 TTTATTTCTTTAAAACAAATTGATTCTACTGGG 4 266 1 AAACTGGAATTAAAACAAATTAAGCTATAATGA 7 52 1 AAGCATATTTTAACTCCAAATTGATATAAAAAG 3 66 1 ACACATTCAATAAAACTTAACGAGCCTC 12 5 0 ACTATAAGGCTAAAACGAAAAAGATCCAAGAAG 15 184 1 TCAAACCCCTTTAAAAAATGAATTT 17 2 1 TGTATCTAAATAAAGCAATAAAGTAATAATCGT 13 80 1 ACCCTTATATTAAATCTTTTAAAGCATGATTTT 10 47 0 TTCATCCAATTAAACCCTAACCGACTCTTGAAA 4 13 1 **** * **** * MAP Score: 25.4884 Motif 5 GAAAGGTTGGGGTTCAAAAATCTTTTTCATAAATAGAAAGT 4 42 1 ATAAAAAGCGGTTTTAATTCTAGTTTTCAAAAATTTAAAAA 7 11 0 TAAAAGATGCGTTTTAAAACTAATTTTAGGAGTATCC 11 61 1 TAATCCTAGCGTTTTAATTTTTATTTTACTAAAATAGAGCG 4 99 1 AAAGAGTTTTGATAGAATACCTTTTTTTAAAAGATGCGTTT 11 34 1 AGCTTAATTTGTTTTAATTCCAGTTTATAAAAAGCGGTTTT 7 37 0 GGGCAAATAAGATATAATCGCCTTTTTAAAATTCATTTTTT 17 22 0 TGGTGTTTGCGTTTGAATATGGGTTTAGTAAGATTTAAATA 4 142 1 AATTATGAGTGCTTTAAAGAGGTTTTAAAAATATTTAAAAT 10 11 1 GATATAAGCCCCTTTTTTGTGTTTTGATTGG 17 152 0 ATGTTTTTAAGGTATAATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCAAT 12 42 1 AATATTCTTTGCTATAATGAAACCTTTAAAGGCTGACAACG 17 98 1 AAAGATGTTAGGGTAAAATAACATTTTGACAACAAAAGCGT 9 27 1 AATATAAAGCGATAAAAAGCGTTCTTAAGGGGTTT 18 41 1 TTTTAAAAATATTTAAAATCATGCTTTAAAAGATTTAATAT 10 33 1 AAAGAAGAAGAATTAAAAGACAATTTAAAAGAGCAGTTAGA 15 66 1 ATGTAAGTCTGTTTGATATTGATTTTATTTGCATTAAGAAT 14 40 1 ACACCCCTTAGATTTAAGGTTGATATTATAATGTAAAAATA 1 14 0 * ** ** **** * MAP Score: 22.7298 Motif 6 AAAACTAGAATTAAAACCGCTTTTTATAAACTGGAA 7 25 1 AAACCCCTTAAGAACGCTTTTTATCGCTTTATA 18 43 0 AGGTTGGGGTTCAAAAATCTTTTTCATAAATAGAAA 4 45 1 TCAATAGCCTTTTTCACAAGACCC 2 8 0 GATATTTTTCTTATCAATGATTTTAATGTTTTTGGT 15 252 0 AAATTATGAGTGCTTTAAAGAGGTTTTAA 10 3 1 CTTGATCGTATCATTAGCCATTTAGAAAGGGGGGCA 5 13 1 AAAGGGCGTTTATTAAGCTTTTAGAAAAACAAGGC 15 9 1 TTCTTTGCTATAATGAAACCTTTAAAGGCTGACAAC 17 102 1 TTGCTTGACTTAAAAAGAGTTTATTATACCTTAAAA 12 46 0 TATAGCATGTTTAATAACGATTATTACTTTATTGCT 13 93 0 ATTATTTTGTTCAATAGTGTTATTTAATGGATCAAT 4 211 1 CAAACCCCTTTAAAAAATGAATTTTAAAAAGGCGAT 17 11 1 AGGTATTCTATCAAAACTCTTTATAATTTTCTTAAA 11 20 0 AGAAGAAGAATTAAAAGACAATTTAAAAGAGCAGTT 15 68 1 CTGGCTTTCATCAAAAAGGCTTGTCAGTTCGCTTGA 0 90 0 TTAAATCTTTTAAAGCATGATTTTAAATATTTTTAA 10 35 0 GAAAGAATGATCATTAAGCTTTTCTAACTGCTCTTT 15 93 0 GATGTTAGGGTAAAATAACATTTTGACAACAAAAGC 9 30 1 GGATACTCCTAAAATTAGTTTTAAAACGCATCTTT 11 63 0 * ** * * **** * MAP Score: 22.3298 Motif 7 TGGGTTTAGTAAGATTTAAATAATAAATTA 4 161 1 CACAAAGAAGAAGAATTAAAAGACAATTTA 15 63 1 ATTTGTTTTAAAGAAATAAAAGCGAAACTA 4 256 0 TTAGTAAAATAAAAATTAAAACGCTAGGAT 4 101 0 CTAGTTTTCAAAAATTTAAAAAA 7 3 0 TTAATGGCTAAAAAATTAAATTTTTGTATC 7 83 0 TTTTTAAGTCAAGCAATAAAGTTTGCAACC 12 66 1 TATCTAAATAAAGCAATAAAGTAATAATCG 13 82 1 GAAATTTTAGAAACTTTAAAAGGGATTAGG 0 138 1 GGAAAACCAAAAACATTAAAATCATTGATA 15 247 1 CATGCTTTAAAAGATTTAATATAAGGGTAA 10 52 1 TATTTGCATTAAGAATTAAGGCTAAC 14 65 1 TGGGGCAAATAAGATATAATCGCCTTTTTA 17 35 0 GCGGAGTTTGAAAATTTAATGCAACAATAT 0 60 1 AAAACAAATTAAGCTATAATGATACAAAAA 7 63 1 GAGCTTAAAATTTAAGAAAATTATAA 11 6 1 GCTATAATGAAACCTTTAAAGGCTGACAAC 17 108 1 GCAAGGAATAAAAAAATAATATTCTTTGCT 17 81 1 TTATAATATAAAGCGATAAAAAGCGTTCTT 18 37 1 AGGTTTTAAAAATATTTAAAATCATGCTTT 10 30 1 TTTTGAAAACTAGAATTAAAACCGCTTTTT 7 20 1 GCACACCCCTTAGATTTAAGGTTGATATTA 1 27 0 TATTATAATGTAAAAATAAAAA 1 2 0 ********** MAP Score: 21.9418 Motif 8 TTGCAACAAGAAATTTTAGAAACTTTAAAAGGGATTAGG 0 129 1 TTTGGAGTTAAAATATGCTTGTATTTTAACATAACACTC 3 47 0 CTTAACGCAGTATAATCCTAGCGTTTTAATTTTTATTTT 4 87 1 AAATATATATAAGTAATTTATTATTTAAATCTTACTAAA 4 165 0 TATTATTTTGTTCAATAGTGTTATTTAATGGATCAATTT 4 210 1 CTTTCCCCAGTAGAATCAATTTGTTTTAAAGAAATAAAA 4 265 0 GTTTTAATTCTAGTTTTCAAAAATTTAAAAAA 7 3 0 AATTCCAGTTTATAAAAAGCGGTTTTAATTCTAGTTTTC 7 24 0 AAATTATGAGTGCTTTAAAGAGGTTTTAA 10 0 1 TTTAAAAATATTTAAAATCATGCTTTAAAAGATTTAATA 10 34 1 AAACTCTTTATAATTTTCTTAAATTTTAAGCTC 11 4 0 AGAGTTTTGATAGAATACCTTTTTTTAAAAGATGCGTTT 11 36 1 GGATACTCCTAAAATTAGTTTTAAAACGCATCTTT 11 63 0 GTTTTTAAGGTATAATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCAAT 12 44 1 TCTAACTCCCTAGTTTTATTCAATAATAT 13 151 0 TAATTCTTCTTCTTTGTGGATTTTTTTAAATTCATAGCC 15 42 0 AAAGAAGAAGAATTAAAAGACAATTTAAAAGAGCAGTTA 15 66 1 CGTTTTAGCCTTATAGTCATCGTTTTTATTAGCGATGAA 15 162 0 AAAAAGATCCAAGAAGATCCGATTTTTAATCTCACGCTA 15 201 1 TGGATATTTTTCTTATCAATGATTTTAATGTTTTTGGTT 15 251 0 ATCGCCCAATTATTTGGATTTTCTTTAATAATTGATACT 16 14 0 GGTTTGATTGAATAAATTCCCTCTTTAATCGCCCAATTA 16 41 0 TCAAACCCCTTTAAAAAATGAATTTTAAAAAGGCGATT 17 9 1 CATTATAGCAAAGAATATTATTTTTTTATTCCTTGCGTT 17 78 0 ** ** ****** MAP Score: 15.4162 Motif 9 GGTCTTGTGAAAAAGGCTATTGA 2 11 1 TTATACTGCGTTAAGGCAAACTTTCTATTT 4 72 0 AATAAAAATTAAAACGCTAGGATTATACTG 4 94 0 CCCCCTTTCTAAATGGCTAATGATACGATC 5 16 0 TTTTTTCCTTAATGGCTAAAAAATTAAAT 7 92 0 AAGATTTAATATAAGGGTAA 10 62 1 ATTTAGATACAAATCGCTAAAGCCTCTAAA 13 61 0 GCATTAAGAATTAAGGCTAAC 14 70 1 TTTTAGAAAAACAAGGCTATGAATTTAAAA 15 28 1 TATTCTCAATTCATCGCTAATAAAAACGAT 15 153 1 AACGATGACTATAAGGCTAAAACGAAAAAG 15 177 1 ATGAATTTTAAAAAGGCGATTATATCTTAT 17 27 1 ATGAAACCTTTAAAGGCTGACAACGCCAAA 17 114 1 ********** MAP Score: 6.99282 Motif 10 AGCAAACTTATCATTTGGTTTTTGCGCCA 3 5 0 ATGATAAGTTTGCTTGTATTGTGAGTGTTATGTT 3 25 1 AGTTAAAATATGCTTGTATTTTAACATAACACTC 3 47 0 TTTCAAGAGTCGGTTAGGGTTTAATTGGATGAAG 4 12 0 CGCAGTATAATCCTAGCGTTTTAATTTTTATTTT 4 92 1 GAGCGTTTGGTGTTTGCGTTTGAATATGGGTTTA 4 135 1 TTTAATAGGATAGTTTCGCTTTTATTTCTTTAAA 4 246 1 CCCAGTAGAATCAATTTGTTTTAAAGAAATAAAA 4 265 0 TCCAGTTTATAAAAAGCGGTTTTAATTCTAGTTT 7 26 0 TCATTATAGCTTAATTTGTTTTAATTCCAGTTTA 7 51 0 AATGATACAAAAATTTAATTTTTTAGCCATTAAG 7 80 1 TATGAGTGCTTTAAAGAGGTTTTAAAAATATTTA 10 14 1 CTTTATAATTTTCTTAAATTTTAAGCTC 11 4 0 TAAGAAAATTATAAAGAGTTTTGATAGAATACCT 11 22 1 CTTTTTTTAAAAGATGCGTTTTAAAACTAATTTT 11 54 1 GAGGCTCGTTAAGTTTTATTGAATGTGTT 12 5 1 TAAGTTTTATTGAATGTGTTGTAATGTTTTTAAG 12 19 1 TTATTCAATAATATTGAGTTTTATAGAAAAAAGA 13 131 0 AAAGGGCGTTTATTAAGCTTTTAGAAAAACAAG 15 9 1 CTGCTCTTTTAAATTGTCTTTTAATTCTTCTTCT 15 68 0 TCTTCTTGGATCTTTTTCGTTTTAGCCTTATAGT 15 184 0 TATTTTTCTTATCAATGATTTTAATGTTTTTGGT 15 252 0 ATACTATTTTTTTATTTGGTTTGATTGAATAAAT 16 63 0 AATTCATTTTTTAAAGGGGTTTGA 17 0 0 ACCCCTTTAAAAAATGAATTTTAAAAAGGCGATT 17 14 1 ATTTTTTTATTCCTTGCGTTTTCTGTGCGTTTGT 17 64 0 ATAAGCCCCTTTTTTGTGTTTTGATTGGCGGTTC 17 146 0 TTTAACCGCCCTATTTTGTTTTTAGGATTATAAT 18 10 1 * *** ***** * MAP Score: 4.6042