AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons012_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246045
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0004_HP0005	121	HP0004: carbonic anhydrase (icfA), HP0005: orotidine 5'-phosphate decarboxylase (pyrF)
#1	HP0791	24	cadmium-transporting ATPase, P-type (cadA)
#2	HP0795	111	trigger factor (tig)
#3	HP0802	88	GTP cyclohydrolase II (ribA)
#4	HP0803	88	H. pylori predicted coding region HP0803
#5	HP0804	170	GTP cyclohydrolase II/3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase (ribA, ribB)
#6	HP1067	290	chemotaxis protein (cheY)
#7	HP1503	25	cation-transporting ATPase, P-type (copA)
#8	HP1506	127	glutamate permease (gltS)
#9	HP1574	74	riboflavin synthase alpha subunit (ribC)

Motif 1
TTTAAAGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCA	0	18	1
AATTTTAGCTATGATAAGCGTTTTAAAAACAAACGAATTTTA	0	62	1
 TCTTTAACCCTTAAATCTCATTTTGATTAAAATTCGTTTGT	0	90	0
ATTCCAGTTTATAAAAAGCGGTTTTAATTCTAGTTTTCAAAA	2	20	0
TTTTTGTATCATTATAGCTTAATTTGTTTTAATTCCAGTTTA	2	51	0
TATAATGATACAAAAATTTAATTTTTTAGCCATTAAGGAAAA	2	77	1
ATTTAAGAAAATTATAAAGAGTTTTGATAGAATACCTTTTTT	3	19	1
ACCTTTTTTTAAAAGATGCGTTTTAAAACTAATTTTAGGAGT	3	52	1
TTTTTAAGGTATAATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCAATAAAG	4	45	1
AGAAAAAAGAAATATAGCATGTTTAATAACGATTATTACTTT	5	99	0
GTTTTATTCAATAATATTGAGTTTTATAGAAAAAAGAAATAT	5	126	0
TGAAAAAAGAAAGACAAGGATTTTACAAGTAA          	6	0	0
TATCATAGCAAACAAACTGAATTTTTTTACAAATAAGAACGC	6	99	1
ATCGTTCCAAATAATAGCATGTTTTGATTAAAATTACCTTGA	6	178	0
TGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAG	6	248	1
TTATATTATAATAAGATAAATTTGATTAATAAGGATGCAAGT	8	95	1
          *  * *     **** **   *
MAP Score: 22.1808

Motif 2
     AAGGATTTTTATAAGGGAGAAAAA       	1	5	1
TTAAAACCGCTTTTTATAAACTGGAATTAAAACAAA	2	35	1
TAAAAAGAGTTTATTATACCTTAAAAACATTACAAC	4	36	0
         TTTTTTAAATTTTTGAAAACTAGAATT	2	1	1
AATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCAAAGCGTCTCTAA	6	236	0
TTTTAAACGATTATCATAGCAAACAAACTGAATTTT	6	88	1
TGTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAATGACCCTTTA	6	26	1
GAACGATTTATTATTATAAGGCGTTAGAGACGCTTT	6	213	1
CAAATTTATCTTATTATAATATAATACCCCCCTAAA	8	83	0
AAACTGAATTTTTTTACAAATAAGAACGCTCATTGA	6	112	1
AATTCGTTTGTTTTTAAAACGCTTATCATAGCTAAA	0	65	0
TATAATGGCGTTATTTTACACTTTAAAGGGCTTTC 	0	9	0
GTAATAATCGTTATTAAACATGCTATATTTCTTTTT	5	102	1
AAAAATTAAATTTTTGTATCATTATAGCTTAATTTG	2	67	0
ATATTGAGTTTTATAGAAAAAAGAAATATAGCATGT	5	119	0
GAATGTTTGATTATTGTAACATACTAAATAAAACCA	9	22	0
CTCTTTATAATTTTCTTAAATTTTAAGCTC      	3	4	0
CAAAGAGTTATTTTATTACTTTTAAACGATTATCAT	6	69	1
AATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCAAGAATT	0	30	1
AAACTCAATATTATTGAATAAAACTAGGGAGTTAGA	5	144	1
AAAACGCATCTTTTAAAAAAAGGTATTCTATCAAAA	3	40	0
          TTTTTTAATCCTTAATTTAAGGGCG 	7	9	0
AAAAGATGCGTTTTAAAACTAATTTTAGGAGTATCC	3	62	1
TAATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCAATAAAGTTTGC	4	56	1
          ********      **
MAP Score: 20.5328

Motif 3
AATTAAAACCGCTTTTTATAAACTGGAATTA	2	33	1
ATAATATTGAGTTTTATAGAAAAAAGAAATA	5	127	0
GGCTCGTTAAGTTTTATTGAATGTGTTGTAA	4	12	1
TAACTCCCTAGTTTTATTCAATAATATTGAG	5	147	0
TCCTTGTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAAT	6	22	1
TTTAAAAGATGCGTTTTAAAACTAATTTTAG	3	59	1
GCTATGATAAGCGTTTTAAAAACAAACGAAT	0	69	1
ATAGAATACCTTTTTTTAAAAGATGCGTTTT	3	45	1
ACAAACTGAATTTTTTTACAAATAAGAACGC	6	110	1
AAAGTAATAATCGTTATTAAACATGCTATAT	5	99	1
TTACTTTATTGCTTTATTTAGATACAAATCG	5	75	0
TTGCATTTCTTTTTGTTATAATGGCGTTATT	0	30	0
TTATAAAGAGTTTTGATAGAATACCTTTTTT	3	30	1
TTAAATCTCATTTTGATTAAAATTCGTTTGT	0	90	0
TAATAGCATGTTTTGATTAAAATTACCTTGA	6	178	0
TTATCCTATGGTTTTATTTAGTATGTTACAA	9	14	1
AGACGCTTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAAT	6	240	1
       AAGGATTTTTATAAGGGAGAAAAA	1	3	1
ATCAAATTTATCTTATTATAATATAATACCC	8	90	0
          ******** **
MAP Score: 20.2063

Motif 4
TTAAAACCGCTTTTTATAAACTGGAATTAAAACAAATTAAGCTATA	2	35	1
AAAGAGTTTATTATACCTTAAAAACATTACAACACATTCAATAAAA	4	23	0
TCTTTAACCCTTAAATCTCATTTTGATTAAAATTCGTTTGTTTTTA	0	85	0
ATGCTATTATTTGGAACGATTTATTATTATAAGGCGTTAGAGACGC	6	200	1
AAAGTAGGTGTTCCTTGCATACAGTATTACAAATTGGAGCTGGTGG	8	20	0
TCTCGTTCTTTTAGGGGGGTATTATATTATAATAAGATAAATTTGA	8	74	1
      GAGCTTAAAATTTAAGAAAATTATAAAGAGTTTTGATAGA	3	4	1
CCAATGATTATTGTCGGTCAAGGTAATTTTAATCAAAACATGCTAT	6	161	1
GCTTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAG	6	244	1
ATTTAGTATGTTACAATAATCAAACATTCTAACATAAGGAGAATAA	9	29	1
GAATACCTTTTTTTAAAAGATGCGTTTTAAAACTAATTTTAGGAGT	3	48	1
TTCAGTTTGTTTGCTATGATAATCGTTTAAAAGTAATAAAATAACT	6	74	0
GCCCTTTAAAGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCA	0	14	1
       TTTTTTAAATTTTTGAAAACTAGAATTAAAACCGCTTTT	2	3	1
GGCTAAAAAATTAAATTTTTGTATCATTATAGCTTAATTTGTTTTA	2	62	0
          **       *     **** **   *
MAP Score: 18.5971

Motif 5
         GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAATA	0	1	1
AGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAA	0	23	1
TTAGCTATGATAAGCGTTTTAAAAACAAACGAA	0	66	1
TTTTAAAAACAAACGAATTTTAATCAAAATGAG	0	82	1
TTAACCCTTAAATCTCATTTTGATTAAAATTCG	0	95	0
CAGTTTATAAAAAGCGGTTTTAATTCTAGTTTT	2	25	0
CATTATAGCTTAATTTGTTTTAATTCCAGTTTA	2	51	0
TATTCTATCAAAACTCTTTATAATTTTCTTAAA	3	20	0
TTTGATAGAATACCTTTTTTTAAAAGATGCGTT	3	41	1
GATACTCCTAAAATTAGTTTTAAAACGCATCTT	3	64	0
AAGGTATAATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCAAT	4	50	1
ATTGTCGGTCAAGGTAATTTTAATCAAAACATG	6	170	1
AAAGCGTCTCTAACGCCTTATAATAATAAATCG	6	216	0
CATTTAAATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCAAAG	6	245	0
GCCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGC	6	264	1
TAATCAAATTTATCTTATTATAATATAATACCC	8	90	0
          ** **  ******
MAP Score: 15.8976

Motif 6
ACTCCCTAGTTTTATTCAATAATATTGAGTTTT	5	143	0
GAACGCTCCATTTAGCCAATGATTATTGTCGGT	6	146	1
       TTTTTTAATCCTTAATTTAAGGGCG 	7	9	0
TTTTATTACTTTTAAACGATTATCATAGCAAAC	6	79	1
TTGTAATGTTTTTAAGGTATAATAAACTCTTTT	4	37	1
AATGCAAGAATTTTAGCTATGATAAGCGTTTTA	0	54	1
          TTTTTTCCTTAATGGCTAAAAAA	2	98	0
ATGGCGTTATTTTACACTTTAAAGGGCTTTC  	0	8	0
        TCTTTAACCCTTAAATCTCATTTTG	0	106	0
ATTAAAACAAATTAAGCTATAATGATACAAAAA	2	60	1
       GCTTTTATCCTATGGTTTTATTTAGT	9	3	1
GCTATATTTCTTTTTTCTATAAAACTCAATATT	5	123	1
CGATTATTACTTTATTGCTTTATTTAGATACAA	5	79	0
ATTAATCAAATTTATCTTATTATAATATAATAC	8	92	0
CTTGCATTTCTTTTTGTTATAATGGCGTTATTT	0	29	0
ATTTAGAGGCTTTAGCGATTTGTATCTAAATAA	5	60	1
          ****  * *****
MAP Score: 15.857

Motif 7
AAAGAAATGCAAGAATTTTAGCTATGATAA	0	49	1
TAGCTATGATAAGCGTTTTAAAAACAAACG	0	67	1
TTAAAAACAAACGAATTTTAATCAAAATGA	0	84	1
AATGAGATTTAAGGGTTAAAGA        	0	109	1
          AAGGATTTTTATAAGGGAGA	1	0	1
TCTAGTTTTCAAAAATTTAAAAAA      	2	4	0
AGTTTATAAAAAGCGGTTTTAATTCTAGTT	2	27	0
ATAATGATACAAAAATTTAATTTTTTAGCC	2	78	1
TAATGTTTTTAAGGTATAATAAACTCTTTT	4	40	1
TTTTTAAGTCAAGCAATAAAGTTTGCAACC	4	66	1
TATCTAAATAAAGCAATAAAGTAATAATCG	5	82	1
ATAAAGTAATAATCGTTATTAAACATGCTA	5	97	1
TTATAGAAAAAAGAAATATAGCATGTTTAA	5	115	0
AAAGAAAGACAAGGATTTTACAAGTAA   	6	7	0
ATCGCACTCAAAGAGTTATTTTATTACTTT	6	61	1
TTGCTATGATAATCGTTTAAAAGTAATAAA	6	80	0
CCATTTAGCCAATGATTATTGTCGGTCAAG	6	153	1
CCCTTAAATTAAGGATTAAAAAA       	7	12	1
          **********
MAP Score: 2.65266

Motif 8
TCGTTTGTTTTTAAAACGCTTATCATAGCTAAAATTC	0	61	0
CGAATTTTAATCAAAATGAGATTTAAGGGTTAAAGA 	0	95	1
TTTAAATTTTTGAAAACTAGAATTAAAACCGCTTTTT	2	13	1
ACAAATTAAGCTATAATGATACAAAAATTTAATTTTT	2	66	1
TTTAAGAAAATTATAAAGAGTTTTGATAGAATACCTT	3	20	1
ACCTTTTTTTAAAAGATGCGTTTTAAAACTAATTTTA	3	52	1
ATTGCTTGACTTAAAAAGAGTTTATTATACCTTAAAA	4	46	0
ATAGCATGTTTAATAACGATTATTACTTTATTGCTTT	5	91	0
TTTTATTCAATAATATTGAGTTTTATAGAAAAAAGAA	5	130	0
GAAAAAAGAAAGACAAGGATTTTACAAGTAA      	6	4	0
TTTTATTACTTTTAAACGATTATCATAGCAAACAAAC	6	79	1
TTTTTACAAATAAGAACGCTCATTGAACGCTCCATTT	6	122	1
CGATTTATTATTATAAGGCGTTAGAGACGCTTTGGCT	6	216	1
CTTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAATTTAAATGCAAT	6	245	1
AAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGCACT          	6	273	1
  CGCCCTTAAATTAAGGATTAAAAAA          	7	8	1
AAACATTCTAACATAAGGAGAATAACAATCAATT   	9	50	1
          * * ** ***  * * *
MAP Score: 2.16947