AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons012_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246069 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0004_HP0005 121 HP0004: carbonic anhydrase (icfA), HP0005: orotidine 5'-phosphate decarboxylase (pyrF) #1 HP0791 24 cadmium-transporting ATPase, P-type (cadA) #2 HP0795 111 trigger factor (tig) #3 HP0796 28 outer membrane protein (omp18) #4 HP0797 118 flagellar sheath adhesin hpaA #5 HP0801 72 molybdopterin converting factor, subunit 1 (moaD) #6 HP0802 88 GTP cyclohydrolase II (ribA) #7 HP0803 88 H. pylori predicted coding region HP0803 #8 HP0804 170 GTP cyclohydrolase II/3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase (ribA, ribB) #9 HP0805 81 lipooligosaccharide 5G8 epitope biosynthesis-associated protein (lex2B) #10 HP1067 290 chemotaxis protein (cheY) #11 HP1503 25 cation-transporting ATPase, P-type (copA) #12 HP1506 127 glutamate permease (gltS) #13 HP1574 74 riboflavin synthase alpha subunit (ribC) Motif 1 TTTTTCTCCCTTATAAAAATCCTT 1 5 0 TTTGTTTTAATTCCAGTTTATAAAAAGCGGTTTTAA 2 35 0 AATTCTAGTTTTCAAAAATTTAAAAAA 2 1 0 TTAGAGACGCTTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAATT 10 236 1 GTTGTAATGTTTTTAAGGTATAATAAACTCTTTTTA 7 36 1 AAGCATGATTTTAAATATTTTTAAAACCTCTTTAAA 5 23 0 TTTAGCTATGATAAGCGTTTTAAAAACAAACGAATT 0 65 1 TAAAGGGTCATTGGATGGTTTGAAAAAAGAAAGACA 10 26 0 TCAATGAGCGTTCTTATTTGTAAAAAAATTCAGTTT 10 112 0 TTTAGGGGGGTATTATATTATAATAAGATAAATTTG 12 83 1 AAAGCGTCTCTAACGCCTTATAATAATAAATCGTTC 10 213 0 GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAATAACGCCATTATA 0 9 1 AAAATTCAGTTTGTTTGCTATGATAATCGTTTAAAA 10 88 0 AAAAAGAAATATAGCATGTTTAATAACGATTATTAC 8 102 0 CAAATTAAGCTATAATGATACAAAAATTTAATTTTT 2 67 1 ATGATAATCGTTTAAAAGTAATAAAATAACTCTTTG 10 69 0 TTTTGATAGAATACCTTTTTTTAAAAGATGCGTTTT 6 40 1 TGGTTTTATTTAGTATGTTACAATAATCAAACATTC 13 22 1 AGACAAATAACGCATAAAAAAAGAACGC 3 6 1 GAGCTTAAAATTTAAGAAAATTATAAAGAG 6 4 1 TCTAACTCCCTAGTTTTATTCAATAATATTGAGTTT 8 144 0 GATTGTAATATTTTAGACTTCTATAACAACAAACCC 4 80 0 ACATGCTATATTTCTTTTTTCTATAAAACTCAATAT 8 119 1 CGCCCTTAAATTAAGGATTAAAAAA 11 9 1 AATTCTTGCATTTCTTTTTGTTATAATGGCGTTATT 0 30 0 GGATACTCCTAAAATTAGTTTTAAAACGCATCTTTT 6 62 0 ** ******** MAP Score: 22.0303 Motif 2 GATGCGTATTTTACTAAAATTTGCGCTAG 9 7 1 AAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCAA 0 29 1 AAAAAAAGGTATTCTATCAAAACTCTTTATAA 6 30 0 AAACAAACGAATTTTAATCAAAATGAGATTTA 0 88 1 GGTCAAGGTAATTTTAATCAAAACATGCTATT 10 176 1 AATTTATCTTATTATAATATAATACCCCCCTA 12 85 0 ATAATCAAACATTCTAACATAAGGAGAATAAC 13 44 1 CCAACACGCTTTTGTTGTCAAAATGTTATTTT 4 41 0 TCAAAATGTTATTTTACCCTAACATCTTTAGA 4 24 0 GCTATATTTCTTTTTTCTATAAAACTCAATAT 8 123 1 GCTTTAGCGATTTGTATCTAAATAAAGCAATA 8 68 1 TTAAAATTCGTTTGTTTTTAAAACGCTTATCA 0 73 0 ATGATTTTAAATATTTTTAAAACCTCTTTAAA 5 23 0 ACTCCTAAAATTAGTTTTAAAACGCATCTTTT 6 62 0 TTACTTGTAAAATCCTTGTCTT 10 0 1 ATGAGCGTTCTTATTTGTAAAAAAATTCAGTT 10 113 0 ACTTGCATCCTTATTAATCAAATTTATCTTAT 12 105 0 AAAAGAGTTTATTATACCTTAAAAACATTACA 7 38 0 TTTTTGTATCATTATAGCTTAATTTGTTTTAA 2 61 0 TTGGAACGATTTATTATTATAAGGCGTTAGAG 10 210 1 TTTTTTCCTTAATGGCTAAAAA 2 99 0 GATAGAATACCTTTTTTTAAAAGATGCGTTTT 6 44 1 GGTTTTAATTCTAGTTTTCAAAAATTTAAAAA 2 11 0 *** ** ***** MAP Score: 20.3693 Motif 3 GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAATAACGCCATTATA 0 8 1 ATTCGTTTGTTTTTAAAACGCTTATCATAGCTAAAAT 0 63 0 AAGGATTTTTATAAGGGAGAAAAA 1 7 1 TTTTTAAATTTTTGAAAACTAGAATTAAAACCGCTTT 2 11 1 AAAACCGCTTTTTATAAACTGGAATTAAAACAAATTA 2 37 1 AAAATTTAATTTTTTAGCCATTAAGGAAAAAA 2 89 1 TTTAAAACCTCTTTAAAGCACTCATAATTT 5 3 0 TTAAAGAGGTTTTAAAAATATTTAAAATCATGCTTTA 5 24 1 TAAAATCATGCTTTAAAAGATTTAATATAAGGGTAA 5 46 1 TGTTGTAATGTTTTTAAGGTATAATAAACTCTTTTTA 7 35 1 AATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCAATAAAGTTTGCAA 7 57 1 ATATAGCATGTTTAATAACGATTATTACTTTATTGCT 8 93 0 TATTTTATTACTTTTAAACGATTATCATAGCAAACAA 10 77 1 CATGCTATTATTTGGAACGATTTATTATTATAAGGCG 10 199 1 AGCCAAAGCGTCTCTAACGCCTTATAATAATAAATCG 10 216 0 TTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGCACT 10 271 1 TTTTTTAATCCTTAATTTAAGGGCG 11 7 0 TGATCTCGTTCTTTTAGGGGGGTATTATATTATAATA 12 71 1 TTCTCCTTATGTTAGAATGTTTGATTATTGTAACATA 13 35 0 *** ** * * ** * MAP Score: 16.2205 Motif 4 TTTCTTTTTGTTATAATGGCGTTATTTTACACTTTAAAGGGCTTTC 0 9 0 TAAATCTCATTTTGATTAAAATTCGTTTGTTTTTAAAACGCTTATCA 0 73 0 AAAAGCGGTTTTAATTCTAGTTTTCAAAAATTTAAAAAA 2 2 0 TCATTATAGCTTAATTTGTTTTAATTCCAGTTTATAAAAAGCGGTTT 2 38 0 TTTTTTCCTTAATGGCTAAAAAATTAAATTTTTGTATC 2 83 0 TTCGGGTTTGTTGTTATAGAAGTCTAAAATATTACAATCAAGGATAG 4 77 1 TTATGAGTGCTTTAAAGAGGTTTTAAAAATATTTAAAATCATGCTTT 5 13 1 ATTGCTTGACTTAAAAAGAGTTTATTATACCTTAAAAACATTACAAC 7 36 0 TCTAAATTAATTGAATGAAACTCCCCCTATCATGCAAGAAATGCTCA 8 20 0 ATTGCTTTATTTAGATACAAATCGCTAAAGCCTCTAAATTAATTGAA 8 52 0 TATATTTCTTTTTTCTATAAAACTCAATATTATTGAATAAAACTAGG 8 125 1 GATGCGTATTTTACTAAAATTTGCGCTAGAATGTAAGTCTGTTTGA 9 9 1 GTTAGCCTTAATTCTTAATGCAAATAAAATCAATATCAAACAGA 9 47 0 TGTAAAATCCTTGTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAATGACCCTTTA 10 15 1 AAAAATTCAGTTTGTTTGCTATGATAATCGTTTAAAAGTAATAAAAT 10 78 0 CCTTTTAAGATTGCATTTAAATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCAAAGC 10 244 0 ACTGATCTCGTTCTTTTAGGGGGGTATTATATTATAATAAGATAAAT 12 69 1 ATCCTATGGTTTTATTTAGTATGTTACAATAATCAAACATTCTAACA 13 16 1 AATTGATTGTTATTCTCCTTATGTTAGAATGTTTGATTA 13 45 0 ** * * ** ** ** MAP Score: 15.5967 Motif 5 CTATGATAAGCGTTTTAAAAACAAACGAATTTTAATCAA 0 70 1 AAGGATTTTTATAAGGGAGAAAAA 1 4 1 TTTTTTAAATTTTTGAAAACTAGAATTAA 2 0 1 GAATTAAAACCGCTTTTTATAAACTGGAATTAAAACAAA 2 32 1 TTTTTAAAACCTCTTTAAAGCACTCATAATTT 5 3 0 TTTAAAATCATGCTTTAAAAGATTTAATATAAGGGTAA 5 44 1 TCTATCAAAACTCTTTATAATTTTCTTAAATTTTAAGCT 6 11 0 TTAAAAGATGCGTTTTAAAACTAATTTTAGGAGTATCC 6 60 1 TGTGTTGTAATGTTTTTAAGGTATAATAAACTCTTTTTA 7 33 1 GTATAATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCAATAAAGTTTGC 7 53 1 AATAATATTGAGTTTTATAGAAAAAAGAAATATAGCATG 8 120 0 CCTTGTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAATGACCCTTTA 10 23 1 TGCTATGATAATCGTTTAAAAGTAATAAAATAACTCTTT 10 70 0 AACAAACTGAATTTTTTTACAAATAAGAACGCTCATTGA 10 109 1 TTAAATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCAAAGCGTCTCTAA 10 236 0 AGTGCTTCTCCTTTTAAGATTGCATTTAAATTAGGCTCT 10 261 0 ******* * ** MAP Score: 14.8814 Motif 6 AAAAGAAATGCAAGAATTTTAGCTATGATAAGCGT 0 48 1 AGCGTTTTAAAAACAAACGAATTTTAATCAAAATG 0 78 1 ACTAGAATTAAAACCGCTTTTTATAAACTGGAATT 2 28 1 ACTGGAATTAAAACAAATTAAGCTATAATGATACA 2 54 1 CCAATAATCTAAAGATGTTAGGGTAAAATAACATT 4 17 1 CCGAAGCAACCAACACGCTTTTGTTGTCAAAATGT 4 47 0 TATTCTATCAAAACTCTTTATAATTTTCTTAAATT 6 18 0 CTTGACTTAAAAAGAGTTTATTATACCTTAAAAAC 7 44 0 ACAAATCGCTAAAGCCTCTAAATTAATTGAATGAA 8 48 0 AATCGTTATTAAACATGCTATATTTCTTTTTTCTA 8 107 1 AATCAATATCAAACAGACTTACATTCTAGCGCAAA 9 29 0 TTATCATAGCAAACAAACTGAATTTTTTTACAAAT 10 98 1 ATTTTAATCAAAACATGCTATTATTTGGAACGATT 10 186 1 GGCTGTTTAAAAAGAGCCTAATTTAAATGCAATCT 10 249 1 TACAATAATCAAACATTCTAACATAAGGAGAATAA 13 40 1 ***** *** ** MAP Score: 12.9205 Motif 7 TCTTTGAGCATTTCTTGCATGATAGGGGGA 8 16 1 CATAGCTAAAATTCTTGCATTTCTTTTTGT 0 45 0 GGTTGCAAACTTTATTGCTTGACTTAAAAA 7 66 0 CGATTATTACTTTATTGCTTTATTTAGATA 8 82 0 AAAGTAGGTGTTCCTTGCATACAGTATTAC 12 36 0 CTCGTTAAGTTTTATTGAATGTGTTGTAAT 7 14 1 AAAACTCAATATTATTGAATAAAACTAGGG 8 143 1 TTTTTGTATCATTATAGCTTAATTTGTTTT 2 63 0 AAAGAGTTATTTTATTACTTTTAAACGATT 10 70 1 AGCCTCTAAATTAATTGAATGAAACTCCCC 8 41 0 TCTTTATAATTTTCTTAAATTTTAAGCTC 6 9 0 CGTTCTATCCTTGATTGTAATATTTT 4 102 0 ATCGTTCCAAATAATAGCATGTTTTGATTA 10 190 0 ATAATCAAACATTCTAACATAAGGAGAATA 13 44 1 TTTTTTAATCCTTAATTTAAGGGCG 11 8 0 ********** MAP Score: 11.3842 Motif 8 GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAATAACGCCATTATA 0 9 1 ATTTTAGCTATGATAAGCGTTTTAAAAACAAACGAA 0 63 1 CGAATTTTAATCAAAATGAGATTTAAGGGTTAAAGA 0 95 1 ATTCTAGTTTTCAAAAATTTAAAAAA 2 0 0 AAAACTAGAATTAAAACCGCTTTTTATAAACTGGAA 2 25 1 TAAGCTATAATGATACAAAAATTTAATTTTTTAGCC 2 72 1 GCTTTTGTTGTCAAAATGTTATTTTACCCTAACATC 4 30 0 GGGTTTGTTGTTATAGAAGTCTAAAATATTACAATC 4 80 1 TATGAGTGCTTTAAAGAGGTTTTAAAAATATTTAAA 5 14 1 TAAAAATATTTAAAATCATGCTTTAAAAGATTTAAT 5 36 1 TCAAAACTCTTTATAATTTTCTTAAATTTTAAGCTC 6 10 0 AAATTAGTTTTAAAACGCATCTTTTAAAAAAAGGTA 6 51 0 TTTTAAGGTATAATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCAA 7 46 1 AGCAATAAAGTAATAATCGTTATTAAACATGCTATA 8 93 1 CTTTCTTTTTTCAAACCATCCAATGACCCTTTATCG 10 29 1 TTTATCGCACTCAAAGAGTTATTTTATTACTTTTAA 10 58 1 TTGTTTGCTATGATAATCGTTTAAAAGTAATAAAAT 10 78 0 GTAATTTTAATCAAAACATGCTATTATTTGGAACGA 10 183 1 CGCCCTTAAATTAAGGATTAAAAAA 11 5 1 ACATACTAAATAAAACCATAGGATAAAAGC 13 4 0 * *** * ***** MAP Score: 8.42503 Motif 9 TGATAAGCGTTTTAAAAACAAACGAATTTTAATCAAAATGAGA 0 73 1 AACAAACGAATTTTAATCAAAATGAGATTTAAGGGTTAAAGA 0 89 1 ATAAACTGGAATTAAAACAAATTAAGCTATAATGATACAAAAA 2 50 1 TTATGAGTGCTTTAAAGAGGTTTTAAAAATATTTAAAATCATG 5 13 1 TTTAAAAATATTTAAAATCATGCTTTAAAAGATTTAATATAAG 5 34 1 GAATACCTTTTTTTAAAAGATGCGTTTTAAAACTAATTTTAGG 6 48 1 AAAGATGCGTTTTAAAACTAATTTTAGGAGTATCC 6 63 1 AATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCAATAAAGTTTGCAACCTG 7 57 1 GTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAATGACCCTTTATCGCACTC 10 27 1 GTCAAGGTAATTTTAATCAAAACATGCTATTATTTGGAACGAT 10 177 1 GCTTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAATTTAAATGCAATCTTAA 10 244 1 AAGAGCCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGCACT 10 260 1 *** ** * * * ** MAP Score: 6.66092 Motif 10 CTTTAAAGTGTAAAATAACGCCATTATAACA 0 17 1 GAATTTTAATCAAAATGAGATTTAAGGGTTA 0 96 1 TTCCAGTTTATAAAAAGCGGTTTTAATTCTA 2 30 0 GGAATTAAAACAAATTAAGCTATAATGATAC 2 57 1 AAATAACGCATAAAAAAAGAACGC 3 14 1 GATGTTAGGGTAAAATAACATTTTGACAACA 4 30 1 ACGCATCTTTTAAAAAAAGGTATTCTATCAA 6 42 0 TTGCTTGACTTAAAAAGAGTTTATTATACCT 7 51 0 TTGGATGGTTTGAAAAAAGAAAGACAAGGAT 10 21 0 TTAAAAGTAATAAAATAACTCTTTGAGTGCG 10 63 0 TTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAATTTAAAT 10 246 1 AATGCAATCTTAAAAGGAGAAGCACT 10 274 1 CGCCCTTAAATTAAGGATTAAAAAA 11 6 1 AATACCCCCCTAAAAGAACGAGATCAGTTAG 12 66 0 TATCTTATTATAATATAATACCCCCCTAAAA 12 82 0 TCAAACATTCTAACATAAGGAGAATAACAAT 13 48 1 ********* * MAP Score: 1.04034