AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons013_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246098
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0031	108	H. pylori predicted coding region HP0031
#1	HP0032	30	conserved hypothetical protein
#2	HP0263	111	adenine specific DNA methyltransferase (hpaim)
#3	HP0264	72	ATP-dependent protease binding subunit (clpB)
#4	HP0513	290	H. pylori predicted coding region HP0513
#5	HP0514	60	ribosomal protein L9 (rpl9)
#6	HP0795	111	trigger factor (tig)
#7	HP1376	171	(3R)-hydroxymyristoyl-(acyl carrier protein) dehydratase (fabZ)
#8	HP1378	300	competence lipoprotein (comL)
#9	HP1379	41	ATP-dependent protease (lon)

Motif 1
AGTTTTGGTATTATACCAAATAAACCCTAATGAC	0	65	0
CAAAATGGTTTTTGGCTAAATAAAGGCCATCTCA	2	29	0
TATAGCATTTATGGGGCAAAAAAAGTAGAATCTG	4	57	1
ATGCGGTAAAATCCGCTAAATCAAGGAGTGTTAT	4	112	1
TTAGGATTTTTTGAAGAAAATCAAAACAATCAAT	4	171	1
 AAACCCAACTTATTCAAAATAAAGAGTATAATT	5	9	1
TAATTCTAGTTTTCAAAAATTTAAAAAA      	6	4	0
TAAACTGGAATTAAAACAAATTAAGCTATAATGA	6	51	1
AGCTATAATGATACAAAAATTTAATTTTTTAGCC	6	74	1
GCATCGGTGTTTTTGCAAATACAAGCGAGCGGTT	7	59	1
GCGTTGGTTATTCTAAAAAAATAACCGCTATTAT	7	103	0
  CAAACAATTTTGGTAAAATCAATTTTCGCTAG	8	8	1
TAACCGAATCATTATAAAATATAATAAGGAGTTG	8	82	1
GAGTTGAGGAATGAGCAAAATAAAACCACAAATC	8	110	1
AAAACCACAAATCAAGAAAAATAATCCCAGTAAA	8	131	1
GTCAGCACCATTTCTCCAAATCAAGCCCAGCCGC	8	198	0
AATAAGAAAGATAAGAAAAAATAACCATGAGTTA	8	245	1
ACCATGAGTTATTCAAAAATTTAACTTTATAAGA	8	268	1
          **  * ***** **
MAP Score: 21.0424

Motif 2
TTTATTTGGTATAATACCAAAACTTCATTTAAGGTTG	0	75	1
AATTTATTAGAAGATTTAAAAAGGCTTTT        	2	92	1
          GCGTTTTAAAAACCTTTGAGGGTTAAA	3	0	1
TAAAATAGTAAAGATTTTAAAACTCAAAAAGGATTGA	3	43	1
TACCGCATGCATCTTAATAAAACTTGATACAGATTCT	4	83	0
TTATGGGATGATATTATAAAAATTGGTGGGAATGATA	4	261	1
TTTTAATTCTAGTTTTCAAAAATTTAAAAAA      	6	4	0
TTTTAATTCCAGTTTATAAAAAGCGGTTTTAATTCTA	6	30	0
TTAAGCTATAATGATACAAAAATTTAATTTTTTAGCC	6	71	1
CCGCTATTATACCATAAGAAAACCGCTCGCTTGTATT	7	76	0
TTTAGCGTTGGTTATTCTAAAAAAATAACCGCTATTA	7	104	0
GCGAAAATTGATTTTACCAAAATTGTTTG        	8	2	0
GTTTAACCGAATCATTATAAAATATAATAAGGAGTTG	8	79	1
GGGAATAAGAAAGATAAGAAAAAATAACCATGAGTTA	8	242	1
ATAACCATGAGTTATTCAAAAATTTAACTTTATAAGA	8	265	1
          GATATTTCAAAACCATACACATTATAA	9	0	1
          *  **** ****    *
MAP Score: 14.9928

Motif 3
ATTAGGGTTTATTTGGTATAATACCAAAACTTC	0	68	1
TCAAAATGGTTTTTGGCTAAATAAAGGCCATCT	2	31	0
GAGGGTTAAAATAGTGTAAAATAGTAAAGATTT	3	27	1
TATAGCATTTATGGGGCAAAAAAAGTAGAATCT	4	57	1
ATTAAGATGCATGCGGTAAAATCCGCTAAATCA	4	102	1
ATTAGGATTTTTTGAAGAAAATCAAAACAATCA	4	170	1
TTTTTTAGCCATTAAGGAAAAAA          	6	98	1
AGCGGTTTTCTTATGGTATAATAGCGGTTATTT	7	86	1
GCGTTGGTTATTCTAAAAAAATAACCGCTATTA	7	104	0
   CAAACAATTTTGGTAAAATCAATTTTCGCT	8	7	1
TTTCGCTAGTTTTGGATATAATCCCAATAACTT	8	33	1
CCGAATCATTATAAAATATAATAAGGAGTTGAG	8	85	1
GGAGTTGAGGAATGAGCAAAATAAAACCACAAA	8	109	1
AAAACCACAAATCAAGAAAAATAATCCCAGTAA	8	131	1
AATAAGAAAGATAAGAAAAAATAACCATGAGTT	8	245	1
          **  ** ******
MAP Score: 11.2834

Motif 4
GCGAGATTGTAGCGCTTTATCTTTGAGCTTTC	0	28	1
TTTGATTGATAGGGGTGATTATAGCATTTATG	4	38	1
CGCTAAATCAAGGAGTGTTATTATGGAAGCAG	4	125	1
GTTTATAAAAAGCGGTTTTAATTCTAGTTTTC	6	24	0
    TGCATAAGCGGTTTCTATGCAAAGCGTT	7	6	1
GGCGCAATGCATCGGTGTTTTTGCAAATACAA	7	51	1
AATACAAGCGAGCGGTTTTCTTATGGTATAAT	7	76	1
ATGGTATAATAGCGGTTATTTTTTTAGAATAA	7	98	1
CGCTAAAAATAGCGCTTTAATTGAATCCAAAA	7	134	1
ATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT         	7	158	1
          ********  **
MAP Score: 11.1523

Motif 5
   CAAACAATTTTGGTAAAATCAATTTTCGC	8	7	1
TCAAAATGGTTTTTGGCTAAATAAAGGCCATC	2	32	0
TTCTTGAAGCTTATGGCGCAATGCATCGGTGT	7	37	1
ATTATAGCATTTATGGGGCAAAAAAAGTAGAA	4	55	1
GCTGGGCTTGATTTGGAGAAATGGTGCTGACA	8	201	1
AGCGGTTTTCTTATGGTATAATAGCGGTTATT	7	86	1
ATTAGGGTTTATTTGGTATAATACCAAAACTT	0	68	1
TGCTGACATTATTTGGTGGGAATAAGAAAGAT	8	225	1
AAACTCCTTGTTTTGGATTCAATTAAAGCGCT	7	144	0
ATGCGAACAATTATGGGATGATATTATAAAAA	4	251	1
CTATTAGGATTTTTTGAAGAAAATCAAAACAA	4	168	1
TTTTCGCTAGTTTTGGATATAATCCCAATAAC	8	32	1
 TTTTTTCCTTAATGGCTAAAAAATTAAATTT	6	90	0
GCCAAAAACCATTTTGATCAAAGCTCTAAAAT	2	47	1
AAAAATTAAATTTTTGTATCATTATAGCTTAA	6	71	0
ATATTATAAAAATTGGTGGGAATGATAAG   	4	271	1
CGCTCGCTTGTATTTGCAAAAACACCGATGCA	7	58	0
          ****** * ***
MAP Score: 10.7825

Motif 6
TTTAGCCAAAAACCATTTTGATCAAAGCTCT	2	43	1
       AAAAGCCTTTTTAAATCTTCTAAT	2	97	0
GCGTTTTAAAAACCTTTGAGGGTTAAAATAG	3	10	1
     TATCAATCCTTTTTGAGTTTTAAAAT	3	56	0
CTCAATTCATAACAATTAAAGGTGGTTA   	4	7	0
GGGTGATTATAGCATTTATGGGGCAAAAAAA	4	50	1
GAATAATGCGAACAATTATGGGATGATATTA	4	246	1
TTAATTTTTTAGCCATTAAGGAAAAAA    	6	94	1
        CAAACAATTTTGGTAAAATCAAT	8	2	1
CCAATAACTTAACCATGATGGAAGTTTAACC	8	56	1
          ******* ***
MAP Score: 7.3927

Motif 7
TGGAGCATGAATGAGATGGCCTTTATTTAGCCA	2	18	1
TTTAATTGTTATGAATTGAGTTTGATTGATAGG	4	18	1
ATATTATAAAAATTGGTGGGAATGATAAG    	4	271	1
TTTATTTTGAATAAGTTGGGTTT          	5	0	0
ACCGCTTTTTATAAACTGGAATTAAAACAAATT	6	40	1
ATCATGGTTAAGTTATTGGGATTATATCCAAAA	8	42	0
CTAAAATGAGATTTACTGGGATTATTTTTCTTG	8	143	0
TGCTGACATTATTTGGTGGGAATAAGAAAGATA	8	225	1
          ** ** **** **
MAP Score: 1.73181