AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons014_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246169
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0051	174	cytosine specific DNA methyltransferase (DDEM)
#1	HP0091	300	type II restriction enzyme R protein (hsdR)
#2	HP0261_HP0262	157	HP0261: H. pylori predicted coding region HP0261, HP0262: H. pylori predicted coding region HP0262
#3	HP0263	111	adenine specific DNA methyltransferase (hpaim)
#4	HP0588	184	ferrodoxin-like protein
#5	HP0592	96	type III restriction enzyme R protein (res)
#6	HP0593	73	adenine specific DNA methyltransferase (mod)
#7	HP1352	300	adenine specific DNA methyltransferase (HINFIM)
#8	HP1368	300	type IIS restriction enzyme M2 protein (mod)
#9	HP1370	300	type III restriction enzyme M protein (mod)

Motif 1
GAATTTATTAAAAAAGGCTTGCTACAATTTT	4	107	1
TAGAAGATTTAAAAAGGCTTTT         	3	99	1
GAGGAGTTTCAAAAACGCTTGATTAGAAACA	0	56	1
ATATTCTGCTTAAAAGTATTGCTAATGAATC	2	86	1
CATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAA	1	109	0
TGAATTGAGTAAAAAGTGTTTAGTATCTTCT	4	39	1
TTTTAAAGGCAAAAAGGCTGGCGGACAGGGA	1	92	0
GTAGCAGATATAAAAGGTTAGTTAATC    	7	283	1
AGCTTTGATCAAAATGGTTTTTGGCTAAATA	3	41	0
AAGATAACCTTAAAACGCTTGTGTTAAAATG	7	246	1
      CTATGAAAAGGTTTTCTAAAACTTC	8	4	1
GCCTAAACCCTATAAGGGTTGTAAAGCGCAA	1	240	1
GCTCATTACTAATAAGGTTTTTAGAAAAATT	9	262	0
AGGGCTTTAAAAAAAGGATCTAGCGAAGAGG	0	29	1
GTAAAATCTGTAAAAGGAGTGTCGTAAAAGG	1	171	0
CCCCCATGCAAAAAAAGATTTTTTTATTAGA	8	126	1
TAATAAATTCTAAAATGCTTTAATAGTAGGA	4	86	0
AGGAGTGTCGTAAAAGGAATGCTTAGAAACT	1	157	0
CGCTTGTGTTAAAATGGCTAGAGTAGCAGAT	7	261	1
AGGTTTTTAGAAAAATTTTTGCAATAACATA	9	248	0
CTAATTTTTCAAAAAATATTGAATACATACT	9	218	1
CCAAGCCAAAAAAATGGGTATCAACATTATC	6	20	1
CATTTCATTGTAAAATTCTTTCATGCAAAAC	8	247	1
CTCAAGTTCTAAAAAGGGGCT          	5	85	1
          ******* ***
MAP Score: 20.87

Motif 2
GCATAGAAAATTTATTAGAAGATTTAAAAA	3	84	1
AAAAGATTTTTTTATTAGAAGACGATTACC	8	138	1
ACTGACTCATTTTTTTAAAATACCCCCATT	8	221	1
CATTTTAGAATTTATTAAAAAAGGCTTGCT	4	100	1
TCTTGATAAATTTTTGAGAACTTGATTGTG	5	40	1
TAAAAACTTTTTGTTTAGAATGTATTAACG	1	118	1
ATGCTGCTAATTTTTCAAAAAATATTGAAT	9	212	1
TCAAAAACGCTTGATTAGAAACATTCTCAA	0	64	1
TTTGATGCATTTGATGAGAACAAAGCTAAA	7	205	1
ATTTTTACCTTTTATTAAACTTCAATGGGT	8	276	0
TTTTAGAGCTTTGATCAAAATGGTTTTTGG	3	48	0
CGCTAGATCCTTTTTTTAAAGCCCTATGAC	0	24	0
TAATCAAGCGTTTTTGAAACTCCTCTTCGC	0	51	0
CTCTAAACTCTTGTTTTGAATTGATTTTCT	5	13	1
    ATTTGATTTATCAAACGGCTCATTAC	9	284	0
ATTGCAAAAATTTTTCTAAAAACCTTATTA	9	254	1
ATTTCTAATGTTTTTGTAACGAACATGCTT	7	77	1
AAATTTCATTTTTATTATAAGCTTGTTTCA	2	47	0
          **********
MAP Score: 15.1

Motif 3
TTACGACACTCCTTTTACAGATTTTACAAATACAAATTTT	1	175	1
    AAAAGCCTTTTTAAATCTTCTAATAAATTTTCTATG	3	85	0
ACTATTAAAGCATTTTAGAATTTATTAAAAAAGGCTTGCT	4	90	1
          CTATGAAAAGGTTTTCTAAAACTTCATAAA	8	0	1
ACATAGTATGTATTCAATATTTTTTGAAAAATTAGCAGCA	9	213	0
CATACTATGTTATTGCAAAAATTTTTCTAAAAACCTTATT	9	243	1
AAGTAAGCCCCATTTCTAATGTTTTTGTAACGAACATGCT	7	66	1
  GTCTAGCCCTTTGATTAAATTCTTTCAATATTATTTTA	2	129	0
GAATTGATTTTCTTGATAAATTTTTGAGAACTTGATTGTG	5	30	1
AATTTCATTTTTATTATAAGCTTGTTTCAAACACCAGCCA	2	36	0
        TCTTATTTTTACCTTTTATTAAACTTCAATGG	8	278	0
ATTAAGATAACCTTAAAACGCTTGTGTTAAAATGGCTAGA	7	243	1
ACACCAGCCATTATCAAAATTTTGTATTATAATTTG    	2	6	0
GCCTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTGTTTAGAATGTATTA	1	105	1
TACCCCCATTTCATTGTAAAATTCTTTCATGCAAAACCCA	8	241	1
AAATAGGTGGGGATAGATAGCTTCTATCATTTGATGCATT	7	161	1
GCAATCAAAATTTGCCTAAAATTGTAGCAAGCCTTTTTTA	4	115	0
          * **  * *  ** *   **
MAP Score: 13.3507

Motif 4
TCATAGGGCTTTAAAAAAAGGATCTAGCGAAG	0	25	1
GAAGAGGAGTTTCAAAAACGCTTGATTAGAAA	0	53	1
AAATCATCGGTTTCAAAACGCAATTGCGCAAA	0	116	0
AAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAAGGCTGG	1	102	0
CCTATAAGGGTTGTAAAGCGCAAAAAATATAT	1	248	1
ATACAAAATTTTGATAATGGCTGGTGTTTGAA	2	19	1
TGGCTGGTGTTTGAAACAAGCTTATAATAAAA	2	36	1
AAAAACCATTTTGATCAAAGCTCTAAAATCAA	3	50	1
TATTAGAAGATTTAAAAAGGCTTTT       	3	96	1
TTTTAATAAATTCTAAAATGCTTTAATAGTAG	4	88	0
TTAGAATTTATTAAAAAAGGCTTGCTACAATT	4	104	1
ATTCTCCTTTGTGCTAAAAGCTGCATTTAAAG	4	160	0
ATAACTCAAGTTCTAAAAAGGGGCT       	5	81	1
TGTTGTATCGTTTAAAATAGGTGGGGATAGAT	7	147	1
AAACGCTTGTGTTAAAATGGCTAGAGTAGCAG	7	258	1
CCATTGAAGTTTAATAAAAGGTAAAAATAAGA	8	278	1
AACAGGCTTATTTAAAAGTGCTCATGGACGAA	9	108	1
          ** ***** ***
MAP Score: 13.0728

Motif 5
GGTTTCAGCCAACTCACCCACCTGTCCTCA   	1	7	0
ATTCAAAAGAAAAAACGCCCCATTTACCTTAAT	4	11	0
GCCAGCAAGAAAATAACCCTCTTTTTGAC    	6	54	1
AGAGGCTCTAAAGTAAGCCCCATTTCTAATGTT	7	56	1
GAAGTATTATAACAAAGCCCGCTCATTAAGCGC	8	86	1
ATTAAGCGCTACAATACCCCCATGCAAAAAAAG	8	110	1
TCATTTTTTTAAAATACCCCCATTTCATTGTAA	8	227	1
AATGCTCACAAACATCGCACCTTTATCATTCAA	9	65	0
GAGCACTTTTAAATAAGCCTGTTCGTTGTCATC	9	98	0
CAAAGTTATCACCCCCCCCCCATTAAACACTTC	9	137	0
          ***  ****** *
MAP Score: 6.02539

Motif 6
CTTTATTGCGATTGAGAATGTTTCTAATCAAGC	0	72	0
ATGGAGCATGAATGAGATGGCCTTTATTTAGCC	3	17	1
TAGAGCTTTGATCAAAATGGTTTTTGGCTAAAT	3	42	0
TATTAGAAGATTTAAAAAGGCTTTT        	3	96	1
GCAAATTTTGATTGCTAGGGCTTTAAATGCAGC	4	140	1
ATGTTTTTGTAACGAACATGCTTTGCGATTTGC	7	84	1
TAAACGATACAACAAAAACGCATAACTCCCCGA	7	128	0
AAATGCATCAAATGCAAATGCATCAAATGATAG	7	184	0
TAGCCATTTTAACACAAGCGTTTTAAGGTTATC	7	248	0
         CTATGAAAAGGTTTTCTAAAACTT	8	1	1
TGTAGCGCTTAATGAGCGGGCTTTGTTATAATA	8	90	0
CAAACTCCTTAACGCTCTCGCTTAAAAGGTAAT	8	162	0
CATTGATGACAACGAACAGGCTTATTTAAAAGT	9	94	1
TTTTTAACTGAATGAAATTGTTTCCAACTAATA	9	177	0
AAATTTTTGCAATAACATAGTATGTATTCAATA	9	234	0
          ***** *  ****
MAP Score: 5.16501

Motif 7
AAAAGGATCTAGCGAAGAGGAGTTTCAAAAACGCTTG	0	40	1
ATCGTCATGGAGCATGAATGAGATGGCCTTTATTTAG	3	11	1
TGCAGCTTTTAGCACAAAGGAGAATGA          	4	167	1
TAGAGCCTCTATCGCAAATGAGAGCGAGATTAGGCAA	7	29	0
TTTAAGCGAGAGCGTTAAGGAGTTTGACTCATTGAAA	8	169	1
GATGTTTGTGAGCATTGATGACAACGAACAGGCTTAT	9	82	1
ATAACTTTGTAGCGAGTATTAGTTGGAAACAATTTCA	9	161	1
          ****   * ***   **
MAP Score: 4.20451