AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons014_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246189 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0051 174 cytosine specific DNA methyltransferase (DDEM) #1 HP0052 194 H. pylori predicted coding region HP0052 #2 HP0054 37 adenine/cytosine DNA methyltransferase #3 HP0055 26 proline permease (putP) #4 HP0056 300 delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase #5 HP0091 300 type II restriction enzyme R protein (hsdR) #6 HP0261_HP0262 157 HP0261: H. pylori predicted coding region HP0261, HP0262: H. pylori predicted coding region HP0262 #7 HP0263 111 adenine specific DNA methyltransferase (hpaim) #8 HP0588 184 ferrodoxin-like protein #9 HP0592 96 type III restriction enzyme R protein (res) #10 HP0593 73 adenine specific DNA methyltransferase (mod) #11 HP1352 300 adenine specific DNA methyltransferase (HINFIM) #12 HP1368 300 type IIS restriction enzyme M2 protein (mod) #13 HP1370 300 type III restriction enzyme M protein (mod) Motif 1 TGTTCATAGCATTCTAAAACCTTTAAACAAAAAC 1 77 1 TTATTAGAAGATTTAAAAAGGCTTTT 7 95 1 TTTTTAATAAATTCTAAAATGCTTTAATAGTAGG 8 87 0 TTTAGAATTTATTAAAAAAGGCTTGCTACAATTT 8 103 1 TTTATGAAGTTTTAGAAAACCTTTTCATAG 12 6 0 TGCAAAAATTTTTCTAAAAACCTTATTAGTAATG 13 256 1 CGAAGAGGAGTTTCAAAAACGCTTGATTAGAAAC 0 52 1 AACCTTTTATTTTTTAAAAGGATTATAAGATAGC 1 119 0 AAATCCGTTTAATTTAAAATCGTTTCGTTCAATG 4 20 1 CAAAATTTAAAATTAAAAAACATTACCAATAAAT 4 209 1 CGCATCGTGTAATTTAAAACCATTGAACGAAACG 4 40 0 CCCCCATTTCATTGTAAAATTCTTTCATGCAAAA 12 243 1 TCGTCTTCTAATAAAAAAATCTTTTTTTGCATGG 12 129 0 AAGCATGTTCGTTACAAAAACATTAGAAATGGGG 11 73 0 GCTGCTAATTTTTCAAAAAATATTGAATACATAC 13 214 1 AAATATATAATAAAGAAAAACATTAAAGCGGAGC 5 272 1 TAATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAA 5 111 0 ATGCGTGATAAACTCAAAAAGGTTGGAATGAGAA 4 159 1 AATTTTTTGTAAATCCGTTTAATTTAAAA 4 5 1 AAAATTTGTATTTGTAAAATCTGTAAAAGGAGTG 5 181 0 *** **** * ** MAP Score: 23.759 Motif 2 TTTAAAAACTTTTTGTTTAGAATGTATTAACG 5 116 1 AAAAAAGATTTTTTTATTAGAAGACGATTACC 12 136 1 TTAAATTTCATTTTTATTATAAGCTTGTTTCA 6 47 0 GCTTCGTTCGTTTTCATTATAACGCTCCTTAA 12 45 1 TTTGAATTGATTTTCTTGATAAATTTTTGAGA 9 27 1 ATGGGGCGTTTTTTCTTTTGAATTGAGTAAAA 8 21 1 TATCTTCTCATTTTAATTTTAAGTTCCTACTA 8 62 1 TGGTAATGTTTTTTAATTTTAAATTTTGTTCT 4 205 0 TTCAATATTATTTTAGTGAAAATATATGATTC 6 112 0 TTATCAAAATTTTGTATTATAATTTG 6 4 0 ATGATAAGAATTTGAGTGATAATTTGTATTGT 4 118 0 CGCGCAAGCTTTTGAATGATAAAGGTGCGATG 13 54 1 CGCTCATTAGTTTTTGTTTAAAGGTTTTAGAA 1 88 0 TGCTTTGCGATTTGCATGTGAATGGATCGGGG 11 102 1 CATTTGATGCATTTGATGAGAACAAAGCTAAA 11 203 1 CGCCAGCCTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTGT 5 100 1 TGACTGACTCATTTTTTTAAAATACCCCCATT 12 219 1 GCTTTAATGTTTTTCTTTATTATATATTTTTT 5 269 0 TGTATTCAATATTTTTTGAAAAATTAGCAGCA 13 213 0 AACAATAACCTTTTATTTTTTAAAAGGATTAT 1 127 0 AATTTTTTGTAAATCCGTTTAAT 4 1 1 **** ****** MAP Score: 20.8471 Motif 3 TAGCATTCTAAAACCTTTAAACAAAAACTAATGAGC 1 83 1 GTGTAATTTAAAACCATTGAACGAAACGATTTTAAA 4 32 0 AATAATATTGAAAGAATTTAATCAAAGGGCTAGAC 6 132 1 CAATCAAGTCAAATTCTTAAATAAAAGGTAAGCTC 4 275 1 CAAATTATAATACAAAATTTTGATAAT 6 1 1 CACCTATTTTAAACGATACAACAAAAACGCATAACT 11 134 0 CCGCTAGAACAAAATTTAAAATTAAAAAACATTACC 4 200 1 CAAGTTCTCAAAAATTTATCAAGAAAATCAATTCAA 9 28 0 TAAAATTAAAAAACATTACCAATAAATGAGACTTAA 4 216 1 AAAAACATAGGAAGTATTATAACAAAGCCCGCTCAT 12 76 1 AAGGGGATTAAGGATTAAACCAAATTCATTTGAA 2 13 0 TTGCATGAAAGAATTTTACAATGAAATGGGGGTATT 12 239 0 ATTTTAAATTAAACGGATTTACAAAAAATT 4 4 0 CTATGAAAAGGTTTTCTAAAACTTCATAAAA 12 5 1 ATGTTATTGCAAAAATTTTTCTAAAAACCTTATTAG 13 249 1 AAAGGTTTTAGAATGCTATGAACAAAGCATGGCTTA 1 65 0 CGCTATCTTATAATCCTTTTAAAAAATAAAAGGTTA 1 118 1 AAAGCCTTTTTAAATCTTCTAATAAATTTTCTATGC 7 84 0 GTAAAGCGCAAAAAATATATAATAAAGAAAAACATT 5 260 1 CTAATGAATCATATATTTTCACTAAAATAATATTGA 6 107 1 TGATGAGAACAAAGCTAAAGATTAAACATTAAGATA 11 216 1 GATAACCTTAAAACGCTTGTGTTAAAATGGCTAGAG 11 248 1 TGCGAATGTTATAATTTATTATTAAACGAAAAGTAA 4 70 1 *** ** ** *** MAP Score: 20.4499 Motif 4 TAAAAACTTTTTGTTTAGAATGTATTAACG 5 118 1 ACTGACTCATTTTTTTAAAATACCCCCATT 12 221 1 TAACCTTTTATTTTTTAAAAGGATTATAAG 1 124 0 ATTCTTATCATTGTGTAAAAATGCGTGATA 4 139 1 TATTCAATATTTTTTGAAAAATTAGCAGCA 13 213 0 CTCTAAACTCTTGTTTTGAATTGATTTTCT 9 13 1 CGCTAGATCCTTTTTTTAAAGCCCTATGAC 0 24 0 TCAAAAACGCTTGATTAGAAACATTCTCAA 0 64 1 CATTTTAGAATTTATTAAAAAAGGCTTGCT 8 100 1 TCTTGATAAATTTTTGAGAACTTGATTGTG 9 40 1 CTTAAAACGCTTGTGTTAAAATGGCTAGAG 11 254 1 AATTTTTTGTAAATCCGTTTAAT 4 3 1 GCATAGAAAATTTATTAGAAGATTTAAAAA 7 84 1 AAAAGATTTTTTTATTAGAAGACGATTACC 12 138 1 TTTGATGCATTTGATGAGAACAAAGCTAAA 11 205 1 TTCTTTTGAATTGAGTAAAAAGTGTTTAGT 8 33 1 ATATTGTATTAAATAAGGAGATC 3 3 1 TTTTATGAAGTTTTAGAAAACCTTTTCATA 12 11 0 CTAATAAGGTTTTTAGAAAAATTTTTGCAA 13 255 0 TTTTAGAGCTTTGATCAAAATGGTTTTTGG 7 48 0 TATTTTTACCTTTTATTAAACTTCAATGGG 12 277 0 TCATTAGTTTTTGTTTAAAGGTTTTAGAAT 1 87 0 ACGAACAGGCTTATTTAAAAGTGCTCATGG 13 105 1 TAAGTTTTATTGAAACTGGCTATA 1 4 1 TCATTCTCCTTTGTGCTAAAAGCTGCATTT 8 164 0 TTCAATATTATTTTAGTGAAAATATATGAT 6 114 0 ********** MAP Score: 18.6028 Motif 5 TCATAGGGCTTTAAAAAAAGGATCTAGCGAAGAGGAGTTTC 0 25 1 GAAGAGGAGTTTCAAAAACGCTTGATTAGAAACATTCTCAA 0 53 1 AATCATCGGTTTCAAAACGCAATTGCGCAAACTCTAAATTG 0 106 0 GTTCATAGCATTCTAAAACCTTTAAACAAAAACTAATGAGC 1 78 1 AATTTTTTGTAAATCCGTTTAATTTAAAATCGTTTCGT 4 7 1 AAATTTAAAATTAAAAAACATTACCAATAAATGAGACTTAA 4 211 1 ATAAATGAGACTTAAAGCCACCCGCTTAAAACATGCTACAA 4 237 1 CTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTGTTTAGAATGTATTAACG 5 107 1 TTTGTAAAATCTGTAAAAGGAGTGTCGTAAAAGGAATGCTT 5 164 0 TTCACCCAACCTAAAAATTTGTATTTGTAAAATCTGTAAAA 5 187 0 TGGCTGGTGTTTGAAACAAGCTTATAATAAAAATGAAATTT 6 36 1 TTAGCAATACTTTTAAGCAGAATATCTAAAATTTAAATTTC 6 70 0 TATATTTTCACTAAAATAATATTGAAAGAATTTAATCAAAG 6 118 1 CTTTATTTAGCCAAAAACCATTTTGATCAAAGCTCTAAAAT 7 38 1 GATCAAAGCTCTAAAATCAAGAGCATAGAAAATTTATTAGA 7 62 1 CTCATTTTAATTTTAAGTTCCTACTATTAAAGCATTTTAGA 8 68 1 TTAGAATTTATTAAAAAAGGCTTGCTACAATTTTAGGCAAA 8 104 1 AAAAGCTGCATTTAAAGCCCTAGCAATCAAAATTTGCCTAA 8 136 0 CAATCAAGTTCTCAAAAATTTATCAAGAAAATCAATTCAAA 9 27 0 CAGATAAAAACCAAGCCAAAAAAATGGGTATCAA 10 3 1 TCCCCACCTATTTTAAACGATACAACAAAAACGCATAACTC 11 133 0 TTAAGATAACCTTAAAACGCTTGTGTTAAAATGGCTAGAGT 11 244 1 ** ***** *** MAP Score: 5.49234 Motif 6 CGCTAGATCCTTTTTTTAAAGCCCTATGACAAGTA 0 19 0 TAAGTTTTATTGAAACTGGCTATAAAAACCC 1 6 1 CTCATTAGTTTTTGTTTAAAGGTTTTAGAATGCTA 1 83 0 TAACCTTTTATTTTTTAAAAGGATTATAAGATAGC 1 119 0 AATTTTTTGTAAATCCGTTTAATTTAAA 4 3 1 TAAATCCGTTTAATTTAAAATCGTTTCGTTCAATG 4 19 1 TTCTTATCATTGTGTAAAAATGCGTGATAAACTCA 4 140 1 TAAAGCCACCCGCTTAAAACATGCTACAATCAAGT 4 249 1 GTGGGTGAGTTGGCTGAAACCACATCCCTGCTAAG 5 19 1 CCAGCCTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTGTTTAGA 5 102 1 GTAAAAGGAGTGTCGTAAAAGGAATGCTTAGAAAC 5 158 0 TAATGGCTGGTGTTTGAAACAAGCTTATAATAAAA 6 33 1 CAATATTATTTTAGTGAAAATATATGATTCATTAG 6 107 0 TTTTAGAGCTTTGATCAAAATGGTTTTTGGCTAAA 7 43 0 TCTTTTGAATTGAGTAAAAAGTGTTTAGTATCTTC 8 34 1 CATTTTAGAATTTATTAAAAAAGGCTTGCTACAAT 8 100 1 TGCTAAAAGCTGCATTTAAAGCCCTAGCAATCAAA 8 146 0 TGGCTCTAAACTCTTGTTTTGAATT 9 0 1 TTTTGTTGTATCGTTTAAAATAGGTGGGGATAGAT 11 144 1 TTAAAACGCTTGTGTTAAAATGGCTAGAGTAGCAG 11 255 1 AAATTTTCAATGAGTCAAACTCCTTAACGCTCTCG 12 175 0 TAAAATTCTTTCATGCAAAACCCATTGAAGTTTAA 12 257 1 TGGCTCTCTATGATGGAAAACCGCTTGGAGCTTGC 13 20 1 ACGAACAGGCTTATTTAAAAGTGCTCATGGACGAA 13 105 1 ACAATTTCATTCAGTTAAAAATGATGCTGCTAATT 13 189 1 ATGCTGCTAATTTTTCAAAAAATATTGAATACATA 13 212 1 ATTGCAAAAATTTTTCTAAAAACCTTATTAGTAAT 13 254 1 ** ****** * * MAP Score: 5.17471 Motif 7 TTTCTAATCAAGCGTTTTTGAAACTCCTCTTCG 0 52 0 ACGATCAATAAGCGTTGAAAAATCATCGGTTTC 0 134 0 TTCAAGCTTTCACAAATACGATCAATA 0 157 0 CTATCTTATAATCCTTTTAAAAAATAAAAGGTT 1 120 1 CCTGTCCGCCAGCCTTTTTGCCTTTAAAAACTT 5 94 1 TTCAAACACCAGCCATTATCAAAATTTTGTATT 6 18 0 GTTTGAAACAAGCTTATAATAAAAATGAAATTT 6 44 1 AAAAGCCTTTTTAAATCTTCTAATAA 7 95 0 CTACTATTAAAGCATTTTAGAATTTATTAAAAA 8 88 1 AATTGTAGCAAGCCTTTTTTAATAAATTCTAAA 8 103 0 CTTTAAATGCAGCTTTTAGCACAAAGGAGAATG 8 160 1 GATGTTTGTGAGCATTGATGACAACGAACAGGC 13 82 1 TTCGTCCATGAGCACTTTTAAATAAGCCTGTTC 13 107 0 *** **** *** MAP Score: 4.65809 Motif 8 TTGTCATAGGGCTTTAAAAAAAGGATCTAGCG 0 22 1 CATTCTAAAACCTTTAAACAAAAACTAATGAG 1 86 1 ATCTTATAATCCTTTTAAAAAATAAAAGGTTA 1 122 1 GGGTCAATAGCGTTAAAAAGCAAGAAACAAGC 1 159 0 CGCTATTGACCCTTTTAATTTAGGG 1 179 1 AGCCTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTGTTTAG 5 104 1 TCTAAGCATTCCTTTTACGACACTCCTTTTAC 5 161 1 TTACGACACTCCTTTTACAGATTTTACAAATA 5 175 1 TTTGAAACAAGCTTATAATAAAAATGAAATTT 6 45 1 TAGATATTCTGCTTAAAAGTATTGCTAATGAA 6 83 1 TTTGATCAAAGCTCTAAAATCAAGAGCATAGA 7 59 1 CCTTTTTAAATCTTCTAATAAATTTTCTATGC 7 84 0 ATTCTAAAATGCTTTAATAGTAGGAACTTAAA 8 79 0 GATTGCTAGGGCTTTAAATGCAGCTTTTAGCA 8 149 1 TGGCTCTAAACTCTTGTTTTGAAT 9 2 1 TGCGATAGAGGCTCTAAAGTAAGCCCCATTTC 11 50 1 ATTAAGATAACCTTAAAACGCTTGTGTTAAAA 11 243 1 TTATAACGCTCCTTAAAAAACATAGGAAGTAT 12 61 1 TAACGCTCTCGCTTAAAAGGTAATCGTCTTCT 12 154 0 CTTATTTTTACCTTTTATTAAACTTCAATGGG 12 277 0 GTCCATGAGCACTTTTAAATAAGCCTGTTCGT 13 105 0 ******** ** MAP Score: 2.90515