AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HP/HP_operons015_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246231
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HP0049	51	H. pylori predicted coding region HP0049
#1	HP0051	174	cytosine specific DNA methyltransferase (DDEM)
#2	HP0068	28	urease accessory protein (ureG)
#3	HP0069	22	urease accessory protein (ureF)
#4	HP0071	192	urease accessory protein (ureI)
#5	HP0073	300	urease alpha subunit (ureA) (urea amidohydrolase)
#6	HP0900	108	hydrogenase expression/formation protein (hypB)

Motif 1
AATATCCTTTTAAATAACTATAACACAATC	0	27	0
GGCTTTAAAAAAAGGATCTAGCGAAGAGGA	1	31	1
          AAAAGAAATAGAAAAATAAC	3	0	1
AAGAAATAGAAAAATAACAA          	3	12	1
AATTTTTTGATAAACAAAAAATCAGAGAGC	4	50	0
ACAAAAAATAAAAACAAAAAAAGCCCCCAA	4	78	0
GAGCTAATCATAAAGAAAAATAGTAAATTG	4	108	0
ATGATTAGCTCAAGCAACAAAAGTTATTCG	4	127	1
CTTTTCCTTCCAAACAAAAATTTTTACAAC	4	169	0
TTAGAATTTATAAAGATCAAAAACTCGCAA	5	90	0
TATAGCGCTTCAAAGATATAACACTAATTC	5	152	1
GTTATGTCTTCAAGGAAAAACACTTTAAGA	5	267	1
AAATCAGCCAAAAAGATAAAAAAAGTCGCT	6	28	1
ATTTTAAAAGAAAGGAACAAC         	6	97	1
          **********
MAP Score: 15.9528

Motif 2
        TCAAAATATCCTTTTAAATAACTATAACACAA	0	29	0
ATCCTTTTTTTAAAGCCCTATGACAAGTAGGGCAAAGT  	1	8	0
GGGCTTTAAAAAAAGGATCTAGCGAAGAGGAGTTTCAAAA	1	30	1
CAAGCTTTCACAAATACGATCAATAAGCGTTGAAAAATCA	1	142	0
          AAAAGAAATAGAAAAATAACAA        	3	0	1
CAGAGAGCTAAAAACTAAGGATTTAAGGAGCGTTGCTCCT	4	18	0
AAATTGACAAAAAATAAAAACAAAAAAAGCCCCCAATTTT	4	74	0
CTTCCAAACAAAAATTTTTACAACAAACGCACCTTACGAA	4	153	0
AATGAGAATTAAAATTGGAGTGATAATGGTGGCCACGACT	5	47	0
ATAAAGATCAAAAACTCGCAAAAAAATGAGAATTAAAATT	5	71	0
GAAGCGCTATAAAATCGTTATTAGAAGTGCGTTTAATACC	5	123	0
CTTAGTAAATCAAAACATTGCTACAATTACATCCAACCTT	5	221	1
GTCTTCAAGGAAAAACACTTTAAGAATAGGAGAATAAG  	5	272	1
TTTCTGATCTAAAAAATCAGCCAAAAAGATAAAAAAAGTC	6	15	1
CCAAAAAGATAAAAAAAGTCGCTAAATCATAGTCGTTTAA	6	35	1
          ****        * *** **
MAP Score: 13.6813

Motif 3
AACCGATGATTTTTCAACGCTTATTGATCGTATTT	1	136	1
ATCACTCCAATTTTAATTCTCATTTTTTTGCGAGT	5	63	1
CACTAATTCATTTTAAATAATAATTAGTTAATGAA	5	173	1
         ATTTTAATCTCAAATTGAAAGGAATT	2	1	1
TCTTTATAAATTCTAAAGGGGTATTAAACGCACTT	5	104	1
TTAAACGCACTTCTAATAACGATTTTATAGCGCTT	5	127	1
TATTCTCCTATTCTTAAAGTGTTTTTCCTTGAAGA	5	273	0
CAAAATATCCTTTTAAATAACTATAACACAATCTC	0	25	0
ATTAGAAACATTCTCAATCGCAATAAAGACAATTT	1	77	1
ATTTAGCGACTTTTTTTATCTTTTTGGCTGATTTT	6	27	0
   TTGTTATTTTTCTATTTCTTTT          	3	0	0
TGGGGGCTTTTTTTGTTTTTATTTTTTGTCAATTT	4	79	1
TAGATCCTTTTTTTAAAGCCCTATGACAAGTAGGG	1	16	0
 GTTGTTCCTTTCTTTTAAAATTTTCGTATCGTAG	6	84	0
AATTTACTATTTTTCTTTATGATTAGCTCAAGCAA	4	109	1
TTTTGCGAGTTTTTGATCTTTATAAATTCTAAAGG	5	88	1
GCCCCCAATTTTTTGATAAACAAAAAATCAGAGAG	4	51	0
    GCGGATTTCTGATCTAAAAAATCAGCCAAAA	6	6	1
TGTAGCAATGTTTTGATTTACTAAGATTAACAGAA	5	211	0
          **** **    ****
MAP Score: 11.6203

Motif 4
          AAACGCTATTTGAATGAGAT	0	0	1
GTTTCTAATCAAGCGTTTTTGAAACTCCTC	1	56	0
AAACATTCTCAATCGCAATAAAGACAATTT	1	82	1
ATCGGTTTCAAAACGCAATTGCGCAAACTC	1	113	0
GATGATTTTTCAACGCTTATTGATCGTATT	1	140	1
TTTTTAGGAGCAACGCTCCTTAAATCCTTA	4	13	1
TTTTTACAACAAACGCACCTTACGAATAAC	4	149	0
AAGGGGTATTAAACGCACTTCTAATAACGA	5	119	1
AGCGCTATAAAATCGTTATTAGAAGTGCGT	5	131	0
TATATCTTTGAAGCGCTATAAAATCGTTAT	5	142	0
AGATTAACAGAAGCGTTCATTAACTAATTA	5	193	0
TTTCGTATCGTAGCGCACTTAATTAAACGA	6	67	0
          **********
MAP Score: 9.65639

Motif 5
TAGATCCTTTTTTTAAAGCCCTATGACAAGTAG	1	18	0
GAAGAGGAGTTTCAAAAACGCTTGATTAGAAAC	1	53	1
AAATCATCGGTTTCAAAACGCAATTGCGCAAAC	1	115	0
AAACCGATGATTTTTCAACGCTTATTGATCGTA	1	135	1
ATTGATCGTATTTGTGAAAGCTTGAA       	1	158	1
TAGAAGTGCGTTTAATACCCCTTTAGAATTTAT	5	109	0
CTAATAACGATTTTATAGCGCTTCAAAGATATA	5	139	1
TAATAATTAGTTAATGAACGCTTCTGTTAATCT	5	190	1
          *** * * *****
MAP Score: 8.40527

Motif 6
TATAACACAATCTCATTCAAATAGCGTTT    	0	6	0
GATTGTGTTATAGTTATTTAAAAGGATATTTTG	0	27	1
CTTCGCTAGATCCTTTTTTTAAAGCCCTATGAC	1	24	0
GTTTGCGCAATTGCGTTTTGAAACCGATGATTT	1	115	1
         TTGTTATTTTTCTATTTCTTTT  	3	8	0
CTCTCTGATTTTTTGTTTATCAAAAAATTGGGG	4	51	1
TGGGGGCTTTTTTTGTTTTTATTTTTTGTCAAT	4	79	1
TTTTATTTTTTGTCAATTTACTATTTTTCTTTA	4	95	1
ACCATTATCACTCCAATTTTAATTCTCATTTTT	5	57	1
TGCGAGTTTTTGATCTTTATAAATTCTAAAGGG	5	91	1
GCACTTCTAATAACGATTTTATAGCGCTTCAAA	5	133	1
CATTAACTAATTATTATTTAAAATGAATTAGTG	5	173	0
TGTAGCAATGTTTTGATTTACTAAGATTAACAG	5	213	0
   CTTATTCTCCTATTCTTAAAGTGTTTTTCC	5	280	0
    GCGGATTTCTGATCTAAAAAATCAGCCAA	6	6	1
   GTTGTTCCTTTCTTTTAAAATTTTCGTATC	6	88	0
          *  * ********
MAP Score: 0.732147