AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons015_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246246 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0049 51 H. pylori predicted coding region HP0049 #1 HP0051 174 cytosine specific DNA methyltransferase (DDEM) #2 HP0052 194 H. pylori predicted coding region HP0052 #3 HP0054 37 adenine/cytosine DNA methyltransferase #4 HP0055 26 proline permease (putP) #5 HP0056 300 delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase #6 HP0068 28 urease accessory protein (ureG) #7 HP0069 22 urease accessory protein (ureF) #8 HP0071 192 urease accessory protein (ureI) #9 HP0073 300 urease alpha subunit (ureA) (urea amidohydrolase) #10 HP0900 108 hydrogenase expression/formation protein (hypB) #11 HP0902 300 H. pylori predicted coding region HP0902 Motif 1 TAAAAGGGTCAATAGCGTTAAAAAGCAAGAAACAAGCAACA 2 155 0 AGCTTTCTTAAATTAAGTTCTAAATTAAGAAAATATCACAC 11 257 1 AAGAATTAGAAATCGCTTTGCAAACCAAAAAGGTTTTGGAA 11 160 1 CAGAATAAAGAATTGTTTAAGAAATCTATAAGAAATTTTTG 11 205 1 AAAAGCCCCCAATTTTTTGATAAACAAAAAATCAGAGAGCT 8 49 0 CATTGTGTAAAAATGCGTGATAAACTCAAAAAGGTTGGAAT 5 147 1 AAAAGAAATAGAAAAATAACAA 7 1 1 TAAAGATCAAAAACTCGCAAAAAAATGAGAATTAAAATTGG 9 69 0 CTGATCTAAAAAATCAGCCAAAAAGATAAAAAAAGTCGCTA 10 18 1 TTACCGCTAGAACAAAATTTAAAATTAAAAAACATTACCAA 5 197 1 ACGATACGAAAATTTTAAAAGAAAGGAACAAC 10 86 1 ATGAACAAAGCATGGCTTAAGAAAAGGATAAGATAAGTCAA 2 43 0 CGAATGTTATAATTTATTATTAAACGAAAAGTAAATGAAGC 5 72 1 GCTATCTTATAATCCTTTTAAAAAATAAAAGGTTATTGTTG 2 119 1 ATAACGATTTTATAGCGCTTCAAAGATATAACACTAATTCA 9 142 1 GAAAAATAGTAAATTGACAAAAAATAAAAACAAAAAAAGCC 8 83 0 TTCAAGGAAAAACACTTTAAGAATAGGAGAATAAG 9 275 1 *** * *** * ** MAP Score: 22.2065 Motif 2 TGTTCATAGCATTCTAAAACCTTTAAACAAAAACTAATGAG 2 77 1 AAACGATTTTAAATTAAACGGATTTACAAAAAATT 5 4 0 GCATCGTGTAATTTAAAACCATTGAACGAAACGATTTTAAA 5 32 0 CACGATGCGAATGTTATAATTTATTATTAAACGAAAAGTAA 5 65 1 AATTACCGCTAGAACAAAATTTAAAATTAAAAAACATTACC 5 195 1 TGCTACAATCAAGTCAAATTCTTAAATAAAAGGTAAGCTC 5 270 1 AAAAGAAATAGAAAAATAACAA 7 0 1 TTTTTGATAAACAAAAAATCAGAGAGCTAAAAACTAAGGAT 8 36 0 TAGTAAATTGACAAAAAATAAAAACAAAAAAAGCCCCCAAT 8 77 0 GCTTGAGCTAATCATAAAGAAAAATAGTAAATTGACAAAAA 8 101 0 TTTCCTTCCAAACAAAAATTTTTACAACAAACGCACCTTAC 8 156 0 GAATTTATAAAGATCAAAAACTCGCAAAAAAATGAGAATTA 9 76 0 TATGTCTTCAAGGAAAAACACTTTAAGAATAGGAGAATAAG 9 269 1 ATCAGCCAAAAAGATAAAAAAAGTCGCTAAATCATAGTCGT 10 30 1 GTGCGCTACGATACGAAAATTTTAAAAGAAAGGAACAAC 10 79 1 CGCTTTGCAAACCAAAAAGGTTTTGGAAAAAACAGAATAAA 11 173 1 TAAGAAATCTATAAGAAATTTTTGGGTAAAAAATTAGCTTT 11 222 1 * * *** * * *** MAP Score: 21.4651 Motif 3 TATATCTTTGAAGCGCTATAAAATCGTTATTAG 9 139 0 TACGATCAATAAGCGTTGAAAAATCATCGGTTT 1 135 0 TTGGTTTGCAAAGCGATTTCTAATTCTTCATCA 11 155 0 AGATTAACAGAAGCGTTCATTAACTAATTATTA 9 190 0 AATTTTGTTCTAGCGGTAATTAATTCTCATTCC 5 183 0 ATAAATTCTAAAGGGGTATTAAACGCACTTCTA 9 109 1 GGCTTACATAAAGCGATCCCTAAATTTTCTAAG 11 44 0 AAAGGGTCAATAGCGTTAAAAAGCAAGAAACAA 2 161 0 CTACTTGTCATAGGGCTTTAAAAAAAGGATCTA 1 18 1 GTTTCTAATCAAGCGTTTTTGAAACTCCTCTTC 1 53 0 GATTATAAGATAGCGCTCATTAGTTTTTGTTTA 2 100 0 CCATTGAACGAAACGATTTTAAATTAAACGGAT 5 22 0 TTCAAGCTTTCACAAATACGATCAAT 1 158 0 GGTAAAAAATTAGCTTTCTTAAATTAAGTTCTA 11 246 1 TCTTCATCAGTAGGGATGCGTAAAATTTGGATT 11 131 0 GCTTTGTTCATAGCATTCTAAAACCTTTAAACA 2 73 1 GTTTGCGCAATTGCGTTTTGAAACCGATGATTT 1 115 1 ***** * * *** MAP Score: 20.7116 Motif 4 CTAGATCCTTTTTTTAAAGCCCTATGACAAGTA 1 19 0 CGAAGAGGAGTTTCAAAAACGCTTGATTAGAAA 1 52 1 CGCAATTGCGTTTTGAAACCGATGATTTTTCAA 1 120 1 ATCTTATCCTTTTCTTAAGCCATGCTTTGTTCA 2 50 1 TGTTCATAGCATTCTAAAACCTTTAAACAAAAA 2 77 1 AACCTTTTATTTTTTAAAAGGATTATAAGATAG 2 120 0 AATTTTTTGTAAATCCGTTTAATTTAAA 5 5 1 AATCCGTTTAATTTAAAATCGTTTCGTTCAATG 5 21 1 GCATCGTGTAATTTAAAACCATTGAACGAAACG 5 40 0 AAAATTTAAAATTAAAAAACATTACCAATAAAT 5 210 1 ATCTTTATAAATTCTAAAGGGGTATTAAACGCA 9 103 1 TCTAATAACGATTTTATAGCGCTTCAAAGATAT 9 138 1 ACTAATTATTATTTAAAATGAATTAGTGTTATA 9 168 0 GATCCCTAAATTTTCTAAGCCTTCACACACGCT 11 30 0 CTGATGAAGAATTAGAAATCGCTTTGCAAACCA 11 154 1 TATTCTGTTTTTTCCAAAACCTTTTTGGTTTGC 11 179 0 TTCTTATAGATTTCTTAAACAATTCTTTATTCT 11 206 0 **** *** ** * MAP Score: 19.0893 Motif 5 TGAGCGCTATCTTATAATCCTTTTAAAAAATAAA 2 114 1 TTTAGCGACTTTTTTTATCTTTTTGGCTGATTTT 10 27 0 AAATTGGGGGCTTTTTTTGTTTTTATTTTTTGTC 8 75 1 TGAGTGATAATTTGTATTGTTTTTAGCTTCATTT 5 104 0 TAAACAATTCTTTATTCTGTTTTTTCCAAAACCT 11 190 0 CACTCCAATTTTAATTCTCATTTTTTTGCGAGTT 9 65 1 TTTGTTTTTATTTTTTGTCAATTTACTATTTTTC 8 90 1 TTTTTGCGAGTTTTTGATCTTTATAAATTCTAAA 9 87 1 TTCTCCTATTCTTAAAGTGTTTTTCCTTGAAGAC 9 272 0 CTTTTTAACGCTATTGACCCTTTTAATTTAGGG 2 171 1 TGTCAATTTACTATTTTTCTTTATGATTAGCTCA 8 105 1 AAACGCACTTCTAATAACGATTTTATAGCGCTTC 9 129 1 TTGTTATTTTTCTATTTCTTTT 7 5 0 TACATCCAACCTTGATTTCGTTATGTCTTCAAGG 9 248 1 GTCTCATTTATTGGTAATGTTTTTTAATTTTAAA 5 214 0 CTTATTCTCCTATTCTTAAAGTGT 9 286 0 TTTGATCTCCTTATTTAATACAAT 4 12 0 CCGCTTGACTTATCTTATCCTTTTCTTAAGCCAT 2 39 1 TGCTTCAAATGAATTTGGTTTAATCC 3 2 1 CCTTTTTGAGTTTATCACGCATTTTTACACAATG 5 147 0 TTTTCAACGCTTATTGATCGTATTTGTGAAAGCT 1 146 1 TATTGTTGCTTGTTTCTTGCTTTTTAACGCTATT 2 152 1 *** * ** **** MAP Score: 17.153 Motif 6 CAAGTCAAATTCTTAAATAAAAGGTAAGCTC 5 279 1 AACGAAACGATTTTAAATTAAACGGATTTACA 5 17 0 GATACGAAAATTTTAAAAGAAAGGAACAAC 10 88 1 AAATTAGCTTTCTTAAATTAAGTTCTAAATTA 11 252 1 TTTCGTTATGTCTTCAAGGAAAAACACTTTAA 9 263 1 CACTAATTCATTTTAAATAATAATTAGTTAAT 9 173 1 CTTATAATCCTTTTAAAAAATAAAAGGTTATT 2 124 1 TTTATAGCCAGTTTCAATAAAACTTA 2 4 0 CGTTCAATGGTTTTAAATTACACGATGCGAAT 5 45 1 AAACAAAAATTTTTACAACAAACGCACCTTAC 8 156 0 ATTCTAAAACCTTTAAACAAAAACTAATGAGC 2 87 1 AAAGCCACCCGCTTAAAACATGCTACAATCAA 5 250 1 TATAATTTATTATTAAACGAAAAGTAAATGAA 5 79 1 ATTTTATAGCGCTTCAAAGATATAACACTAAT 9 148 1 TAGAACAAAATTTAAAATTAAAAAACATTACC 5 204 1 TGTCATAGGGCTTTAAAAAAAGGATCTAGCGA 1 23 1 GGGGATTAAGGATTAAACCAAATTCATTTGAA 3 13 0 TCGTTGGTGGGCTTACATAAAGCGATCCCTAA 11 54 0 GCGAAGAGGAGTTTCAAAAACGCTTGATTAGA 1 51 1 GTTATAGTTATTTAAAAGGATATTTTGA 0 33 1 TATCACGCATTTTTACACAATGATAAGAATTT 5 137 0 ******* *** MAP Score: 16.5851 Motif 7 TTTTGAAACCGATGATTTTTCAACGCTTATT 1 130 1 GCTTGACTTATCTTATCCTTTTCTTAAGCCA 2 41 1 AGCGCTATCTTATAATCCTTTTAAAAAATAA 2 116 1 AACAATAACCTTTTATTTTTTAAAAGGATTA 2 128 0 ATGCGAATGTTATAATTTATTATTAAACGAA 5 69 1 TGGCTTTAAGTCTCATTTATTGGTAATGTTT 5 226 0 TTGTTATTTTTCTATTTCTTTT 7 1 0 TTTTTAGCTCTCTGATTTTTTGTTTATCAAA 8 44 1 CTTTTTTTGTTTTTATTTTTTGTCAATTTAC 8 85 1 GTCAATTTACTATTTTTCTTTATGATTAGCT 8 106 1 CAATTTTAATTCTCATTTTTTTGCGAGTTTT 9 70 1 TATCTTTTTGGCTGATTTTTTAGATCAGAAA 10 15 0 TAGCGACTTTTTTTATCTTTTTGGCTGATTT 10 28 0 CAAAGCGATTTCTAATTCTTCATCAGTAGGG 11 149 0 AATTCTTTATTCTGTTTTTTCCAAAACCTTT 11 188 0 ATTTAAGAAAGCTAATTTTTTACCCAAAAAT 11 239 0 *** ******* MAP Score: 15.9318 Motif 8 CGCTCATTAGTTTTTGTTTAAAGGTTTTAG 2 90 0 CTATTGACCCTTTTAATTTAGGG 2 181 1 AACGAAACGATTTTAAATTAAACGGATTTA 5 19 0 CGTTCAATGGTTTTAAATTACACGATGCGA 5 45 1 GATGCGAATGTTATAATTTATTATTAAACG 5 68 1 CTTCATTTACTTTTCGTTTAATAATAAATT 5 82 0 TTCCAACCTTTTTGAGTTTATCACGCATTT 5 157 0 TGTTTTTTAATTTTAAATTTTGTTCTAGCG 5 201 0 TTCCTTTCAATTTGAGATTAAAAT 6 4 0 GCTCTCTGATTTTTTGTTTATCAAAAAATT 8 50 1 TTGGGGGCTTTTTTTGTTTTTATTTTTTGT 8 78 1 GTTGTAAAAATTTTTGTTTGGAAGGAAAAG 8 169 1 CATTAACTAATTATTATTTAAAATGAATTA 9 176 0 TGTAGCAATGTTTTGATTTACTAAGATTAA 9 216 0 ATGCGTAAAATTTGGATTTTAGCGTCAGGT 11 119 0 TCCAAAACCTTTTTGGTTTGCAAAGCGATT 11 170 0 AAATTAGCTTTCTTAAATTAAGTTCTAAAT 11 252 1 TGTGATATTTTCTTAATTTAGAACTTAATT 11 267 0 ********** MAP Score: 11.9377 Motif 9 TTATTTAAAAGGATATTTTGA 0 40 1 TAAAGACAATTTAGAGTTTGCGCAATTGCG 1 100 1 ATAGCGCTCATTAGTTTTTGTTTAAAGGTT 2 94 0 CAATAACCTTTTATTTTTTAAAAGGATTAT 2 127 0 GATGCGAATGTTATAATTTATTATTAAACG 5 68 1 AGAATTTGAGTGATAATTTGTATTGTTTTT 5 114 0 TACACAATGATAAGAATTTGAGTGATAATT 5 126 0 TTTTTTAATTTTAAATTTTGTTCTAGCGGT 5 199 0 ACCTTTTATTTAAGAATTTGACTTGATTGT 5 274 0 CCTTAAATCCTTAGTTTTTAGCTCTCTGAT 8 30 1 TTTAGCTCTCTGATTTTTTGTTTATCAAAA 8 46 1 TTTTTTGTTTTTATTTTTTGTCAATTTACT 8 87 1 CATTTTTTTGCGAGTTTTTGATCTTTATAA 9 83 1 TAATACCCCTTTAGAATTTATAAAGATCAA 9 100 0 CATTAACTAATTATTATTTAAAATGAATTA 9 176 0 TCTTTTTGGCTGATTTTTTAGATCAGAAAT 10 14 0 GTAGGGATGCGTAAAATTTGGATTTTAGCG 11 125 0 AAATCTATAAGAAATTTTTGGGTAAAAAAT 11 226 1 TTAAGAAAGCTAATTTTTTACCCAAAAATT 11 238 0 TATCACACTAGGAGTTTTTG 11 290 1 ********** MAP Score: 11.8127 Motif 10 TCAAAATATCCTTTTAAATAACTATAACAC 0 31 0 CCTACTTGTCATAGGGCTTTAAAAAAAGGATCTAGC 1 17 1 GGATCTAGCGAAGAGGAGTTTCAAAAACGCTTGATT 1 44 1 AAATACGATCAATAAGCGTTGAAAAATCATCGGTTT 1 135 0 GCGGGTTTTTATAGCCAGTTTCAATAAAACTTA 2 7 0 GCGCTATCTTATAATCCTTTTAAAAAATAAAAGGTT 2 117 1 TTTTAACGCTATTGACCCTTTTAATTTAGGG 2 173 1 GGATTAAACCAAATTCATTTGAAGCA 3 0 0 ATTTTAAATTAAACGGATTTACAAAAAATT 5 4 0 ACCATTGAACGAAACGATTTTAAATTAAACGGATTT 5 20 0 TTTTCGTTTAATAATAAATTATAACATTCGCATCGT 5 66 0 AAATGAAGCTAAAAACAATACAAATTATCACTCAAA 5 104 1 TTTAAAATTAAAAAACATTACCAATAAATGAGACTT 5 214 1 AAAATTCCTTTCAATTTGAGATTAAAA 6 11 0 CTCGCAAAAAAATGAGAATTAAAATTGGAGTGATAA 9 61 0 AGTGCGTTTAATACCCCTTTAGAATTTATAAAGATC 9 102 0 AAGGGGTATTAAACGCACTTCTAATAACGATTTTAT 9 119 1 ATTATTATTTAAAATGAATTAGTGTTATATCTTTGA 9 161 0 GTCTTCAAGGAAAAACACTTTAAGAATAGGAGAATA 9 272 1 TTTGGTTTGCAAAGCGATTTCTAATTCTTCATCAGT 11 153 0 *** ** ** ** * MAP Score: 5.55293