AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons016_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246274 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0004 121 carbonic anhydrase (icfA) #1 HP0030 108 H. pylori predicted coding region HP0030 #2 HP0153 98 recombinase (recA) #3 HP0282 50 H. pylori predicted coding region HP0282 #4 HP0305 243 H. pylori predicted coding region HP0305 #5 HP0403 80 phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha subunit (pheS) #6 HP0598 22 8-amino-7-oxononanoate synthase (bioF) #7 HP0599 71 hemolysin secretion protein precursor (hylB) #8 HP0600 163 multidrug resistance protein (spaB) #9 HP0976 128 adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase (bioA) #10 HP1253 31 tryptophanyl-tRNA synthetase (trpS) #11 HP1254 116 biotin synthesis protein (bioC) #12 HP1406 166 biotin synthetase (bioB) Motif 1 AAATTTTGCTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAA 8 88 0 AACCAACTTTTTTAAAACAAAGGAATGATT 12 146 1 AAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCA 0 29 1 AAGTTTTGGTATTATACCAAATAAACCCTAA 1 28 1 GATAAGCGTTTTAAAAACAAACGAATTTTAA 0 74 1 ATAAAGAAAATTTATACCAAATCTTATTGC 8 143 1 TTTGAGACTGATTATAGCAAAGAAAAAGAAG 12 114 0 AATAAAGCCCTTAAAATCAAAAAGCGCTTCT 12 88 1 ATCTTTTGGGATTATACCCAAAATTACCAAA 7 25 0 TGATTACGCCATTATATCCAAGATTAAGGCT 3 16 0 ACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTA 4 103 1 CAAAAATCAAAATAAATCAAATTTTTTAATG 12 56 1 ACGCTTGAAATTAAAACTAAATTTTAGTGTA 11 75 0 TTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGAT 5 54 1 CCTAAAATCTATTATAATAAAAGGACTTACC 2 31 0 CAACCTTATAGTAAAATCAAATAACCTTATT 9 60 1 TAATCCCTTTAAAAAATCAAAAATATGAAAT 9 18 1 AACAAACGAATTTTAATCAAAATGAGATTTA 0 89 1 AATAACCTTATTTTAACCAAAGGTTATTAAA 9 79 1 TGATTTGTTTATTCTATCAAATCCTAGCCTA 2 58 0 TCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTT 8 19 1 AAGATAAATTAAAATATTAAAATTAG 10 15 1 ATAAGCACGCTTACAACTAAAACGATTCATT 4 171 0 ****** **** MAP Score: 33.1218 Motif 2 CTCATTTTGATTAAAATTCGTTTGTTTTTAAAACGCT 0 78 0 ACAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGATTAT 8 66 0 TAACCTTTGGTTAAAATAAGGTTATTTGATTTTACTA 9 68 0 CATTCCTTATTTAAATTTGAATCTTTTGGGATTATAC 7 39 0 TTTTAATATTTTAATTTATCTTAGTTT 10 0 0 TTTCTTTTTGTTATAATGGCGTTATTTTACACTTTAA 0 19 0 GTAAGTCCTTTTATTATAATAGATTTTAGGCTAGGAT 2 32 1 TAAATTTTCTTTATTATAGCCCATTTTCATGCTCCTT 8 120 0 AAAATTATCCTTATTATAGAGAGTTTTTAAC 9 107 1 AATTACCTTATTGAATTTGATTTGTTTATTCTATCAA 2 69 0 ACAATTGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTGTAAATAAT 4 96 0 GAAGCGCTTTTTGATTTTAAGGGCTTTATTCCATTAA 12 81 0 ATTAAAAAATTTGATTTATTTTGATTTTTGAGTTATA 12 49 0 TTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAA 5 39 1 CTTATCATAGCTAAAATTCTTGCATTTCTTTTTGTTA 0 43 0 CAAATGATTATCAAAATGAATCGTTTTAGTTGTAAGC 4 157 1 GTGATTTTTTCTAAATTTTAGGCATTTAAGGAATCA 11 9 0 TTATTTGATTTTACTATAAGGTTGTTTAAACCTGAAT 9 47 0 AACCTGAATTTCATATTTTTGATTTTTTAAAGGGATT 9 19 0 TTCCTTTGTTTTAAAAAAGTTGGTTTTTTGAGACTGA 12 134 0 ATAATAAGGATAATTTTAATAACCTTTGGTTAAAATA 9 87 0 ******* *** MAP Score: 26.775 Motif 3 GCGTTTTAAAAACAAACGAATTTTAATCAAAATGAGATTT 0 79 1 AAGAACCAACCTTAAATGAAGTTTTGGTAT 1 0 1 AGTAAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAAGGTTATTAA 9 69 1 ACACTAAAATAATAAGCGTTATTGATAAGACCACATTAAA 4 204 1 AAAATTTAGAAAAAATCACGCTTGATCTTATCTAAAATTT 11 27 1 AATGGGCTATAATAAAGAAAATTTATACCAAATCTTATTG 8 132 1 ATTATAACTCAAAAATCAAAATAAATCAAATTTTTTAATG 12 47 1 TTTTTAATGGAATAAAGCCCTTAAAATCAAAAAGCGCTTC 12 78 1 TAAAGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCA 0 20 1 GGCTTTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAAAAT 8 95 1 TCTTTTTGTAAATAATGCTGACTGAAACAAACTTTCTGAA 4 72 0 TTTTAGTGTAAATAAGCACGCTTACAACTAAAACGATTCA 4 173 0 CAAAACACTTCATTGAATAAAA 6 1 0 AATCAGTCTCAAAAAACCAACTTTTTTAAAACAAAGGAAT 12 132 1 ACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAAAAAAGC 5 10 0 AACTCTCTATAATAAGGATAATTTTAATAACCTTTGGTTA 9 92 0 GATTTGATAGAATAAACAAATCAAATTCAATAAGGTAATT 2 66 1 CAGCATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTG 4 92 1 ATTTTTGAGTTATAATATGCTTACATTCAATGGGCTAACC 12 23 0 TTGCTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTTTAA 8 74 0 ** ** * ** ** * MAP Score: 23.4847 Motif 4 TTTAAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAATCA 3 12 1 AATGTTTGGTAATTTTGGGTATAATCCCAAAAGAT 7 21 1 AAGGAGCATGAAAATGGGCTATAATAAAGAAAATT 8 120 1 GAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTCAAGCGTG 11 72 1 GCAATAAGATTTGGTATAAATTTTCTTTAT 8 143 0 GAAATGCAAGAATTTTAGCTATGATAAGCGTTTTA 0 52 1 CAAAAATATGAAATTCAGGTTTAAACAACCTTATA 9 35 1 ACCTTAAATGAAGTTTTGGTATTATACCAAATAAA 1 18 1 AATTTTAATCAAAATGAGATTTAAGGGTTAAAGA 0 97 1 ATCCTAGCCTAAAATCTATTATAATAAAAGGACTT 2 34 0 ATTCTTAGCAAATTTTAGATAAGATCAAGCGTGAT 11 41 0 TAATTTTAATAACCTTTGGTTAAAATAAGGTTATT 9 79 0 ATTCCATTAAAAAATTTGATTTATTTTGATTTTTG 12 56 0 ATGCTCCTTTAAATTTTGCTTTTAAAACAAAGCCC 8 94 0 AAACTAAGATAAATTAAAATATTAAAATTA 10 5 1 TAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA 5 57 1 TAAATGCCTAAAATTTAGAAAAAATCACGCTTGAT 11 18 1 ** * * ****** MAP Score: 20.9838 Motif 5 AGTAAAATCCTTTTGTGATAGGGTAAGTCC 2 2 1 GTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAAT 8 79 1 TATAGTAAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAAGGTT 9 66 1 AAATCCTAGCCTAAAATCTATTATAATAAAAGGACTTA 2 33 0 TCTTTAACCCTTAAATCTCATTTTGATTAAAATTCGTT 0 93 0 AAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTCAAGCGTGG 11 70 1 TAAAGGAGCATGAAAATGGGCTATAATAAAGAAAATTT 8 118 1 GTTAAAAACTCTCTATAATAAGGATAATTT 9 108 0 TTCGTTTGTTTTTAAAACGCTTATCATAGCTAAAATTC 0 61 0 AGAACCAACCTTAAATGAAGTTTTGGTATTATACCAAA 1 11 1 AAATTCAGGTTTAAACAACCTTATAGTAAAATCAAATA 9 45 1 TTCTTTTTGTTATAATGGCGTTATTTTACACTTTAAAG 0 17 0 TTTGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGT 5 15 1 CCCTTAAAATCAAAAAGCGCTTCTTTTTCTTTGCTATA 12 95 1 CAAATGATTATCAAAATGAATCGTTTTAGTTGTAAGCG 4 157 1 GCATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTG 4 94 1 CGAGCGCTTAAAATGTTTGGTAATTTTGGGTATAA 7 7 1 TTCCTTTGTTTTAAAAAAGTTGGTTTTTTGAGACTGAT 12 133 0 CTTATTTTAACCAAAGGTTATTAAAATTATCCTTATTA 9 85 1 TGTGGTCTTATCAATAACGCTTATTATTTTAGTGTAAA 4 201 0 * *** ** * *** MAP Score: 20.1597 Motif 6 ATTTTACACTTTAAAGGGCTTTC 0 2 0 TCGTTTGTTTTTAAAACGCTTATCATAGCTA 0 67 0 AATTTTAATCAAAATGAGATTTAAGGGTTAA 0 97 1 AAGCTCAAAGATAAAGCGCTACAATCTCGCT 1 70 1 TCTATTATAATAAAAGGACTTACCCTATCAC 2 24 0 ACTTCCTAAAAAATGATTACGCCATTAT 3 32 0 CATCAAAAGGTTAAAGCGCATGGCCATCCTT 4 36 0 CATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACG 4 95 1 TATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACT 5 47 0 CGAGCGCTTAAAATGTTTGGTAATTTTG 7 7 1 GTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAA 8 79 1 AAGGAGCATGAAAATGGGCTATAATAAAGAA 8 120 1 TTTTGATTTTTTAAAGGGATTAGAGTTCTT 9 9 0 AAGGATAATTTTAATAACCTTTGGTTAAAAT 9 88 0 TTTTTGAGTTATAATATGCTTACATTCAATG 12 31 0 TTTTAATGGAATAAAGCCCTTAAAATCAAAA 12 79 1 CCTTAAAATCAAAAAGCGCTTCTTTTTCTTT 12 96 1 ****** **** MAP Score: 18.3728 Motif 7 GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAATAACGCCA 0 1 1 AGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCAAG 0 23 1 TTTAGCTATGATAAGCGTTTTAAAAACAAACGAATTTTA 0 65 1 TTAACCCTTAAATCTCATTTTGATTAAAATTCGTTTGTT 0 89 0 TCCTAGCCTAAAATCTATTATAATAAAAGGACTTACCCT 2 29 0 CATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTA 4 95 1 AAGCGTGCTTATTTACACTAAAATAATAAGCGTTATTGA 4 190 1 AAAAAGCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTA 5 27 0 AAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGAT 5 46 1 ATGTTTGGTAATTTTGGGTATAATCCCAAAAGATTCAAA 7 22 1 TATGGCATTCCTTATTTAAATTTGAATCTTTTGGGA 7 45 0 GGTTGGAACTATAATCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAG 8 56 1 GCTCCTTTAAATTTTGCTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAA 8 88 0 AGGAGCATGAAAATGGGCTATAATAAAGAAAATTTATAC 8 121 1 AAGAACTCTAATCCCTTTAAAAAATCAAAAATATGAAA 9 9 1 ATTTTACTATAAGGTTGTTTAAACCTGAATTTCATATTT 9 38 0 AAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAAGGTTATTAAAA 9 72 1 GTTAAAAACTCTCTATAATAAGGATAATTTTAAT 9 104 0 AAACTAAGATAAATTAAAATATTAAAATT 10 0 1 AATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTCAAGCGTGGTGCG 11 73 1 CATTGAATGTAAGCATATTATAACTCAAAAATCAAAATA 12 31 1 ATCAAAATAAATCAAATTTTTTAATGGAATAAAGCCCTT 12 61 1 TTAATGGAATAAAGCCCTTAAAATCAAAAAGCGCTTCTT 12 81 1 CTCAAAAAACCAACTTTTTTAAAACAAAGGAATGATT 12 139 1 ** ****** ** MAP Score: 17.1102 Motif 8 GTTATTTTACACTTTAAAGGGCTTTC 0 1 0 AAGCGTTTTAAAAACAAACGAATTTTAATCAAAAT 0 77 1 ACCAAAACTTCATTTAAGGTTGGTTCTT 1 3 0 TTGTGTCCTTTTTCTAAGCGAGATTGTAGCGCTTT 1 82 0 ACTTACCCTATCACAAAAGGATTTTACT 2 3 0 AAAATCTATTATAATAAAAGGACTTACCCTATCAC 2 24 0 CAAATCAAATTCAATAAGGTAATTTA 2 82 1 AATTGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTGTAAATAAT 4 96 0 TATTTTAGTGTAAATAAGCACGCTTACAACTAAAA 4 180 0 TTACACTAAAATAATAAGCGTTATTGATAAGACCA 4 202 1 TGATAAGACCACATTAAAGGATAATGA 4 226 1 TTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA 5 64 1 AAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAAAG 8 76 1 TTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAAAATGGGC 8 104 1 AAAATGGGCTATAATAAAGAAAATTTATACCAAAT 8 130 1 ATTTGATTTTACTATAAGGTTGTTTAAACCTGAAT 9 47 0 ACCTTTGGTTAAAATAAGGTTATTTGATTTTACTA 9 68 0 AAAACTCTCTATAATAAGGATAATTTTAATAACCT 9 99 0 AAACTAAGATAAATTAAAATATTAA 10 0 1 ATTTTAGATAAGATCAAGCGTGATTTTTTCTAAAT 11 30 0 CCACGCTTGAAATTAAAACTAAATTTTAGTGTATT 11 73 0 AAGCCCTTAAAATCAAAAAGCGCTTCTTTTTCTTT 12 92 1 * * ****** ** MAP Score: 16.2597 Motif 9 TTAAAGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAA 0 19 1 TAACAAAAAGAAATGCAAGAATTTTAGCTATGATAAG 0 43 1 TTTTGATTAAAATTCGTTTGTTTTTAAAACGCTTATC 0 74 0 GTGATAGGGTAAGTCCTTTTATTATAATAGATTTTAG 2 24 1 CAAGAGATACAATTGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTG 4 104 0 AATGATTATCAAAATGAATCGTTTTAGTTGTAAGCGT 4 159 1 CCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATA 5 22 1 TATAATCCCAAAAGATTCAAATTTAAATAAGGAATGC 7 40 1 TGTTGTAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGG 8 6 1 ATAATCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGT 8 66 1 GCTTTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAAA 8 96 1 ATTTGGTATAAATTTTCTTTATTATAGCCCATTTTCA 8 128 0 TGAATTTCATATTTTTGATTTTTTAAAGGGATTAGAG 9 15 0 TAGTAAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAAGGTTA 9 68 1 AACTCTCTATAATAAGGATAATTTTAATAACCTTTGG 9 95 0 AAACTAAGATAAATTAAAATATTAAAATTAG 10 10 1 ATTTTTTCTAAATTTTAGGCATTTAAGGAATCA 11 6 0 AGCCCATTGAATGTAAGCATATTATAACTCAAAAATC 12 27 1 TCAGTCTCAAAAAACCAACTTTTTTAAAACAAAGGAA 12 134 1 ** * ******* MAP Score: 7.49967 Motif 10 AACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCAAGAATTTTAGC 0 33 1 ATGATAAGCGTTTTAAAAACAAACGAATTTTAATCAAA 0 72 1 ACAATCTCGCTTAGAAAAAGGACACAAA 1 90 1 TAGGATTTGATAGAATAAACAAATCAAATTCAATAAGG 2 63 1 TCAGCATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAA 4 91 1 AATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGC 5 18 0 TATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA 5 52 1 TGTAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTG 8 13 1 AAGGGCTTTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATG 8 92 1 GAAAATGGGCTATAATAAAGAAAATTTATACCAAATCT 8 129 1 CTCTAATCCCTTTAAAAAATCAAAAATATGAAATTCAG 9 15 1 AACCTTATAGTAAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAA 9 61 1 AAACTAAGATAAATTAAAATATTAAAATTAG 10 4 1 AATTTTTTAATGGAATAAAGCCCTTAAAATCAAAAAGC 12 75 1 CTATAATCAGTCTCAAAAAACCAACTTTTTTAAAACAA 12 128 1 * ***** ** ** MAP Score: 4.54625