AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons016_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246300 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0004 121 carbonic anhydrase (icfA) #1 HP0030 108 H. pylori predicted coding region HP0030 #2 HP0153 98 recombinase (recA) #3 HP0282 50 H. pylori predicted coding region HP0282 #4 HP0296 241 ribosomal protein L21 (rpl21) #5 HP0298 116 dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein (dppA) #6 HP0304 41 H. pylori predicted coding region HP0304 #7 HP0305 243 H. pylori predicted coding region HP0305 #8 HP0403 80 phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha subunit (pheS) #9 HP0598 22 8-amino-7-oxononanoate synthase (bioF) #10 HP0599 71 hemolysin secretion protein precursor (hylB) #11 HP0600 163 multidrug resistance protein (spaB) #12 HP0976 128 adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase (bioA) #13 HP1253 31 tryptophanyl-tRNA synthetase (trpS) #14 HP1254 116 biotin synthesis protein (bioC) #15 HP1405 300 H. pylori predicted coding region HP1405 #16 HP1406 166 biotin synthetase (bioB) Motif 1 AAATTTTGCTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAA 11 88 0 AACCAACTTTTTTAAAACAAAGGAATGATT 16 146 1 ATAAAGAAAATTTATACCAAATCTTATTGC 11 143 1 CCCCCTCTAATTTATAACAAAAAATAAGCTT 15 38 0 AAGTTTTGGTATTATACCAAATAAACCCTAA 1 28 1 AAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCA 0 29 1 TTTGAGACTGATTATAGCAAAGAAAAAGAAG 16 114 0 GATAAGCGTTTTAAAAACAAACGAATTTTAA 0 74 1 AATAAAGCCCTTAAAATCAAAAAGCGCTTCT 16 88 1 GAACGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTAT 4 202 0 ACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTA 7 103 1 AATAACCTTATTTTAACCAAAGGTTATTAAA 12 79 1 AACAAACGAATTTTAATCAAAATGAGATTTA 0 89 1 CCTTATTGGTTTTTTAACAAACAAGCTAAAA 4 18 1 CCATAGCAAGTTTAAAGCAATATGAACCTTT 15 168 0 AAAATAATCCATTAAAATAAAGGCGAGGA 6 22 1 CCTAAAATCTATTATAATAAAAGGACTTACC 2 31 0 TTAAAGTTACATTTTAGCAAATACTCACTAT 4 173 1 TTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGAT 8 54 1 ACGCTTGAAATTAAAACTAAATTTTAGTGTA 14 75 0 TGATTACGCCATTATATCCAAGATTAAGGCT 3 16 0 ATCTTTTGGGATTATACCCAAAATTACCAAA 10 25 0 CTTTGGGTTTTTTATAACAAGGAGTTACAAC 11 11 0 TGATTTGTTTATTCTATCAAATCCTAGCCTA 2 58 0 ATTGATGCGCTTTAAATCTAATATTACCCCC 15 64 0 CAAAATAAGCTTAATAACAATTGCGAGTGGT 4 55 1 AACGCTATTTTTAAAATAATCCATTAAAAT 6 9 1 ****** **** MAP Score: 41.3791 Motif 2 ATCCACATTAAAAGAATTTTTTATTCAAAATAACCCCA 4 124 0 ATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACTTTAATAAA 8 39 0 TTTGATAGAATAAACAAATCAAATTCAATAAGGTAATT 2 68 1 TTTTGAGTTATAATATGCTTACATTCAATGGGCTAACC 16 23 0 TAAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAAGGTTATTAA 12 71 1 ATCATTGGGAAAACTTACTCAAAACCAAACCAAACAAC 15 218 1 TTTAATGGAATAAAGCCCTTAAAATCAAAAAGCGCTTC 16 80 1 TTAGCTATGATAAGCGTTTTAAAAACAAACGAATTTTA 0 66 1 GGGCTATAATAAAGAAAATTTATACCAAATCTTATTGC 11 135 1 TATTAGATTTAAAGCGCATCAATTTCAAATCCTATTAT 15 72 1 CCAATAATAAAAATGCATTATTTATCAACAATAAAAAA 15 111 1 AAGTATTCCAAAATAAGCTTAATAACAATTGCGAGTGG 4 47 1 TCCTAGCCTAAAATCTATTATAATAAAAGGACTTACCC 2 30 0 TGTTGTAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGG 11 5 1 TTATAACTCAAAAATCAAAATAAATCAAATTTTTTAAT 16 48 1 ATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTA 7 96 1 TTTTTGTAAATAATGCTGACTGAAACAAACTTTCTGAA 7 72 0 ATTTTGGGTATAATCCCAAAAGATTCAAATTTAAATAA 10 32 1 AACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCAAGAATTTTAGC 0 33 1 CAGTCTCAAAAAACCAACTTTTTTAAAACAAAGGAATG 16 135 1 CTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCA 4 196 1 GCCTTTATTTTAATGGATTATTTTAAAAATAGCGTT 6 8 0 ATCTCAATTTAAAGTTACATTTTAGCAAATACTCACTA 4 165 1 CTAATCGTCCATAGCAAGTTTAAAGCAATATGAACCTT 15 169 0 TAAAAAATGATTACGCCATTATATCCAAGATTAAGGCT 3 16 0 AAACTAAGATAAATTAAAATATTAAAAT 13 0 1 ATCCCTTTAAAAAATCAAAAATATGAAATTCAGGTTTA 12 20 1 GATCAAATCCTTATTGGTTTTTTAACAAACAAGCTAAA 4 10 1 ATAATCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTT 11 66 1 *** * * ** *** MAP Score: 29.7139 Motif 3 GCTTTGTTTTAAAAGCAAAATTTAAAGGAGCATGAAAATG 11 96 1 AAGAACCAACCTTAAATGAAGTTTTGGTATT 1 1 1 TATTTTGAATAAAAAATTCTTTTAATGTGGATTTAATCTC 4 130 1 AGCATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGT 7 93 1 TTAAAAAGCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTT 8 28 0 CGTTTTAAAAACAAACGAATTTTAATCAAAATGAGATTTA 0 80 1 GTAAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAAGGTTATTAAA 12 70 1 TATAAACGCAATAAAATATTTATAATTTAGATCTCTATCC 5 57 1 AAGATTTGGTATAAATTTTCTTTATTATAGCCCATTTTCA 11 128 0 AGTATTTGCTAAAATGTAACTTTAAATTGAGATTAAATCC 4 158 0 GTTAAAAACTCTCTATAATAAGGATAATTTTAA 12 105 0 TGATTTTACTATAAGGTTGTTTAAACCTGAATTTCATATT 12 39 0 AAAGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCAA 0 21 1 TTTTGCCCTATCATTGTCTTTTAACCCAGTGAAATAAGT 15 271 0 ATAATCCCAAAAGATTCAAATTTAAATAAGGAATGCCATA 10 41 1 TGAATGGTTCAGAAAGTTTGTTTCAGTCAGCATTATTTAC 7 65 1 TTTTAATGGAATAAAGCCCTTAAAATCAAAAAGCGCTTCT 16 79 1 AATACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTT 4 192 1 TTTGAGTGGGACAATGCGGGTTAATAATGGCGGGTTAAAT 4 85 1 ATAAAGCGCTACAATCTCGCTTAGAAAAAGGACACAAA 1 80 1 TATTCCATTAAAAAATTTGATTTATTTTGATTTTTGAGTT 16 52 0 GTCTCAAAAAACCAACTTTTTTAAAACAAAGGAATGATT 16 137 1 TTTAGTGTAAATAAGCACGCTTACAACTAAAACGATTCAT 7 172 0 AAAATTTGCTAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTC 14 60 1 CGCTATTTTTAAAATAATCCATTAAAATAAAGGCGAGGA 6 12 1 GATAGAATAAACAAATCAAATTCAATAAGGTAATTTA 2 71 1 * ** ***** ** MAP Score: 26.7606 Motif 4 TTAGCTATGATAAGCGTTTTAAAAACAAACGA 0 66 1 CCTTTTATTATAATAGATTTTAGGCTAGGATT 2 38 1 AAAATAAGGTTATTTGATTTTACTATAAGGTT 12 61 0 GAGGGGGTAATATTAGATTTAAAGCGCATCAA 15 62 1 TTTTAATCAAAATGAGATTTAAGGGTTAAAGA 0 99 1 TGTGATAGGGTAAGTCCTTTTATTATAATAGA 2 23 1 AAGAACTCTAATCCCTTTAAAAAATCAAAA 12 8 1 TTTTTGATTTTAAGGGCTTTATTCCATTAAAA 16 79 0 AGGCACTAGATAATGGATTTTTTTATTGTTGA 15 135 0 ATCAAATCCTTATTGGTTTTTTAACAAACAAG 4 11 1 GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAAT 0 1 1 CTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAATTTCAAAC 11 79 0 CACTGCCCCTAAAGACATTTTAGAT 15 3 0 TTTGAATAAAAAATTCTTTTAATGTGGATTTA 4 133 1 TCCATTAAAAAATTTGATTTATTTTGATTTTT 16 57 0 ATAAATATTTTATTGCGTTTATAGGTGTTTCA 5 48 0 TGTTGATAAATAATGCATTTTTATTATTGGGA 15 109 0 TTTCTAAATTTTAGGCATTTAAGGAATCA 14 7 0 TCAAAGGTTCATATTGCTTTAAACTTGCTATG 15 166 1 GCTCCTTTAAATTTTGCTTTTAAAACAAAGCC 11 95 0 ATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTCAAGCGT 14 74 1 CAAGGATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGGA 11 19 0 CAAGAGATACAATTGCGTTTATTTTAAACTCT 7 109 0 TAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAA 8 44 1 GTTGGAACTATAATCGGTTAAAGTTTGAAATT 11 57 1 TTGCCCTATCATTGTCTTTTAACCCAGTGAAA 15 276 0 TTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAA 7 97 1 CCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTA 8 22 1 ATTTTTAAAATAATCCATTAAAATAAAGGCGA 6 16 1 CTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAG 4 196 1 ATTTGAATCTTTTGGGATTATACCCAAAATTA 10 30 0 TGGCGGGTTAAATGGGGTTATTTTGAATAAAA 4 112 1 GTAACTTTAAATTGAGATTAAATCCACATTAA 4 151 0 TTTTTGTTATAATGGCGTTATTTTACACTTTA 0 20 0 CAGCGGGTCATTAGGGTTTATTTGGTATAATA 1 37 0 TAAATTACCTTATTGAATTTGATT 2 84 0 TCATTATCCTTTAATGTGGTCTTAT 7 228 0 TTTGGTATAAATTTTCTTTATTATAGCCCATT 11 132 0 **** * ***** MAP Score: 26.2432 Motif 5 ATTTTACACTTTAAAGGGCTTTC 0 3 0 GTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTGTTTTAAA 11 79 1 GCTTTTTGATTTTAAGGGCTTTATTCCATT 16 83 0 TTTTGATTTTTTAAAGGGATTAGAGTTCTT 12 10 0 TACCAAACATTTTAAGCGCTCG 10 2 0 CATCAAAAGGTTAAAGCGCATGGCCATCCT 7 37 0 AATATTAGATTTAAAGCGCATCAATTTCAA 15 70 1 TCGTTTGTTTTTAAAACGCTTATCATAGCT 0 68 0 CAAAATGAGATTTAAGGGTTAAAGA 0 106 1 AAGCTCAAAGATAAAGCGCTACAATCTCGC 1 70 1 CATAGCAAGTTTAAAGCAATATGAACCTTT 15 168 0 GCGTTCAATTTTTAAGGAATAGAA 4 227 1 ATTTTAGGCATTTAAGGAATCA 14 2 0 TCTATTATAATAAAAGGACTTACCCTATCA 2 25 0 TAAGACCACATTAAAGGATAATGA 7 229 1 TAAATCCACATTAAAAGAATTTTTTATTCA 4 135 0 TTTCACTGGGTTAAAAGACAATGATAGGGC 15 276 1 TTAATTAACCTTTAAAGGTTACC 5 3 0 ********** MAP Score: 24.3871 Motif 6 CAATTGTTATTAAGCTTATTTTGGAATACTTT 4 46 0 GGGCAGTGATTAAGCTTATTTTTTGTTATAAA 15 27 1 CCATTGAATGTAAGCATATTATAACTCAAAAA 16 30 1 CTTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAATTTCAAAC 11 79 0 GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAAT 0 1 1 TTAAAAATTGAACGCTCTTTTTAAAATAAACG 4 210 0 TTTTAAAATAAACGCTTATTATAGTGAGTATT 4 192 0 TCTTATCAATAACGCTTATTATTTTAGTGTAA 7 202 0 TTAGCTATGATAAGCGTTTTAAAAACAAACGA 0 66 1 TTTAACCCTTAAATCTCATTTTGATTAAAATT 0 97 0 CATCAATTTCAAATCCTATTATCCCAATAATA 15 88 1 TAAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAAGGT 12 71 1 AGTAAAATCCTTTTGTGATAGGGTAA 2 4 1 TTTCTTTATTATAGCCCATTTTCATGCTCCTT 11 120 0 TTTTTGATTTTAAGGGCTTTATTCCATTAAAA 16 79 0 CAAAGAAAAAGAAGCGCTTTTTGATTTTAAGG 16 96 0 TATAATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGT 3 31 1 TGCTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAG 8 17 1 TTATTCAAAATAACCCCATTTAACCCGCCATT 4 110 0 CGCCATTATTAACCCGCATTGTCCCACTCAAA 4 85 0 AAGAACTCTAATCCCTTTAAAAAATCAAAA 12 8 1 TATTTTAACCAAAGGTTATTAAAATTATCCTT 12 87 1 TGGGCTTCGGTTAGCCCATTGAATGTAAGCAT 16 15 1 GTTTATTTTAAACTCTTTTTGTAAATAATGCT 7 93 0 AAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATA 8 46 1 TATTAGATTTAAAGCGCATCAATTTCAAATCC 15 72 1 AAGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAAAGA 0 22 1 ***** **** * MAP Score: 22.9376 Motif 7 AAACTAAGATAAATTAAAATATTAAAATTAG 13 5 1 TAGCTATGATAAGCGTTTTAAAAACAAACGAATTTTAATCAAAA 0 67 1 ATTTTAACCAAAGGTTATTAAAATTATCCTTATTATAGAGAGTT 12 88 1 AAACACCTATAAACGCAATAAAATATTTATAATTTAGATCTCTA 5 50 1 ATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTATCTCTT 7 96 1 ATCATTGGGAAAACTTACTCAAAACCAAACCAAACAACCGCCCA 15 218 1 GTTTTTTAACAAACAAGCTAAAAGTATTCCAAAATAAGCTTAAT 4 26 1 TTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGCAAAAAAGC 8 3 0 TTTTAAAACAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGATTAT 11 66 0 GTAACCTTTAAAGGTTAATTAAACCTTTAGGTGTTTGTGAAACA 5 11 1 ATTTTACTATAAGGTTGTTTAAACCTGAATTTCATATTTTTGAT 12 33 0 GCAAAATTTAAAGGAGCATGAAAATGGGCTATAATAAAGAAAAT 11 110 1 GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAATAACGCCATTATA 0 1 1 AAGAACTCTAATCCCTTTAAAAAATCAAAAATATGAAATTCA 12 8 1 CATTGTCTTTTAACCCAGTGAAATAAGTCGTAATGCGTGGGCGG 15 255 0 TGATTCCTTAAATGCCTAAAATTTAGAAAAAATCACGCTTGA 14 8 1 AGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA 8 47 1 TGTAACTTTAAATTGAGATTAAATCCACATTAAAAGAATTTTTT 4 140 0 TCTTTGCTATAATCAGTCTCAAAAAACCAACTTTTTTAAAACAA 16 122 1 TTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTTTTAAGGAATAGAA 4 213 1 *** * *** * * * MAP Score: 18.3825 Motif 8 TAAAGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAAA 0 20 1 CGTTTGTTTTTAAAACGCTTATCATAGCTAAA 0 65 0 TCATTTTGATTAAAATTCGTTTGTTTTTAAAA 0 82 0 TATTATACCAAATAAACCCTAATGACCCGCTG 1 37 1 AGTAAAATCCTTTTGTGATAGGGT 2 2 1 TATATCCAAGATTAAGGCTTAAACG 3 3 0 CTTGTTTGTTAAAAAACCAATAAGGATTTGAT 4 11 0 AAGTATTCCAAAATAAGCTTAATAACAATTGC 4 47 1 TTTTATTCAAAATAACCCCATTTAACCCGCCA 4 112 0 ATTTTGAATAAAAAATTCTTTTAATGTGGATT 4 131 1 ATACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAA 4 193 1 CTAAAGGTTTAATTAACCTTTAAAGGTTACC 5 9 0 CTATTTTTAAAATAATCCATTAAAATAAAGGC 6 14 1 AGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTATCTCTTG 7 109 1 TACACTAAAATAATAAGCGTTATTGATAAGAC 7 203 1 ATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACTTT 8 45 0 TAATTTTGGGTATAATCCCAAAAGATTCAAAT 10 30 1 TCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTG 11 19 1 ATTTTCTTTATTATAGCCCATTTTCATGCTCC 11 122 0 TAATCCCTTTAAAAAATCAAAAATATGAAATT 12 18 1 TAGTAAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAA 12 68 1 AGGTTATTAAAATTATCCTTATTATAGAGAGT 12 99 1 TGATTCCTTAAATGCCTAAAATTTAGAAA 14 7 1 TTATAACAAAAAATAAGCTTAATCACTGCCCC 15 26 0 TTTCAAATCCTATTATCCCAATAATAAAAATG 15 94 1 TCCCAATAATAAAAATGCATTATTTATCAACA 15 109 1 ATCAACAATAAAAAAATCCATTATCTAGTGCC 15 134 1 AACCCAGTGAAATAAGTCGTAATGCGTGGGCG 15 256 0 GTAAGCATATTATAACTCAAAAATCAAAATAA 16 39 1 TTTTAATGGAATAAAGCCCTTAAAATCAAAAA 16 79 1 AATCAGTCTCAAAAAACCAACTTTTTTAAAAC 16 132 1 ***** ** *** MAP Score: 12.4118