AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons017_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246328 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0181 257 H. pylori predicted coding region HP0181 #1 HP0385 199 H. pylori predicted coding region HP0385 #2 HP0616 77 chemotaxis protein (cheV) #3 HP0617 34 aspartyl-tRNA synthetase (aspS) #4 HP0705 182 excinuclease ABC subunit A (uvrA) #5 HP0944 300 conserved hypothetical protein #6 HP1114 69 excinuclease ABC subunit B (uvrB) #7 HP1116 300 H. pylori predicted coding region HP1116 #8 HP1190 61 histidyl-tRNA synthetase (hisS) #9 HP1523 81 DNA recombinase (recG) #10 HP1550 62 protein-export membrane protein (secD) #11 HP1551 47 conserved hypothetical secreted protein #12 HP1552 23 Na+/H+ antiporter (nhaA) #13 HP1553 248 helicase Motif 1 TTTGATAGGGCTTTAGGGGAAAATAG 2 61 1 AACTCGCATTTTTTAGGGGTATTATAGTGG 6 43 0 GGCGCGCTTCTTTTAGGGGTAGGGTTTTCT 10 42 1 GATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTTA 0 76 1 AAAATTAGAATTTTAGGATAGATCTCA 13 231 1 TTTGTTTTAATTTAAAGGGATAAAAC 3 18 1 TTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTTTAGC 8 20 1 AAGCCATTACCTTAAGGGGATAGGGGTATT 1 125 1 CCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC 13 6 0 CATGCTATTATTTTATGAGACAATTTTAAA 4 27 0 AGTTACTTTATTTTATGCTAAAAGCCATTA 1 104 1 TTAAAACATCTTTTAAGGAAATTAA 11 32 1 CATTTTCTTATTTTAAGGAAACTCTTGCAA 4 150 1 TATTTTGTTACTTTATGGTAATAAAAAATA 1 34 1 AATTAAAAATTTTAAGGTTGTCT 12 9 1 TTTGTTTGAGTTTTAGGCTTTGTTGTCATC 5 127 0 CCTTAATCATTTTTATGATAAGATAGTCAA 9 40 0 CTATGACTATCTTTATGCGAGATATATGAG 0 189 1 TGTCATCAATTTTAAAGCTACCACTCGCTT 5 104 0 ATGAGACAATTTTAAAGATAGGAATGTAAA 4 13 0 TAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGAC 13 201 1 TATACATTGACTTAAGGAAATTTAATTG 9 8 0 CTTGAGATTGTTTTAGTGTATTATAGCTAT 0 26 1 ********** MAP Score: 25.2732 Motif 2 AACTTAAAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCA 0 79 0 GTCTTAAAACAAACACCCATTACTCTTAAAT 0 157 0 AAAATACCAAATACCACCATAAGAATGGTTT 1 58 1 TAAAGTAACTAAAACCCCATTTTTTAAACCA 1 83 0 AAATTATCGCAAAATACCCCTATCCCCTTAA 1 136 0 AAATGCTATAATACTACCCTAATTTAGTTTA 2 26 0 AGAAATGATAATAAAACCATTCTTTTTTGAA 4 98 1 CTCTTGCAACATAAAACCATT 4 171 1 TAAAACTCAAACAAAACCCGTTTAAGAATTT 5 142 1 TAAAAAATATACAATACCTTATAATAAGATG 5 184 1 AAGGCGTGTTAAAAAACCACTATAATACCCC 6 27 1 AAAAACCACTATAATACCCCTAAAAAATGCG 6 38 1 CCTTGCCTAAATACTCCCCCTGCCTTAACAA 7 69 1 CCCTGCCTTAACAAACCCCCTAAATTTACAA 7 86 1 AGAAAACCCTACCCCTAAAAG 10 51 0 AGACAACCTTAAAATTTTTAA 12 12 0 TAGAAAAACGACAAAACCCTACGATTATAGC 13 144 1 TACTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCT 13 172 0 * ********* MAP Score: 23.7533 Motif 3 AATAAAGAAATAAAAAATGAGCGCAAAACGCCATGAAT 5 218 0 TTCCTATCTTTAAAATTGTCTCATAAAATAATAGCATG 4 19 1 ATTTGTATGCTAAAATTTTAGCTTAAAATCTTTAAAAA 8 20 0 AATACCACCATAAGAATGGTTTAAAAAATGGGGTTTTA 1 67 1 CTCTTATGAATAAGAAATGATAATAAAACCATTCTTTT 4 86 1 TTCCTTAAAATAAGAAAATGGATTAAAAGGAGCTATTA 4 132 0 GCATTTTCTATAATAAGCCATAATAAAAGGGCTTGCAA 5 68 1 AATTTGAAAATAATAACACAACTTAAAAAAAACTACCC 0 91 0 AAAAAACCACTATAATACCCCTAAAAAATGCGAGTTTA 6 37 1 ATAGCTTTGATATAATAACTTTTAAAAACCATGAAAGG 1 168 1 CTAAAAATGCTATAATTTGAGATTAAAACATCTTTTAA 11 10 1 ATATCAAAGCTATTAAATTATCGCAAAATACCCCTATC 1 143 0 GCCTTGTTCCTATTAAAATGATAGAAAAACGACAAAAC 13 123 1 GTGGTAGCTTTAAAATTGATGACAACAAAGCCTAAAAC 5 110 1 TTAATTTTCTTAAGAACACCTAATACAAGGATTAGCAT 13 63 1 AAACTACCCTTAAAAAAATCAATCTAAAATTCTTAAAT 0 62 0 GCTTTTAGCATAAAATAAAGTAACTAAAACCCCATTTT 1 91 0 AAAATATAGCTATAATACACTAAAACAATCTCAAGGTT 0 23 0 GCGTCGTTTTTAAAAAGCTTGTGAAAACCGCTCGCTAT 7 127 0 GCTAAATCAATATAATTCAAACCCTAAACCCAAACCTT 0 222 0 TTTTGAGATTGAATAAGGCGTGTTAAAAAACCACTATA 6 13 1 ****** **** MAP Score: 22.8808 Motif 4 CTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 2 5 0 AGCGCGCCAATAAAAACGATTAAACGAGCGTTAA 10 16 0 AGCGTCGTTTTTAAAAAGCTTGTGAAAACCGCTC 7 132 0 TAAGCCATAATAAAAGGGCTTGCAAGCGAGTGGT 5 81 1 TATCTTATCATAAAAATGATTAAGGATTGGCTAG 9 45 1 CTTGTTCCTATTAAAATGATAGAAAAACGACAAA 13 125 1 TTGTTTTAATTTAAAGGGATAAAAC 3 19 1 AATTAAAAATTTTAAGGTTGTCT 12 2 1 CTAAAAATGCTATAATTTGAGATTA 11 1 1 TCATGGTTTTTAAAAGTTATTATATCAAAGCTAT 1 168 0 TTAATTTCCTTAAAAGATGTTTTAATCTCAAATT 11 23 0 TAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTTT 8 13 1 AGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGGTTCTCTTCC 13 11 1 TGAGTGTCTGTAAAAATGCTCAAAAGCATTTTCT 5 43 1 ATATTTTAATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTTT 0 54 1 GGTGTTTGTTTTAAGACGCTATGACTATCTTTAT 0 171 1 ATTCCTATCTTTAAAATTGTCTCATAAAATAATA 4 18 1 TAAATATGGGTAAAAAATATACAATACCTTATAA 5 174 1 TAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAA 13 171 1 AGCCATTACCTTAAGGGGATAGGGGTATTTTGCG 1 126 1 CAAAACCCGTTTAAGAATTTCTAAATATGGGTAA 5 153 1 AATACCACCATAAGAATGGTTTAAAAAATGGGGT 1 67 1 TAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATA 13 192 1 AAAGACAAAATTAGAATTTTAGGATAGATCTCA 13 225 1 CTCGCATTTTTTAGGGGTATTATAGTGGTTTTTT 6 37 0 ****** * ** * MAP Score: 22.0981 Motif 5 CAATTAAATTTCCTTAAGTCAATGTAT 9 4 1 TTAATTTCCTTAAAAGATGTTTT 11 34 0 AATAATAGCATGTTTATCCTTAATCAAGCAAAT 4 45 1 GCGCTCATTTTTTATTTCTTTATTAATTTGATT 5 232 1 TCCTTTACATTCCTATCTTTAAAATTGTCTCA 4 9 1 CATTTGATTCTTAATTTTCTTAAGAACACCTAA 13 53 1 AAATTTTAGCTTAAAATCTTTAAAAAAGGGCTA 8 13 0 TAAGACGCTATGACTATCTTTATGCGAGATATA 0 182 1 CTCCTTTTAATCCATTTTCTTATTTTAAGGAAA 4 138 1 TCCATTTCCTTGTATTTGTATGC 8 48 0 TACCCATATTTAGAAATTCTTAAACGGGTTTTG 5 153 0 ATGGTTTTATTATCATTTCTTATTCATAAGAGT 4 85 0 GTAAAAAATATACAATACCTTATAATAAGATGA 5 183 1 TTACTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCTA 13 171 0 TTTTTAAGGGTAGTTTTTTTTAAGTTGTGTTAT 0 84 1 GAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTT 0 68 1 TTATGTTGCAAGAGTTTCCTTAAAATAAGAAAA 4 152 0 AATTCACACATGCTAATCCTTGTATTAGGTGTT 13 77 0 AGCTCTCTATTTTGTTACTTTATGGTAATAAAA 1 27 1 AAATGGGGTTTTAGTTACTTTATTTTATGCTAA 1 92 1 TGGTGGTATTTGGTATTTTTTATTACCATAAAG 1 44 0 AGACAACCTTAAAATTTTTAATT 12 2 0 TTCTTACCCTAGCCAATCCTTAATCATTTTTAT 9 54 0 GGCTAAATTTTGAAACCTTGAGATTGTTTTA 0 8 1 AATTTAGTCCACTGATACTTTAACGCTCCGCTG 7 231 0 GAAGAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCT 13 11 0 GTATTATAGCATTTAATCTTTGATAGGGCTTTA 2 43 1 * ********* MAP Score: 21.6546 Motif 6 TTTTGAAACCTTGAGATTGTTTTAGTGTATTATAGCTATAT 0 17 1 TAGTGTATTATAGCTATATTTTAATTTAAGAATTTTAGATT 0 39 1 GAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTTAAGT 0 68 1 AGAGTGTGAATTGGCATGATTTAAGAGTAATGGGTGTTTGT 0 139 1 AGGGTTTGAATTATATTGATTTAGCGTTACTT 0 235 1 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ATTAGGGTAGTATTATAGCATTTAATCTTT 2 34 1 TGTCTCATAAAATAATAGCATGTTTATCCT 4 35 1 TTTTTTGAAGTATAATAGCTCCTTTTAATC 4 120 1 TATTATGGCTTATTATAGAAAATGCTTTTG 5 63 0 CAAGCCCTTTTATTATGGCTTATTATAGAA 5 73 0 TTGATTGCATAATAATAGCTGACATAACAC 5 259 1 CAAACAGCAAAATTATAGCAAGCAATGTTT 7 39 0 TTTAAGCTAAAATTTTAGCATACAAATACA 8 31 1 TTTAATCTCAAATTATAGCATTTTTAG 11 7 0 AAAACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAAG 13 156 1 ********** MAP Score: 18.8104 Motif 8 AATTCTTAAATTAAAATATAGCTATAATACACTAAAA 0 36 0 ACTACCCTTAAAAAAATCAATCTAAAATTCTTAAATT 0 61 0 TTTGAAAATAATAACACAACTTAAAAAAAACTACCCT 0 90 0 CTTTATGGTAATAAAAAATACCAAATACCACCATAAG 1 44 1 AAATACCACCATAAGAATGGTTTAAAAAATGGGGTTT 1 66 1 TTTTAGCATAAAATAAAGTAACTAAAACCCCATTTTT 1 90 0 TATCAAAGCTATTAAATTATCGCAAAATACCCCTATC 1 143 0 AATAGCTTTGATATAATAACTTTTAAAAACCATGAAA 1 167 1 CTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 2 2 0 TCCCTTTAAATTAAAACAAAAATTAAAT 3 1 0 ATTCCTATCTTTAAAATTGTCTCATAAAATAATAGCA 4 18 1 AGCAAATATTTTTAACTCTTATGAATAAGAAATGATA 4 71 1 AGCATTTTCTATAATAAGCCATAATAAAAGGGCTTGC 5 67 1 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