AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HP/HP_operons017_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246358 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HP0181 257 H. pylori predicted coding region HP0181 #1 HP0385 199 H. pylori predicted coding region HP0385 #2 HP0616 77 chemotaxis protein (cheV) #3 HP0617 34 aspartyl-tRNA synthetase (aspS) #4 HP0705 182 excinuclease ABC subunit A (uvrA) #5 HP0944 300 conserved hypothetical protein #6 HP1114 69 excinuclease ABC subunit B (uvrB) #7 HP1116 300 H. pylori predicted coding region HP1116 #8 HP1190 61 histidyl-tRNA synthetase (hisS) #9 HP1523 81 DNA recombinase (recG) #10 HP1550 62 protein-export membrane protein (secD) #11 HP1551 47 conserved hypothetical secreted protein #12 HP1552 23 Na+/H+ antiporter (nhaA) #13 HP1553 248 helicase Motif 1 CTTGAGATTGTTTTAGTGTATTATAGCTAT 0 26 1 GATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTTA 0 76 1 CTATGACTATCTTTATGCGAGATATATGAG 0 189 1 AAAGGTTTGGGTTTAGGGTTTGAATTATAT 0 221 1 TATTTTGTTACTTTATGGTAATAAAAAATA 1 34 1 AGTTACTTTATTTTATGCTAAAAGCCATTA 1 104 1 AAGCCATTACCTTAAGGGGATAGGGGTATT 1 125 1 TTTGATAGGGCTTTAGGGGAAAATAG 2 61 1 TTTGTTTTAATTTAAAGGGATAAAAC 3 18 1 ATGAGACAATTTTAAAGATAGGAATGTAAA 4 13 0 CATGCTATTATTTTATGAGACAATTTTAAA 4 27 0 CATTTTCTTATTTTAAGGAAACTCTTGCAA 4 150 1 TGTCATCAATTTTAAAGCTACCACTCGCTT 5 104 0 TTTGTTTGAGTTTTAGGCTTTGTTGTCATC 5 127 0 TTTCATCTTATTATAAGGTATTGTATATTT 5 188 0 AACTCGCATTTTTTAGGGGTATTATAGTGG 6 43 0 TTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTTTAGC 8 20 1 CCTTAATCATTTTTATGATAAGATAGTCAA 9 40 0 GGCGCGCTTCTTTTAGGGGTAGGGTTTTCT 10 42 1 TTAAAACATCTTTTAAGGAAATTAA 11 32 1 AATTAAAAATTTTAAGGTTGTCT 12 9 1 CCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC 13 6 0 TAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGAC 13 201 1 AAAATTAGAATTTTAGGATAGATCTCA 13 231 1 ********** MAP Score: 24.5097 Motif 2 AACTTAAAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCA 0 79 0 GTCTTAAAACAAACACCCATTACTCTTAAAT 0 157 0 AAAATACCAAATACCACCATAAGAATGGTTT 1 58 1 TAAAGTAACTAAAACCCCATTTTTTAAACCA 1 83 0 AAATTATCGCAAAATACCCCTATCCCCTTAA 1 136 0 AAATGCTATAATACTACCCTAATTTAGTTTA 2 26 0 AGAAATGATAATAAAACCATTCTTTTTTGAA 4 98 1 CTCTTGCAACATAAAACCATT 4 171 1 TAAAACTCAAACAAAACCCGTTTAAGAATTT 5 142 1 TAAAAAATATACAATACCTTATAATAAGATG 5 184 1 AAGGCGTGTTAAAAAACCACTATAATACCCC 6 27 1 AAAAACCACTATAATACCCCTAAAAAATGCG 6 38 1 CCTTGCCTAAATACTCCCCCTGCCTTAACAA 7 69 1 CCCTGCCTTAACAAACCCCCTAAATTTACAA 7 86 1 AGAAAACCCTACCCCTAAAAG 10 51 0 AGACAACCTTAAAATTTTTAA 12 12 0 TAGAAAAACGACAAAACCCTACGATTATAGC 13 144 1 TACTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCT 13 172 0 * ********* MAP Score: 23.7533 Motif 3 ATTATAGCTATATTTTAATTTAAGAATTTTAGAT 0 45 1 GAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTT 0 68 1 TTTTTAAGGGTAGTTTTTTTTAAGTTGTGTTATT 0 84 1 AGAGTAATGGGTGTTTGTTTTAAGACGCTATGAC 0 162 1 AGCTCTCTATTTTGTTACTTTATGGTAATAAAAA 1 27 1 GGGTTTTAGTTACTTTATTTTATGCTAAAAGCCA 1 97 1 TATGCTAAAAGCCATTACCTTAAGGGGATAGGGG 1 117 1 AATACTACCCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTAC 2 14 0 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTAAAGGGATAAAAC 3 10 1 GGATAAACATGCTATTATTTTATGAGACAATTTT 4 30 0 TTTAATCCATTTTCTTATTTTAAGGAAACTCTTG 4 143 1 CAATTAAATTTCCTTAAGTCAATGTATA 9 4 1 TTAATTTCCTTAAAAGATGTTTTA 11 33 0 CATTTGATTCTTAATTTTCTTAAGAACACCTAAT 13 53 1 AAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGGC 13 177 1 * *** ****** MAP Score: 22.5641 Motif 4 CTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 2 5 0 TAAGCCATAATAAAAGGGCTTGCAAGCGAGTGGT 5 81 1 AGCGTCGTTTTTAAAAAGCTTGTGAAAACCGCTC 7 132 0 AGCGCGCCAATAAAAACGATTAAACGAGCGTTAA 10 16 0 TAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTTT 8 13 1 AGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGGTTCTCTTCC 13 11 1 TTGTTTTAATTTAAAGGGATAAAAC 3 19 1 TATCTTATCATAAAAATGATTAAGGATTGGCTAG 9 45 1 TCATGGTTTTTAAAAGTTATTATATCAAAGCTAT 1 168 0 TTAATTTCCTTAAAAGATGTTTTAATCTCAAATT 11 23 0 AATTAAAAATTTTAAGGTTGTCT 12 2 1 CTTGTTCCTATTAAAATGATAGAAAAACGACAAA 13 125 1 ATATTTTAATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTTT 0 54 1 TAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAA 13 171 1 GGTGTTTGTTTTAAGACGCTATGACTATCTTTAT 0 171 1 CTAAAAATGCTATAATTTGAGATTA 11 1 1 TGAGTGTCTGTAAAAATGCTCAAAAGCATTTTCT 5 43 1 ATTCCTATCTTTAAAATTGTCTCATAAAATAATA 4 18 1 AGCCATTACCTTAAGGGGATAGGGGTATTTTGCG 1 126 1 TAAATATGGGTAAAAAATATACAATACCTTATAA 5 174 1 CAAAACCCGTTTAAGAATTTCTAAATATGGGTAA 5 153 1 AATACCACCATAAGAATGGTTTAAAAAATGGGGT 1 67 1 AGTTATTATATCAAAGCTATTAAATTATCGCAAA 1 154 0 CTCGCATTTTTTAGGGGTATTATAGTGGTTTTTT 6 37 0 AAAGACAAAATTAGAATTTTAGGATAGATCTCA 13 225 1 ****** * ** * MAP Score: 22.5573 Motif 5 CAATCTAAAATTCTTAAATTAAAATATAGCTATAAT 0 45 0 TAGATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTTAAGTT 0 74 1 AGGGTAGTTTTTTTTAAGTTGTGTTATTATTTTCAA 0 90 1 GTATTTGGTATTTTTTATTACCATAAAGTAACAAAA 1 36 0 AAACCCCATTTTTTAAACCATTCTTATGGTGGTATT 1 67 0 CCTTTCATGGTTTTTAAAAGTTATTATATCAAAGCT 1 170 0 TCCTTTACATTCCTATCTTTAAAATT 4 0 1 AGCATGTTTATCCTTAATCAAGCAAATATTTTTAAC 4 51 1 CAAGCAAATATTTTTAACTCTTATGAATAAGAAATG 4 69 1 TGCAAGAGTTTCCTTAAAATAAGAAAATGGATTAAA 4 143 0 TATTTAGAAATTCTTAAACGGGTTTTGTTTGAGTTT 5 144 0 GTTTAAGAATTTCTAAATATGGGTAAAAAATATACA 5 161 1 CATTTTTTATTTCTTTATTAATTTGATTGCATAATA 5 237 1 TTATAGTGGTTTTTTAACACGCCTTATTCAATCTCA 6 16 0 TAAACTCGCATTTTTTAGGGGTATTATAGTGGTTTT 6 39 0 CTTAGCGTCGTTTTTAAAAAGCTTGTGAAAACCGCT 7 133 0 TGTATAGCGTTCCTAAAGTGAATTTAGTCCACTGAT 7 248 0 CAATAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTT 8 10 1 CAATTAAATTTCCTTAAGTCAATGTATAATTTGACT 9 10 1 CCCTAGCCAATCCTTAATCATTTTTATGATAAGATA 9 45 0 AACTTTTTAACGCTCGTTTAATCGTTTTT 10 3 1 TTAATTTCCTTAAAAGATGTTTTAATCTCAAA 11 25 0 GAGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGGTTCTCTTC 13 8 1 GCTCATTTGATTCTTAATTTTCTTAAGAACACCTAA 13 50 1 AAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGGCTT 13 177 1 ******* *** MAP Score: 22.0554 Motif 6 AAATTTTAGCTTAAAATCTTTAAAAAAGGGCTATTG 8 9 0 CTTGTTCCTATTAAAATGATAGAAAAACGACAAAACC 13 125 1 CTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 2 2 0 GTTTTATCCCTTTAAATTAAAACAAAAATTAAAT 3 7 0 ATTCCTATCTTTAAAATTGTCTCATAAAATAATAGCA 4 18 1 AATTCTTAAATTAAAATATAGCTATAATACACTAAAA 0 36 0 ATAAGGCGTGTTAAAAAACCACTATAATACCCCTAAA 6 25 1 GAGTGGTAGCTTTAAAATTGATGACAACAAAGCCTAA 5 108 1 TCGCCGAGAGTTTAAAGCCCGCTACAACGAAAAATTT 7 170 1 GCGTCGTTTTTAAAAAGCTTGTGAAAACCGCTCGCTA 7 128 0 GGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAAATTAGAATTTT 13 208 1 ATACAATACCTTATAATAAGATGAAAATTCATGGCGT 5 192 1 ACTTGAAATTTGAAAATAATAACACAACTTAAAAAAA 0 98 0 CCCCCTAAATTTACAAACTCCAAACAATAGCGAGCGG 7 101 1 ACAACAAAGCCTAAAACTCAAACAAAACCCGTTTAAG 5 131 1 TATCAAAGCTATTAAATTATCGCAAAATACCCCTATC 1 143 0 ATAAAAACGATTAAACGAGCGTTAAAAAGTT 10 4 0 AATGAGTGTCTGTAAAAATGCTCAAAAGCATTTTCTA 5 41 1 ACTACCCTTAAAAAAATCAATCTAAAATTCTTAAATT 0 61 0 ATAAAGAAATAAAAAATGAGCGCAAAACGCCATGAAT 5 218 0 TATAATAACTTTTAAAAACCATGAAAGGCTT 1 178 1 AACACGCCTTATTCAATCTCAAAAAAA 6 0 0 TTTAAGAATTTCTAAATATGGGTAAAAAATATACAAT 5 162 1 ****** **** MAP Score: 19.0887 Motif 7 TACTTTATTTTATGCTAAAAGCCATTACCTTA 1 107 1 TATTTTGCGATAATTTAATAGCTTTGATATAA 1 151 1 TACCCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAA 2 11 0 TAAATTAGGGTAGTATTATAGCATTTAATCTT 2 31 1 AATTGTCTCATAAAATAATAGCATGTTTATCC 4 32 1 TTCTTTTTTGAAGTATAATAGCTCCTTTTAAT 4 117 1 GAAACTCTTGCAACATAAAACCATT 4 167 1 TATAATAAGCCATAATAAAAGGGCTTGCAAGC 5 76 1 TTGTTGTCATCAATTTTAAAGCTACCACTCGC 5 106 0 AATTTGATTGCATAATAATAGCTGACATAACA 5 256 1 TGACATAACACATCATCATAGGAGTTTCAATC 5 278 1 GTTAAAAAACCACTATAATACCCCTAAAAAAT 6 34 1 AGGCAAACAGCAAAATTATAGCAAGCAATGTT 7 40 0 ATTTGTATGCTAAAATTTTAGCTTAAAATCTT 8 26 0 TGTTTTAATCTCAAATTATAGCATTTTTAG 11 8 0 GTTTTTCTATCATTTTAATAGGAACAAGGCAA 13 121 0 GACAAAACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAA 13 153 1 GTCTTTATTATAACCTAAAAGCCTTTTTTACT 13 199 0 AAGACAAAATTAGAATTTTAGGATAGATCTCA 13 226 1 ** ******** MAP Score: 17.2798 Motif 8 ATATTTTAATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTTTTA 0 54 1 TTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTTAAGTTGTGT 0 78 1 GATTTAAGAGTAATGGGTGTTTGTTTTAAGACGCTA 0 156 1 CCCCTTAAGGTAATGGCTTTTAGCATAAAATAAAGT 1 108 0 AGTTATTATATCAAAGCTATTAAATTATCGCAAAAT 1 152 0 AAGCCTTTCATGGTTTTTAAAAGTTATTATATC 1 176 0 TAGGGTAGTATTATAGCATTTAATCTTTGATAGGGC 2 36 1 TTCATAAGAGTTAAAAATATTTGCTTGATTAAGGAT 4 60 0 TAACACATCATCATAGGAGTTTCAATC 5 283 1 CTCGCATTTTTTAGGGGTATTATAGTGGTTTTTTAA 6 35 0 TAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTTTAG 8 13 1 ATACATTGACTTAAGGAAATTTAATTG 9 1 0 TTAATTTCCTTAAAAGATGTTTTAATCTCAAATTAT 11 21 0 AATTAAAAATTTTAAGGTTGTCT 12 2 1 AGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGGTTCTCTTCCTC 13 11 1 TAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAA 13 171 1 GCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGA 13 194 1 * **** * *** * MAP Score: 16.1151 Motif 9 ATGATTTAAGAGTAATGGGTGTTTGTTTTAAGA 0 154 1 GAGATATATGAGAGAAAGGTTTGGGTTTAGGGT 0 207 1 AATGGTTTAAAAAATGGGGTTTTAGTTACTTTA 1 81 1 TATCCCCTTAAGGTAATGGCTTTTAGCATAAAA 1 114 0 CCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 2 7 0 CATTTAATCTTTGATAGGGCTTTAGGGGAAAAT 2 52 1 ATACTTCAAAAAAGAATGGTTTTATTATCATTT 4 100 0 ACAGATTGCGGCTTTGCCCTCTTTT 5 2 1 ATAAGCCATAATAAAAGGGCTTGCAAGCGAGTG 5 80 1 GTTTTGTTTGAGTTTTAGGCTTTGTTGTCATCA 5 126 0 TTTAGGGGTATTATAGTGGTTTTTTAACACGCC 6 29 0 CAATGTTTTCTGACTAAAGTTTTTGGTAGAAAG 7 14 0 TCCAAACAATAGCGAGCGGTTTTCACAAGCTTT 7 119 1 TAAAATCTTTAAAAAAGGGCTATTG 8 2 0 ATCATAAAAATGATTAAGGATTGGCTAGGGTAA 9 51 1 TGCTAATCCTTGTATTAGGTGTTCTTAAGAAAA 13 67 0 TTTTGCTATAATCGTAGGGTTTTGTCGTTTTTC 13 146 0 TTATAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAG 13 168 1 TTAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAA 13 191 1 ** ** ****** MAP Score: 8.82051 Motif 10 TAGTGTATTATAGCTATATTTTAATTTAAGAATT 0 39 1 AGAGTGTGAATTGGCATGATTTAAGAGTAATGGG 0 139 1 TAGGGGTATTTTGCGATAATTTAATAGCTTTGAT 1 145 1 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTAAAGGGATAAAA 3 9 1 CTATTATTTTATGAGACAATTTTAAAGATAGGAA 4 19 0 TTTTAATCCATTTTCTTATTTTAAGGAAACTCTT 4 142 1 TAAACGGGTTTTGTTTGAGTTTTAGGCTTTGTTG 5 132 0 AAAACATTGCTTGCTATAATTTTGCTGTTTGCCT 7 38 1 AATAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATT 8 11 1 TTGTATTTGTATGCTAAAATTTTAGCTTAAAATC 8 28 0 TCCTTAAGTCAATGTATAATTTGACTATCTTATC 9 20 1 CTAAAAATGCTATAATTTGAGATTAAAACA 11 6 1 AATTAAAAATTTTAAGGTTGTCT 12 0 1 AAGGATTAGCATGTGTGAATTTGACGCTGTCTTT 13 89 1 GGTTATAATAAAGACAAAATTAGAATTTTAGGAT 13 216 1 *** * ***** * MAP Score: 5.06223 Motif 11 GTTTTAGTGTATTATAGCTATATTTTAATTTAAGA 0 35 1 TAATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGGGT 0 60 1 AGATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTTAAGTT 0 75 1 AGGGTAGTTTTTTTTAAGTTGTGTTATTATTTTCA 0 90 1 AAACCCCATTTTTTAAACCATTCTTATGGTGGTAT 1 68 0 TTGCGATAATTTAATAGCTTTGATATAATAACTTT 1 155 1 TTAGGGTAGTATTATAGCATTTAATCTTTGATAGG 2 35 1 ATCCCTTTAAATTAAAACAAAAATTAAAT 3 4 0 GTCTCATAAAATAATAGCATGTTTATCCTTAATCA 4 36 1 CAAGCAAATATTTTTAACTCTTATGAATAAGAAAT 4 69 1 TTTTTGAAGTATAATAGCTCCTTTTAATCCATTTT 4 121 1 TGTCATCAATTTTAAAGCTACCACTCGCTTGCAAG 5 99 0 TTATAGTGGTTTTTTAACACGCCTTATTCAATCTC 6 17 0 GTTTTAAACTCGCATTTTTTAGGGGT 6 53 0 AAACAGCAAAATTATAGCAAGCAATGTTTTCTGAC 7 33 0 CACAAGCTTTTTAAAAACGACGCTAAGATCGCCGA 7 142 1 ACAACGAAAAATTTAAGCCAAGGTTTAGCGACCAC 7 193 1 CAATAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATT 8 10 1 TTAAGCTAAAATTTTAGCATACAAATACAAGGAAA 8 32 1 AACTTTTTAACGCTCGTTTAATCGTTTT 10 3 1 TTAATCTCAAATTATAGCATTTTTAG 11 1 0 ATAATTTGAGATTAAAACATCTTTTAAGGAAATTA 11 21 1 AGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGGCTT 13 178 1 ******** ** MAP Score: 4.83894 Motif 12 TATATTTTAATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTTTTA 0 53 1 GTAGTTTTTTTTAAGTTGTGTTATTATTTTCAAATTT 0 93 1 TATGGTGGTATTTGGTATTTTTTATTACCATAAAGTA 1 42 0 AAATGGGGTTTTAGTTACTTTATTTTATGCTAAAAGC 1 92 1 TTGCGATAATTTAATAGCTTTGATATAATAACTTTTA 1 155 1 CTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 2 2 0 TAGGGTAGTATTATAGCATTTAATCTTTGATAGGGCT 2 36 1 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTAAAGGGAT 3 2 1 CATTCCTATCTTTAAAATTGTCTCATAAAATAATAGC 4 17 1 AATAGCTCCTTTTAATCCATTTTCTTATTTTAAGGAA 4 133 1 AGAAAATGCTTTTGAGCATTTTTACAGACACTCATTG 5 40 0 ACAAAACCCGTTTAAGAATTTCTAAATATGGGTAAAA 5 152 1 GCGCTCATTTTTTATTTCTTTATTAATTTGATTGCAT 5 232 1 AAATTTTAGCTTAAAATCTTTAAAAAAGGGCTATTG 8 9 0 TAGCCAATCCTTAATCATTTTTATGATAAGATAGTCA 9 41 0 TTAATTTCCTTAAAAGATGTTTTAATCTCAAATTAT 11 21 0 AATTAAAAATTTTAAGGTTGTCT 12 2 1 AGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGGTTCTCTTCCTCC 13 11 1 TTAGGTGTTCTTAAGAAAATTAAGAATCAAATGAGCA 13 49 0 TAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAA 13 171 1 **** *** * ** MAP Score: 2.23387 Motif 13 ATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGG 0 62 1 TAGATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTT 0 74 1 TAGGGTTTGAATTATATTGATTTAGCGTTAC 0 234 1 TTAAACCATTCTTATGGTGGTATTTGGTATT 1 60 0 AAGCCATTACCTTAAGGGGATAGGGGTATTT 1 125 1 AAGCCTTTCATGGTTTTTAAAAGTT 1 184 0 CCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTACAAAC 2 9 0 TTTGTTTTAATTTAAAGGGATAAAAC 3 18 1 GCTTTGCCCTCTTTTAGTGGCAATGAGTGTC 5 20 1 TTTAGAAATTCTTAAACGGGTTTTGTTTGAG 5 147 0 TTTTAGGGGTATTATAGTGGTTTTTTAACAC 6 32 0 AAACTCGCATTTTTTAGGGGTATTATAGTGG 6 43 0 AGTTTGTAAATTTAGGGGGTTTGTTAAGGCA 7 89 0 TAACGCTCCGCTGAGAGTGGTCGCTAAACCT 7 213 0 TGGCGCGCTTCTTTTAGGGGTAGGGTTTTCT 10 41 1 AATTAAAAATTTTAAGGTTGTCT 12 10 1 **** ****** MAP Score: 0.391467